人物經歷
方舟子1991年1月正式入學密西根州立大學生物化學系。
1993年，在美國讀書的方舟子經常瀏覽一個縮寫為ACT的中文網站，這是當時全美乃至全球唯一的中文網路，方舟子在這裡發表了不少文史類小文章，成為圈子裡公認的“網文八大家”之一。
1994年創辦網路文學刊物《新語絲》，主持新語絲網站；次年，基於金庸小說形成的網路遊戲“俠客行”上線，台灣最先出了繁體中文版，簡體版則是方舟子參與製作。曾有人聯繫方舟子想將他的“新語絲”和網路遊戲這兩個平台商業化，遭到拒絕。再後來，他放棄著作權，公開了“俠客行”原始碼，遊戲迅速遍及各大院校，而“新語絲”最終被他註冊成為非盈利性機構。
1995年獲美國密西根州立大學生物化學博士學位。先後在美國羅切斯特大學生物系、索爾克生物研究院做博士後研究，研究方向為分子遺傳學。
1998年起主要從事寫作工作，10月回國。
1999年，方舟子率先組織了對某邪教組織的批判。
2000年創辦中文網上第一個學術打假網站“立此存照”，揭露了多起科學界、教育界、新聞界等領域的腐敗現象。
2012年7月11日，互動百科聘請方舟子為該公司首席科學顧問。
2013年7月21日，“健康中國人網”正式啟動上線，方舟子任總顧問。
主要活動
由於方舟子以自己創辦的《新語絲》為基地、利用網際網路進行打假，他被媒體稱為“科學鬥士”或“打假鬥士”。方舟子打假、批評的對象往往直指中國國家研究部門和高校的著名教授和研究員、行政領導，以及社會各界知名人士等。
質疑
| 質疑對象 | 指出現象 | ||
|---|---|---|---|
| 崔永元 | 2013年年底，方舟子和崔永元兩人對於轉基因食品的安全性展開了爭論，隨後，方舟子對其掛靠在中國紅十字會下的崔永元公益基金提出質疑，2014年3月7日北京市民政局在微博公開對方舟子舉報信的回覆，稱北京市民政局不具有對崔永元公益基金的管理許可權，並建議舉報人向民政部進行反映。 | ||
| “中國雨人”周瑋 | 2014年1月，方舟子認為擅長速算的智障青年周瑋是騙子，其速算答案是背的。但是據專家組介紹，他們給周瑋心算的題目類型有很多，包括多位數乘法、乘方運算、開方運算等。方舟子提出的 “讓他開個3次、4次方”這類運算也測試了，結果周瑋都能算出來。除了心算測試，專家組還給周瑋做了記憶力測試，發現他的記憶力並沒有超出常人。這就間接證明了：他不是靠記誦答案來答題的。 | ||
| 台灣藝人林志穎 | 2013年11月，方舟子對林志穎聲稱某品牌膠原蛋白飲品是他本人帶領團隊研發一事提出質疑，認為該產品林志穎團隊自己研發，並認為林志穎自稱“Dr.Lin、林博士”是欺詐行為。 | ||
| “神仙”李一 | 2010年7月，方舟子在微博上首先揭露“神仙”李一表演的“神通”有假，其養生班有騙財騙色的嫌疑，並涉及到一大批被認為是李一弟子的名人。 | ||
| 防毒軟體360 | 方舟子質疑，360安全瀏覽器根本不安全，在使用過程中會收集用戶大量隱私，並且被媒體屢次曝光產品缺陷問題。 | ||
| “打工皇帝”唐駿 | 方舟子質疑唐駿學歷造假。他指出：“一、加州理工學院計算機系校友名單中沒有此人。二、美國大學博士論文資料庫中找不到此人的論文。” | ||
| 醫生肖傳國 | 方舟子認為肖傳國在簡歷中存在多處造假和誇大現象，例如將“臨床副教授”稱為“副教授”、將學術會議的文章摘要當成是學術論文、虛稱獲得“國際神經泌外最高獎”等。後肖傳國以方舟子撰文污衊“嚴重損害了自己的名譽權”為由告上法庭，最終方舟子敗訴並被法院強制執行賠償。 | ||
| 媒體人吳征 | 方舟子認為吳征就讀的巴林頓大學是“克萊登大學”。 | ||
| IT人李開復 | 方舟子批評李開復在簡歷中拔高自己，將自己稱為是“卡內基美隆大學最年輕的副教授”，實際上其只是獲得助理教授的聘任意向，真實的工作職位是“研究計算機科學家”、誇大自己在微軟中的重要性、未曾有一天在賈伯斯身邊工作，卻自稱是賈伯斯的學生、虛稱和歐巴馬是同學等。 | ||
| 作家韓寒 | 方舟子認為韓寒的作品是別人代寫的，並且韓寒在身高上造假，使用了增高鞋和假髮。 但是部分網友認為韓寒身高沒有造假，認為方舟子“無理取鬧”。北京大學教授孔慶東也參與了韓寒身高之爭，認為方舟子此說法不合理。有網友直言方舟子看不出那球桿是斜的，微博網友大部分認為方舟子如此費盡周折“打假”太無厘頭。 | ||
