概述
九世班禪圓寂後，班禪的宗教領導機構堪布會議依據乃瓊護法占卜得到的“神諭”，於藏區東部找到了包括貢布慈丹內的9名靈童。經過長時間生活在九世班禪身邊僧侶的選擇，確定貢布慈丹為九世班禪轉世。由於當時日喀則政府與拉薩政府的競爭關係，堪布會議致電中華民國政府，要求依據清末慣例免予金瓶掣籤。1949年6月3日在時任中華民國政府代總統李宗仁於廣州簽發電令，免予金瓶掣籤，批准貢布慈丹為十世班禪額爾德尼。貢布慈丹於8月10日坐床典禮後正式繼任。同年9月，中國人民解放軍占領西寧後，十世班禪主動與中華人民共和國中央人民政府聯繫，表示擁護中央人民政府。此後，十世班禪歷任全國人大常委會委員、全國政協副主席、西藏自治區籌備委員會副主任等職務。1959年藏區騷亂中，十世班禪選擇留在西藏，接受了中央人民政府任命的西藏自治區籌備委員會代主任的職務。出於對中華人民共和國在藏區實施改革中產生問題的不滿，十世班禪於1962年編寫了《七萬言書》，對中華人民共和國的西藏政策進行了嚴厲的撻伐。該報告與彭德懷《八萬言書》一起，被毛澤東定性為“反動派的瘋狂反撲”，導致班禪與中共關係惡化。1964年，十世班禪出人意外地於一次萬餘藏人參與的集會中，表示達賴喇嘛是西藏最高領袖，宣揚西藏獨立，此後立即被逮捕，被指控為“反人民、反社會主義、蓄謀叛亂”、“最大的反動農奴主之一”並被剝奪了一切職務。1966年文化大革命爆發後，十世班禪被批判為“班禪集團”受到迫害入獄。直到1978年，在得到時任黨和國家最高領導人鄧小平的允許後，十世班禪得以出獄。出獄後，十世班禪被恢復黨和國家領導人職務，並在西藏實施了一系列涉及藏族文化、宗教、語言、習俗的重建與改革，得到了許多藏族人的愛戴。1989年1月過世前表示“在西藏雖然有許多建設和發展，但同時也遭受巨大的破壞和鎮壓。”生平
早年
十世班禪幼年（1947年）貢布慈丹於1938年2月3日 （藏曆第十六繞迥之土虎年正月初三）出生於中華民國青海省循化縣溫都鄉一戶苦農的民家中，乳名貢布慈丹。遠祖出自西藏地方薩迦昆氏家族，其生父為堯西·古公才旦，生母為堯西·索朗卓瑪，貢布慈丹在家中排行老大，有胞弟溫都·公布甲。1937年12月1日，第九世班禪額爾德尼（曲吉尼瑪）圓寂後，依照慣例，西藏噶廈、班禪堪布會議廳、札什倫布寺均分別開始了尋找第九世班禪額爾德尼的轉世靈童的工作。班禪堪布會議廳於1941年指認貢布慈丹為班禪轉世靈童之一，但拉薩噶廈對此一直不予承認，噶廈在拉薩另外指認了兩名轉世靈童。1943年春，班禪堪布會議廳拜嘉雅活佛為貢布慈丹的副經師。
1944年在拉卜楞寺拉科活佛拉科·晉美赤烈嘉措（同年成為貢布慈丹的正經師）主持下，於宗喀巴誕生處聖跡前舉行儀式，從10名靈童中確認貢布慈丹為第九世班禪額爾德尼的轉世靈童，授法名“確吉堅贊”，迎請至塔爾寺供養，接受嚴格的經學教育，潛心研習《量釋論》、《現觀莊嚴論》、《入中論》、《戒律本論》、《俱舍論》（合稱五部大論）等佛教經典。
