《被子植物APG分類法》是1998年由被子植物種系發生學組（APG）出版的一種對於被子植物的現代分類法。這種分類法和傳統的依照形態分類不同，是主要依照植物的三個基因組DNA的順序，以親緣分支的方法分類，包括兩個葉綠體和一個核糖體的基因編碼。雖然主要依據分子生物學的數據，但是也參照其他方面的理論，例如將真雙子葉植物分支和其他原來分到雙子葉植物綱中的種類區分，也是根據花粉形態學的理論。
在科一級的分類時，這種分類法因為將一些傳統的科分為幾個科，或將幾個傳統的科合併，引起了很大的爭議。在目以上的分類時，這種分類法沒有使用傳統的分類名稱：門和綱，而是使用“分支”，例如單子葉植物分支、真雙子葉植物分支、薔薇分支、菊分支等。
2003年這種分類法出版了修訂版：《被子植物APG II分類法 (修訂版)》。
基本分支如下：
被子植物 angiosperms:- 單子葉植物分支 monocots
- 鴨跖草分支 commelinids
- 真雙子葉植物分支 eudicots
- 核心真雙子葉植物分支 core eudicots
- 薔薇分支 rosids
- I類真薔薇分支 eurosids I
- II類真薔薇分支 eurosids II
- 菊分支 asterids
- I類真菊分支 euasterids I
- II類真菊分支 euasterids II
參見 顏色示意圖
APG系統下設分類包括40個目和462個科，下列表中開始部分是沒有分到任何一個分支內的科或目。有的科分布地域非常狹小或新分出的科，尚未有通用的漢語譯名。
被子植物分支 angiosperms- 無油樟科 Amborellaceae
- 木蘭藤科 Austrobaileyaceae
- 白桂皮科 Canellaceae
- 金粟蘭科 Chloranthaceae
- 菌花科 Hydnoraceae
- 八角茴香科 Illiciaceae
- 睡蓮科 Nymphaeaceae + 蓴菜科 Cabombaceae
- 大花草科 Rafflesiaceae
- 五味子科 Schisandraceae
- 腺齒木科 Trimeniaceae
- 林仙科 Winteraceae
- 金魚藻目 Ceratophyllales
- 金魚藻科 Ceratophyllaceae
- 樟目 Laurales
- 香皮茶科 Atherospermataceae
- 臘梅科 Calycanthaceae
- 腺蕊花科 Gomortegaceae
- 蓮葉桐科 Hernandiaceae
- 樟科 Lauraceae
- 杯軸花科 Monimiaceae
- 壇罐花科 Siparunaceae
- 木蘭目 Magnoliales
- 番荔枝科 Annonaceae
- 單室木蘭科 Degeneriaceae
- 帽花木科 Eupomatiaceae
- 舌蕊花科 Himantandraceae
- 木蘭科 Magnoliaceae
- 肉豆蔻科 Myristicaceae
- 胡椒目 Piperales
- 馬兜鈴科 Aristolochiaceae
- 短蕊花科 Lactoridaceae
- 胡椒科 Piperaceae
- 三白草科 Saururaceae
- 單子葉植物分支 monocots
- 白玉簪科 Corsiaceae
- 櫻井草科 Japonoliriaceae
- 納茜菜科 Nartheciaceae
- 無葉蓮科 Petrosaviaceae
- 霉草科 Triuridaceae
- 菖蒲目 Acorales
- 菖蒲科 Acoraceae
- 澤瀉目 Alismatales
- 澤瀉科 Alismataceae
- 水蕹科 Aponogetonaceae
- 天南星科 Araceae
- 花藺科 Butomaceae
- 絲粉藻科 Cymodoceaceae
- 水鱉科 Hydrocharitaceae
- 水麥冬科 Juncaginaceae
- 黃花絨葉草科 Limnocharitaceae
- 波喜盪草科 Posidoniaceae
- 眼子菜科 Potamogetonaceae
- 川蔓藻科 Ruppiaceae
- 芝菜科 Scheuchzeriaceae
- 岩菖蒲科 Tofieldiaceae
- 大葉藻科 Zosteraceae
- 天門冬目 Asparagales
- 百子蓮科 Agapanthaceae
