歷史沿革
重建王朝
明崇禎十七年(1644年)正月，李自成在西安稱帝，建國“大順”，之後向北京進兵，三月十九攻克北京，崇禎皇帝自盡，明朝宗室及遺留大臣多輾轉向南走。此時李自成的“大順”政權大體據有淮河以北原明朝故地，張獻忠於八月成立的“大西”政權則據四川一帶，清朝政權則據有山海關外的現今東北地區，且控制蒙古諸部落，而明朝的殘餘勢力則據有淮河以南的半壁江山。
此時明朝留都南京的一些文臣武將決計擁立朱家王室的藩王，重建明朝，然後揮師北上。但具體擁立何人則發生爭議，史可法主張擁立桂王朱常瀛，而錢謙益等東林黨人則以立賢為名擁潞王朱常淓，但最終福王朱由嵩在盧九德的幫助下，獲得了南京政權主要武裝力量江北四鎮高傑、黃得功、劉良佐和劉澤清，以及中都鳳陽總督馬士英的支持，成為最終的勝利者。五月初三，朱由嵩監國於南京，五月十五日即皇帝位，次年改元弘光，史稱南明。福王政權的基本國策以“聯虜平寇”為主，謀求與清軍連合，一起消滅以李自成、張獻忠為代表的農民軍。
政權滅亡
李自成南明建國前後，大順已被清朝擊潰，李自成先後丟失北京和西安，退往湖北。清順治二年(1645年)三月，多爾袞將軍事重心東移，命多鐸移師南征。此時弘光政權內部正進行著激烈的黨爭，暴發太子案，駐守武昌的左良玉不願與李自成正面交戰，以“清君側”為名，順長江東下爭奪南明政權。馬士英被迫急調江北四鎮迎擊左軍，致使面對清軍的江淮防線陷入空虛。史可法時在揚州雖有督師之名，卻實無法調動四鎮之兵。一月之中，清軍破徐州，渡淮河，兵臨揚州城下。四月廿五，揚州城陷，史不屈遇害。隨後，清軍渡過長江，克鎮江。弘光帝出奔蕪湖。五月十五眾大臣獻南京投降清兵；五月廿二朱由嵩被虜獲，送往北京處死，弘光政權僅一年，即覆滅。
南京失陷後，又有杭州的潞王朱常淓(1645)、應天的威宗太子王之明(1645)、撫州的益王朱慈炲(1645)、福州的唐王朱聿鍵(1645-1646)、紹興的魯王朱以海(1645-1653)、桂林的靖江王朱亨嘉(1645)等政權先後建立，其中以魯、唐二王政權較有實力。這時清朝再次宣布薙髮令，江南一帶掀起了反薙髮的抗清鬥爭，清軍後方發生動亂，一時無力繼續南進。但南明內部嚴重的黨派鬥爭與地方勢力跋扈自雄，且魯、唐二王政權不但沒有利用這種有利形勢，發展抗清鬥爭，反而在自己之間為爭正統地位而形同水火，各自為戰，所以當1646年清軍再度南下時，先後為清軍所各各擊滅。魯王在張煌言等保護下逃亡海上，在沿海一帶繼續抗清；唐王則被清軍俘殺。
11月，在廣州和肇慶又成立了兩個南明政權：唐王弟朱聿??(1646)稱帝於廣州，改明年為紹武元年；桂王朱由榔(1646-1662)稱帝於肇慶，改元永曆。這兩個政權也不能團結，甚至大動干戈，互相攻伐。紹武政權僅存在40天就被清軍消滅。揭陽的益王朱由榛（1647）、夔州的楚王朱容藩（1649）稱監國與桂王爭立。鄭成功也在南澳一度立淮王朱常清(1648)為監國，後廢。桂王在清軍進逼下逃入廣西。
農民軍加入
李自成行宮正當南明政權一個接一個地覆亡，形勢萬分危急之際，大順農民軍餘部出現在抗清鬥爭最前線，挽救了危局。自李自成於1645年戰死於九宮山後，他的餘部分為二支，分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領，先後進入湖南，與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。1647年，郝搖旗部護衛逃來廣西的桂王居柳州，並出擊桂林。年底，大敗清軍於全州，進入湖南。次年，大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境。這時，廣東、四川等地的抗清鬥爭再起，清江西提督金聲桓、清廣東提督李成棟、清廣西巡撫耿獻忠、清大同總兵姜鑲、清延安營參將王永強、清甘州副將米喇印先後反正回歸明朝，清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。一時間，永曆政權名義控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省，還包括北方山西、陝西、甘肅三省一部以及東南福建和浙江兩省的沿海島嶼，出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。
