背景
明末清初，中國北方的蒙古族分為三大部：在今內蒙古地區的是漠南蒙古，在原外蒙古一帶的是漠北喀爾喀蒙古，遊牧於天山以北一帶的是漠西厄魯特蒙古。厄魯特又稱衛拉特，又分為四部，即和碩特（遊牧於今新疆烏魯木齊地區）、準噶爾（遊牧於今伊犁河流域）、土爾扈特（遊牧於今新疆塔城地區）、杜爾伯特（遊牧於今額爾齊斯河流域）。四部中，準噶爾部勢力最強，先後兼併了土爾扈特部及和碩特部的牧地，迫使土爾扈特人轉牧於額濟勒河（今伏爾加河）流域，和碩特人遷居青海。康熙時期
到噶爾丹執政時，在吞併了新疆境內的杜爾伯特和原隸屬於土爾扈特的輝特部後，進占青海的和碩特部，又攻占了南疆維吾爾族聚居的諸城。隨著準噶爾勢力範圍的不斷擴大，噶爾丹分裂割據的野心愈益膨脹。此時，正是沙皇俄國瘋狂向外擴張的時期，為達到侵略中國西北邊疆的罪惡目的，對噶爾丹進行拉攏利誘。康熙二十六年（1687年）底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支持他進攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國的唆使下，噶爾丹終於率兵進攻喀爾喀蒙古，發動了一場旨在分裂祖國的叛亂。康熙二十七年（1688年），噶爾丹親率騎兵3萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀，占領整個喀爾喀地區。喀爾喀三部首領倉皇率眾數十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁（今內蒙古烏珠穆沁旗）一帶，向清廷告急，請求保護。康熙一面把他們安置在科爾沁（今內蒙古科爾沁旗）放牧，一面責令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內。對於噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地徵集兵馬，嚴行防堵，一面調兵遣將，準備北上迎擊。
烏蘭布通之戰
康熙二十九年（1690年）六 月，康熙決定親征，其部署是分兵兩路出擊：左路軍出古北口（今河北灤平南），右路軍出喜峰口（今河北寬城西南），從左右兩翼迂迴北進，消滅噶爾丹軍於烏珠穆沁地區。康熙親臨博洛和屯（今內蒙古正藍旗南）指揮。同時令盛京將軍（治所今遼寧瀋陽）、吉林將軍（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西遼河、洮兒河，與科爾沁蒙古兵會合，協同清軍主力作戰。右路軍北進至烏珠穆沁境遇噶爾丹軍，交戰不利南退。噶爾丹乘勢長驅南進，渡過西拉木倫河，進抵烏蘭布通。清左路軍也進至烏蘭布通南，康熙急令右路軍停止南撤，與左路軍會合，合擊噶爾丹於烏蘭布通，並派兵一部進駐歸化城（今內蒙古呼和浩特），伺機側擊噶爾丹歸路。
烏蘭布通位於克什克騰旗（今內蒙古翁牛特旗西南）之西。該地北面靠山，南有高涼河（西拉木倫河上游的支流），地勢險要。噶爾丹背山面水布陣，將萬餘駱駝縛蹄臥地，背負木箱，蒙以濕氈，擺成一條如同城柵的防線，謂之“駝城”，令士兵於駝城之內，依託箱垛放槍射箭。清軍以火器部隊在前，步騎兵在後，隔河布陣。八月初一中午，交戰開始。
清軍首先集中火銃火炮，猛烈轟擊駝陣，自午後至日落，將駝陣轟斷為二，然後揮軍渡河進攻，以步兵從正面發起衝擊，又以騎兵從左翼迂迴側擊，噶爾丹大敗，倉皇率全部撤往山上。次日，遣使向清軍乞和，乘機率殘部夜渡西拉木倫河，狼狽逃竄，逃回科布多（今蒙古吉爾噶朗圖）時只剩下數千人。
