歷史背景
噶爾丹自康熙二十九年在烏蘭木通戰敗後，雖曾向清廷認罪立誓，上書請降，但反叛之心並未改變。不久又在科布多（在今蒙古國西部）集合舊部，並向沙俄乞援，企圖重整旗鼓，東山再起。
為防範噶爾丹再度來犯，康熙帝調整了北疆的兵力部署，加強各邊境重鎮的守備力量，將逃往漠南的喀爾喀蒙古分為左、中、右3路，編為37旗，與內蒙古49旗同列，並在收復漠北後加強守備。在內地與漠北之間設立蒙古驛站，在滿蒙八旗兵中組建火器營，加緊訓練。康熙三十三年，康熙帝詔噶爾丹參加喀爾喀會盟。噶爾丹不但拒不肯來，反而要清廷把土謝圖汗及哲卜尊丹巴大喇嘛交給他處置，還遣使到內蒙古科爾沁等部，策動其背叛清朝。清廷得報，立即調集兵馬，準備出師進擊。
康熙三十四年九月，噶爾丹率騎兵3萬，攻入喀爾喀蒙古車臣汗部，隨後沿克魯倫河（今蒙古國境內）東下，進抵巴顏烏蘭（今蒙古烏蘭巴托東南，克魯倫河上游）。揚言過冬後，將借俄羅斯鳥槍兵6萬，大舉內犯。在這種形勢下，康熙帝決定再次親征噶爾丹。康熙三十五年二月，他下令發兵10萬，分東、中、西3路進擊。由黑龍江將軍薩布素統兵9000組成東路軍，越興安嶺，出克魯倫河，側擊準噶爾軍；由撫遠大將軍費揚古統兵4.6萬組成西路軍，由歸化（呼和浩特）、寧夏越過沙漠，沿翁金河北上，切斷噶爾丹退路；康熙帝自率3.4萬人組成中路軍，出獨石口（今河北省赤城北），經克魯倫河上游地區北上，切斷噶爾丹退路，與東西兩路軍夾擊噶爾丹軍。
戰役經過
進軍
平定噶爾丹叛亂噶爾丹自康熙二十九年於烏蘭布通敗遁（參見烏蘭布通之戰）後，仍入犯喀爾喀，屢書索土謝圖汗和哲布尊丹巴，且害及使臣，又陰誘內蒙古各部叛附，揚言借俄羅斯鳥槍兵6萬，將內犯。三十四年九月，噶爾丹又率兵自科布多（今蒙古吉爾格朗圖）東進至巴彥烏蘭（今蒙古溫都爾汗以西、達爾汗以北）。
交鋒
清康熙三十四年（1696年）十一月，康熙帝接到右衛將軍費揚古于歸化城（今內蒙古呼和浩特）的奏報，與文武大臣議定：於次年春天留皇太子守京師，自率京師八旗兵及火器營兵，共3.29萬餘人為中路，出獨石口（今河北赤城北、長城隘口）北上；東路由黑龍江將軍薩布素統領盛京（今瀋陽）、寧古塔（今黑龍江寧安）、黑龍江（今愛琿）、科爾沁兵，共9000餘人，出興安嶺沿克魯倫河西進，堵住噶爾丹東進道路；西路命費揚古為撫遠大將軍，與振武將軍孫思克，率軍4.6萬餘人，分別自歸化、寧夏（今銀川）北上，切斷敵歸路，相機殲敵。三路大軍約期夾攻。
康熙三十五年（1696年）二月十八日，費揚古軍最先啟程。二十二日，孫思克軍啟程。兩軍相約，於翁金（今蒙古海爾汗杜蘭西）會師。二月三十日，康熙帝率中路軍由京城啟程。四月初六日，薩布素率東路軍亦出發。中路、西路兩軍約於土喇（今蒙古烏蘭巴托西南）會師，合兵進擊噶爾丹；中路軍進展順利，但西路軍遇到障礙。費揚古與孫思克原定於四月初九日會師於翁金，但孫思克部穿越大沙漠時，連日遇大風雨，馬畜踣斃，水草益乏，兵寒且餓，以至於四月十一日，方在翁金附近之察罕和逆追上費揚古。
為加快行軍速度，費揚古改變原計畫，從孫思克軍中挑選4000精兵隨己同行，余者半留翁金守糧，半由尾後跟進；並奏報康熙帝，西路軍約於四月三十日抵土喇。康熙帝遂令中路軍緩行以待，以免中路過於突出，遭敵突襲；飾西路軍加速前進。因噶爾丹將西路軍所經之地青草盡焚，費揚古被迫繞行，以至五月四日才抵土喇。五月初八日，康熙帝率中路軍抵克魯倫河，接近噶爾丹大營。
