人物生平
1868年1月11日，同治丁卯年十二月十七日出生在浙江省紹興府的山陰縣。1871年，同治辛未十年4歲的蔡元培入家塾。
1878年，光緒戊寅四年，蔡元培11歲，父親蔡光普因病早逝。
蔡元培1879年，光緒五年12歲 時，寄居到姨母家讀書。1880年，光緒六年蔡元培13歲時由姨母家轉到李姓塾師家讀書。1884年，光緒甲申十年蔡元培17歲時，考取秀才。1885年，光緒十一年蔡元培18歲時，設館教書。
1889年，光緒己丑十五年蔡元培22歲時中舉人。 同年迎娶了他的第一位夫人王昭。1890年，光緒十六年，蔡元培23歲時，進京會試得中成為貢士，未殿試。
1892年，光緒十八年蔡元培25歲時，經殿試中進士，被點為翰林院庶吉士。殿試策論成績為二甲三十四名（等於全國統考第三十七名），內容是“西藏的地理位置”。
1894年，光緒甲午二十年蔡元培27歲時，春應散館試，得授職翰林院編修。 就在這一年，甲午戰爭爆發，開始接觸西學，同情維新。1898年九月返紹興，任紹興中西學堂監督，提倡新學。
1900年，庚子二十六年蔡元培33歲，由於他的妻子受封建思想約束，他們之間的感情一直處在不和狀態，而當他逐漸接受了西方新思想後，便開始重新思考女權的定義，於是寫出了《夫妻公約》，重新調整與妻子王昭的關係。
1901年夏，辛丑二十七年，蔡元培34歲時，到上海代理澄衷學堂（現上海市澄衷高級中學）校長，即為首任校長。1901年9月，被聘為南洋公學經濟特科班總教習。1902年1月1日，壬寅二十八年，蔡元培在杭州與他往日的學生黃仲玉女士舉辦了他一生中的第二次婚禮。
1902年，蔡元培35歲時，同蔣智由等在上海創辦中國教育會並任會長，創立愛國學社、愛國女學，均曾被推為總理。1903年，癸卯二十九年，愛國學社的活動引起清政府的警覺，下令偵訊。蔡元培輾轉青島、日本、紹興、上海等地，一方面學習德語，準備赴德留學以躲避風頭，一方面仍從事教育和革命活動。
1903年，蔡元培為抗拒俄國政府覬覦中國北方領土，與上海反清革命志士以對俄同志會的名義辦了《俄事警聞》（後改《警鐘日報》）。1904年，甲辰三十年37歲時，他在上海組織建立了光復會。
蔡元培1905年，乙巳三十一年38歲時，同盟會成立，光復會併入，孫中山委任蔡元培為同盟會上海分會負責人。
1907年5月，丁未三十三年40歲時，他在駐德公使孫寶琦的幫助下前往德國柏林，入萊比錫大學聽課和研究心理學、美學、哲學諸學科。一面學習，一面教授唐紹儀（後任民國政府第一任內閣總理）4個侄子的中文教師，已近不惑之年的蔡元培開始了4年海外留學的生活。在德4年，他編著了《中國倫理學史》等一批學術書籍。
1911年11月上旬，宣統三年辛亥年，辛亥革命爆發，在陳其美去電催促下，蔡元培取道西伯利亞回國。
1912年1月4日，民國元年，中華民國臨時政府在南京成立，他就任南京臨時政府教育總長。教育部在蔡元培之下對公眾徵求可能的國歌，後來頒布了中華民國臨時國歌，由沈恩孚作詞、沈彭年譜曲的國歌擬稿，歌名《五旗共和歌》（中華民國國歌）。
1912年1月19日，民國元年，他頒布了《普通教育暫行辦法》，並主持制定了《大學令》和《中學令》，這是中國的第一個大學和中學校令，他強調要把中學和大學建造成健全國民的學校。任南京臨時政府教育總長，主張採用西方教育制度，廢止祀孔讀經，實行男女同校等改革措施，確立起中國資產階級民主教育體制。二次革命失敗後，攜眷赴法，與李石曾等創辦留法勤工儉學會。
1912年2月，魯迅被他邀請到教育部任職。1912年7月，蔡元培因不願與袁世凱政府合作而辭職。1913年，民國二年蔡元培46歲時，再次赴法國從事學術研究，在留歐的三年時間裡，又編撰了不少哲學美學著作。
1915年6月，民國四年，蔡元培48歲時，他與李石曾、吳玉章等發起組織華法教育會，在法國倡勤勤工儉學，希望以次組織幫助更多華人到歐洲求學，後來的周恩來、鄧小平等均是通過這個組織的幫助後順利在法國進行學習的。
1916年夏，黎元洪的北京政府終於明令恢復了民國初年的《臨時約法》，孫中山、黃興等一大批流亡海外的革命黨人紛紛相約回國，一些浙江籍議員還發電給遠在法國的蔡元培，說是要推選他當浙江省督軍。
1916年11月8日，蔡元培與吳玉章一起乘船由馬賽回國，抵達上海。1916年12月26日，受命擔任北京大學校長。支持新文化運動，提倡學術研究，主張“思想自由，兼容並包”，實行教授治校。“五四”運動中支持學生愛國行動，多方營救被捕學生。1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。