但永曆政權內部仍然矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。1649—1650年，何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘殺，清軍重新占領湖南、廣西；其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久，李過之子李來亨等農民軍將領率部脫離南明政府，轉移到巴東荊襄地區組成夔東十三家軍，獨立抗清。這支部隊一直堅持到1664年。
綜觀1645-1651年間，南明軍與清軍作戰中，敗多勝少，大批南明的軍隊先後降清。先後丟失了江蘇、安徽、浙江、江西、福建、兩廣、兩湖等等領地，地盤盡失。直到以孫可望為主的大西軍加入，再次改變了整個局勢。
張獻忠於1646年戰死後，以其義子孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇等人為主的大西軍殘部自1647年進占雲南、貴州二省。1652年，南明永曆政權接受孫可望和李定國的建議聯合抗清建議，定都安龍。不久，以大西軍餘部為主體的南明軍對清軍展開了全面反擊。李定國率軍8萬東出湖南，取得靖州大捷，收復湖南大部；隨後南下廣西，取得桂林大捷，擊斃清定南王孔有德，收復廣西全省；然後又北上湖南取得衡陽大捷，擊斃清敬謹親王尼堪，天下震動。同時，劉文秀亦出擊四川，取得敘州大捷、停溪大捷，克復川南、川東。孫可望也親自率軍在湖南取得辰州大捷。東南沿海的張煌言、鄭成功等的抗清軍隊也乘機發動攻勢，接連取得江東橋大捷、崇武大捷、海澄大捷的一連串勝利，並接受了永曆封號。一時間，永曆政權名義控制的區域恢復到了雲南、貴州、廣西三省全部，湖南、四川兩省大部，廣東、江西、福建、湖北四省一部，出現了南明時期第二次抗清鬥爭的高潮。
之後，劉文秀於四川用兵失利，在保寧戰役中被吳三桂僥倖取勝。而孫可望妒嫉李定國桂林、衡州大捷之大功，逼走李定國，自己統兵卻在寶慶戰役中失利。東南沿海的鄭成功也在漳州戰役中失利。所以明軍在四川、湖南、福建三個戰場上沒能擴大戰果，陷入了與清軍相持的局面。之後李定國與鄭成功聯絡，於1653年、1654年率軍兩次進軍廣東，約定與鄭會師廣州，一舉收復廣東，但鄭軍屢誤約期，加上瘟疫流行，導致肇慶戰役和新會戰役沒能成功。
衰敗滅亡
李自成頑強拼搏永曆十年（1656年），孫可望秘謀篡位，引發了南明內部一場內訌，李定國擁桂王至雲南，次年大敗孫可望，孫可望勢窮降清。孫可望降清後，西南軍事情報盡供清廷，雲貴虛實盡為清軍所知。永曆十二年（1658年）四月，清軍主力從湖南、四川、廣西三路進攻貴州。年底吳三桂攻入雲南，次年正月，下昆明，進入雲南，桂王狼狽西奔，進入緬甸。李定國率全軍設伏於磨盤山，企圖一舉殲滅敵人追兵，結果因內奸泄密導致未能大獲全勝，南明軍精銳損失殆盡，此即磨盤山血戰。這時鄭成功趁清軍主力大舉攻擊西南之際，率領十餘萬大軍北伐，一度兵臨南京城下，然而鄭軍中了清軍緩兵之計，最終失敗，撤回廈門。清軍派大軍圍攻廈門，企圖一舉殲滅鄭成功，但鄭成功沉著應戰，取得廈門大捷的勝利，穩定了東南沿海局勢。永曆十五年（1661年），吳三桂率清軍入緬，索求桂王，十二月緬甸國王將桂王交於清軍，次年四月桂王與其子等被吳三桂處死於昆明。七月，李定國在真臘得知桂王死訊，亦憂憤而死。
此後鄭成功政權繼續奉永曆為正朔。1683年，清軍占領台灣，朱術桂自殺殉國，標誌著南明最後一個政權的覆滅。
疆域
疆域1644年四月時期的南明疆域1644年四月二十二日，大順軍被吳三桂和秦軍擊敗。清軍占領北京後即出兵追擊，十月初三，清軍占領山西首府太原。 得知李自成被清軍擊敗，山東河南等地明朝官紳蜂擁而起，大順軍在這裡的政權紛紛瓦解。而清軍乘虛南下，到1644年十一月清廷已派遣使者兵卒招撫了畿南﹑山東和河南北部三鎮。而在西南，張獻忠已攻下成都，收取了四川大部，並於11月稱帝，建立了大西政權。而此時的南明控制範圍進一步縮小。