決勝
噶爾丹得知御駕親征，登山遙望，見大軍分翼排列，營壘遍野，如從天而降，遂盡棄帳房、器械等逃去。康熙帝命內大臣馬思喀為平北大將軍，領兵追擊數日，噶爾丹倉皇遁至特勒爾濟口。撫遠大將軍費揚古正率西路軍北進，得報噶爾丹蹤跡，即令署前鋒統領碩岱等且戰且退，將噶爾丹誘至昭莫多，昭莫多北依肯特嶺，東峙丘陵，西臨河水。十三日，費揚古分兵4隊：東翼為京城及西安八旗兵、察哈爾蒙古兵，屯營高處；西翼為大同總兵康調元所率綠旗兵及右衛八旗兵、喀爾喀蒙古兵，沿河布陣；將軍孫思克率綠旗官兵居中占領山頭，大將軍費揚古統軍列後。遵照康熙帝預授之策，清軍一律下馬步戰，待令再行衝鋒。
布陣方畢，噶爾丹率2000餘騎已被誘至陣前，指揮所部下馬拒戰，集中兵力猛攻山頭。噶爾丹及其妻阿努亦冒矢舍騎而戰。孫思克命所部堅守陣地，用火器、弓箭猛烈還擊。自中午至黃昏，雙方難分勝負。陣中寧夏總兵殷化行建議；出兩路奇兵，分別進攻準軍側後，加之正面合擊，必勝。這一建議被費揚古採納。費揚古命沿河伏騎，一橫衝入陣，一襲其後輜重，山上孫思克軍亦奮呼夾擊。噶爾丹軍立即大亂陣腳，噶爾丹奪路先逃，餘眾瓦解。費揚古鳴角號令上馬追擊，清軍分路追至特勒爾濟口，在月下追殺30餘里。
結果
此戰，清軍斬首2000餘級，生擒百餘人，噶爾丹僅率數騎逃脫，其妻阿努中槍死。從此，噶爾丹一蹶不振，無力發動分裂戰爭。昭莫多之戰後，康熙帝率中路清軍返京，命費揚古駐守科圖（今內蒙古蘇尼特左旗北）。
勝敗原因
清朝
清軍取勝的成功之處：一是出兵迅速，攻其不備。噶爾丹自烏蘭木通戰敗，自知不敵清軍。於是，再度興兵叛亂時，只在漠北擄民占地，不復南下。自恃有大漠這道天然屏障，清軍對他也無可奈何。針對噶爾丹的自負心理，康熙帝決定親率三路大軍征伐。噶爾丹沒想到清軍真的會長途跋涉越過大漠來攻，更沒想到康熙帝會率軍親征，思想和物質上都沒有做好準備，只得倉皇而逃，出征收到了出其不意的效果。
二是巧妙部署，出奇制勝。康熙帝知叛軍士兵多來自草原部落，能征慣戰，有一定戰鬥力；而且機動速度快，很難圍殲。為此，制定出3路大軍進行圍剿的計畫。當東、西兩路清軍未能及時趕到，中路清軍首先近敵時，康熙帝又以兵分
兩路夾擊的部署嚇退叛軍。同時命西路軍火速趕到叛軍西逃必經之地昭莫多，利用山勢和密林巧布伏兵，終於一舉殲敵。
三是後勤保障充分。中路清軍為越過大漠，由數千輛大車組成了龐大的後勤運輸部隊。這支部隊組織嚴密，又有專門的軍隊保衛，而且備有大量的鋪路材料，因而能順利地通過數百里大沙漠，較好地保障中路清軍所需糧秣，同時為西路清軍提供支援。這對於長途遠征消滅噶爾丹叛軍，起了非常重要的作用。
準噶爾
噶爾丹軍的主要失誤：一是過於自信，戰備不足。噶爾丹自以為有數百里大漠的天險可依，清朝大軍難於通過，康熙不會冒險出征，因此，沒有進行任何作戰準備。當清軍突然出現在附近時，只能選擇逃跑這條出路。二是審勢不夠，貿然追擊，以致中伏被殲。噶爾丹擺脫中路清軍追擊後，又遇到西路清軍400騎兵，未作詳盡偵察和分析，即認為這不過是少量偏師，不堪一擊，於是窮追不捨，結果誤入清軍伏擊圈。三是家眷和輜重攜帶過多，行動不便，且容易遭受攻擊。昭莫多之戰就是由於後軍首先潰亂導致全軍失利的。
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