- 龍舌蘭科 Agavaceae
- 蔥科 Alliaceae
- 石蒜科 Amaryllidaceae
- 知母科 Anemarrhenaceae
- 吊蘭科 Anthericaceae
- 星捧月科 Aphyllanthaceae
- 天門冬科 Asparagaceae
- 獨尾草科 Asphodelaceae
- 芳香草科 Asteliaceae
- 非洲菝葜科 Behniaceae
- 香水花科 Blandfordiaceae
- 澳韭蘭科 Boryaceae
- 鈴蘭科 Convallariaceae
- 矛花科 Doryanthaceae
- 萱草科 Hemerocallidaceae
- 異菝葜科 Herreriaceae
- 風信子科 Hyacinthaceae
- 仙茅科 Hypoxidaceae
- 鳶尾科 Iridaceae
- 鳶尾蒜科 Ixioliriaceae
- 毛石蒜科 Lanariaceae
- 異蕊草科 Laxmanniaceae
- 蘭科 Orchidaceae
- 藍星科 Tecophilaeaceae
- 紫燈花科 Themidaceae
- 刺葉樹科 Xanthorrhoeaceae
- 血劍草科 Xeronemataceae
- 薯蕷目 Dioscoreales
- 水玉簪科 Burmanniaceae
- 薯蕷科 Dioscoreaceae
- 蒟蒻薯科 Taccaceae
- 肉質腐生科 Thismiaceae
- 毛柄花科 Trichopodaceae
- 百合目 Liliales
- 六出花科 Alstroemeriaceae
- 金梅草科 Campynemataceae
- 秋水仙科 Colchicaceae
- 百合科 Liliaceae
- 菝葜木科 Luzuriagaceae
- 黑藥花科 Melanthiaceae
- 垂花科 Philesiaceae
- 菝葜藤科 Rhipogonaceae
- 菝葜科 Smilacaceae
- 露兜樹目 Pandanales
- 環花草科 Cyclanthaceae
- 露兜樹科 Pandanaceae
- 百部科 Stemonaceae
- 翡若翠科 Velloziaceae
- 鴨跖草分支 commelinoids
- Abolbodaceae
- 鳳梨科 Bromeliaceae
- 多須草科 Dasypogonaceae
- 匍莖草科 Hanguanaceae
- 苔草科 Mayacaceae
- 偏穗草科 Rapateaceae
- 檳榔目 Arecales
- 檳榔科 Arecaceae
- 鴨跖草目 Commelinales
- 鴨跖草科 Commelinaceae
- 血皮草科 Haemodoraceae
- 田蔥科 Philydraceae
- 雨久花科 Pontederiaceae
- 禾本目 Poales
- 苞穗草科 Anarthriaceae
- 刺鱗草科 Centrolepidaceae
- 莎草科 Cyperaceae
- 二柱草科 Ecdeiocoleaceae
- 谷精草科 Eriocaulaceae
- 須葉藤科 Flagellariaceae
- 獨蕊草科 Hydatellaceae
- 擬葦科 Joinvilleaceae
- 燈心草科 Juncaceae
- 禾本科 Poaceae
- 袖珍棕櫚科 Prioniaceae
- 帚燈草科 Restionaceae
- 黑三棱科 Sparganiaceae
- 梭子草科 Thurniaceae
- 香蒲科 Typhaceae
- 黃眼草科 Xyridaceae
- 姜目 Zingiberales
- 美人蕉科 Cannaceae
- 閉鞘姜科 Costaceae
- 蠍尾蕉科 Heliconiaceae
- 蘭花蕉科 Lowiaceae
- 竹芋科 Marantaceae
- 芭蕉科 Musaceae
- 鶴望蘭科 Strelitziaceae
- 姜科 Zingiberaceae
- 真雙子葉植物分支 eudicots
- 黃楊科 Buxaceae
- 雙頰果科 Didymelaceae
- 清風藤科 Sabiaceae
- 昆欄樹科 Trochodendraceae + 水青樹科 Tetracentraceae
- 山龍眼目 Proteales