| 作家蔣方舟 | 方舟子稱蔣方舟九歲時出版的散文集中存在母親為其代筆的問題。針對前方舟子的“代筆質疑”，蔣方舟則稱自己從十幾歲起就遭到外界懷疑，讓時間證明一切。 | ||
| 節目主持人樂嘉 | 方舟子稱樂嘉的“性格色彩學”剽竊了美國人Talor Hartman的“性格密碼”學說，而且樂嘉的母校阿姆斯壯大學是野雞學校。 | ||
| 癌症女孩魯若晴 | 方舟子質疑魯若晴微博是否由本人維護，其背後是否有一個策劃團隊。但是2012年5月27日，央視正式報導魯若晴事件，證明沒有行銷團隊，沒有炒作，沒有募捐，所有微博都是她帶病所寫。2013年9月19日，魯若晴離世。但方舟子從未為此進行道歉。 | ||
| 復旦大學校長楊玉良 | 2009年10月，方舟子稱楊玉良虛稱自己獲得聯邦德國Leibniz大獎，而實際上獲獎的是Hans Wolfgang Spiess，楊玉良只是Spiess教授研究組中的博士後。 | ||
| 清華大學施一公 | 方舟子在2008年向國家自然科學基金委員會舉報說，施一公在申請2008年度國家傑出青年科學基金（外籍）時涉嫌造假。施一公所獲得的“極高榮譽”非常廉價，並且施一公在《自然》發表的論文有充數之嫌。 | ||
| 蒙牛特侖蘇 | 2007年4月，方舟子在“新語絲”披露，蒙牛特侖蘇OMP牛奶添加的“造骨牛奶蛋白”實際上是國外研究很多的一種生長因子IGF-1，不僅不能造骨，還有致癌風險。後來國家質檢總局下文認為OMP是不允許添加的添加劑。 | ||
| 原清華大學醫學院教授劉輝 | 2005年11月，方舟子在“新語絲”首次披露，原清華大學醫學院院長助理、教授劉輝學術造假。憑藉“劉輝事件”，方舟子掀起了一股學術打假狂瀾。2006年，清華大學醫學院院長助理劉輝教授涉嫌學術造假被解聘。 | ||
| 學者于建嶸 | 2005年10月8日，新語絲網站當日的“新到資料”頭條發表了一篇署名“嚴晉”的文章，對於建嶸提出五點質疑。次日，新語絲刊登了于建嶸的答覆文章，回應了五點質疑，該文加上了方舟子的按語，之後新語絲又發表了兩篇質疑和批評于建嶸的文章，其中一篇加上了方舟子的按語。18日，方舟子登出於建嶸的道歉信，但方舟子認為於的解釋並不能自圓其說，認為於是“一位敢做不敢當的懦夫”,兩人之後再媒體上掀起罵戰，最終不了了之，有媒體認為結局是兩敗俱傷。 | ||
| 南京大學學生朱涵 | 2004年3月初，媒體報導稱，南京大學物理系本科生朱涵發表了10篇學術論文，其中有8篇在被SCI所收錄的期刊上發表。方舟子認為：朱涵的論文通訊作者是其父北京師範大學物理系教授朱建陽，因此朱涵是“沾老爹的光，老爹發表論文時把兒子的名字順便也寫上”。但是朱涵的回應對方舟子的言論予以否認，事件至今沒有結果。 | ||
| 核酸營養品 | 2001年1月，方舟子發文揭露，當時國內流行的珍奧核酸等“核酸營養品”不僅沒有保健作用，還會有副作用，掀起軒然大波，珍奧核酸組織“專家”開研討會、聽證會與方舟子叫板。在媒體熱炒後，衛生部、國家工商總局認定珍奧核酸做虛假宣傳。 | ||
| “基因皇后”陳曉寧 | 2000年9月，方舟子稱陳曉寧只是一家私營機構的技術人員，雖然兼任加州大學（UCLA）醫學院的“附屬副教授（Adjunct Associate Professor）”，但這些都是掛名的職務，既不是“博士”，也不是“加州大學教授”。但是陳曉寧對此也進行了辯解，稱方舟子以“打假”名義栽贓。 | ||
批評
2004年7月，新語絲刊登河海大學講師甘德懷的來信《我的北大考博經歷》，12日，朱蘇力致信新語絲《關於甘懷德同學面試情況的說明》；17日，方舟子發表《北大法學院的誠信危機》，稱朱蘇力偏袒熟人、踐踏程式，有損學術尊嚴。
2011年2月，方舟子與王菲兩人就一尊火災中“完好無損”的木製佛像展開了一番關於信仰和科學的辯論，王菲認為方舟子是“科學的不講理”，方舟子則回敬稱王菲“不要信仰地不講理”，隨後網友及王菲的大批冬粉紛紛加入爭論，各方言辭激烈。方舟子表示，不僅反對王菲本人對所謂超自然事物的迷信，更反對其作為名人公開宣揚迷信和“內在力量”的行為。
