順治二年閏六月，在魯王朱以海稱監國於紹興的同時，明唐王朱聿鍵於福州稱帝，改元隆武。隆武政權轄鄭芝龍、黃道周、黃斌卿等部軍事力量，據閩、湘等省之部分地區。七月，黃道周率兵1000齣師江西抗清，後於婺源(今安徽婺源北)被清軍誘殲。八月，隆武朝廷議戰守，決計以鄭芝豹為前軍左都督，防守仙霞關(浙閩交界處)外170處要隘；以黃斌卿為兵馬招討總兵官，率水師屯舟山，並決定翌年春進兵，一出浙東、一出江右，以抗清軍。時清廷下令剃髮，引起民族矛盾激化。九十月間，活動於湖廣地區的大順農民軍餘部，先後與隆武朝湖南總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫達成盟約，聯合抗清，這使虛弱的南明驟得勁助，形勢為之一變。十一月初一日，何騰蛟傳檄出師，督官軍馬進忠、盧鼎、王允成等部，從岳州(今湖南嶽陽)進攻武昌。堵胤錫隨李過、一功的忠貞營進攻荊州。監軍張家玉於許灣(今江西撫州東南河盱江東岸)大敗清軍，清軍步兵5000人死傷殆盡，騎兵舍馬渡河，亦溺死過半。時稱“隆武朝第一戰功”。忠貞營由松滋(今湖北松滋北)渡江，占領荊門(今屬湖北)、夷陵，包圍荊州(今湖北江陵)。在此聲勢下，兩湖抗清義軍紛起。十二月，忠貞營分出劉體純部北伐，進占宜城(今屬湖北)，火燒樊城(今湖北襄樊北)，圍攻襄陽(今湖北襄樊)。隨後，劉體純部進攻光化(今湖北老河口北)、均州(今湖北均縣西)、鄧州(今河南鄧縣)，攻陷內鄉(今屬河南)；接著揮師西進，破竹林關入陝，於次年二三月間攻占山陽(今屬陝西)、商州(今陝西商縣)，試圖與圍攻西安的大順軍賀珍部會合。西北清軍主力定西大將軍何洛會於商洛地區擊敗劉體純部。在忠貞營圍攻荊州、劉體純部北伐之際，清新任湖川總督羅錦繡親自至荊州督戰，征南大將軍勒克德渾同鎮國將軍鞏阿岱、固山額真葉臣，亦率八旗精銳，於十二月十八日自江寧(今江蘇南京)急赴湖廣。順治三年(1646年)正月二十日，忠貞營向荊州發動總攻，iii-'月三日，城將被攻陷時，情況驟變，由於何騰蛟已於三日前棄岳州南逃，勒克德渾統率之清軍船隊橫渡洞庭，突至荊州城外忠貞營後方，兩翼包抄。忠貞營遭毀滅性打擊，劉芳亮戰死，李過率部突圍，田見秀降清，堵胤錫逃回常德(今屬湖南)。隆武政權在兩湖抗清的同時，在江西以贛州為中心組織抗清。隆武帝改贛州為忠誠府，授守臣楊廷麟為兵部尚書、東閣大學士，命萬元吉為總督，入贛協守。楊、萬招集民兵2萬餘人，並聯合農民軍4萬人，隆武帝先後派粵、滇援軍及廣西土司兵數萬，支援贛州。順治二年九月至次年年初，明軍以贛州為基地，先後收復泰和、萬安、峽江及吉安府(府治今江西吉安)，聲振一時。勒克德渾所率清軍主力擊敗忠貞營、解圍荊州後，撲向江西。順治三年三月二十四日，清軍攻克吉安，萬元吉退保贛州。五月，清軍進逼贛州。楊廷麟自雩都(今江西於都)調4萬兵至，贛州巡撫劉廣胤自寧都募兵2乾至，俱先後潰散。清軍遂圍贛州，並分兵東圍廣信(今江西上繞)。六月，清軍從間道窺湖南湘陰，被隆武江北巡撫曠章所部2000人於潼溪(今湖南汨羅北新牆河南岸)擊敗，損失人、馬各乾余。這時，浙東地區魯王政權所在地紹興被清軍攻破，隆武政權鎮守閩浙咽喉仙霞關之鄭芝龍慌忙撤兵，還安平鎮(今福建晉江安海鎮)，鄭鴻逵逃回福建浦城。七月初十日，征南大將軍勒克德渾班師回京。八月十五日，清廷命恭順王孔有德為平南大將軍，與懷順王耿仲明、續順公沈志祥、右翼固山額真金礪、右翼梅勒章京屯泰，率軍往征湖廣(參見孔有德平湖南之戰)及兩廣。二十日，又命智順王尚可喜統所部協征。其作戰部署為，先定湖廣，次定贛南，然後入廣東，鎮守一方。與此同時，平南大將軍博洛於平定浙江後，揮師南下，進入福建。因鄭芝龍全線撤兵，博洛率清軍得以於八月間取浦城，從容進入福建(參見博洛平福建之戰)。隆武帝朱聿鍵聞訊，自延平(今福建南平)往汀州(今福建長汀)，企圖奔贛州。八月二十四日，清軍由延平兵分兩路，一路由博洛統率，直取福州；一路由李成棟導引，追擊隆武帝。二十八日，朱聿鍵被清軍俘殺，隆武政權亡。九月十九日，清軍至福州。十月四日，贛州被清軍攻破，楊廷麟、萬元吉等均自殺。
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