- 蓮科 Nelumbonaceae
- 懸鈴木科 Platanaceae
- 山龍眼科 Proteaceae
- 毛茛目 Ranunculales
- 小檗科 Berberidaceae
- 星葉草科 Circaeasteraceae + 獨葉草科 Kingdoniaceae
- 領春木科 Eupteleaceae
- 木通科 Lardizabalaceae
- 防己科 Menispermaceae
- 罌粟科 Papaveraceae + 荷包牡丹科 Fumariaceae+ 蕨葉草科 Pteridophyllaceae
- 毛茛科 Ranunculaceae
- 核心真雙子葉植物分支 core eudicots
- 鱗枝樹科 Aextoxicaceae
- 智利藤科 Berberidopsidaceae
- 五椏果科 Dilleniaceae
- 洋二仙草科 Gunneraceae
- 香灌木科 Myrothamnaceae
- 葡萄科 Vitaceae
- 石竹目 Caryophyllales
- 瑪瑙果科 Achatocarpaceae
- 番杏科 Aizoaceae
- 莧科 Amaranthaceae
- 鉤枝藤科 Ancistrocladaceae
- 翼萼茶科 Asteropeiaceae
- 落葵科 Basellaceae
- 仙人掌科 Cactaceae
- 石竹科 Caryophyllaceae
- 龍樹科 Didiereaceae
- 雙鉤葉科 Dioncophyllaceae
- 茅膏菜科 Droseraceae
- 露葉毛氈苔科 Drosophyllaceae
- 瓣鱗花科 Frankeniaceae
- 粟米草科 Molluginaceae
- 豬籠草科 Nepenthaceae
- 紫茉莉科 Nyctaginaceae
- 非洲桐科 Physenaceae
- 商陸科 Phytolaccaceae
- 藍雪科 Plumbaginaceae
- 蓼科 Polygonaceae
- 馬齒莧科 Portulacaceae
- 棒木科 Rhabdodendraceae
- 肉葉刺莖藜科 Sarcobataceae
- 油蠟樹科 Simmondsiaceae
- 閉籽花科 Stegnospermataceae
- 檉柳科 Tamaricaceae
- 檀香目 Santalales
- 鐵青樹科 Olacaceae
- 山柚子科 Opiliaceae
- 桑寄生科 Loranthaceae
- 羽毛果科 Misodendraceae
- 檀香科 Santalaceae
- 虎耳草目 Saxifragales
- 楓香科 Altingiaceae
- 連香樹科 Cercidiphyllaceae
- 景天科 Crassulaceae
- 交讓木科 Daphniphyllaceae
- 茶藨子科 Grossulariaceae
- 小二仙草科 Haloragaceae
- 金縷梅科 Hamamelidaceae
- 鼠刺科 Iteaceae
- 芍藥科 Paeoniaceae
- 扯根菜科 Penthoraceae
- 齒蕊科 Pterostemonaceae
- 虎耳草科 Saxifragaceae
- 四果木科 Tetracarpaeaceae
- 薔薇分支 rosids
- 單果樹科 Aphloiaceae
- 燧體木科 Crossosomataceae
- 西蘭木科 Ixerbaceae
- 刺球果科 Krameriaceae
- 美洲苦木科 Picramniaceae
- 川苔草科 Podostemaceae
- 旌節花科 Stachyuraceae
- 省沽油科 Staphyleaceae
- 三裂科 Tristichaceae
- 蒺藜科 Zygophyllaceae
- 牻牛兒苗目 Geraniales
- 花莖草科 Francoaceae
- 牻牛兒苗科 Geraniaceae + 高柱花科 Hypseocharitaceae
- 鞘葉樹科 Greyiaceae
- 杜香果科 Ledocarpaceae
- 蜜花科 Melianthaceae
- 曲胚科 Vivianiaceae
- I類真薔薇分支 eurosids I
- 衛矛科 Celastraceae
- 蒜樹科 Huaceae
- 梅花草科 Parnassiaceae + 微形草科 Lepuropetalaceae