昭莫多之戰
噶爾丹自烏蘭布通失敗後，公裂叛亂之心未死，他以科布多為基地，招集散亡人員，企圖重整旗鼓，東山再起。為防禦噶爾丹再次進攻，康熙採取了以下措施：調整部署，加強邊境守備；巡視漠北諸部，舉行多倫會盟，穩定喀爾喀蒙古上層，將逃居漠南的喀爾喀蒙古分為左中右三路，編為37旗；設立驛站和火器營，溝通內地與漠北地區的聯絡，專門訓練使用火銃火炮。康熙三十三年，清廷詔噶爾丹前來會盟，噶爾丹抗命不至，反而遣兵侵入喀爾喀，康熙遂決定誘其南下一戰殲之。為使此次作戰順利進行，清軍在戰前做了充分準備：調集兵馬，徵調大批熟悉情況的蒙古人為嚮導，隨軍攜帶5個月口糧，按每名士兵配備一名民夫四匹馬的標準，組成龐大的運輸隊，備有運糧大車6000輛，隨軍運送糧食、器材；籌備大量防寒防雨器具，準備大批木材、樹枝，以備在越過沙漠和沼澤地時鋪路。康熙三十四年九月，噶爾丹果然率3萬騎兵自科布多東進，沿克魯倫河東下，揚言借得俄羅斯鳥槍兵6萬，將大舉內犯。在此形勢下，康熙決定再次親征，次年二月，調集9萬軍隊，分東中西三路進擊：東路9000餘人，由黑龍江將軍薩布素率領越興安嶺西進，出克魯倫河實行牽制性側擊； 西路4.6萬人由撫遠大將軍費揚古為主將，分別出歸化、寧夏（今寧夏銀川），越過沙漠，會師於翁金河（今蒙古德勒格爾蓋西）後北上，切斷噶爾丹軍西逃科布多之路；康熙自率中路3.4萬人出獨石口（今河北沽源南）北上，直指克魯倫河上游，與其他兩路約期夾攻，志在殲滅噶爾丹軍於克魯倫河一帶。三月，康熙率中路軍出塞。五月初，經科圖（今內蒙古蘇尼特左旗北）繼續渡漠北進，逐漸逼近敵軍。噶爾丹見康熙親率精銳前來，又聞西路清軍已過土剌河，有遭夾擊的危險，便連夜率部西逃。五月十三日，清西路軍進抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古烏蘭巴托東南），距噶爾丹軍15公里紮營。昭莫多，蒙語為大森林，位於肯特山之南，土剌河之北，汗山之東。費揚古鑒於清軍長途跋涉，飢疲不堪，決定採取以逸待勞、設伏截擊的方針，以一部依山列陣於東，一部沿土剌河布防於西，將騎兵主力隱蔽於樹林之中；振武將軍孫思克率步兵居中，扼守山頂。戰鬥開始後，清軍先以400騎兵挑戰，誘使噶爾丹軍入伏。噶爾丹果然率兵進擊，企圖攻占清軍控制的山頭。孫思克率兵據險防守，雙方激戰一天，不分勝負。此時費揚古指揮沿河伏騎分兵一部迂迴敵陣，另一部襲擊其陣後家屬、輜重，據守山頭的孫思克部也奮呼出擊。噶爾丹軍大亂，奪路北逃，清軍乘夜追擊15公里以外，俘殲數千人，收降3000人，擊斃噶爾丹之妻阿奴。噶爾丹僅率數十騎西逃。
在噶爾丹率軍東侵喀爾喀之際，其後方基地伊犁地區被其侄策妄阿拉布坦所襲占。加之連年戰爭，噶爾丹“精銳喪亡，牲畜皆盡”，噶爾丹兵敗窮蹙，無所歸處，所率殘部不過千人，旦羸弱不堪，內部異常混亂。康熙三十六年二月，康熙鑒於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死，至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清朝。
安定西藏
