昭莫多之戰形勢噶爾丹自康熙二十九年於烏蘭布通敗遁(參見烏蘭布通之戰)後，仍入犯喀爾喀，屢書索土謝圖汗和哲布尊丹巴，且害及使臣，又陰誘內蒙古各部叛附，揚言借俄羅斯鳥槍兵6萬，將內犯。三十四年九月，噶爾丹又率兵自科布多(今蒙古吉爾格朗圖)東進至巴彥烏蘭(今蒙古溫都爾汗以西、達爾汗以北)。
清康熙三十四年(1696年)十一月，康熙帝接到右衛將軍費揚古于歸化城(今內蒙古呼和浩特)的奏報，與文武大臣議定：於次年春天留皇太子守京師，自率京師八旗兵及火器營兵，共3.29萬餘人為中路，出獨石口(今河北赤城北、長城隘口)北上；東路由黑龍江將軍薩布素統領盛京(今瀋陽)、寧古塔(今黑龍江寧安)、黑龍江(今愛琿)、科爾沁兵，共9000餘人，出興安嶺沿克魯倫河西進，堵住噶爾丹東進道路；西路命費揚古為撫遠大將軍，與振武將軍孫思克，率軍4.6萬餘人，分別自歸化、寧夏(今銀川)北上，切斷敵歸路，相機殲敵。三路大軍約期夾攻。
康熙三十五年(1696年)二月十八日，費揚古軍最先啟程。二十二日，孫思克軍啟程。兩軍相約，於翁金(今蒙古海爾汗杜蘭西)會師。二月三十日，康熙帝率中路軍由京城啟程。四月初六日，薩布素率東路軍亦出發。中路、西路兩軍約於土喇(今蒙古烏蘭巴托西南)會師，合兵進擊噶爾丹；中路軍進展順利，但西路軍遇到障礙。費揚古與孫思克原定於四月初九日會師於翁金，但孫思克部穿越大沙漠時，連日遇大風雨，馬畜踣斃，水草益乏，兵寒且餓，以至於四月十一日，方在翁金附近之察罕和逆追上費揚古。
為加快行軍速度，費揚古改變原計畫，從孫思克軍中挑選4000精兵隨己同行，余者半留翁金守糧，半由尾後跟進；並奏報康熙帝，西路軍約於四月三十日抵土喇。康熙帝遂令中路軍緩行以待，以免中路過於突出，遭敵突襲；飾西路軍加速前進。因噶爾丹將西路軍所經之地青草盡焚，費揚古被迫繞行，以至五月四日才抵土喇。五月初八日，康熙帝率中路軍抵克魯倫河，接近噶爾丹大營。
噶爾丹得知御駕親征，登山遙望，見大軍分翼排列，營壘遍野，如從天而降，遂盡棄帳房、器械等逃去。康熙帝命內大臣馬思喀為平北大將軍，領兵追擊數日，噶爾丹倉皇遁至特勒爾濟口。撫遠大將軍費揚古正率西路軍北進，得報噶爾丹蹤跡，即令署前鋒統領碩岱等且戰且退，將噶爾丹誘至昭莫多，昭莫多北依肯特嶺，東峙丘陵，西臨河水。十三日，費揚古分兵4隊：東翼為京城及西安八旗兵、察哈爾蒙古兵，屯營高處；西翼為大同總兵康調元所率綠旗兵及右衛八旗兵、喀爾喀蒙古兵，沿河布陣；將軍孫思克率綠旗官兵居中占領山頭，大將軍費揚古統軍列後。遵照康熙帝預授之策，清軍一律下馬步戰，待令再行衝鋒。布陣方畢，噶爾丹率2000餘騎已被誘至陣前，指揮所部下馬拒戰，集中兵力猛攻山頭。噶爾丹及其妻阿努亦冒矢舍騎而戰。孫思克命所部堅守陣地，用火器、弓箭猛烈還擊。自中午至黃昏，雙方難分勝負。陣中寧夏總兵殷化行建議；出兩路奇兵，分別進攻準軍側後，加之正面合擊，必勝。這一建議被費揚古採納。費揚古命沿河伏騎，一橫衝入陣，一襲其後輜重，山上孫思克軍亦奮呼夾擊。噶爾丹軍立即大亂陣腳，噶爾丹奪路先逃，餘眾瓦解。費揚古鳴角號令上馬追擊，清軍分路追至特勒爾濟口，在月下追殺30餘里。
此戰，清軍斬首2000餘級，生擒百餘人，噶爾丹僅率數騎逃脫，其妻阿努中槍死，史稱“昭莫多大捷”。從此，噶爾丹一蹶不振，無力發動分裂戰爭。昭莫多之戰後，康熙帝率中路清軍返京，命費揚古駐守科圖(今內蒙古蘇尼特左旗北)。