2011年8月，方舟子指責法律學者賀衛方“絕對是法學界的水貨毫無疑問，根據北大法寶資料庫期刊數據統計，自1993年賀衛方沒有在期刊上發表一篇學術文章”。
2011年8月，方舟子指責平時大喊打倒房地產商的李承鵬，其實私下與房地產商過從甚密，並表示李承鵬為房地產商“寫軟文”，涉嫌虛假宣傳。
2011年底開始，方舟子與羅永浩在新浪微博上開始了爭執，方舟子稱羅永浩“非法辦學，沒有辦學資質，還涉嫌偷稅漏稅，做虛假廣告”。2012年初，羅永浩發表微博質疑由方舟子的律師發起、並以方舟子為主要受益人的“打假基金”和“安保基金”涉嫌詐捐和漏稅的行為，並向公安局經偵科和民政局舉報。
2012年3月，因袁隆平對轉基因水稻的安全性有疑慮，方舟子對其提出批評，稱“袁隆平本人也在搞轉基因大米但還沒做出來”，並質疑袁隆平的科學素養。
對外溝通
方舟子在新浪、搜狐、騰訊、網易等多個入口網站上都註冊有部落格或微博，但新浪微博於2012年8月停止更新，理由是與“不加V”的罵戰中新浪未對“不加V”進行處理。
獲得榮譽
方舟子2011年1月7日，獲百度2010年度網路先鋒獎。
2012年，獲2012年度JohnMaddox科學貢獻獎。
2012年6月26日，方舟子在拉斯維加斯舉行的第24屆全球反欺詐大會上獲得克里夫·羅伯森哨兵獎。
出版著作
| 著作名 | 出版社 | 出版時間 |
|---|---|---|
| 《網路新語絲》 | 河北人民出版社 | 2000年 |
| 《進化新解說》 | 香港天地圖書公司 | 1997年 |
| 《方舟線上》 | 北京理工大學出版社 | 2000年 |
| 《叩問生命：基因時代的爭論》 | 天津教育出版社 | 2001年 |
| 《進化新篇章》 | 湖南教育出版社 | 2000年 |
| 《潰瘍：直面中國學術腐敗》 | 海南出版社 | 2001年 |
| 《長生的幻滅：衰老之謎》 | 上海科學技術出版社 | 2002年 |
| 《江山無限：方舟子歷史隨筆》 | 福建人民出版社 | 2004年 |
| 《餐桌上的基因》 | 少年兒童出版社 | 2005年 |
| 《基因時代的恐慌與真相》 | 廣西師範大學出版社 | 2005年 |
| 《尋找生命的邏輯：生物學觀念的發展》 | 上海交通大學出版社 | 2005年 |
| 《科學成就健康》 | 新華出版社 | 2007年 |
| 《方舟子破解世界之謎》 | 陝西師範大學出版社 | 2007年 |
| 《方舟子帶你走近科學》 | 陝西師範大學出版社 | 2007年 |
| 《中醫新世紀大論戰：批評中醫》 | 中國協和醫科大學出版社 | 2007年 |
| 《你在吃補還是吃毒》 | （台灣） | |
| 《 愛因斯坦信上帝嗎？：方舟子解讀科學史著名謎團》 | 廣西科學技術出版社 | 2009年 |
| 《大象為什麼不長毛：方舟子破解科學謎題》 | 海豚出版社 | 2010年 |
| 《神奇的動物世界》 | 廣西科學技術出版社 | 2010年 |
| 《奇妙的植物世界》 | ||
| 《認識你自己》 | 2011年 | |
| 《我們周圍的藝術》 | ||
| 《神秘現象不神秘 ： 方舟子破解世界之謎》 | 2012年 | |
| 《我們為什麼不長尾巴？： 方舟子帶你走近科學》 | ||
| 《我的兩個世界》 | 百花洲文藝出版社 | 2012年 |
| 《方舟子自選集》 | 人民郵電出版社 | 2013年 |
爭議評價
方舟子語言暴力
方舟子常常對打假的對象進行激烈的人身攻擊。法律學者蕭瀚稱之為“語言暴力”。雜文家鄢烈山稱方舟子“一點就炸”，行文用語粗暴，有“文革”紅衛兵、紅小兵的遺風。
不願認錯
方舟子的決不認輸、決不認錯是科學圈內公認的特點，他從不對自己的某些被人認為錯誤的言行道歉。方舟子“不願認錯”的態度常常引起爭議。
雙重標準
有人認為，方舟子有時在打假中對不同的人或事物使用了不同的標準，如北京大學教授劉華傑曾說：“方舟子批評別人採用的是一套標準，自己做事採用的是另一套標準”；中國社科院學者易華認為方“反差很大，雙重標準明顯———看別人的毛病很清楚，自己的缺陷不覺察”。
話語霸權