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統治者。隨著他的統治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又滋長了分裂割據的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等軍事重鎮，並派兵侵入西藏，進行分裂叛亂活動。由於康熙及時派兵進藏協同藏軍進行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。雍正時期
康熙逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支持下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。和通泊之戰
雍正九年(1731年)五至六月，清朝出兵平定噶爾丹策零叛軍，噶爾丹策零派出士卒向清軍詭稱，準噶爾有一支孤軍在察罕哈達，引誘清軍離開科布多大本營，深入到瀚海之中，然後圍殲。靖邊大將軍傅爾丹中計，挑選精兵萬人，沿科布多河西進，在博克托嶺、和通泊等處中伏，損失慘重。七月初一日，清軍僅存2000餘人退至科布多。光顯寺之戰
在和通泊之戰中大敗清軍後，遣部將大、小策零敦多布率兵2.6萬東攻喀爾喀蒙古。清廷遣喀爾喀親王丹津多爾濟偕額附策凌率兵1.8萬（一說2.8萬）將其擊敗。隨即下令於拜達里克河、翁金河一帶築城屯兵，與察罕廋爾（今蒙古國烏里雅蘇台南）大營互為犄角，加強喀爾喀西部的防守。雍正十年七月，噶爾丹策零率兵3萬，自額爾齊斯河（在今新疆境）上游，取道阿爾泰山南麓，繞避察罕廋爾清軍大營，潛至杭愛山厄得勒河（依德爾河）地區，攻掠喀爾喀首領哲卜尊丹巴領地。策凌等奉命率兵疾馳本博圖山（烏里雅蘇台東南）阻擊。八月初，準噶爾軍偵知策凌西出，即突襲其塔米爾城（今車車爾格勒西南）牧地。策凌途中聞警，回師馳救，率所部2萬人（一說3萬）乘夜繞道出山背向塔米爾逼近，黎明時督兵從山上突下，突襲準噶爾軍營地。準噶爾軍人不及甲，馬不就鞍，倉皇向東南潰逃。清軍追至喀喇森齊泊，激戰二日屢捷。繼追至杭愛山南麓，該地右阻山，左逼水，道路狹窄，光顯寺橫亘於中，大軍不易通行。清軍趁準噶爾軍慌亂之際，設伏兵萬餘于山側，又遣一部背水列陣，誘其往攻。鏇佯敗，棄甲沿河而走，待準噶爾軍進入谷地，伏兵突起衝殺。準噶爾軍頓時大亂，被擊殺萬餘人，欲渡河逃生者又被對岸清軍擊於半渡，溺死甚眾。噶爾丹策零率殘部乘夜拚死突圍，盡棄輜重牲畜塞滿山谷，遲滯清軍前進，自鄂爾渾河逃遁。此戰，準噶爾部元氣大傷。
雍正十二年，噶爾丹策零向清廷請和罷兵，乾隆初年議和告成。
乾隆時期
準部內訌
乾隆初年，清廷和噶爾丹策零議和告成，雙方劃定牧場，息兵罷戰。乾隆十年（1745年）噶爾丹策零死後，準噶爾部上層為爭奪汗位發生內訌，策妄阿拉布坦謀臣大策凌敦多布之孫達瓦齊在輝特部台吉，策妄阿拉布坦外孫阿睦爾撒納幫助下奪得汗位。得到汗位後達瓦齊和阿睦爾撒納不和，互相攻伐，阿睦爾撒納戰敗帥殘兵2萬人降清。達瓦齊為人荒淫無度，不理政事，結果眾叛親離，厄魯特蒙古多個部落先後歸附清朝。
平達瓦齊