- 木根草科 Stackhousiaceae
- 葫蘆目 Cucurbitales
- 四柱木科 Anisophylleaceae
- 秋海棠科 Begoniaceae
- 馬桑科 Coriariaceae
- 棒果木科 Corynocarpaceae
- 葫蘆科 Cucurbitaceae
- 野麻科 Datiscaceae
- 四數木科 Tetramelaceae
- 豆目 Fabales
- 豆科 Fabaceae
- 遠志科 Polygalaceae
- 皂皮樹科 Quillajaceae
- 海人樹科 Surianaceae
- 殼斗目 Fagales
- 樺木科 Betulaceae
- 木麻黃科 Casuarinaceae
- 山毛櫸科 Fagaceae
- 胡桃科 Juglandaceae
- 楊梅科 Myricaceae
- 南青岡科 Nothofagaceae
- 馬尾樹科 Rhoipteleaceae
- 太果木科 Ticodendraceae
- 金虎尾目 Malpighiales
- 鐘花科 Achariaceae
- 槲樹果科 Balanopaceae
- 油桃木科 Caryocaraceae
- 金殼果科 Chrysobalanaceae
- 藤黃科 Clusiaceae
- 毒鼠子科 Dichapetalaceae
- 古柯科 Erythroxylaceae
- 大戟科 Euphorbiaceae
- 合絲花科 Euphroniaceae
- 大風子科 Flacourtiaceae
- 毛藥樹科 Goupiaceae
- 亞麻藤科 Hugoniaceae
- 香膏科 Humiriaceae
- 金絲桃科 Hypericaceae
- 包芽樹科 Irvingiaceae
- 粘木科 Ixonanthaceae
- 裂藥花科 Lacistemataceae
- 亞麻科 Linaceae
- 王冠草科 Malesherbiaceae
- 金虎尾科 Malpighiaceae
- 水母柱科 Medusagynaceae
- 金蓮木科 Ochnaceae
- 小盤木科 Pandaceae
- 西番蓮科 Passifloraceae
- 非洲核果木科 Putranjivaceae
- 羽葉樹科 Quiinaceae
- 紅樹科 Rhizophoraceae
- 楊柳科 Salicaceae
- 杯蓋花科 Scyphostegiaceae
- 三角果科 Trigoniaceae
- 時鐘花科 Turneraceae
- 堇菜科 Violaceae
- 酢漿草目 Oxalidales
- 土瓶草科 Cephalotaceae
- 牛栓藤科 Connaraceae
- 火把樹科 Cunoniaceae
- 杜英科 Elaeocarpaceae
- 酢漿草科 Oxalidaceae
- 孔藥花科 Tremandraceae
- 薔薇目 Rosales
- 鉤毛樹科 Barbeyaceae
- 大麻科 Cannabaceae
- 傘樹科 Cecropiaceae
- 朴科 Celtidaceae
- 八瓣果科 Dirachmaceae
- 胡頹子科 Elaeagnaceae
- 桑科 Moraceae
- 鼠李科 Rhamnaceae
- 薔薇科 Rosaceae
- 榆科 Ulmaceae
- 蕁麻科 Urticaceae
- II類真薔薇分支 eurosids II
- 癭椒樹科 Tapisciaceae
- 十字花目 Brassicales
- 疊珠樹科 Akaniaceae + 鍾萼木科 Bretschneideraceae
- 藜木科 Bataceae
- 十字花科 Brassicaceae
- 番木瓜科 Caricaceae
- 澳遠志科 Emblingiaceae
- 環蕊科 Gyrostemonaceae
- 刺枝樹科 Koeberliniaceae
- 池花科 Limnanthaceae
- 辣木科 Moringaceae
- 瘤藥樹科 Pentadiplandraceae
- 木犀草科 Resedaceae
- 刺茉莉科 Salvadoraceae
- 夷白花菜科 Setchellanthaceae
- 烈味三葉草科 Tovariaceae
- 旱金蓮科 Tropaeolaceae
- 錦葵目 Malvales