方舟子被批評為在新語絲網站上既是老闆，又是，又是辯論對手。清華大學科技史教授劉兵認為，方舟子在學術打假時集“偵查、控告、審判”於一身；其對“假”的認定，並非由學術共同體以集體的方式來認定。另外，在不同觀點並存的情況下，闡述自己的觀點，並理解他人觀點的合理性，這是學者最基本的態度，方舟子沒有做到這一點。北京大學教授劉華傑等人亦指責方舟子用科學的帽子打壓人。對此，方舟子在2010年接受南方都市報採訪時，稱所謂“話語霸權”是沒有依據的。他強調自己的話語權和普通人一樣，自己只是提供一個平台，手上並沒有做法官的權力，打假只是個人見解，不會使造假者受到什麼懲罰。
方舟子文章在發表後，往往迅速被網民轉載，並引起激烈討論，其“打假”動機經常受到他人的揣測，一些被揭露的對象亦在媒體上批判方舟子，甚至將方舟子告上法庭。另外，方舟子也因為對中醫、氣功、宗教等的貶低和批判、言論中的倫理爭議，以及激進的行事作風受到批評。
社會事件
肘子體
在“方舟子韓寒對掐事件”流傳起來之後，使網路上流傳起了一種名為“肘子體”的文體。
“肘子體”為：誰證明？XXX能證明嗎？
網友將方舟子在“韓方大戰”事件期間的視頻資料截圖做成表情，質疑對象變成各種動漫人物、文體名人、影視劇主角，多啦A夢、陳坤、柯南等都被惡搞。這些圖貼到社區、微博上被迅速轉發、評論，更激發了網友們極大的創作熱情。
網友們在原有的“誰證明？XXX能證明嗎？”文體樣板下，結合熱門人物、時事熱點進行了瘋狂的再創造。“肘子體”自此成型，在天涯、貓撲等各大論壇以及微博上遍地開花，網友以豐富創造力與想像力，讓它出現在各大網路熱點中，並以此來表達對方舟子“打假”的質疑。
方舟子和韓寒的激烈罵戰，讓有心炒作出位的人找到了新的熱點。微博上還出現一名炫富女“張夢怡不加v”，她不但在微博上PO出滿床人民幣的照片，還自曝了許多尺度很大的照片。該女聲稱“要嫁給方舟子”，並稱自己是“全球第二大隱形富豪”，“前高官的孫女”，乾爹則是“某軍區高官”，不但給她買了輛人民幣100多萬元且掛軍牌的BMW與300多萬的保時捷等名車，還說自己擁有“最貴的跑車也只是BugattiVeyron而已。
涉嫌抄襲
2012年2月，網友“打假巡撫”6日在微博中爆料，在方舟子發表的文章中曾經多次抄襲國內外專家學者的論文，其中：2010年3月24日在《中國青年報》發表的《轉基因玉米更有益健康》抄襲自BruceChassyandDrewKershen2004年10月27日在美國西部農場通訊WesternFarmPress上發表的文章《Btcornreducesseriousbirthdefects》；2006年10月11日在《中國青年報》發表的《啄木鳥為什麼不頭疼？》大段抄襲美國加州大學IvanRSchwab教授於2002年發表在英國眼科學雜誌BrJOphthalmol2002;86:843的一篇文章《Cureforaheadache》；2006年12月11日在《經濟觀察報》發表的《現代藥物是怎么開發出來的》一文抄襲作者“潁河”發表在新語絲”新到資料”的《認識藥物》系列文章。
而對於方舟子涉嫌抄襲美國RootBernstein教授一事，雖然方舟子回應稱已經向Root·Bernstein教授作出解釋和交代。但有網友指出RootBernstein教授並未接受方舟子的道歉，反而寫郵件對方舟子給予重責，認為方舟子除了自定規則不遵守他人規則，拒絕提供鑑定自己沒有剽竊的標準，並認為方舟子是一個監督中國造假行為卻不受制約亦不承擔指控的角色，並試圖同時扮演指控者、法官、與陪審團的角色。
RootBernstein教授稱方舟子曾以退出討論威脅RootBernstein教授要求其停止公開來信，並且一直在自己的網站與中國媒體上對RootBernstein教授進行攻擊。，他認為方舟子無權複製他的文章中複製超出400字的內容，也不能再使用他的圖表，除非取得雜誌的允許。認為方舟子不僅剽竊與了他的文章的著作權，也剽竊侵犯了牛津大學出版社的著作權。
後院起火
2011年4月起，媒體曝光方舟子之妻劉菊花的碩士畢業論文亦捲入涉嫌抄襲的醜聞，學界不少人士都捲入了劉菊花的“抄襲門”事件，深圳大學傳播系副主任孫海峰博士就是其中一位，他當時在微博上認為劉菊花論文確實有大量抄襲存在。但方舟子隨即在部落格上稱孫海峰博士論文也抄襲。