1917年，蔡元培聘請《新青年》主編陳獨秀為文科學長，並聘請李大釗、胡適、錢玄同等“新派”人物在北大任教，採用“思想自由，兼容並包”的辦學方針，實行“教授治校”的制度，提倡學術民主，支持新文化運動。同年，蔡元培邀請著名哲學家梁漱溟到北京大學講授印度哲學；徐悲鴻應蔡元培之邀從日本東京返北京，任北京大學畫法研究會導師。
1917年7月，胡適從美國學成回國，其時胡適並未獲得哥倫比亞大學博士學位，但蔡元培為了讓胡適進入北大不惜幫其偽造學歷。
1917年7月3日，蔡元培在北大發表熱情洋溢的就職演說的餘熱未散，就向黎元洪總統提出辭職了，措辭委婉，但動因沉鬱，那就是抗議張勛復辟。
1917年10月，民國六年，蔡元培50歲時，主持教育部召開北京各高等學校代表會議，討論修改大學規程，北京大學文科提出廢年級制，採用選科制的議案，會議議決通過，決定在北大試行。北大選科制規定每周一課時，學完一年為一個單位，本科應修滿80個單位，一半必修，一半選修（理科酌量減少），修滿即可畢業，不拘年限；預科應修滿40個單位，必修占四分之三，選修占四分之一。選修科目可以跨系。
1918年，他更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”
1918年5月22日，蔡元培為“中日防敵軍事協定”反對政府變相賣國，又向大總統提出辭呈。
1918年11月16日，民國七年蔡元培51歲時，“一戰”剛結束，在天安門前組織集會慶祝，發表題為《勞工神聖》的演講，鮮明提出要“認識勞工的價值”，並喊出了“勞工神聖”的口號。
1919年，蔡元培在北京大學廢除科，改原隸屬於科的學門為系，設立14個系，廢學長，設系主任。原來的文、理、法三科分別改稱第一、二、三院，僅作為各系所在地區的標誌（因原來三科分布在不同地區），不代表一級機構。
1919年5月8日，五四運動爆發後，蔡元培為抗議政府逮捕學生，於5月8日提交了辭呈。並於9日離京。1919年5月13日，北京各大專學校校長向政府齊上辭呈，支持蔡元培。
1919年6月15日，在他發布的《不願再任北京大學校長的宣言》中說：“我絕對不能再作不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例。後由於北大師生極力挽留，蔡元培答應只做北大師生的校長。
1920年初，蔡元培與李石曾、吳敬恆，利用庚子賠款，創辦中法大學於北京。蔡元培任校長。1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開中國公立大學招收女生之先例。
蔡元培1920年5月，蔡元培聘任地質學家李四光出任北京大學地質系教授，邀著名作家莎菲回國任北京大學文學教授，8月，聘魯迅為北京大學講師。1920年年底，被北京大學派遣去歐洲考察。與法國里昂市長赫禮歐（Herriot），里昂大學醫學院院長雷賓（Lepine）等，合作設立里昂中法大學協會，決定在里昂成立中法大學。
1923年春，不滿北洋政府教育總長彭允彝破壞法制的行為，提出辭職，離京南下。秋間轉赴歐洲，從事研究和著述，並參與要求英、法等國退還庚子賠款興辦教育事項。1924年1月在國民黨第一次全國代表大會上，經孫中山提名，當選為候補中央監察委員。1926年初回國。在上海參加蘇浙皖三省聯合會，配合北伐戰爭，策劃三省自治運動，遭孫傳芳通緝。
1927年起，在南京國民政府任大學院院長、法務部長和監察院長等職。1927年3月28日，蔡元培任國民黨中央監察委員會會議主席，對吳稚暉提出的彈劾共產黨表示附議，主張“取消共產黨人在國民黨之黨籍”。4月2日，蔡元培再次擔任主席，蔡元培再次附和吳稚暉關於彈劾共產黨的文告，並拿出了《共產黨禍黨證據及共產黨在浙禍黨之報告》。國民黨南京政府成立後最初兩年內，蔡元培在政治上仍然站在蔣介石一邊，支持“清共” 。
但與其他人不同的是，在清黨的實施過程中，他不支持濫殺，而是希望將這種政治上的彈壓行動納入比較規範的法治範圍，即同意清黨但反對殺人 。在清黨的初期，蔡元培就曾對浙江清黨委員會的草菅人命提出了嚴厲的批評，並要求在清黨中必須執行三條原則 ，而且出面營救過可能遭國民黨逮捕的共產黨人和革命青年 。為勸阻南京國民黨當局濫殺行為，蔡元培曾專門撰文勸告國民黨當局繼承孫中山的高尚人格，以德服人，停止濫殺 。