- 紅木科 Bixaceae + 彎子木科 Cochlospermaceae
- 半日花科 Cistaceae
- 地果蓮木科 Diegodendraceae
- 龍腦香科 Dipterocarpaceae
- 錦葵科 Malvaceae
- 文定果科 Muntingiaceae
- 沙莓科 Neuradaceae
- 鏇花樹科 Sarcolaenaceae
- 球萼樹科 Sphaerosepalaceae
- 瑞香科 Thymelaeaceae
- 桃金孃目 Myrtales
- 雙翼果科 Alzateaceae
- 使君子科 Combretaceae
- 隱翼科 Crypteroniaceae
- 異裂果科 Heteropyxidaceae
- 千屈菜科 Lythraceae
- 野牡丹科 Melastomataceae
- 谷木科 Memecylaceae
- 桃金孃科 Myrtaceae
- 方枝樹科 Oliniaceae
- 柳葉菜科 Onagraceae
- 管萼科 Penaeaceae
- 裸木科 Psiloxylaceae
- 喙萼花科 Rhynchocalycaceae
- 蠟燭樹科 Vochysiaceae
- 無患子目 Sapindales
- 漆樹科 Anacardiaceae
- 薰倒牛科 Biebersteiniaceae
- 橄欖科 Burseraceae
- 番苦木科 Kirkiaceae
- 楝科 Meliaceae
- 白刺科 Nitrariaceae + 駱駝蓬科 Peganaceae
- 芸香科 Rutaceae
- 無患子科 Sapindaceae
- 苦木科 Simaroubaceae
- 菊分支 asterids
- 山茱萸目 Cornales
- 山茱萸科 Cornaceae + 珙桐科 Nyssaceae
- 假石南科 Grubbiaceae
- 繡球花科 Hydrangeaceae
- 水穗草科 Hydrostachyaceae
- 刺蓮花科 Loasaceae
- 杜鵑花目 Ericales
- 獼猴桃科 Actinidiaceae
- 鳳仙花科 Balsaminaceae
- 山柳科 Clethraceae
- 翅萼樹科 Cyrillaceae
- 岩梅科 Diapensiaceae
- 柿樹科 Ebenaceae
- 杜鵑花科 Ericaceae
- 福桂花科 Fouquieriaceae
- 銀鐘花科 Halesiaceae
- 玉蕊科 Lecythidaceae
- 蜜囊花科 Marcgraviaceae
- 紫金牛科 Myrsinaceae
- 假紅樹科 Pellicieraceae
- 花荵科 Polemoniaceae
- 報春花科 Primulaceae
- 捕蠅幌科 Roridulaceae
- 山欖科 Sapotaceae
- 瓶子草科 Sarraceniaceae
- 野茉莉科 Styracaceae
- 山礬科 Symplocaceae
- 厚皮香科 Ternstroemiaceae
- 四籽樹科 Tetrameristaceae
- 山茶科 Theaceae
- 假輪葉科 Theophrastaceae
- I類真菊分支 euasterids I
- 紫草科 Boraginaceae
- 環生籽科 Plocospermataceae
- 二歧草科 Vahliaceae
- 絞木目 Garryales
- 桃葉珊瑚科 Aucubaceae
- 杜仲科 Eucommiaceae
- 絞木科 Garryaceae
- 五蕊茶科 Oncothecaceae
- 龍膽目 Gentianales
- 夾竹桃科 Apocynaceae
- 胡蔓藤科 Gelsemiaceae
- 龍膽科 Gentianaceae
- 馬錢科 Loganiaceae
- 茜草科 Rubiaceae
- 唇形目 Lamiales
- 爵床科 Acanthaceae
- 海欖雌科 Avicenniaceae
- 紫葳科 Bignoniaceae
- 醉魚才科 Buddlejaceae
- 腺毛草科 Byblidaceae
- 盤果木科 Cyclocheilaceae
- 苦苣苔科 Gesneriaceae
- 唇形科 Lamiaceae
- 狸藻科 Lentibulariaceae
- 苦橄欖科 Myoporaceae