實際上孫海峰並未抄襲，方舟子指出孫海峰涉嫌的文章，是別人當時引用孫海峰的文章未標明出處。
通過和方舟子在微博上的爭論後，孫海峰要求方舟子公開道歉，並“對方舟子的污言穢語和造謠中傷等行為，保留追究其法律責任的權利”。
而旅居海外的知名時政、經濟評論人李劍芒認為，方舟子的巨大傳播力和個人道德低下的品質給社會造成了巨大的威脅，這種威脅如果不被有效的控制，他將成為網上的黑社會頭子。
對於方舟子此前的“打假”，輿論出現一邊倒的支持時，他那“巨大傳播力”確實也讓他頗受爭議，而方舟子也因此與多人結怨。
致癌言辭
2017年9月9日，雲南省普洱茶協會就方舟子發表的《喝茶能防癌還是致癌？》一文中稱喝普洱茶能致癌的言論損害了雲南省普洱茶產業的聲譽，損害了雲南省600萬茶農的合法權益，對此省普洱茶協會正式起訴方舟子，要求其對不當言論作出公開道歉，同時索賠600萬元名譽損失費。
所涉案件
方肖恩怨
方舟子24歲的夏建統是哈佛大學博士生，因當時杭州請他擔綱西湖規劃，當地媒體稱他是“哈佛博士”，方舟子就舉報夏建統並要求哈佛開除他。肖傳國認為方舟子不該這么“打假”，“博士和博士生就一字之差”，畢竟那不是夏建統的錯。
早在2001年的8月，肖傳國就匿名“昏教授”，在新華網發表《對方舟子學術打假的批評以及反思》批評方舟子的“學術打假”方式。此後肖傳國也一直沿用這個名字與方舟子在網上爭鬥。直到2005年中科院院士評選，肖傳國過了第二輪，在網上公示時，“昏教授”才被方舟子發現。
肖傳國認為方舟子尋找他多年，“他就像發瘋了，他就利用《北京科技報》，立馬造很多謠。”包括指責肖傳國偽造簡歷和學歷等。方舟子在《腳踏兩隻船的院士候選人》一文中稱，質疑肖傳國研究多年的“肖氏反射弧”並沒有得到過公認。“肖氏反射弧”是用截癱後廢用的體神經通過手術，將其與支配膀胱的內臟自主神經混合雜交，形成一種新的可從皮膚控制的神經反射排尿通道。而患者接受手術後，則只需撓撓大腿內側，就可以自主控制排尿。1999年和2004年，該項技術分別被國家衛生部鑑定為國際領先和國際先進，並且建議推廣套用。
2005年9月14日，肖傳國以方舟子撰文污衊“嚴重損害了自己的名譽權”為由，將方舟子告上法庭。2006年8月份，武漢市江岸區人民法院判決方舟子敗訴。雖然案件判下來了，但案件一直未得到執行。在肖傳國看來，方舟子輸了官司後，就把錢全部放到他配偶劉菊花的賬戶上了。但律師查明他在中國沒有銀行賬戶，在美國也沒有銀行賬戶。當時的律師調查還表明，方舟子不僅沒有銀行賬戶，“他在美國也沒有房子，沒有工作，他是個三無人員，他沒有居住處。”肖傳國隨後申請了強制執行，所有的費用全部從方舟子配偶劉菊花的賬戶上強行划走。
正因為法院的強制執行，方肖之間的爭論才愈演愈烈，最後發生了所謂“肖傳國雇凶傷人”事件。當時的媒體報導重點，也聚集在肖傳國雇凶傷害方舟子上。 肖傳國拿出了方舟子及其律師彭劍收買他的病人造假的證據，病人家屬已承認當時被收買。肖傳國的律師已經準備好了起訴方舟子的相關材料。
對於方舟子指責肖傳國的事情，肖傳國除了用事實回應外，還多次公開承諾，發現方舟子對他的哪一條指控屬實，就獎勵5萬元人民幣。肖傳國的話放出多年，直到現在（2014年8月）為止，沒有人能指出方舟子對他的哪一條指控屬實。
敗訴劉子華
2006年11月20日，北京市二中院對“劉子華遺孀起訴科學打假人方舟子涉嫌侵害名譽權”案做出一審判決。法院認為方舟子使用帶有醜化性辭彙形容“八卦宇宙論”創始人劉子華，貶損了這位去世14年的留法博士人格，構成名譽侵權，判決方舟子和刊登言論的北京科技報社各賠償劉子華家屬2萬元。
北京市二中院在判決中認為，方舟子撰文對劉子華“八卦宇宙論”的科學性提出質疑是可以的，但在文中方舟子卻將批判劉子華的理論上升到評價劉子華的人格，並用“欺世盜名的行徑”、“欺世盜名之徒”、“來自中國的江湖術士”等沒有任何根據且帶有明顯醜化、侮辱性質的辭彙來形容劉子華，使劉子華的人格受到貶損，名譽受到侵害，方的行為構成了對劉子華名譽的侵害。
丁祖詒事件
2007年4月16日，西安翻譯學院訴《北京科技報》和方是民名譽侵權一案，西安市中級人民法院維持了2006年11月14日西安市長安區人民法院的一審判決，作出了方舟子敗訴向原告道歉賠款的終審判決。至此，西安翻譯學院訴方是民名譽權案件，獲得了終審的勝訴。