疆域1645年6月的南明疆域1646年二月，清朝再派大軍南征，一舉擊破明軍防線，攻陷紹興﹑金華﹑定海等浙東之地。但福建的鄭芝龍卻是不戰而降，八月二十八日，清軍追至汀州，隆武帝被俘殺。九月十九日，清軍進入福州，鄭成功遂與鄭鴻逵引兵避於中衛所（今廈門）鼓浪嶼。十月，在江西的金聲桓部清軍攻下贛州，江西全境也落入清朝之手。在西邊的四川，張獻忠於八月焚毀成都，棄城而走。而在西南邊陲，1645年十二月蒙自土司沙定洲掀起叛亂，奪取雲南首府昆明，世守雲南的黔國公沐天波被迫逃往楚雄。至來年二月，除楚雄以西的整個雲南都歸附了沙定洲。1646年十月初十，桂王朱由榔在廣東肇慶繼位監國，這時傳來贛南重鎮陷落的訊息，朱由榔逃往廣西梧州，此時清軍李成棟﹑佟養甲部正迅速由福建向廣東推進，清軍均以布帕包頭，偽稱明軍，偷襲廣州。
1646年10月的南明疆域1647年一月，李成棟部清軍西進占領肇慶，在攻陷梧州後在桂林受挫後退回廣東。此時清軍已北上占領韶州，渡海占領瓊州。四月時，廣東十府均淪陷於清軍之手。清朝派孔有德﹑耿仲明﹑尚可喜由北京南下，逕取湖南，於1647年二月占領長沙。此後，孔有德又派耿仲明部北上攻常德，尚可喜部西進取攸縣。到年底之時，除湘西部分土司外，湖南全境皆為清朝所得。在西南，1647年正月，張獻忠被清軍射死，清軍迅速入川。大西軍餘部在孫可望﹑李定國﹑劉文秀﹑艾能奇四將軍的率領下急速南撤，渡過長江天險，進入貴州，占領貴陽。豪格統率的清軍追至遵義，因地方殘破荒蕪，糧草不濟，只得由四川撤回北京，只在川北據有保寧一隅之地。1647年九月，大西軍與沐天波達成協定，決定“共扶明後，恢復江山。”至此除沙定洲仍據守蒙自﹑阿迷州，東川土司祿氏仍存觀望外，整個雲南都為大西軍平定。而在東南沿海，魯監國已被據守東南沿海的鄭彩等人由舟山迎至廈門，1647年七月，趁清軍主力北返，魯監國率部親征福建，一時義軍飆發，遠近回響。至1648年6月，南明義軍已一度攻陷福建三府一州二十七縣之地。
疆域1648年11月的南明疆域1649年正月，形式逐步惡化，清軍突襲湘潭，湖南寶慶﹑衡陽﹑靖州等地重新淪陷，廣西門戶全州也失守，堵胤錫及忠貞營部則由湖南郴州撤入廣西南寧。而在江西，清軍已圍困南昌半年，正月十九日城破。[54]在西北，清軍於正月攻占甘州，不久又破肅州，丁國棟等人被擒殺。二月，李成棟再次北上進攻贛州，三月初，明軍在信豐被清軍擊敗，兵潰慌亂之中，李成棟也墜馬溺亡。二月十五日，繼姜瓖在山西反清後，王永強也在陝西榆林起事，南下占領延安，恢復陝北十九個州縣，秦﹑晉兩省反清勢力已聯成一片。直到1650年十一月，清軍才平定陝北。1649年十一月，清朝調定南王孔有德﹑靖南王耿仲明﹑平南王尚可喜三王舊部再次南下，孔有德由湖南攻廣西，耿仲明﹑尚可喜經江西取廣東。
1649年6月的南明疆域1650年除夕之夜，尚可喜與耿繼茂部由江西偷襲廣東南雄，又攻陷韶州，三月，清軍圍攻廣州。尚可喜見城堅難破，先發兵招降惠﹑潮二州明軍。六月，鄭成功垂涎潮州產量之地，竟趁亂引兵攻打駐守此城的郝尚久，此時潮州以西的惠州已歸附清朝，潮州已於南明隔絕，而又受到“友軍”鄭成功的攻擊，於是郝尚久一怒之下再次投降清朝。十一月初二，清軍調集援兵大炮，攻破廣州城池，杜永和由水路逃往海上瓊州。1650年九月，孔有德部進入廣西，另一路由全州南進，南北夾擊桂林，明軍戰敗。李成棟之子李元胤不忍廣東全省重新淪陷清軍之手，遂往高州﹑雷州收拾殘部，準備再戰。此時，孫可望已率軍由雲南進至貴州銅仁，收編了黔省各地割據軍閥，準備與清軍交戰。這一年，鄭成功奪取其占據的廈門﹑金門。
1650年11月的南明疆域1651年，清朝平﹑靖二藩攻陷廣東雷州﹑廉州。1651年十二月，由柳州南下的清軍攻占南寧。1651年三月，清軍趁鄭成功進攻廣東之際，發兵襲取其在廈門的根據地；七月，清軍兵分三路攻取魯監國占據的舟山：一路由杭州至紹興，一路由衢州經台州——兩路軍同至定海，共取舟山，另一路由台州乘船北上，吳淞水師則由海上南下。八月，清軍在海戰中擊敗明軍，於九月登入舟山破城，魯監國等人被迫南下，經溫州海域三盤至福州海壇山，1652年正月進駐廈門，與鄭成功會合。同年，在南寧屢受排擠﹑又不願投靠孫可望的忠貞營在高一功的率領下經慶遠﹑獨山北上夔東，與袁宗第﹑劉體仁﹑李來亨等部會合，後來這一帶擁明抗清的武裝一起被稱為夔東十三家。