經過諸多過程，最後在1949年6月3日，由處於廣州的國民政府代總統李宗仁頒布文書:“青海靈童宮保慈丹，慧性澄圓，靈異夙著，查系第九世班禪額爾德尼轉世，應即免於掣籤，特準繼任為第十世班禪額爾德尼。”8月10日，國民政府專使關吉玉（時任蒙藏委員會委員長）和青海省政府主席馬步芳代辦馬繼融參加了在塔爾寺舉行的坐床大典並頒發了漢、藏文合璧的“西藏班禪行轅堪布會議廳”印鑑。班禪堪布會議廳邀請拉卜楞寺拉科活佛拉科·晉美赤烈嘉措為貢布慈丹剪髮，取法名“羅桑赤烈倫珠確吉堅贊”，簡稱“確吉堅贊”，並受沙彌戒。8月26日，中國人民解放軍占領蘭州，青海局勢混亂。班禪堪布會議廳帶著十世班禪避居六世班禪的駐錫地香日德。臨行前，十世班禪向嘉雅經師交代任務，讓他在塔爾寺挑選一些可靠的喇嘛到西寧觀察解放軍的舉動及對待藏民和宗教的態度，在弄清楚後向嘉雅經師匯報。同日，國民政府專使蒙藏委員會向堪布會議廳表示，希望可以在合適的時候接班禪及少數隨行人乘飛機前往台灣。
中國人民解放軍進入西藏
1949年9月中國人民解放軍占領西寧。9月10日，嘉雅經師派出的喇嘛攜帶解放軍在西寧到處張貼的《約法八章》返回，十世班禪與身邊人員討論後決定按照舊有習慣，用糌粑丸打卦，決定與共產黨合作。十世班禪隨即派人同中國共產黨進行聯繫。10月1日中華人民共和國成立，班禪堪布會議廳在西寧發電報給中央人民政府主席毛澤東、中國人民解放軍總司令朱德，表示擁護中華人民共和國中央人民政府。“北京中央人民政府毛主席、中國人民解放軍朱德司令鈞鑒：鈞座以大智大勇之略，成救國救民之業，義師所至，全國歡騰，班禪世受國恩，備荷優崇。二十餘年來，為了西藏領土主權之完整，呼籲奔走，未嘗稍懈。第以未獲結果，良用疚心。刻下羈留青海，待命返藏。茲幸在鈞座領導之下，西北已獲解放，中央人民政府成立，凡有血氣，同聲鼓舞。今後人民之康樂可期，國家之復興有望。西藏解放，指日可待。班禪謹代表全藏人民，向鈞座致崇高無上之敬意，並矢擁護愛戴之忱。”—十世班禪致中華人民共和國中央人民政府電報
1951年春季，第十四世達賴喇嘛親政，中華人民共和國中央人民政府和西藏地方政府（噶廈）商定將於北京舉行談判。中華人民共和國政府邀請十世班禪進京。4月中旬，十世班禪在前往北京途中於西安與習仲勛會談時談到：“我們是專程去北京向毛主席致敬的，我們把藏族人民對中央人民政府和毛主席的良好祝願親自傳達給毛主席。”“要堅決擁護中央人民政府的正確領導，決心與西藏各界愛國人士一道，為西藏的解放和藏族人民的團結而努力奮鬥。”4月25日，班禪等45人到達北京。當天晚上，周恩來為其舉辦宴會。宴會前，十世班禪與周恩來進行了長時間的交談。班禪回藏是中華人民共和國中央人民政府與西藏噶廈談判的條件之一。5月1日，毛澤東在天安門城樓上接見了十世班禪。
5月23日，中華人民共和國中央人民政府與西藏地方政府舉行了《關於和平解放西藏辦法的協定》的簽字儀式。次日下午，毛澤東在中南海懷仁堂與西藏地方政府和談代表和十世班禪會面。十世班禪向毛澤東獻了哈達，贈送了錦旗、金盾、長壽銅像、銀曼札、藏香及其它貴重禮品。當晚，毛澤東舉辦了盛大宴會，十世班禪在宴會上講到：“多少年來沒有解決的中國的民族問題—西藏問題，在毛主席領導下勝利地解決了。和平解放西藏是中國各民族大家庭的一大喜事。中華人民共和國中央人民政府、達賴和班禪三方面的團結，只有在中國共產黨和人民政府領導下才能實現。”5月28日，班禪堪布會議廳聲明表示“為了西藏民族的徹底解放和發展，為了鞏固和發展中國人民的勝利，今後堅決擁護毛主席的領導，擁護中華人民共和國中央人民政府和中國共產黨的領導，為正確執行全部協定，為西藏民族與中國各民族的團結和西藏民族內部的團結而奮鬥”。6月2日，十世班禪赴天津、上海、杭州等地參觀。6月26日返抵西寧塔爾寺。12月19日，十世班禪一行人從塔爾寺啟程返回西藏。
