事件回放
2004年3月初，一條來自南京媒體的訊息稱，南京大學2000級物理系本科生朱涵發表了10篇學術論文，其中有8篇論文是發表在SCI上。報導還指出，朱涵在學校竟然沒有導師、沒有實驗室，他的辦公室就是簡陋的學校宿舍。朱涵GRE考試獲得滿分，並先後收到了斯坦福、普林斯頓、康奈爾、賓夕法尼亞等近十所美國名校的研究生錄取通知書。
SCI中文名為《科學引文索引》，是美國科學情報研究所出版的一部世界著名的期刊文獻檢索工具，所收錄的文獻能全面復蓋全世界最重要的研究成果。
在此之前，還有兩篇與此相關的報導，只不過在論文數量上略有出入：一條發表在中國高等教育信息網，題為《南京大學“985工程”建設紀事》，文中說“物理系三年級本科生朱涵在老師的指導下，參與科研實踐，已發表8篇論文，其中有4篇SCI論文。”而在2003年12月份《南京大學學報》中對於此事的描述則為“獲得學生標兵的朱涵同學，本科階段就已發表了八篇論文，其中SCI論文六篇。”
方舟子質疑
訊息在網上傳播後，立即引來新語絲網站站長方舟子的質疑。2004年3月4日，方舟子撰文說，前一段時間朱涵被樹為南京大學學生標兵時就有人向他揭露過其發表大量論文的內幕，我考慮到他還是個本科生，一個大學的學生標兵不是什麼大不了的事，也就算了。現在這個“不可能完成的任務”的神話越吹越神，上了媒體，還是有必要揭露的。
方舟子指出，朱涵在南京大學沒有導師，但是在家裡有導師，就是他的父親、北京師範大學物理系教授朱建陽。檢索到的6篇由朱涵署名的SCI論文，通訊作者全是朱涵的父親朱建陽。而朱涵在申請美國的大學時，沒有說明其論文通訊作者就是他父親。因此認定其中必有什麼“見不得人的地方”。
朱涵回應
方舟子的文章在新語絲貼出以後，作為當事人之一的朱涵也在新語絲貼出題為《我的科研簡歷，及對一些問題的聲明》的文章，對方舟子文章做出了回應。隨即，方舟子對於朱涵的文章一一做了針鋒相對的評點。
在朱涵的文章中，朱涵說自己在大學二年級的寒假的時候向父親表達了希望做一點研究工作的願望，得到父親的支持。“他將我引入磁性系統的臨界動力學這個方向。在寒假中，他首先花了幾天時間給我講解了相變的基本概念，並且給了我三篇概括20世紀統計物理的綜述文章閱讀”。“寒假結束後我回到學校繼續工作，我在父親的指導下將其表述為數學上比較完整的形式。並且，在父親的建議和指導下，我將這個機制套用到Gaussian模型，得到了其臨界動力學行為。這個工作發表在《PhysicalReview E》(美國物理學會權威期刊)上，一個前期鋪墊性的工作作為快報發表在《Chinese Physics Letters》(中國物理學權威期刊)上。”而方舟子則針鋒相對地指出：這篇《Physical Review E》論文雖然發表時間是2002年7月25日，但是收稿時間是2002年2月13日，即正月初二。也就是說，在編輯部收到該論文時，朱同學還在家中惡補相變的基本概念呢，天下有這種先發論文再搞研究的怪事？據此方舟子認為，朱涵那次寒假回家，恐怕不是向父親表達搞科研的願望，而是表達在其父已完成的論文上署名的願望，而其父也不是指導其研究，而是在讓他惡補論文內容。
在朱涵的多篇論文中，其父朱建陽都是作為通訊作者出現的。對此，朱涵的解釋是他“沒有南京大學的信箱，只有hotmail的信箱，這是不妥的”。而方舟子則認為，學術論文的通訊作者即是“首要研究者”，也就是課題領導人。而如果朱涵的說法成立，即朱建陽之所以擔任兒子朱涵寫的SCI論文的通訊作者，不是因為他是課題領導人，而僅僅是因為他提供了一個聯繫信箱，那么朱建陽就是在侵占兒子的科研成果，屬於中國科協說的學術不端行為的一種。查朱教授自2002年以來發表的SCI論文共7篇，其中有6篇與朱涵合作。根據朱涵的揭發，這6篇SCI論文都不應屬於朱建陽教授的成果，北京師範大學應該對此進行調查，如果屬實，應對朱建陽進行處罰。
結果
2004年3月31日南京大學發布訊息稱，南京大學組成了由國內物理學界的著名專家參加的鑑定委員會，對朱涵同學進行了嚴肅、認真的考察，並作出了鑑定結論。肯定朱涵同學的科研能力和學術造詣。在這次對朱涵同學的學術鑑定中，鑑定委員會請朱涵同學做了科研報告，專家們就朱涵同學的科研報告，從不同的學術角度提出了問題，朱涵同學就此進行了答辯。
方舟子學術打假記錄
| 時間 | 涉及人員 | 事件 | 時間 | 涉及人員 | 事件 |
| 2000年9月 | 楊池明 | 楊池明事件 | 2004年7月 | 薛涌 | 薛涌事件 |
| 2000年8-9月 | 陳曉寧 | 基因皇后事件 | 2004年10月 | 丁祖詒 | 西安翻譯學院美國排名事件 |
| 2000年11月 | 斯德誼 | 北航抄襲事件 | 2005年 | 夏建統 | 夏建統事件 |
| 2001年11月 | 吳征 | 吳征假文憑事件 | 2005年12月 | 潘知常 | 潘知常事件 |
| 2002年1月 | 王銘銘 | 王銘銘剽竊事件 | 2005年12月 | 丘小慶 | 丘小慶事件 |
| 2003年 | 陳進 | 漢芯造假門 | 2006年1月 | 朱蘇力 | 朱蘇力招生事件 |
| 2003年1月 | 顧冠群 | 顧冠群事件 | 2006年3月 | 魏於全 | 魏於全事件 |
| 2003年5月 | 汪丁丁 | 汪丁丁事件 | 2006年8月 | 肖傳國 | 肖傳國事件 |
| 2003年8月 | 董關鵬 | 董關鵬事件 | 2010年7月 | 唐駿 | 唐駿學位門 |
| 2004年3月 | 朱涵 | 朱涵事件 |