之後一段時期，蔡元培把精力主要放在組建中央研究院上，他出任中央研究院院長，開始專注國家民族的文化教育和科技事業，並相繼辭去了其他職務 。“九·一八”事變後主張抗日，擁護國共合作。1932年，與宋慶齡、魯迅等發起組織中國民權保障同盟，積極開展抗日愛國運動。曾電救楊開慧烈士，援救許德珩等愛國民主人士，營救丁玲、朱宜權等共產黨員 。
1933年，蔡元培倡議創建國立中央博物院（今南京博物院前身），並親自兼任第一屆理事會理事長。抗戰爆發初期，蔡元培與厲麟似、胡愈之等上海文化界知名人士聯合組織成立了上海文化界救亡協會，積極組織發動文化界人士及民眾投入抗日救亡運動。此外，蔡元培還與厲麟似等上海文化界救亡協會的創始成員聯合全國各大高校校長、教授聯合發表長篇聲明，揭露日軍蓄意毀滅中國教育機關的罪惡暴行，並組織救亡協會下設的國際宣傳委員會擴大對外宣傳，爭取世界各國人民的支持。 1940年3月5日，在香港病逝。蔡元培逝世後，國內各主要黨派和團體以及要人名流紛紛致電弔唁 。
學術理論
他的教育模式新穎，不拘一格，認為教育是國家興旺之根本，是國家富強之根基。教育思想靈活，兼容並包，不因學術爭議而排斥，廣泛吸收各家所長。“教育者，養成人格之事業也。”他主張教育應注重學生，反對呆板僵化。他還提倡美育、健康教育、人格教育等新的教育觀念。
蔡元培認為：教育之於社會，有二大基本功能：一在引領，所謂“教育指導社會，而非隨逐社會也”；二在服務，“就是學校里養成一種人才，將來進社會做事”，或者“就是學生或教育一方面講學問，一方面效力社會”。
思想自由 兼容並包
蔡元培雕像蔡元培為人寬厚、惻隱為懷，對中國社會及陋俗有透徹觀察;兩度遊學歐洲、親炙文藝復興後的科學精神及法國大革命後的思潮。他提倡民權與女權，倡導自由思想，致力革除“讀書為官”的舊俗，開科學研究風氣，重視公民道德教育及附帶的世界觀、人生觀、美學教育。
梁漱溟曾說，蔡元培從思想學術上為國人開導出一股新潮流，衝破了舊有習俗，推動了大局政治，這是十分正確的。正是因為蔡先生的兼容並包、思想自由，使得新文化有了立腳之地，使得北大成為新文化運動的堡壘，科學民主的思想得以傳播。因此從這個意義上講，蔡元培不僅是現代北大的締造者，也是中國現代大學理念和精神的締造者。
蔡元培作為近代中國文化界的卓越先驅者，其著名的文化思想和學術觀點，曾對中國的歷史進程發生過重要的影響。蔡元培任北京大學校長時提出的“兼容並包”的學術思想，不僅成為他主持北大教育工作的重要指導思想，同時也是他所堅持的辦學原則。此思想提出後，一批具有新文化、新思想的代表人物進入北大，北大因此而成為中國思想活躍、學術興盛的最高學府。因此，“兼容並包”思想在接納新文化、反對封建文化方面起到了積極作用。
民族學研究
蔡元培先生在教育和美學方面的貢獻有目共睹，但在民族學方面的貢獻卻鮮為人知。蔡元培在自寫年譜中稱，自己的夢想之一就是寫一本《比較民族學》，“以研究民族學終老”。
蔡元培赴京殿試時，在有關西藏的策論題中，他詳述西藏“地域廣袤，山川道里”。
1901年蔡元培在《學堂教科論》中說：”以前的歷史只記帝王之事，不記民生風俗，以致於一群強弱盛衰之數，終不可稽。“
1908年至1911年在德國萊比錫大學學習哲學、文學、文明史和民族學。
1924年8月出席國際民族學會第21次大會。1924年11月至1926年2月在德國漢堡大學專修民族學。
1926年至1934年蔡元培先後發表了《說民族學》、《民族學與社會學》、《民族學上之進化觀》等文章。
1927年中央研究院成立之時，蔡元培希望成立一個民族學研究所，但因人力物力有限，這個希望未能實現。
1928年社會科學研究所成立，蔡元培在研究所中增設民族學組，親任組長兼研究員。在民族學組裡開展了下列研究。
廣西凌雲瑤族調查研究
台灣高山族調查研究
松花江下游赫哲族調查研究
世界各民族結繩記事及原始文字的研究
外國民族民稱的漢譯
西南少數民族研究資料的收集
1.廣西凌雲瑤族調查研究
2.台灣高山族調查研究
3.松花江下游赫哲族調查研究
4.世界各民族結繩記事及原始文字的研究
5.外國民族民稱的漢譯
6.西南少數民族研究資料的收集
教育獨立思想
蔡元培“教育獨立”作為一種思潮，萌發於“五四”之前，發展興盛於20世紀20年代。由於軍閥混戰，經濟凋敝，北洋政府又不重視教育，國家預算中教育經費比例極低，如1920年前後國家預算中教育經費僅占1.2%左右。僅此有限的預算內經費還常被侵占挪用，也不能如數到位，導致教育經費奇絀，教育事業陷於難以為繼的程度。