1952年4月28日，經過四個多月的艱苦跋涉，十世班禪到達拉薩。當天下午，十世班禪前往布達拉宮，在日光殿與十四世達賴喇嘛會面。此次會面是這是自從九世班禪與十三世達賴喇嘛失和後，27年以來班禪與達賴第一次相聚。十世班禪在拉薩期間，堪布會議廳與噶廈政府討論並解決了恢復班禪固有地位和職權的問題。6月9日，十世班禪從拉薩啟程。6月23日十世班禪回到了位於西藏日喀則的扎什倫布寺。
1954年9月，十世班禪同達賴喇嘛一同前往北京，出席了第一屆全國人民代表大會第一次會議，27日當選為全國人民代表大會常務委員會委員，12月25日當選為全國政協副主席。在此期間，十世班禪多次與毛澤東、周恩來、劉少奇等領導人會面。
1955年2月23日藏曆木羊年正月初一，十四世達賴和十世班禪前往中南海向毛澤東、劉少奇、周恩來等領導人拜年。24日下午，十四世達賴和十世班禪在中南海舉行宴會，毛澤東、劉少奇、周恩來等領導人應邀出席。會上，十世班禪致辭“深深地認識到這隻有在中國共產黨和毛主席領導下和祖國溫暖大家庭中，才能如此尊重少數民族的風俗習慣，才能如此關懷備至。這是毛主席偉大民族政策的光輝。”
1955年3月9日，周恩來主持召開了第七次國務院全體會議，專門討論西藏工作。會議通過了《國務院關於成立西藏自治區籌備委員會的決定》，決定由十四世達賴喇嘛任西藏自治區籌備委員會主任委員，十世班禪任第一副主任委員，張國華為第二副主任委員。此外，會議還通過了《國務院對西藏地方政府和班禪堪布會議廳委員會之間關於歷史懸案問題的談判達成的協定的批覆》。3月12日，十世班禪結束了對內地的視察訪問，離開北京返會西藏，參與西藏自治區的籌備。當天，毛澤東與汪鋒、計晉美等到暢觀樓與十世班禪交談，毛澤東對十世班禪說：“每個民族都應有自己的民族領袖，西藏有達賴和班禪這樣的領袖是很好的。”對此，十世班禪感到十分驚訝，毛澤東於是重複了一遍，十世班禪於是回答到：“我不是領袖，只有毛主席是各族人民的偉大領袖。”毛澤東再次回應說：“您就是領袖嘛!我看在西藏，不能只喊‘毛主席萬歲!’‘朱總司令萬歲!’還要喊‘達賴喇嘛萬歲!’‘班禪喇嘛萬歲!”。離開北京返回西藏途中，十世班禪開始學習漢語，三年後已掌握二到三千個漢字，可以閱讀一般的漢文檔案和書報。同時，十世班禪還學習了中國歷史、中國共產黨黨史等。在佛學方面，在恩久經師的指導下，十世班禪仔細閱讀了五部大論，慈氏五論和四續部。
藏區騷亂
參見：1959年藏區騷亂從1955年下半年開始，中華人民共和國政府在內地推行社會主義改造和農業合作化運動，並在金沙江以東包括川、滇、甘、青的藏區開始實行民主改革，隨即藏區既發生了“叛亂”，且規模日益加大，此次“叛亂”被稱為“康巴叛亂”。由於中華人民共和國中央人民政府在四川、青海等地藏區推行人民公社制度，進行“大躍進”運動，並以推翻“三大領主”的名義大量摧毀寺院，強迫僧人還俗，掠奪寺院和普通民眾的財產，結果遭到當地多數藏人的強烈抵制，並由此在這些地區引發激烈衝突。
1956年4月22日，西藏自治區籌備委員會成立，十世班禪任籌委會第一副主任委員。在成立大會上，十世班禪積極主張民主改革，還提出要在自己所屬的春堆莊園首先進行試點，為“如何改革封建農奴制度，解放農奴和奴隸”摸索經驗，在民主改革開始後，十世班禪的父親為順應時勢，主動從拉薩前往日喀則為自己曾是農奴主階級而向民眾道歉，還表示要自我改造。然而，在之後的民眾鬥爭中，十世班禪的父親依然遭到了毆打。時任國務院副總理陳毅率領中央代表團前往西藏做了大量工作。