2005年7月和8月，《北京科技報》和方是民分別發表文章，對西安翻譯學院以及丁祖詒院長進行人身攻擊。文章連續在《北京科技報》兩次發表，造成了極其惡劣的影響，西安翻譯學院為了挽回影響，委託律師要求北京科技報社予以調查，並在調查的基礎上，為西安翻譯學院恢復名譽。判決生效後，十天內，如北京科技報社和方是民不予以公開道歉，為西安翻譯學院和丁院長消除影響，恢復名譽並執行賠款義務，西安翻譯學院將申請人民法院強制執行。
但《北京科技報》並未進行調查，而是支持方是民的一面之詞，對西譯再次詆毀，並在二審訴訟中書面表示：在此事中，不願意調查西安翻譯學院。
西安翻譯學院被迫採取了法律手段，經過一年零八個月的兩級訴訟，終於為學院恢復了名譽。西安翻譯學院表示，雖然經濟損失沒有得到完全賠償有些遺憾，但西譯人更在乎自己的名譽。
崔永元罵戰
2014年7月23日上午9時30分：海淀法院公開開庭審理原告（反訴被告）方是民（筆名方舟子）與被告（反訴原告）崔永元名譽權糾紛一案。
崔永元與方舟子兩人從“轉基因食品該不該吃”的“科學辯論”轉到一系列罵戰，並從網路微博吵上了法庭。在持續長達8小時30分鐘的庭審中，雙方激辯，互指對方“惡意訴訟”。
為證明崔永元未侵權，其律師對24條涉案微博逐條說明。“崔永元所稱"人渣"有事實依據。香港鳳凰衛視曾報導的一個"內地網評人渣排行榜"，方舟子在這個排行榜上排名第二。”此番話立刻引得庭下一陣鬨笑。崔永元一方還舉出此前新浪微博網路排行榜，“根據"微博誰造謠最多"的投票結果，方舟子得票89.9%，所以崔永元稱方舟子為"騙子"不是信口開河。”
北京市海淀區法院一審判決崔永元刪除法院認定的侵權微博、向方舟子賠禮道歉，賠償方舟子精神損害撫慰金3萬元及合理支出1萬5千元。對崔永元的反訴，判決方舟子刪除法院認定的侵權微博、向崔永元賠禮道歉，賠償崔永元精神損害撫慰金2萬5千元及合理支出2萬元。隨後，雙方均提起抗訴。
2015年9月17日上午，北京一中院組織雙方當事人進行了證據交換，並確定將於2015年9月28日9時30分進行二審開庭審理。
2015年9月28日上午，北京一中院開庭審理了方是民與崔永元名譽權糾紛抗訴一案。最後，抗訴雙方均表示堅持抗訴意見，不同意調解。本案未當庭宣判。
2015年12月25日上午，北京一中院對該案進行了公開宣判，駁回雙方抗訴，維持了一審判決。
力挺轉基因
方舟子就在2002年，美國有30萬農夫控告孟山都。美國人控告孟山都的轉基因污染了天然作物品種，轉基因種植造成土地惡化，環境污染，轉基因公司剝奪了他們種植有機作物的權利。而中國科學院植物所首席研究員蔣高明也指責方舟子在轉基因問題上撒謊，認為方舟子宣稱的“轉基因食品不僅無害，而且安全又環保，因為可以減少農藥殘留”沒有任何科學依據，其真實目的是為孟山都開脫。
而方舟子這個“美國生物信息公司諮詢科學家”頭銜，從2001年6月初次露面到2003年後發生了變化，僱傭方舟子的公司從“一家美國生物信息公司”變成了“美國的生物技術公司”。就在2004年第9期《科技中國》月刊上發表《對轉基因食品的恐懼源於無知》一文時，方舟子仍註明自己是“美國生物信息公司諮詢科學家”。到了2004年後，方舟子基本不提在美國的生物公司“擔任諮詢科學家”這個收入來源了。但方舟子服務的那家美國生物公司以及他為公司提供何種服務，成了公眾質疑的焦點。直到現在，這幾個問題仍然是個謎。
其實就在方舟子亮出“美國生物信息學科學家”牌子的時候，他在中國也開始發表了首篇為轉基因大唱讚歌的文章：《轉基因作物的是是非非》。此後，方舟子一直是中國支持推廣轉基因植物、轉基因食品最有影響的人物之一，他的呼聲甚至超過了那些專門研究轉基因植物的專家。
至少在那段時間裡，方舟子“寫了十來篇與轉基因有關的文章，作過三次講座”。
批評反對意見
方舟子在《如何看待轉基因技術？》一文中表示，“對轉基因食品是否有害健康或導致過敏、轉基因作物是否會破壞生態或導致基因污染等學術問題都有較為詳細的介紹和分析”。在方舟子看來，“轉基因作物的反對者，甚至包括活躍分子，大多其實並不了解轉基因技術是怎么回事。目前的這場恐慌，不過是因無知而恐懼的又一個例子。”對轉基因持不同意見的人，都受到方舟子的嚴厲批評。他甚至點名批評“綠色和平組織就是一個熱衷於製造基因恐慌的反科學組織”。