蔡元培一貫視教育為救國的基本途徑，推崇思想、學術自由，加之身為北京大學校長，對政府官僚掣肘、摧殘教育有深切的感受，因此是教育獨立的積極倡導和支持者，並從理論上加以引導。1922年3月，他在《新教育》上發表了《教育獨立議》一文，闡明教育獨立的基本觀點和方法，成為教育獨立思潮中的重要篇章。
他認為政黨與教育的對立表現為：
①教育要平衡發展人的個性和群性，政黨則不然，它要造成一種特殊的群性，為本黨服務，抹殺受教育者的個性。
②教育是求遠效的，著眼於未來，其效果不可能在短期內表現出來，所以講“百年樹人”。而政黨是求近功的，往往只考慮眼前的利益。
③在政黨政治背景下，政權在各黨派之間更迭，由政黨掌管教育，必然會影響教育方針政策的穩定，影響教育的成效。所以他認為教育要超脫各派政黨之外。
為實現教育的真正獨立，蔡元培設計了教育經費獨立、教育行政獨立、教育獨立於宗教的具體措施，其中關於教育行政獨立的方案是：分全國為若干個大學區，每區設立大學一所，區內的高等專門教育，中、國小教育，社會教育，文化學術事宜均由該大學校組織辦理。大學的事務，由大學教授組成的教育委員會主持，校長由教育委員會選舉產生。各大學區大學的校長組成高等教育會議，處理各大學區間的事務。教育部只負責處理經高等教育會議議決而與中央政府發生關係的事務，及教育統計報告等，不干涉各大學區事務，教育總長必經高等教育會議認可。這一構想成為南京國民政府初期實施“大學區制”的框架基礎。
大學性質探討
蔡元培畫像蔡元培認為大學應當成為研究高深學問的學府，這是蔡元培辦學的指導思想，也是他大學教育思想的出發點。早在1912年5月16日，他以教育總長身份出席北京大學開學典禮，在演說中就提出“大學為研究高尚學問之地。”在擔任北京大學校長後。他更是反覆申述這一思想。1917年1月9日，他在就任校長的演說中，明確的向學生說明：“諸君來此求學，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學之性質。今人肆業專門學校，學成任事，此固勢所必然。而在大學則不然，大學者，研究高深學問者也”。
他還提出，大學不能只是從事教學，還必須開展科學研究。他要求大學教員不是灌輸固定知識，而是對學問有濃厚的研究興趣，並能引起學生的研究興趣；大學生也不是死記硬背教員的講義，而是在教員的指導下自動的研究學問。為了使大學能承擔起教學，科研雙重任務，他極力主張“凡大學必有各種科學的研究所”。他在《論大學應設各科研究所之理由》的文章，詳列了三點理由：
一是“大學無研究院，則教員易陷入抄發講義不求進步之陋習。”
二是設立研究所，為大學畢業生深造創造條件。
三是使大學高年級學生得以在導師指導下，有從事科學研究的機會。
五育並舉
蔡元培是第一位提出“軍國民教育、實利主義教育、公民道德教育、世界觀教育、美感教育皆近日之教育所不可偏廢”的教育思想家，主張五育並舉，這是蔡元培教育思想的一個顯著特點。
提出背景
辛亥革命勝利不久，南京臨時政府剛剛成立時提出來的。要使資產階級對封建教育的改革能夠深入、健康地開展，迫切需要在統一的教育思想指導下，儘快地確定一個反映資產階級要求的教育宗旨，來規定資產階級對於人才培養的目標和要求，只是在這樣的形勢下，1912年2月間蔡元培發表了著名的教育論文《對於新教育之意見》比較系統地提出了五育並舉的思想。
軍國民教育
（一）從國外環境看來，中國處於“鄰強交逼，亟圖自衛，而歷年喪失之國權，非憑藉武力，勢難恢復。”
蔡元培名言圖片（二）就國內情況而言，要打破軍人成為“全國中特別之階級”的局面，就“非行舉國皆兵之制，否則無以平均其勢力”。
實利主義教育
實利主義教育被蔡元培認為是富國的手段，他認為世界的競爭不僅僅是在武力，尤其是在財力。因此加強科學技術教育，提高生產力，發展國民經濟，國家 富強才能夠在世界競爭中生存下來。
公民道德教育
他把西方近代資產階級“自由、平等、博愛”的道德觀念，分別比做中國古代儒家所提倡的“義、恕、仁”。他主張廣泛吸收國外文化，同時“必擇其可以消化者而吸收之”，並且“必須以“我”食而化之，而毋為彼此所同化”，他批評有些志行薄弱者，一到國外留學，“即棄捐其“我”而同化於外人”。
世界觀的教育
世界觀教育是建立在把世界劃分為現象世界和實體世界這個唯心主義世界觀的基礎下，要求人們遵循思想自由，言論自由的原則，不要被束縛於某一學說的思想，在當時具有打破幾千年思想專制統治的解放作用。
