瑪瑙果科為小喬木或灌木；單葉互生，無托葉；花小，綠色，花瓣4-5；果實為漿果，每個漿果只有一粒種子，種子呈凸透鏡形狀。
以前的分類法將其分入商陸科，1981年的克朗奎斯特分類法認為應該單獨分出一個科，放在石竹目中，1998年根據基因親緣關係分類的APG 分類法和2003年經過修訂的APG II 分類法維持原分類。
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