- 木犀科 Oleaceae
- 泡桐科 Paulowniaceae
- 胡麻科 Pedaliaceae + 角胡麻科 Martyniaceae
- 透骨草科 Phrymaceae
- 車前科 Plantaginaceae
- 夷地黃科 Schlegeliaceae
- 玄參科 Scrophulariaceae
- 密穗草科 Stilbaceae
- 四粉草科 Tetrachondraceae
- 馬鞭草科 Verbenaceae
- 茄目 Solanales
- 鏇花科 Convolvulaceae
- 田基麻科 Hydroleaceae
- 山醋李科 Montiniaceae
- 茄科 Solanaceae
- 楔瓣花科 Sphenocleaceae
- II類真菊分支 euasterids II
- 五福花科 Adoxaceae
- 鱗葉樹科 Bruniaceae
- 香茜科 Carlemanniaceae
- 彎藥樹科 Columelliaceae + 離水花科 Desfontainiaceae
- 寄奴花科 Eremosynaceae
- 南鼠刺科 Escalloniaceae
- 茶茱萸科 Icacinaceae
- 多香木科 Polyosmaceae
- 楔蕊花科 Sphenostemonaceae
- 智利木科 Tribelaceae
- 傘形目 Apiales
- 傘形科 Apiaceae
- 五加科 Araliaceae
- 假茱萸科 Aralidiaceae
- 夷茱萸科 Griseliniaceae
- 番茱萸科 Melanophyllaceae
- 海桐花科 Pittosporaceae
- 鞘柄木科 Torricelliaceae
- 冬青目 Aquifoliales
- 冬青科 Aquifoliaceae
- 青莢葉科 Helwingiaceae
- 葉茶藨科 Phyllonomaceae
- 菊目 Asterales
- 假海桐科 Alseuosmiaceae
- 雪葉科 Argophyllaceae
- 菊科 Asteraceae
- 頭花草科 Calyceraceae
- 桔梗科 Campanulaceae + 半邊蓮科 Lobeliaceae
- 腕帶花科 Carpodetaceae
- 陀螺果科 Donatiaceae
- 草海桐科 Goodeniaceae
- 睡菜科 Menyanthaceae
- 五膜草科 Pentaphragmataceae
- 石冬青科 Phellinaceae
- 盧梭木科 Rousseaceae
- 花柱草科 Stylidiaceae
- 川續斷目 Dipsacales
- 忍冬科 Caprifoliaceae
- 黃錦帶科 Diervillaceae
- 川續斷科 Dipsacaceae
- 北極花科 Linnaeaceae
- 刺續斷科 Morinaceae
- 敗醬科 Valerianaceae
注: "+ ..." 是一種建議選擇，也可以單獨分為一科。
系屬不清的科：- 蛇菰科 Balanophoraceae
- 多子科 Bonnetiaceae
- 心翼果科 Cardiopteridaceae
- 垂籽樹科 Ctenolophonaceae
- 鎖陽科 Cynomoriaceae
- 簇花草科 Cytinaceae
- 十齒花科 Dipentodontaceae
- 溝繁縷科 Elatinaceae
- 四棱果科 Geissolomataceae
- 單柱花科 Hoplestigmataceae
- 扁果樹科 Kaliphoraceae
- 洋酢漿草科 Lepidobotryaceae
- 光果科 Lissocarpaceae
- 五翼果科 Lophopyxidaceae
- 毛絲花科 Medusandraceae
- Mettenusiaceae
- 帽蕊草科 Mitrastemonaceae
- 盔瓣花科 Paracryphiaceae
- 五列木科 Pentaphylacaceae
- 圍盤樹科 Peridiscaceae
- 斜翼科 Plagiopteraceae
- 單室木科 Pottingeriaceae
- 肋果茶科 Sladeniaceae
- 栓皮果科 Strasburgeriaceae
- 苦皮樹科 Tepuianthaceae
外部連結
和其他分類法的對照