厄魯特三車凌和阿睦爾撒納的內附，使清朝完全掌握了準噶爾內訌和互相殘殺以及達瓦齊眾叛親離的情況。準噶爾的內亂使乾隆下定決心乘勢出兵新疆，完成最後統一西北大業。乾隆二十年（1755年）二月，清朝發兵5萬兵分兩路， 直搗伊犁。由於厄魯特和西域各族人民對準噶爾貴族的內江和殘暴統治十分不滿，希望早日實現統一和安定局面，也由於清朝政府制訂和貫徹了對準噶爾比較穩妥的政策，因而清政府統一西北的行動，受到牧民和各族人民的支持和擁護。當清軍往征達瓦齊途中，準噶爾“大者數千戶，小者數百戶，攜酮酪，獻羊馬、絡繹道左，行數千里，無一人抗顏者”。達瓦齊沒有料到清軍會提前行動，部下的不戰而降使其陣腳大亂，僅帶親信七十餘人逃往天山以南投奔烏什，結果為烏什城阿奇木伯克霍集斯擒獲送交清軍。達瓦齊被押送至北京後，乾隆鑒於達瓦齊本人對朝廷並無惡意，免死加恩封為親王，入旗籍，賜地京師，充分顯示了乾隆皇帝懷柔遠人的用心。
平阿睦爾撒納
清朝順利統一西北後，論功封賞阿睦爾撒納為雙親王，食雙俸，並封他為輝特汗。但阿睦爾撒納並不滿足，而是覬覦整個準噶爾的汗位。他當初歸附清朝也不過是為了利用清朝剷除對手達瓦齊。儘管清朝封其為雙親王，權勢倍增；但他慾壑難填，不久又聚眾叛亂。二十二年春，清廷遣軍從巴里坤等地分路進擊，清軍攻勢凌厲，加上此時準噶爾地區瘟疫流行，叛軍很快潰敗，阿睦爾撒納兵敗後，逃往哈薩克，在哈薩克首領阿布賚追捕下，隻身帶了七八人逃入俄占區謝米巴拉廠斯克要塞，於九月得痘身亡。由於清政府的堅持，俄國最後交驗了阿睦爾撒納的屍體。清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂的戰爭，至此取得了勝利。
評價
清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂戰爭的勝利，不僅維護、鞏固了西北邊陲，消滅了準噶爾貴族分裂勢力，而且也打擊了沙皇俄國侵略中國準噶爾的野心，對於以後挫敗帝國主義勾結利用民族敗類分裂祖國的陰謀，捍衛西北邊疆的鬥爭，產生了良好影響。清軍之所以取勝，首先，清軍進行的是維護祖國統一、反對準部貴族分裂叛亂的正義戰爭，因而得到各族人民支持。其次，清廷剿撫並用的策略運用的比較成功。第三，清廷此時內部穩定，國力強盛，軍隊紀律嚴明，戰鬥力較強。第四，在戰爭指導上，能依據客觀情況，制定出切合時宜的作戰方針；針對作戰地區地理條件的特點，認真作好戰爭準備，注意發揮騎兵快速機動作戰的能力和發揮火器部隊的作用。當然，清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久，除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因，增加了戰爭的複雜性外，清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因。而準部貴族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛亂戰爭，是違背各族人民利益的不義之戰，必然遭到各族人民的強烈反對，政治上的不得人心，及其統治集團內部的爭權奪利和軍事上存在許多不可克服的致命弱點，決定了其失敗是必不可免的。
在清朝康雍乾三朝重新統一西北邊疆的問題上，我們既要承認重新統一對促進多民族國家的形成、促進民族融合所起的作用。同時也要看到清朝統一戰爭的殘酷性以及對準噶爾蒙古所帶來的災難。準噶爾部和清朝對峙70多年，清朝統治者對其抱有很深的敵視和不信任心理，據清朝文獻記載，乾隆帝在重新統一新疆後為了杜絕後患，採取了極為殘酷的屠殺政策。準噶爾原有60多萬人口，由於戰爭，內訌，瘟疫，清軍屠殺（男子），擄掠（女子），逃亡，準噶爾部人丁殆盡，倖存者依附於外蒙古賽音諾顏部者曰額魯特，遊牧青海者曰綽羅斯。綽羅斯部轄旗二：南右翼頭旗，北中旗。共有佐領6個半。