試吃轉基因
2013年9月7日，方舟子在中國農大玉米試驗基地發起轉基因玉米試吃活動，並稱轉基因玉米雖無研究價值，但有科普價值，應創造條件讓國人可以天天吃轉基因食品，此事也是引發崔永元罵戰的導火索。方舟子表示網上流傳的“吃轉基因玉米後老鼠長腫瘤”等，都是針對轉基因食品的謠言。此活動網友褒貶不一，有人吐槽讓方舟子本人先吃10年看看有沒有副作用，但是方舟子對此並沒有相應的回應。而在2013年4月20日，中國日報網就報導了一家反轉基因食品網站近日上傳了某諮詢公司對轉基因和非轉基因兩種玉米的比較結果，結果揭示轉基因食品的危害可能比人們先前認為的更大。
2014年8月，方舟子在騰訊微博上發布的一條訊息稱順德、長沙、南京、上海、北京、天津、武漢、廈門、寧波、深圳、徐州、西安、重慶、鄭州等城市將同時舉辦轉基因大米品嘗會，而徐州市農委糧食生產技術處負責人宣稱徐州市目前種植的水稻和小麥都是當地的傳統品種，即非轉基因品種，並表示對8月17日在徐州舉辦的轉基因大米品嘗會不知情。而我國著名作物遺傳育種學家、中國農業大學許啟鳳教授，也加入到轉基因糧食作物的爭論中來，發表了《如何理性看待轉基因》《再論如何看待轉基因》。他的觀點非常鮮明，轉基因產品，特別是轉基因主糧，是不安全的。他證實，吃下去的某些基因的確進入人體血液和器官。
涉嫌詐欺
明細遭疑
方舟子1.如果沒有註冊、沒有資質的公募基金，就可以到民政部門舉報。但方舟子的基金網站上這是由個人發起的捐贈行為，是“資金”而不是“基金”，所以在民政部門的舉報會有難度。不過也有律師指出，用於公益目的的資金，如打假是不能由個人發起和收受的，所以這個“資金”也是有問題的。
2.如果打假的錢不是公募基金，那大家捐錢的行為就是個人捐贈。但大家捐贈給了彭律師，彭律師又捐助給方舟子花，那兩次轉手都需要交很高的個人所得稅，我懷疑他們沒交稅，所以要去稅務部門舉報。
3.發起公募基金或者資金募集時發起人承諾過賬目會有監督，但現在方舟子和彭律師拒絕公布賬目明細，捐款人有理由據此懷疑方舟子和彭律師搞欺詐，那就可以報警處理。
涉嫌挪用捐款
2015年12月30日，方舟子被央視記者王志安在網上實名曝光其夥同律師涉嫌“詐欺”網友錢財，再陷入非議。
方舟子2010年遭遇襲擊事件後，其律師彭劍成立了“安保資金”，吸納網友捐款，意圖保護方舟子。但王志安聲稱，安保資金成立後，方舟子律師彭劍卻從中貪污挪用買車買房。
12月27日，王志安在微博撰寫長文，揭方舟子律師彭劍是如何挪用公眾捐款為自己的律師事務所買車的。29日，更是詳盡描述了買車的整個過程。
目前，方舟子並沒有否認其律師利用“安保資金”買車的事實。
王志安認為方舟子的安保基金涉嫌詐欺有以下幾個主要證據：
彭劍在網上多次聲稱，捐款資金的賬戶有專人管理，即便是他，動款也並不容易，銀行卡，存摺由專人管理。但這個不在他手上的的銀行卡卻神奇般地可以刷卡為自己的私人律所買車。這說明彭劍在捐款賬戶的管理問題上長期以來一直在欺騙捐款人。
證據顯示，數千名善良網友捐助的安保資金善款，被管理人彭劍直接貪污購車。就是這樣一個人，方舟子卻一直為其拍胸脯擔保背書，說彭劍不會動用安保資金一分錢，動機可疑。
彭劍發起成立安保資金是2010年8月31日，買車日期是9月20日，網友捐款不過二十天。而此時和此後，方舟子和彭劍還在網上不斷號召網友們為安保資金捐款，王志安認為這是彭劍和方舟子一口咬定安保資金的支出不能公開的原因
彭劍購買的車開具的是北京市華歡律師事務所的發票。這個律師事務所的性質是私人，所有人是彭劍個人，但這張發票可以抵扣華歡律師事務所應繳納的稅款。彭劍這種行為是否涉嫌有意偷稅尚未得到專業人士鑑定。
涉嫌洗錢
除了方舟子打假基金，方舟子還運營了另一個基金會，即中國科學與學術誠信基金會。
2009年11月16日，中國科學與學術誠信基金會(以下簡稱基金會)發布通告稱，將拿出12萬元人民幣用於“肖氏手術”受害者訴鄭州神源泌尿外科醫院虛假宣傳糾紛共同訴訟案。
這筆錢是彭劍代表“肖氏手術”受害者提交的，資助用途只限於法院案件受理費、調查取證費用和辦案差旅費，並無律師代理費。
根據通告的描述，40位當事人平均案件受理費為2000元、平均調查取證費用300元、平均辦案差旅費700元，總金額合計人民幣12萬元人民幣。