1651年12月的南明疆域1652年四月，李定國引軍入湖南，連克靖州﹑武岡，至八月，湖南大部州縣都被明軍收復，除辰州孤城明軍久攻未下外，只有岳州﹑常德二城尚為清軍據守。明軍在七月初四破桂林。攻克桂林後，李定國乘勝追擊，收復梧州。順治皇帝得知湘桂失利後急派敬謹親王尼堪領八旗精銳往援湖南。孫可望得知清兵即將奔赴湖南，急調李定國由桂入湘，於是廣西大部重新淪於清軍之手。十一月，尼堪大軍進至湖南湘潭，明軍退往寶慶。尼堪驕心自用冒進直奔衡陽，遭李定國重軍伏擊大敗，同一天，辰州孤城也被孫可望軍攻克。1652年二月，吳三桂與李國翰已由漢中入川，迅速占領成都﹑嘉定﹑重慶﹑敘州等地。八月，入川的劉文秀軍開始反擊，一舉攻克敘州﹑重慶。九月時，清軍已退至川北保寧。劉文秀光復四川大部後，率軍追至保寧，中吳三桂埋伏，明軍大潰，劉文秀敗回貴州。1652年十月，鄭成功進攻福建漳州失利。
1653年南明疆域1654年三月，李定國再次進軍廣東，攻陷廉州﹑高州，但此時清朝援兵到達，李定國被迫撤回廣西，所復州縣重新淪陷。1654年十二月，得到鄭成功援軍的張名振三入長江，直逼南京。 1654年，鄭成功奪得漳州﹑泉州，後毀城而去。1655年五月，劉文秀水陸並進，進攻常德，由於天降大雨，陸軍延期，水軍被得到援軍的清兵擊敗，進軍長江的計畫遂告失敗。1655年，鄭成功遣水軍北上浙江，南下廣東。北征之師於十二月進抵舟山；張名振部也從沙洲航海南下進攻舟山，二十六日，舟山群島和定海清軍皆反正歸明。南下廣東的鄭軍在潮州揭陽戰敗，於1656年揚帆東返。
1654—1655年南明疆域1656年二月，趁李定國西返雲南之際，清軍迅速向廣西推進，廣西大部州縣再次淪陷。1656年七月，鄭成功軍攻克福州門戶閩安鎮，進軍福州。1656年，清軍再攻舟山，於八月二十七日重占該島。1657年月八月，孫可望率大軍由貴陽出師討伐李定國，挑起內戰。孫可望走投無路，深恨李定國，一怒之下投奔寶慶，剃髮降清。清廷得孫可望之助，盡悉雲貴虛實守備，於十二月起兵三路，進軍西南。
1656—1657年南明疆域1658年正月，清朝三路入黔：擊敗湘西明軍，攻克沅州﹑靖州，一路西進，占領貴州鎮遠，四月入省會貴陽；至四月占領重慶，遵義，於五月與托羅會師於貴陽；趙布泰軍三月由湖南赴廣西，取道桂林﹑南丹，與五月攻占都勻。至此。三路清軍已在貴陽會師。在明軍節節敗退之際，李定國奏請永曆帝遣使前往川東，聯絡夔東十三家，令其西下攻重慶，以牽制清軍。七月，夔東劉體仁等部攻重慶，吳三桂深恐後路被切斷，率主力回防，將明軍擊敗。十一月，夔東十三家水陸並進，再攻重慶，雙方激戰十餘日，由於內變，明軍水師大敗，陸軍也被迫回師東撤，忠州﹑萬縣也落入清軍手中。九月，李定國決定分兵把守關嶺﹑七星關﹑貞豐，以擋清軍，未成。十二月，清朝大軍已至曲靖。永曆朝廷大為震動，決定由建昌北撤川西，但馬吉翔等人私心自用，攛掇永曆帝及李定國西逃，最終逃往滇西。1658年八月，鄭成功趁清軍主力聚於西南之際，乘船北上欲入長江。不料八月駛至浙江羊山突遇颶風，兵船損失頗大，只得南下浙江，以圖再舉。
1658年南明疆域1658年十二月十五日，永曆君臣撤往大理。1659年正月初三，清軍未經抵抗即入昆明，初四，永曆帝至永昌（保山），清軍發兵追擊，克永昌，渡過怒江直逼騰衝。 永曆帝經邊境鐵壁關逃入緬甸境內，於五月經水路至緬甸首都阿瓦。1659年吳三桂部又平定川南敘州﹑嘉定等地，七月，清軍進入成都。1659年，鄭成功與張煌言再次北上，奪取定海，由吳淞口入長江，破瓜州﹑陷鎮江，逼近南京。張煌言率前軍西上，招撫上游各州縣來歸，一時大江南北群起回響，徽州﹑蕪湖﹑巢縣﹑當塗﹑太平﹑銅陵﹑宣城﹑無為等地依次歸附。清廷聞南京危急，急調清兵支援，於七月擊敗鄭氏陸軍。1662年四月，永曆帝被絞殺於昆明。李定國軍得知永曆皇帝被清軍俘殺的訊息傷心備至﹑不久發病死於景線。其部下不久便紛紛降清。1662年二月，在東南率軍渡海的鄭成功收復荷蘭人盤踞三十餘年的台灣島，在海外另闢乾坤。1662年永曆朝廷覆亡後，只有東南沿海鄭成功﹑張煌言部和川東鄂西的夔東十三家還在堅持抗清。1663年正月初一，清朝發三路大軍會剿夔東，雙方在山險嶺峻之地鏖戰九月，均損失慘重。十一月，清軍調西安滿兵經漢中入川，助攻夔東。夔東十三家最終不敵，劉體仁自縊，袁宗第﹑郝搖旗被俘，夔東抗清基地失陷。至此，明室在大陸已無寸土。鄭成功在收復台灣的次年，即1663年五月病卒，其子孫鄭經﹑鄭克塽相繼保有台灣。清康熙二十二年，清朝水師大舉攻台，鄭克爽不敵，於1683年降於清朝。
1659—1664年南明疆域
流亡政權
弘光政權