美育教育
美育教育是進行世界觀教育最重要的途徑，使人們從現象世界通向實體世界所必經的橋樑。美育教育的重要性源於其特點，人從現象世界通向實體世界存在的障礙不外兩種意識，一是人我之差別、二是幸福之營求。
改革措施
蔡元培數度赴德國和法國留學、考察，研究哲學、文學、美學、心理學和文化史，為他致力於改革封建教育奠定了思想理論基礎。
改革封建教育
北京大學改革宗旨：改變學生的觀念，整頓教師隊伍，延聘積學熱心的教員，發展研究所，廣積圖書，引導師生研究興趣，砥礪德行，培養正當興趣。 蔡元培大學教育思想的基本特徵是民主和科學，目的是要把大學辦成高水平的教學科研中心。
貫徹“思想自由，兼容並包”的辦學原則
蔡元培擔任北京大學校長委任狀“思想自由，兼容並包”也體現在教師的聘任上，蔡元培以“學詣為主”，羅致各類學術人才，使北大教師隊伍一時出現流派紛呈的局面。如在文科教師隊伍中，既集中了許多新文化運動的著名代表人物，也有政治上保守而舊學深沉的學者。在政治傾向上，有的激進，有的保守，有的主張改良。在新派人物中，有馬克思主義、三民主義、無政府主義、國家主義的不同代表。當時的北大，《新潮》與《國故》對壘，白話與文言相爭，百家爭鳴，盛極一時。
教授治校，民主管理
1912年由蔡元培主持制定的《大學令》中，即已確立了教授治校、民主管理的大學校務管理原則，規定大學設立評議會，各科設立教授會，但在北大沒有得到很好施行。蔡元培初到北大時，仍然“是一切校務，都由校長與學監主任庶務主任少數人辦理，並學長也沒有與聞的”。蔡元培任校長後，當年即組織了評議會，從全校每5名教授中選舉評議員1人，校長為當然的評議長。評議會為全校最高的立法機構和權力機構，凡學校重大事務都必須經過評議會審核通過，如制定和審核學校各種章程、條令，決定學科的廢立，審核教師學銜，提出學校經費的預決算等。接著組織各門教授會，由各門的教授公舉教授會主任，任期兩年，其職責是：分管各學門的教務，規劃本學門的教學工作。
管理體制的改革，體現了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推動學校發展的責任交給教授，讓真正懂得學術的人來管理學校。新的管理體制的建立，改變了京師大學堂遺留下來的封建衙門作風，提高了工作效率，從而促進了學校的蓬勃發展。
溝通文理，廢科設系，改變“輕學而重術”的思想
蔡元培擔任北大校長後，又進一步主張“學術分校”理由有兩條：第一、文理兩科，專署學裡，其他各科偏重於致用；第二、文理兩科，設有研究所，實驗室等設備，如若遍設其他各科，就要增設病院，工場等，困難更大。
主張學術分校，大學專設文理兩科，顯然是對民國元年“大學以文理兩科為主”見解的發展，目的是為了突出大學的性質在於研究學理，在蔡元培看來，“學”與“術”可分為兩個名詞，“學”為“學理”，“術”為“套用”。文、理是“學”，法、商、醫、工、農皆為套用，為“術”。學與術雖然關係密切，但學為基本，術為枝幹。
蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之後，進一步主張“溝通文理”。他說文理是不能分科的，文科的史學、文學均與科學有關，而哲學全以自然科學為基礎。同樣，理科各學科都與哲學有關，自然哲學，尤為自然科學的歸納。而且，由於學科之間的彼此交錯，有些學科簡直無法以文、理科來區分。因此，他主張溝通文理，和為一科。1919年，北大進行改革，撤銷文、理、法三科界限。全校設立14個系，廢學長，設系主任。
創辦學校
蔡元培重視勞動教育、平民教育和女子教育。他在北京大學辦校役班和平民夜校，在上海創辦愛國女校。
1928年，他創辦國立藝術院，後來發展成為中國美術學院，這是近代中國第一所實施本科等的最高美術教育機構，亦是聯合國教科文組織唯一承認學歷的中國美術類大學，以弘揚民族文化，融合中西藝術，創造時代藝術為辦學宗旨。
人物成就
蔡元培白描像蔡元培對近代與現代中國教育、中國革命作出了不可磨滅的貢獻，主要是：
一、自蔡元培始，中國才形成了較完整的資產階級教育思想體系和教育制度。
二、他的“思想自由，兼容並包”的主張，使北大成為新文化運動的發祥地，為新民主主義革命的發生創造了條件。
三、為中華民族保護了一批思想先進、才華出眾的學者。