基金會還決定“設立‘扶助學術不端受害人專項基金’發起募捐，對上述申請項目分階段予以資助，第一期資助額3000美元”。
15個月後的2011年2月20日，基金會再次發布一則彭劍提交申請資助的通告。
該筆資金用於資助肖傳國與中國協和醫科大學出版社、方是民名譽權糾紛案執行階段方是民賠款項目，用於資助執行階段的賠款。
這個資助賠償源於武漢市中級人民法院於2009年8月在執行該案時，從方舟子妻子劉菊花的賬號中划走了4萬元人民幣。
按照方舟子在接受CCTV《大家看法》節目採訪時的說法，“就是利息還加上執行費。划走了，我們也都不知道。”
而此次彭劍申請基金會的40750.6元人民幣資助，就是填補武漢市中級人民法院划走劉菊花賬上的那筆錢。
中國科學與學術誠信基金會成立於2006年11月14日，此前由10名志願者在美國籌備了近3個月，初衷是接受海內外捐款用於“科研打假”。
就在方舟子被肖傳國控告敗訴後，基金會籌備小組也表明，(方是民)方舟子先生及其領導的新語絲網站是中國科技打假的主力軍之一，也是主要的受資助方之一。
但中國的《基金會管理條例》有明確規定，境外基金會代表機構不得在中國境內組織募捐、接受捐贈。
方舟子隨後在其官方部落格發布通告表示，基金會只接受來自海外(含香港、澳門、台灣)的捐款，但申請本基金會的資助不受此限。
截至2012年2月9日，基金會共得到捐款79259.36美元，僅2007年2月7日一天就收到香港的6筆1000美元的匿名捐款，其中單筆最大捐款是2008年4月4日的一筆匿名捐款4000美元。
基金會的賬目顯示，除基金會開張的第一個月外，這幾年的捐贈額呈現過四個高峰，分別發生在2007年2-3月，2008年3-4月，2009年底和2010年9-10月。
關注中國學術腐敗問題的美國南卡羅來納大學副教授亦明(原名葛莘)曾對基金會公開表示質疑，在這個基金會獲得的300多筆捐贈中，那幾筆大額匿名捐贈顯得特別刺眼。
亦明認為它們的捐贈日期很蹊蹺，因為就在基金會收入跌至谷底的2007年2月初，有6筆來自香港的匿名捐款同日到達。
除了外界的質疑聲不斷，亦明也批評這個基金會的實質就是洗錢。
從基金會成立開始，基金會一共資助了4個項目，分別是對方舟子的4個訴訟和饒毅的一個訴訟資助。
除上述彭劍單獨申請的兩個資助項目外，還有他與方舟子共同提交了一筆38108.2元人民幣資助申請和鄧自閒代表新語絲中華文化社與饒毅提交了11200美元資助申請。
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轉基因食品相關知識
| 轉基因食品（Genetically Modified Foods，GMF）是利用現代分子生物技術，將某些生物的基因轉移到其他物種中去，改造生物的遺傳物質，使其在形狀、營養品質、消費品質等方面向人們所需要的目標轉變。以轉基因生物為直接食品或為原料加工生產的食品就是“轉基因食品”。 |
方舟子學術打假記錄
| 時間 | 涉及人員 | 事件 | 時間 | 涉及人員 | 事件 |
| 2000年9月 | 楊池明 | 楊池明事件 | 2004年7月 | 薛涌 | 薛涌事件 |
| 2000年8-9月 | 陳曉寧 | 基因皇后事件 | 2004年10月 | 丁祖詒 | 西安翻譯學院美國排名事件 |
| 2000年11月 | 斯德誼 | 北航抄襲事件 | 2005年 | 夏建統 | 夏建統事件 |
| 2001年11月 | 吳征 | 吳征假文憑事件 | 2005年12月 | 潘知常 | 潘知常事件 |
| 2002年1月 | 王銘銘 | 王銘銘剽竊事件 | 2005年12月 | 丘小慶 | 丘小慶事件 |
| 2003年 | 陳進 | 漢芯造假門 | 2006年1月 | 朱蘇力 | 朱蘇力招生事件 |
| 2003年1月 | 顧冠群 | 顧冠群事件 | 2006年3月 | 魏於全 | 魏於全事件 |
| 2003年5月 | 汪丁丁 | 汪丁丁事件 | 2006年8月 | 肖傳國 | 肖傳國事件 |
| 2003年8月 | 董關鵬 | 董關鵬事件 | 2010年7月 | 唐駿 | 唐駿學位門 |
| 2004年3月 | 朱涵 | 朱涵事件 |