南京建立的弘光政權崇禎十七年，（1644年）五月初三首先建立。由馬士英、史可法等奉明福王朱由崧監國於南京。五月十五日即皇帝位，年號弘光。朱由崧，明神宗之孫，福王朱常洵之子。初封德昌王，進封世子。崇禎十六年嗣封福王。次年初，農民軍掃蕩北方，朱由崧流亡淮上。時南京之明殘餘勢力議擇君以定南都，然後揮師北上。曾出現擁潞王與擁福王之爭，最後馬士英恃勢逼史可法等同意立福王朱由崧為帝。馬士英等以擁戴有功，把持朝政，起用閹黨餘孽，貪贓枉法，與高弘圖等東林餘黨針鋒相對。清順治二年三月，寧南侯左良玉稱奉太子密詔，入誅奸臣馬士英以清君側，起於武昌，進逼南京。時清軍迅速南下，連續破徐州，渡淮河，兵臨揚州城下。隨後，清軍渡長江，克鎮江。弘光帝被迫出奔蕪湖。五月十五日大臣趙之龍、王鋒、錢謙益等獻南京城投降；二十二日朱由崧被獲，解北京處死。弘光政權覆滅。
隆武政權
順治二年閏六月初七，明福建巡撫張肯堂、禮部尚書黃道周及南安伯鄭芝龍、靖虜伯鄭鴻逵等，奉唐王朱聿鍵稱監國於福州。閏六月二十七日稱帝，改福州為天興府，以是年為隆武元年。朱聿鍵，朱元璋九世孫，端王朱碩熿之孫。崇禎五年嗣立唐王，九年因率兵勤王擅離南陽獲罪，弘光時獲釋。順治二年五月避亂經杭州，適南都已亡，鄭鴻逵等迎之入閩。隆武帝繼位之初，儼然想有所作為，他集廷臣議抗清戰守。即位不及半月，即下詔親征，影響頗大，同時又安撫難民，聯絡抗清義軍，改變原來弘光朝廷聯虜滅賊的錯誤政策方針。使得江浙、安徽、江西各地義軍紛起，回響抗清號召。然而隆武卻頗不得勢，其軍政大權都掌握在地方實力派鄭芝龍手裡，就連隆武本人也為其挾制，很快被其掣肘。三年七月，清軍攻下浙東浙南，即揮師南下。鄭芝龍暗中與清軍洽降，撤兵還安平鎮。福建門戶敞開，清軍長驅直入。隆武帝出奔汀州，八月二十八日被清軍追及擒殺，隆武政權滅亡。之後鄭芝龍以無大用，被清廷所殺。
隆武帝本人可以說是南明諸帝中最為有能力的皇帝之一，只可惜在錯誤的地點選擇了錯誤的勢力，才使得他無所建樹，最終隆武朝廷的復國計畫稱為了泡影。
魯王時期
順治二年閏六月二十八日，在浙江餘姚、會稽、鄞縣等地抗清義軍及故明官吏縉紳的扶持下，明魯王朱以海監國於紹興。朱以海，朱元璋十世孫，魯王朱壽鏞第五子。崇禎十七年二月嗣王位。魯王政權建立後，控制浙東紹興、寧波、溫州、台州等地，擁有浙中義師及原明總兵方國安、王之仁部，且憑藉錢塘江天險，曾匯兵合攻杭州。但其政權腐敗，熱衷於與隆武朝爭奪皇統，勢同水火。順治三年六月不戰而潰，朱以海出海至舟山。清軍迅速平定浙東，魯王大臣張國維、朱大典、馬士英、孫嘉績、王之仁等先後死，方國安、阮大鋮等降清。該政權建立不到一年即告滅亡。
紹武政權
順治三年十一月初二，大學士蘇觀生、隆武輔臣何吾騶等於廣州擁立朱聿鍵之弟朱聿鐭為帝，改元紹武。同年十二月十五日，清軍李成棟部攻入廣州，朱聿鐭等皆死。紹武政權僅存41天。
永曆政權
鄭成功勢力範圍示意圖順治三年十一月十八日，明兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜等擁戴桂王朱由榔於肇慶稱帝，以次年為永曆元年。朱由榔，明神宗之孫，桂恭王朱常瀛少子。初封永明王。為人懦弱寡斷，昏庸無能。
正當南明政權形勢萬分危急之際，大順農民軍餘部出現在抗清鬥爭最前線，挽救了危局。自李自成死後，餘部分為二支，分別由郝搖旗、劉體純和李過、高一功率領，先後進入湖南，與明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯合抗清。
1647年，郝搖旗部護衛逃來廣西的桂王居柳州，並出擊桂林。年底，大敗清軍於全州，進入湖南。次年，大順軍餘部又同何騰蛟、瞿式耜的部隊一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境。這時，廣東、四川等地的抗清鬥爭再起，在江西的降清將領金聲桓和在廣州的降清將領李成棟先後反正，清軍後方的抗清力量也發動了廣泛的攻勢。另外，永曆帝朱由榔還專門派使節前往川東石柱爭取四川總兵、忠貞侯秦良玉的支持：《春暉堂筆記》寫本卷中《永曆雜記》有一則云：“當入滇之先，遣使往忠州加秦良玉太子太傅，任以四川招討使，仍以鎮東將軍督兵靖川中諸賊。”。一時間，永曆政權控制的區域擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川7省，出現了南明時期第一次抗清鬥爭的高潮。