11月，應印度政府邀請，十世班禪與達賴喇嘛一同前往印度參加釋迦牟尼涅槃2500周年紀念活動，並在印度各地朝拜和參觀訪問。在印度期間，獲印度婆羅奈斯佛教大學榮譽佛學博士學位。當時，西藏分裂主義在印度盛行，周恩來正在印度訪問，並與十世班禪和達賴喇嘛進行了會談，十世班禪表示絕不受外界影響，並強調要遵守《十七條協定》。1957年1月29日，十世班禪先行回國。
1958年，十世班禪在西藏日喀則扎什倫布寺辯經大法會上考取了“噶欽”學位。自1958年起，十世班禪在青海塔爾寺和扎什倫布寺開講佛教經典《普提道次第廣論》《時輪金剛灌頂法》等顯密教義並精心鑽研宗喀巴的經學著作。
1959年3月10日，西藏拉薩人民發動“抗暴運動”。17日十四世達賴喇嘛率領“反暴領袖”撤出拉薩，隨後與中國人民解放軍發生激戰。28日，總理周恩來下令將西藏地方政府（即西藏噶廈）解散，並由西藏自治區籌備委員會行使西藏地方政府職權，任命十世班禪為籌備委員會代理主任委員。29日，十世班禪向北京發電報，表示支持國務院的決定，並從日喀則趕往拉薩，行使代理主任委員職權。4月1日，達賴喇嘛抵達印度，在印度組織西藏流亡政府，致力於“西藏獨立運動”。
同年4月14日，十世班禪率領西藏代表團抵達北京，準備參加了第二屆全國人大第一次會議。當晚，周恩來在中南海為其舉行宴會。15日，毛澤東召集第十六次擴大的最高國務會議，重點談論西藏問題。十世班禪大師出席會議並在人大全體會議上作了長篇發言，闡述了“西藏在平息叛亂和改革中取得的偉大勝利，嚴厲譴責一小撮反動分子背叛祖國、妄圖阻擋西藏社會進步的罪行。同時，真誠希望達賴喇嘛回到祖國懷抱，共同建設新西藏”。6月28日，十世班禪主持召開了西藏自治區籌備委員會第二次全體會議，討論了平叛與改革等政策和措施。會議通過了《關於進行民主改革的決定》。十世班禪在這次會議上提出“憲法進廟”，主張對寺廟實行民主管理。8月7日，西藏工委發布了《關於班禪堪廳地區民主改革的指示》，成立“雙反委員會”，任命劉鵬（日喀則專署專員）為主任，納旺金巴（班禪堪廳副主任）、土丹尼瑪為副主任，帶領扎什倫布寺3500餘名僧人學習並進行“反封建特權、反封建剝削和算政治迫害賬、等級壓迫賬、經濟剝削賬”的“雙反三算”運動。運動進行7個月後，依照班禪的意見，保留1968名僧人並組成了民主管理委員會。
1960年9月，十世班禪前往北京參加建國十周年慶典，在歡迎會談話上譴責美國操縱聯合國大會把西藏問題列入聯大議程。但在十世班禪的一生當中，從未斥責或批評過達賴喇嘛，並多次拒絕譴責達賴喇嘛。10月至12月，在中共中央的決定下，十世班禪在李維漢、陳叔通、汪鋒等的陪同下，前往重慶、南昌、上海等城市參觀訪問、療養，並開了一個小型的“神仙會”，會後形成了《李維漢同志和班禪副委員長談話紀要》。
1961年1月23日，十世班禪與毛澤東會面，毛澤東表示反“右必出‘左’，日喀則有些民眾抄了班禪父母、計晉美和拉敏等人的家，這種行為是不對的”，並對十世班禪說：“過去有十一萬喇嘛，現在留下幾千人專門學經，有近十萬人從事生產，這對發展經濟和人口有很大好處。”“你們是愛國進步人士，我們從香日德起就合作”，“我們一起搞了這樣久，從1959年以來，在平叛、改革等大政方針上，我們都是一致的，始終一致合作”，“我告訴你一個辦法，你有什麼不滿，有什麼意見和問題，就向他們講。聽說你有這個作風，很好。