他不僅為中國近現代資產階級大學教育理論的形成打下了堅實的基礎，而且其中許多真知灼見，如重視大學開展科學研究工作，提倡“思想自由，兼容並包”，注重發展學生個性，主張“溝通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有學問的專家實行民主治校”等等也對後世產生了重大影響。
主要作品
人物著作
| 時間 | 書名 | 出版社 |
| 1919年 | 哲學要領（科培爾講） | 商務印書館 |
| 1919年 | 倫理學原理（蔡元培編譯） | 商務印書館 |
| 1921年 | 哲學大綱（蔡元培編纂） | 商務印書館 |
| 1924年 | 簡易哲學綱要（蔡元培編） | 商務印書館 |
| 1926年 | 哲學大綱（蔡元培編纂） | 商務印書館 |
| 1927年 | 中國倫理學史（蔡元培編） | 商務印書館 |
| 1928年 | 中國倫理學史（蔡元培編） | 商務印書館 |
| 1931年 | 現代教育思潮（吳敬恆主編/蔡元培主編/王雲五主編） | 商務印書館 |
| 1934年 | 石頭記索隱（蔡元培編纂） | 商務印書館 |
| 1937年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 上海商務印書館 |
| 1937年 | 張菊生先生七十生日紀念論文集（胡適/蔡元培/王雲五編輯） | 商務印書館 |
| 1945年 | 中國新文學大系導論集（蔡元培著） | 良友圖書公司 |
| 1959年 | 蔡元培選集（蔡元培著） | 中華書局 |
| 1973年 | 國立北京大學中國民俗學會民俗叢書（婁子匡編/蔡元培著） | 東方文化書局 |
| 1978年 | 蔡元培自述（蔡元培著） | 傳記文學出版社 |
| 1981年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 台灣商務印書館 |
| 1983年 | 蔡元培美學文選（蔡元培著） | 北京大學出版社 |
| 1984年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 上海書店 |
| 1984年 | 蔡元培全集（蔡元培著/高平叔編） | 中華書局 |
| 1985年 | 蔡元培語言及文學論著（蔡元培著） | 河北人民出版社 |
| 1985年 | 蔡元培哲學論著（蔡元培/高平叔） | 河北人民 |
| 1985年 | 蔡元培政治論著（蔡元培/高平叔） | 河北人民 |
| 1985年 | 蔡元培論科學與技術（蔡元培著） | 河北科學技術出版社 |
| 1987年 | 商務印書館九十年： 我和商務印書館 | 商務印書館 |
| 1987年 | 蔡元培美育論集（蔡元培/高平叔） | 湖南教育 |
| 1987年 | 蔡元培教育論集（蔡元培 著） | 湖南教育出版社 |
| 1967年 | 蔡元培自述（蔡元培著） | 傳記文學出版社 |
| 1989年 | 蔡元培美學文選（蔡元培著） | 淑馨出版社 |
| 1989年 | 石頭記索隱（蔡元培著/胡適著） | 北京大學出版社 |
| 1990年 | 玄圃論學集：熊十力生平與學術（蔡元培著） | 三聯書店 |
| 1990年 | 蔡元培張元濟往來書札（蔡元培、張元濟著） | 中央研究院中國文哲研究所籌備處 |
| 1991年 | 蔡元培教育論著選（蔡元培著） | 人民教育出版社 |
| 1991年 | 蔡元培先生全集 續編（蔡元培著） | 台灣商務印書館股份有限公司 |
| 1992年 | 張元濟蔡元培來往書信集（張元濟， 著/蔡元培， 著） | 商務印書館（香港）有限公司 |
| 1993年 | 蔡元培語萃（蔡元培 著） | 華夏出版社 |
| 1994年 | 蔡元培隨想錄（蔡元培 著） | 山西高校聯合出版社 |
| 1994年 | 文化融合與道德教化：蔡元培文選（蔡元培著） | 上海遠東出版社 |
| 1995年 | 蔡元培文集（蔡元培著） | 錦繡出版事業股份有限公司 |
| 1996年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 東方出版社 |
| 1996年 | 蔡元培學術文化隨筆（蔡元培著） | 中國青年出版社 |
| 1996年 | 中國現代學術經典，蔡元培卷（劉夢溪主編） | 河北教育出版社 |