在抗清名將何騰蛟、瞿式耜、堵胤錫、鄭成功等的支持下，尤其是大順、大西農民軍與之聯合抗清，永曆政權得以生存下來，支撐台灣及中南、西南數省半壁江山，聲勢頗大。順治五年春收復了湖廣、湘桂部分地區。順治九年收復廣西全境。接著北取長沙，東掃江西，收復二州16郡。
但永曆政權內部矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。1649—1650年，何騰蛟、瞿式耜先後在湘潭、桂林的戰役中被俘犧牲，清軍重新占領湖南、廣西；其他剛剛收復的失地也相繼丟掉了。不久，李過病亡，其子李來亨同其他農民軍將領率部脫離南明政府，轉移到巴東荊襄地區組成夔東十三家軍，獨立抗清。這支部隊一直堅持到1664年。
1652年，南明永曆朝廷接受張獻忠部將孫可望、李定國聯合抗清建議，這年，李定國發動反攻，率軍8萬東出廣西，下桂林，又攻入湖南、廣東，“兩蹶名王，天下震動”。同時，劉文秀亦出擊四川，克復川南。東南沿海的張煌言等的抗清軍隊也發動攻勢，並接受了永曆封號。抗清鬥爭再次出現高潮。
不幸的是，這時孫可望同李定國之間矛盾爆發，破壞了大好形勢。1656年李定國擁桂王至雲南，次年又大敗孫可望，可望勢窮降清。孫可望降清後，雲貴虛實盡為清軍所知。1658年，吳三桂率清軍攻入雲南。次年初，下昆明，桂王出逃緬甸。李定國率全軍設伏於磨盤山，企圖一舉殲滅敵人追兵，結果因內奸泄密失敗。1661年，吳三桂率軍入緬，索求桂王，十二月緬甸國王將桂王交於清軍，次年四月桂王與其子等被吳三桂處死於昆明。7月，李定國在勐臘得知桂王死訊，亦憂憤而死。 其後退守台灣鄭成功集團沿用南明永曆法統直到永曆三十七年十二月鄭克塽降清止，鄭成功政權名義上一直奉朱術桂為監國，使用永曆年號。這次南明政權的抵抗鬥爭雖然最終失敗了，但它的影響和意義是極其深遠的。
政治
國策
明末清初，中國社會的主要矛盾，史學界有不同意見。有的人認為從清軍入關占領北京起，民族矛盾就成了主要矛盾；也有人認為由明至清階級矛盾一直處於主要地位。
所以南明初期的主要政策是“聯虜平寇”，意思是聯合清朝掃滅“流寇”。可以說“聯虜平寇”（或稱“借虜平寇”）是弘光政權的基本國策。
但是隨著時局的變化，弘光政權地結果卻為“聯虜平寇”方針所葬送，數十萬官軍叛降清朝，反過來為清政權征服江南各地效犬馬之勞。隆武政權以後，朝廷改變方針，由“聯虜平寇”轉為聯合農民軍共同抗清，即“聯寇抗清”。
但是後期因為內部不和逐步被清軍分化瓦解，民軍和南明諸政權紛紛被清軍消滅。
施政
隆武帝在南明諸統治者中是比較關心百姓的。為了減輕民間疾苦，他施政的一個重點是整頓吏治，嚴懲貪污。規定“小貪必杖，大貪必殺”。監察御史吳春枝糾劾邵武通判陳主謨、古田知縣吳士燿、汀州知府王國冕貪污虐民。他當即下旨：“各官贓私可恨，皆紗帽下虎狼也。若不嚴懲，民生何賴？都著革了職，該撫速解來京，究問追贓充餉。”當他聽說被清朝逼勒剃頭的軍民往往遭到南明官軍誅殺時，特別下詔“有發為順民，無發為難民”，嚴禁不分青紅皂白地濫施屠戮。隆武元年七月，敕諭總兵何成吾曰：“兵行所至，不可妄殺。有發為順民，無發為難民，此十字可切記也。”史籍記載，給事中張家玉監永勝伯鄭彩的軍隊進入江西，“時大清兵所至令民剃髮，而南軍遇無發者輒殺不問。難民因是多輸牛酒，為間導；南軍咫尺不得虛實，餉、導俱絕。家玉設小牌，免死，給與難民，歡呼來歸者千百人”。這個政策同清廷的“留髮不留頭”形成鮮明的對照，顯然是更得人心的。
黨爭
東林黨與閹黨之爭，一直延續到南明時期；原本阮大鋮和東林諸君子關係不錯，但受到趙南星的打壓，最後倒向閹黨。當時東林黨人力主擁立潞王，史可法寫信給馬士英說明福王“七不可立”，馬士英卻搶先擁立福王。史可法在東林黨與閹黨之間兩難。《桃花扇》記載阮大鋮刻意逢迎復社的吳應箕、沈昆銅、沈眉生等人，結果反被責打一頓，後來阮大鋮成為弘光朝重臣，隨之展開報復行動。
朱聿鍵針對萬曆以來黨爭給國事帶來的危害，提出了消除黨爭，“用舍公明”的方針。就任監國時，他親自撰寫了“縉紳”、“戎政”、“儒林”三篇《便覽》。其中說：“帝王量大，則識必高。識高，必用舍公明。又何有乎東林、門戶，魏黨、馬黨之紛紛哉！嗚呼，三黨成，偏安矣；四黨成，一隅矣！”下文說，他“監國閩省，創設有司，約率眾而本己，官不備以惟人；焦勞昕夜，惟賢是求”。同年八月二十七日，親出考選推官策題云：“歷代之受患，莫過於群臣朋黨之最大。於今兩京之覆，二帝之傷，皆此故也。……大明開天，黨肇於神廟之季。東林、魏黨；門戶、馬黨，交激遞變，而有如此之痛效矣。朕今志在蕩平，盡去諸黨之名，惟在廷嚴說謊之條，在外正貪婪之罰。可見，隆武帝在用人取捨上力戒門戶之見，不咎既往，只要參與抗清就量才錄用。