你所想的他們不知道不好。工委給我們匯報說他們滿意，覺得你講真話，有時你同他們開個座談會，把你的牢騷也發出來，雙方一講就通了。”會上，毛澤東指出，西藏現在要糾正“左”的偏向。1月24日，十世班禪與周恩來會面，周恩來對十世班禪說：“你們談得好。我們相處十一年了，見面什麼話都可以談。”“只要不背叛祖國，不壓迫民眾，保守一點，慢一點不要緊。今後我們之間多談心，成為‘隨便、自由、不客氣’的朋友。”十世班禪雖然仍心有疑慮但仍深受鼓舞。同年4月29日，十世班禪主動提出了結束班禪堪布會議廳委員會的報告，並在7月9日得到國務院的同意。隨後，十世班禪指示下屬將印信文書檔案交給西藏自治區委員會。
《七萬言書》
主條目：七萬言書質疑
1961年9月，十世班禪前往北京參加國慶活動。隨後半年，十世班禪曾到西藏、四川、青海、雲南諸省藏區訪問考查，在發現人民公社的問題及執行民族、宗教、統戰政策的問題後，質問中國共產黨四川幹部“共產黨的宗旨是全心全意為人民服務，你們為什麼不為老百姓說話？為什麼不向中央反映真實情況？為什麼在人民的苦難面前閉上眼睛？”十世班禪在四川甘孜藏族自治州視察時，州負責人向他匯報甘孜、阿壩兩個自治州在平叛、改革後廣大勞動人民獲得了翻身解放，生產發展了，生活改善了。他隨即打斷其談話說：“甘孜、阿壩是開展平叛、改革最早的地區，平叛五六年還平息不下去，你們這裡平叛擴大化現象非常嚴重，匪民不分，把大批勞動人民、基本民眾打成‘叛匪’。在改革時，大批寺院被毀壞，喇嘛被強迫還俗……許多老百姓吃不飽肚子，甚至有餓死人的現象。”“有人批評我，老講民族、宗教問題。我是活佛，是藏族，談民族問題、宗教問題是很自然的呀。你們在座的都是共產黨員吧？你們為什麼不為老百姓說話？為什麼不向中央反映真實情況？”
勸阻
對此，十世班禪認為自己有必要有責任向中央反映問題，並把此想法告訴了身邊的人，但遭到了他們的反對。十世班禪的經師恩久活佛（曾為九世班禪的行轅之一，與九世班禪一起到青海並主持過尋訪九世班禪靈童專世）更極力勸阻，並特意提醒他1957年反右運動和1959年廬山會議後的反右傾記憶猶新，因此不可輕舉妄動。恩久活佛對十世班禪說到：“達賴佛已經走了，現在只剩下你一個，要是你有不祥，不只是你，也不是我們扎什倫布和後藏的事，整個藏區的政教事務都會受到影響，幾百萬藏民會感到沒有依靠。” 但十世班禪認為自己的目的是為了搞好西藏的工作且沒有私心並回答到：“只要民族振興，人民幸福、佛法宏揚，我個人暫受一點冤屈，也無需愧悔”。於是他力排眾議在當年年底，由於漢語不夠好，開始用藏文起草《七萬言書》，耗時五個月。
發布
1962年4月21日至5月29日在北京召開的民族工作會議上，時任統戰部長李維漢檢討了“平叛擴大化”時所犯的錯誤，並要求加緊“甄別糾正”，當時的氣氛表面上有所解凍。藏傳佛學高僧中國佛教協會會長喜饒嘉措在會上對中國共產黨領導進行了尖銳的批判：“我今天要說句真心話，你們有些做法太失人心，蔣介石、馬步芳沒有做過的事，你們做了……你們老愛迴避實質問題而搞數字遊戲??我也向您學習，用幾個數字，講講你們這幾年的毛病：一說假話，二不認錯，三亂整人，四無佛心，不講人道……”。對此進行翻譯的人員一度不敢進行翻譯工作。