| 1996年 | 蔡元培全集（蔡元培著） | 浙江教育出版社 |
| 1998年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 商務印書館 |
| 1998年 | 蔡元培學術論著（蔡元培著） | 浙江人民出版社 |
| 1999年 | 孑民自述（蔡元培著） | 江蘇人民出版社 |
| 1999年 | 中國倫理學史（蔡元培著） | 商務印書館 |
| 2002年 | 文明的呼喚： 蔡元培文選（蔡元培著/聶振斌選注） | 百花文藝出版社 |
書法作品
蔡元培書法作品蔡元培自幼刻苦好學，博覽群書，早年先後中秀才，後又相繼中舉人、進士，文章和書法都受到過極其規範的訓練和約束。有專家認為，他的書法一掃清代科舉制下書壇的清規戒律，而以線條粗細自然變化，用筆提按頓挫徐疾有致來體現書法的節奏感。擅長楷書和行書，市場上見到的絕大多數為行書，書作上字結體往往左低右高，呈斜勢，自出機杼、獨具個性。
隨著時間對蔡元培歷史地位和書法價值認識的提高，蔡元培的書作在海內外市場上還有很大的上升空間，因為蔡元培是20世紀初新文化運動的導師，現代中國文化名人一面旗幟，他的書作除了藝術價值外，還有很高的歷史和文獻、文物價值。
感情生活
蔡元培一生經歷了3次婚姻，這3次婚姻印證了蔡元培一生思想的變革，也印證了中國近代史的變遷。
第一次婚姻
蔡元培和王昭1889年，蔡元培迎娶了他的第一位夫人王昭。蔡元培的第一次婚姻，是完全是奉父母之命、媒妁之言的舊式婚姻，蔡元培在婚禮之前甚至從來沒有和王昭見過面。王昭有潔癖，而且花錢極節省，但蔡元培卻生性豪放、不拘小節，他更有大男子主義，常常要求王昭在所有事情上對他無條件服從，兩人婚後經常發生口角。
1900年，接受了西方新思想的蔡元培開始重新思考女權的定義，他寫出了《夫妻公約》，重新調整與妻子王昭的關係，這對結婚十多年的夫妻逐步互相理解、修復感情的裂痕。可惜好景不長，就在這一年王昭因病離開了人世。
第二次婚姻
蔡元培和黃仲玉及子女王昭去世的時候蔡元培剛滿33歲，在江浙一帶的知識界已經頗有名氣了，來他家裡提親的人踏破了門檻。蔡元培面對紛至沓來的媒人，提出了五個條件：第一是不纏足的女性；第二是識字的；第三是男子不得娶妾、不能娶姨太太；第四，如果丈夫先死那么妻子可以改嫁；第五，意見不合可以離婚。訊息傳開來，媒人們頓時一個個退避三舍。
也許是姻緣天定，蔡元培在杭州辦學的時候，有一天在朋友家看到一幅工筆畫，線條秀麗、題字極有功底。他一打聽，作者是江西名士黃爾軒的女兒黃世振，又名仲玉。黃仲玉出身書香門第，不但沒有纏足，而且識字又精通書畫、孝敬父母，完全符合蔡元培的擇偶標準，於是他請朋友從中撮合。
1902年元旦，蔡元培在杭州舉辦了他一生中的第二次婚禮。這次婚禮中西合璧。蔡元培用紅幛綴成“孔子”二字，代替懸掛三星畫軸的傳統，以開演說會的形式代替鬧洞房。1907年，已近不惑之年的蔡元培開始了4年海外留學的生活。在德國4年，他編著了《中國倫理學史》，蔡元培由最初的大男子主義思想，轉變成為尋求婦女平等權利的鬥士，他的第二位夫人黃仲玉可謂對此作用不小。
1920年年底，蔡元培由北京大學派遣去歐洲考察。在這期間，黃仲玉去世了。
師生戀
蔡元培和周峻在蔡元培54歲時，時任北大校長的他決定續娶。這時周峻走進了他的生活。周峻是蔡元培先生原來在上海成立的愛國女校的一位學生，這位學生對蔡元培先生一直抱有一種敬佩與熱愛的情感，她一直到33歲還沒有結婚。蔡元培和周峻兩人年齡相差22歲。
1923年7月10日，蔡元培和周峻在蘇州留園舉行了隆重的婚禮。 婚後第十天，蔡元培和周峻攜子女赴歐洲學習。周峻在相夫教子之餘攻讀西洋美術課程，她把對蔡元培的愛傾注在她的作品——《蔡元培半身像》中。而蔡元培則在上面題詩一首“唯卿第一能知我，留取心痕永不磨”。1940年3月5日，即離周峻50歲生日差兩天時，蔡元培在香港因病逝世。
後人紀念
蔡元培紀念郵票紹興城區筆飛弄有蔡元培故居，今建為紀念館，列為浙江省重點文物保護單位。並新建“元培國小”“元培中學”以示紀念。北京大學校園內有蔡元培紀念碑。
蔡元培故居1988年1月11日我國發行了《J145 蔡元培誕生一百二十周年》
社會評價
他為發展中國新文化教育事業，建立中國資產階級民主制度做出了重大貢獻，堪稱“學界泰斗、人世楷模”。他試圖通過貧兒院的試驗和推廣，逐步以學前兒童公共教育替代當時的親職教育，最終實現學前兒童公育的理想。