永曆朝又有吳楚黨爭，主要是“東勛”李成棟養子李元胤及杜永和等和“西勛”陳邦傅以及瞿式耜節制的將領之間的鬥爭，楚黨的幕後人物為李元胤、袁彭年、丁時魁、蒙正發。吳黨有瞿式耜、堵胤錫、陳邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤錫等人主張聯合原民軍，何騰蛟、瞿式耜則排斥民軍。吳、楚黨爭使得明朝與闖營、西營的戰力始終無法整合，最後紛紛亡於清軍之手。
軍事
新朝初建，重建軍事力量乃為必然之舉。各政權在招收潰兵、流寇及定策之兵等基礎上，開始軍事重建之路，最終形成幾支較強大的支撐本政權的軍事力量存在。
軍費
弘光政權在軍事上毫無作為，軍費開支卻極度膨脹。李清記：“上即位後，楚鎮（指左良玉部）及四鎮頻以匱告，而司兵惟務姑息，不知汰無用，核虛名。楚鎮兵五萬餘，需銀一百八萬；四鎮兵各三萬，需餉二百四十萬，本色一百萬。五鎮不足恃，且還為我虞。居重馭輕，有京營六萬，需餉一百二十萬，鎖上游，控江北，復有江督、安撫、蕪撫、文武操江、鄭鴻逵、鄭彩、黃斌卿、黃蜚、卜從善等八鎮，共兵十二萬，計餉二百四十萬。合之七百餘萬，而川、楚、東、豫督、撫、鎮不與焉。
異姓王
根據明朝會典等制度的規定，只有皇族可以在生前封為王爵。非皇族者生前最高爵位為國公，死後可追贈郡王爵。此制度一直實行至隆武朝。但至永曆朝時時局混亂，在孫可望的逼迫下，永曆帝打破了異姓不封王的慣例，分封了不少異姓王。
諸臣
從軍事鬥爭上看，南明造就了許多愛國志士、民族英雄。南明處於滿洲，蒙古聯合入侵的嚴重威脅之下，為此南明軍民進行了四十年艱苦卓絕的抵抗鬥爭，湧現了無數氣壯山河、可歌可泣的民族英雄，如史可法、李定國、鄭成功、李來亨、瞿式耜、何騰蛟等。僅《欽定勝朝殉節諸臣錄》就收錄有殉節諸臣2249人，其中大部分身處在南明。
經濟
南明政權也鑄造發行有貨幣，如弘光政權鑄有“弘光通寶”、隆武政權鑄有“隆武通寶”、魯王政權鑄有“大明通寶”、永曆政權鑄有“永曆通寶”，其中以“永曆通寶”錢鑄造使用時間最長，前後長達37年。
發行通寶
| 朝代 | 大明 | |||
|---|---|---|---|---|
| 通寶 | 弘光通寶 | 大明通寶 | 隆武通寶 | 永曆通寶 |
| 年限 | 1644-1645 | 1645-1646 | 1645-1646 | 1646-1683 |
其他政權通寶
| 朝代 | 大清 | 大順 | 大西 | 大周 | 總統兵馬大將軍 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 通寶 | 順治通寶 | 康熙通寶 | 永昌通寶 | 大順通寶 | 興朝通寶 | 利用通寶 | 昭武通寶 | 洪化通寶 | 裕民通寶 |
| 年限 | 1644-1661 | 1662-1722 | 1644-1645 | 1644-1647 | 1647-1651 | 1674-1678 | 1678-1679 | 1679-1681 | 1674-1676 |
外交
南明時期，安南、日本、琉球、呂宋、占城也曾派使者入貢。隆武元年也曾頒登基詔書予琉球，並記載於琉球《歷代寶案》一書。值得一提的是，弘光帝曾以對等的禮儀派使者左懋第詔諭清朝，並稱順治帝為清國可汗。在詔書中，弘光帝提出四件事：要安葬崇禎帝及崇禎皇后、以山海關為界，關外土地給予清朝、每年十萬歲幣，並“犒金千兩、銀十萬兩、絲緞萬匹、犒銀三萬兩”、建國任便。意圖令南明和清朝共存，通好議和。不過左懋第到北京被囚，使事失敗。
文化
思想
明末三大思想家，即王夫之、顧炎武、黃宗羲，他們在明末清初社會激烈變革之際，提出了許多人本主義論點，比如反對滿洲殖民統治及君主專制，提高商人地位，重實踐、輕理論的實用主義。他們的思想，在後來君主集權嚴重的清朝並沒有多少發展，但對於中國傳統哲學具有重要意義。
科技
方以智在《物理小識》卷7中記載了煉焦炭的方法："煤則各處產之。臭者，燒熔而閉之。成石，再鑿而入爐，曰礁。"歐洲到西元1771年才開始煉焦。
宗教