5月初，十世班禪基本寫完了藏文稿，後請人翻譯成漢文，以《關於西藏總的情況和具體情況以及西藏為主的藏族各地區的甘苦和今後希望要求的報告》為題遞交給國務院。在該文中，十世班禪提出“七個認識”，認為中國共產黨“平叛”和“民主改革”中出現的錯誤和問題極其嚴重：一、對自治權利的認識；二、對中央和地方幹部過問西藏問題的認識；三、對是否要消滅藏族問題的認識；四、對是否要消滅宗教問題的認識；五、對叛亂原因的認識；六、對地方錯誤的認識；七、對國家前途問題的認識。在此意見書中，十世班禪認為“西藏的叛亂是具有反黨、反祖國、反人民和反民主、反社會主義和反革命的性質，罪惡很大。黨採取平叛的政策是非常正確、非常必要的，而且是適時的。”但他也指出“改革後佛教遭受巨大的衰敗而瀕於滅亡，我們藏人於心不忍。”實行專政的過程中“很多在押犯悲慘地死去了，幾年來，藏族人口有很大減少，這對藏族來說，是個很危險的問題。”平叛擴大化時，青、甘、川、滇藏區有的地方“除老幼婦女等不能打仗的外，其餘青壯年男子以及通情達理的人，大部分被逮捕關押了。”十世班禪通過列舉大量事實，說明了在平叛、改革中出現錯誤和問題十分嚴重，還強調：這些問題和錯誤若不認真加以糾正，藏族將面臨滅族滅教的嚴重危險。
針對西藏實行民主改革中的“無產階級專政”的場面，十世班禪表示：
在民改鬥爭的地方颳起了兩大風，如果想進行鬥爭，即如被斗者雖然沒有特別嚴重的過錯，也要捏造許多嚴重的罪行，並予誇大，隨心所欲、顛倒是非，不僅毫無根據，一個比一個更尖銳激烈、更粗暴、更狂妄、更矜誇過火地姿意進行誣陷，以致冤枉了許多好人；而且對於那些瘋狂的人，反予以獎勵表揚，而對真假不加調查等，沒有進行應有的掌握，此其狂風之一。……鬥爭一開始，大喊、怒吼幾下，同時拔髮揪鬚，拳打腳踢，擰肉掐肩，推來推去，有些人還用大鑰匙和棍棒加以毒打，致使被斗者七竅流血，失去知覺而昏倒，四肢斷折等，嚴重受傷，有的甚至在鬥爭時當場喪命，此其狂風之二。——《七萬言書》
針對民主改革中對待宗教的問題，十世班禪表示：
掀起了一個消滅佛象、佛經、佛塔等的滔天浪潮，把無數佛象、佛經、佛塔燒毀，拋入水中，扔到地上，拆毀和熔化，對寺廟、佛堂、瑪尼牆、佛塔姿意進行了瘋象闖入般破壞……盜走了許多佛象飾品和佛像神塔體內的寶貴物品。……而公然無忌地侮辱宗教，把‘大藏經’用於漚肥的原料，專門把許多佛畫和經書用於製鞋原料等，毫無任何道理。——《七萬言書》
針對中國人民解放軍進入西藏後宣傳的舊西藏的黑暗與落後與共產黨帶來的光明等，十世班禪表示:
在西藏一些地方出現了個別人餓死的情況，這是非常不應該，是惡劣的、嚴重的。過去西藏雖是被黑暗、野蠻的封建統治的社會，但是糧食並沒有那樣缺，特別是由於佛教傳播極廣，不論貴賤任何人，都有濟貧舍施的好習慣；討飯也完全可以維生，不會發生餓死人的情況。我們也從來沒有聽說過餓死人的情況……勿使眾生飢餓，勿使佛教滅亡！勿使我雪域之人滅絕！為祝為禱！——《七萬言書》
反響
5月下旬，周恩來前往東北前向中央有關領導及中央統戰部、中央民委、西藏工委交待，囑咐與十世班禪協商、談心。《七萬言書》發布後，十世班禪將其送達中央領導和相關部門，引發了高度重視。依照周恩來的指示，李維漢與張經武、張國華、王其梅、夏輔仁、阿沛·阿旺晉美、帕巴拉·格列朗傑及平傑三、劉春等人一同召開參加了會議，與十世班禪一同研究相關提問題，並商量解決辦法。7月19日，會議形成了四個重要檔案，分別為：《加強自治區籌委會工作，改進合作共事關係》；《關於繼續貫徹執行宗教信仰自由政策的幾項規定》；《繼續貫徹執行處理反、叛分子規定的意見》；《培養和教育幹部的具體辦法》。