他是中國近現代美育的倡導者，主張從親職教育、學校教育、社會教育三方面實施美育，構想通過胎教院、育嬰院、幼稚園三級機構實施學前兒童美育：把胎教作為美育的起點；讓嬰兒及其母親生活在由自然美和藝術美構成的環境之中；認為幼稚園的美育一方面通過舞蹈、唱歌、手工等“美育的專題”進行，另一方面則要充分利用其他課內涵的美育因素，其72年的人生歷程，一路經歷風雨，始終信守愛國和民主的政治理念，致力於廢除封建主義的教育制度，奠定了中國新式教育制度的基礎，為中國教育、文化、科學事業的發展作出了富有開創性的貢獻。
蔣介石在日記中評價他：“惟其在教育上與本黨主義之功罪而言，以吾所見者，但有罪過而已，尤其是教育受其鄉愿式之影響為更惡劣也。”
學者黃炎培：“有所不為，吾師之律己，無所不容，吾師之教人。欲人知求真一本自由，記從長紹興中學，以至長北京大學，弗逾初旨。晚而主持科學研究。廣納眾流，一貫斯道，從德量渾涵中，確標趨向，嗟余小子，心傳竊奉終身。”
北大校園中的蔡元培紀念碑劉曉鋼先生在實用文源流的研究中說：“到蔡元培的《論國文之趨勢》、《國文之將來》，便正式把文章分為實用文和美術文（即藝術文）兩大類，開始創立獨立的實用文理論了。”
中共中央在唁電中譽其為“老成碩望”、“勳勞卓著”；國民政府發布褒揚令，贊其為“高年碩學”、“萬流景仰”。
毛澤東在唁電中譽其“學界泰斗，人世楷模”。 他是中國著名的教育家，提出了“學為學理，術為套用”，“學為基本，術為枝葉”的觀點。
周恩來寫輓聯云：“從排滿到抗日戰爭，先生之志在民族革命；從五四到人權同盟，先生之行在民主自由”。以生動形象的語言高度概括了蔡元培一生光輝偉大的功績。
影視形象
湯子星扮演的蔡元培2011年電影《建黨偉業》：王學圻飾演蔡元培；
2011年電影《辛亥革命》：高斌飾演蔡元培；
2012年電視劇《我們的法蘭西歲月》：田小潔飾演蔡元培；
2014年音樂劇《元培校長》：湯子星飾演蔡元培；
校長百科
中國著名的紅學專家
北京大學歷任校長
| 人物 | 任期 | 人物 | 任期 | |
| 孫家鼐 | (1898年7 月----- 1900年春) | 許景澄 | (1900年春----- 1900年8月) | |
| 張百熙 | (1902年1月----- 1904年1月) | 張亨嘉 | (1904年1月----- 1906年2月) | |
| 李家駒 | (1906年3月----- 1907年8月) | 朱益藩 | (1907年8月----- 1908年1月) | |
| 劉廷琛 | (1908年1月----- 1911年12月) | 柯劭愍 | (1910年12月----- 1911年12月) | |
| 勞乃宣 | (1911年12月----- 1912年2月) | 嚴復 | (1912年2月----- 1912年10月) | |
| 章士釗 | (1912年10月----- 1912年12月) | 何燮侯 | (1912年12月----- 1913年11月) | |
| 胡仁源 | (1913年11月----- 1916年12月) | 蔡元培 | (1916年12月----- 1927年7月) | |
| 劉哲 | (1927年8月----- 1928年6月) | 李煜嬴 | (1928年6月----- 1929年1月) | |
| 陳大齊 | (1929年1月----- 1929年8月) | 蔡元培 | (1929年9月----- 1930年12月) | |
| 蔣夢麟 | (1930年12 月----- 1945年10) | 胡適 | (1945年10月----- 1948年12月) | |
| 湯用彤 | (1949年5月----- 1951年9月) | 馬寅初 | (1951年9月----- 1960年3月) | |
| 陸平 | (1957年10月----- 1966年5月) | 周培源 | (1978年7月----- 1981年3月) | |
| 張龍翔 | (1981年6 月----- 1984年3月) | 丁石孫 | (1984年3月----- 1989年8月) | |
| 吳樹青 | (1989年8月----- 1996年8月) | 陳佳洱 | (1996年7月----- 1999年11月) | |
| 許智宏 | (1999年11月----- 2008年11月) | 周其鳳 | （2008年11月——） |