明朝中葉起,西方傳教士紛紛踏足中土。他們通過天文、歷學、地學等科學知識來得以接觸和影響中國的上層社會人士，並發展其入教。至明末,從皇室成員、宮中太監，到朝中士大夫、地方官紳，均有入教者，這對中國社會產生了深遠影響,使傳教士在華傳教活動由上而下幾乎遍及全國各地。清室入關之初，西方傳教士基本上分為兩派:一是隨機應變,迅速投效新皇權，如湯若望等；一是繼續為苟延於南方的朱明王族獻計獻策，試圖振興明朝政權，如畢方濟、瞿紗微、卜彌格等。因弘光、隆武政權曇花一現，西方傳教士在南明的活動及其影響主要集中在永曆時期。
西方傳教士對南明政權的幫助，在一定程度上使明清政權的交替產生了拖緩的作用。
帝王列表
| 廟號 | 尊號 | 諡號 | 姓名 | 生卒及在位時間 | 年號 |
|---|---|---|---|---|---|
| 恭宗 | - | 貞純肅哲聖敬仁毅 恭皇帝 （安宗朱由崧追上諡號） | 朱常洵 | 1586-1641年 | - |
| 貞純肅哲聖敬仁毅 孝皇帝 （安宗朱由崧改上諡號） | |||||
| 慕天敷道貞純肅哲修文顯武聖敬仁毅 孝皇帝 （昭宗朱由榔累上諡號、追上廟號） | |||||
| 質宗 | 聖安皇帝 | 赧皇帝 （紹宗朱聿鍵遙上尊號、監國魯王朱以海上謚廟號） | 朱由崧 | 1607-1644- 1645-1646 | 弘光 |
| 安皇帝 （監國魯王朱以海改上諡號） | |||||
| 安宗 | 奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝 簡皇帝 （昭宗朱由榔改上謚廟號） | ||||
| - | - | 閔 王 （監國魯王朱以海上諡號） | 朱常淓 | 1607-1645-1646 | - |
| 順宗 | - | 同天合道承明純靖康文懿武神仁獻孝悼皇帝 （監國魯王朱以海上諡號） | 朱慈烺 | 1629-1644 | 義興 |
| - | - | 朱以海 | 1618-1645-1653-1662 | 監國 | |
| - | - | 敬皇帝 （明紹宗朱聿鍵追上諡號） | 朱宇溫 | ？-1560 | - |
| 惠皇帝 （明紹宗朱聿鍵改上諡號） | |||||
| - | - | 順皇帝 （紹宗朱聿鍵追上諡號） | 朱宙栐 | 1538-1564 | - |
| - | - | 端皇帝 （紹宗朱聿鍵追上諡號） | 朱碩熿 | ？-1632 | - |
| - | - | 裕皇帝 （紹宗朱聿鍵追上諡號） | 朱器墭 | ？-？ | - |
| 宣皇帝 （紹宗朱聿鍵改上諡號） | |||||
| 紹宗 | 思文皇帝 | 配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝 襄皇帝 （昭宗朱由榔遙上尊號、上謚廟號） | 朱聿鍵 | 1602-1645-1646 | 隆武 |
| 文宗 | - | 貞天應道昭崇德毅寧文宏武達仁閔孝節皇帝 （敬宗朱常清遙上尊號、上謚廟號） | 朱聿鐭 | 1605-1646-1647 | 紹武 |
| 敬宗 | - | 忠天隆道昭義欽成靖文襄武奮仁睿孝和皇帝 （延平武王朱成功上謚廟號） | 朱常清 | 1616-1648 | 東武 |
| 禮宗 | - | 體天昌道莊毅溫弘興文宣武仁智誠孝 端皇帝 （昭宗朱由榔追上謚廟號） | 朱常瀛 | 1597-1645 | - |
| 昭宗 | - | 應天推道敏毅恭儉經文緯武禮仁克孝 匡皇 帝 （延平文王朱錦上謚廟號） | 朱由榔 | 1623-1646-1662 | 永曆 |
朱成功本名鄭森，隆武皇帝賜名朱成功，依現有文獻上所記載：朱成功在隆武元年（1645）時便被隆武帝封為“提督禁旅，以駙馬、都尉禮從事”； 隆武二年（1646）晉封“忠孝伯，賜尚方劍，便宜行事，掛招討大將軍印”； 永曆二年（1648）晉封“威遠侯”； 永曆3年（1649）封為“漳國公”。永曆八年（1654）封為“延平王”。到了永曆十一年（1657），永曆帝晉封其為潮王，但朱成功辭不敢受。又根據閩海紀要，嗣王克爽上成功謚時稱之為潮武王，故成功之爵位當為延平王進封潮王，明制國姓只止一代，故其子孫因稱其本姓。
南明韓王朱本鉉的定武政權之存在只記載於與查繼佐之《罪惟錄》，關於其是否存在的爭議很大，故不應該列入表中。朱容藩僅為為楚藩宗人，僭號自稱天下兵馬副元帥，也不列入。
南明諸帝當以弘光，隆武，永曆，鄭氏三王為正統，括弧內為監國等其他諸王。