周恩來回到北京後再次詳細研究了十世班禪的《七萬言書》及四個檔案。7月24日下午，周恩來與十世班禪再次會面，回答了《七萬言書》中提出的問題，在《七萬言書》中“問題擺出來了，就必須要解決。但並不等於說你提的問題都對，有對的，有不對的。因為有這兩方面的情況，所以要慎重研究。對的就接受過來，不對的正面給你提出意見，提出批評。你有意見可以保留，也是許可的。”
8月初，十世班禪回到西藏。8月13日到9月2日，譚冠三主持召開了西藏工委第六次擴大會議並傳達了周恩來與李維漢等對西藏工作的指示，十世班禪對此感到很高興。但隨後形勢突變，北戴河會議上，毛澤東提出了“千萬不要忘記階級鬥爭”、“階級鬥爭要年年講、月月講、天天講”的號召，並批評了李維漢，認為李維漢“統戰部不抓階級鬥爭，搞投降主義。”在看到《七萬言書》後，毛澤東將此定性為“無產階級敵人的反攻倒算”。
批判
9月召開的八屆十中全會期間國務院副總理習仲勛被打成“習仲勛反黨集團”的首要分子。不久，李維漢被免去中共中央統戰部部長職務。習李二人的免職對十世班禪直接造成影響。9月底，張經武飛往拉薩，傳達北戴河會議的內容。西藏相關領導認為，李維漢向班禪投降，對班禪“向黨猖狂進攻”一味“遷就、妥協”，助長了班禪的“反動氣焰”。十世班禪對此非常震驚，並在此之後與西藏工委主要負責人關係日趨緊張，分歧日益加深。工委不斷對他“批評教育”，而他的西藏自治區籌委會的工作也被停止。會後，有人批判《七萬言書》為“農奴主奪無產階級專政的權”、“反黨反社會主義的反動綱領”，並與彭德懷在廬山會議上提出的“八萬言書”呼應，“一個在黨內，一個在黨外，共同向党進攻”。還有人認為十世班禪的意見與中印邊界問題有關，“具有國際背景的階級鬥爭”。對此，十世班禪表示無法忍受，並說：“我這個人看到‘左’的錯誤，看到不合理現象，看到老百姓吃苦受難，從心底感到氣憤，根本坐不住。要我不講話，或者講好聽的假話，或者閉上眼睛，我根本辦不到，這大概叫‘江山易改，本性難移’吧！”。
1963年全年到1964年初，十世班禪被關在一座小樓內，十分消沉痛苦。他想找毛澤東和周恩來但未得到回響。此後，十世班禪開始求助神靈，請占卜師算卦，託夢，並希望神靈可以為其辨明是非。
反抗
．．．達賴叛國以後，班禪代表西藏已經被打倒了的農奴主階級，組織反革命集團，猖狂地進行反人民、反祖國、反社會主義的活動。去年，西藏人民和自治區籌備委員會，揭露和批判了班禪集團的罪行。這是西藏平叛改革以來，農奴主階級和農奴階級之間的一次尖銳的復辟與反覆辟的階級鬥爭。這一場鬥爭的勝利，對於鞏固民主革命勝利成果，鞏固人民民主專政，都具有重大意義。班禪的罪惡是很嚴重的。但是，黨和人民還是給了他一個機會，希望他能悔罪自新，重新作人。黨和人民給了他寬大的處理，他是否痛下決心改造自己，那只有看他自己了。．．．謝富治在西藏自治區第一屆人民代表大會第一次會議上的講話，1965年9月2日《人民日報》
1964年年初默朗木慶典（即傳召法會）期間，十世班禪出人意料地在拉薩傳召大法會上對有一萬藏人參加的講話中提出西藏有權獨立並號召西藏獨立，支持並讚揚了達賴喇嘛，稱達賴喇嘛才是西藏人民真正的領袖，並高呼“達賴喇嘛萬歲”。十世班禪當場遭到拘禁，並在受到了連續七天的秘密審訊後消失。
1964年9月18日至11月4日，在西藏自治區籌備委員會第七次擴大會議期間，十世班禪受到嚴厲批判，被指控“反人民、反社會主義、蓄謀叛亂”。會上，十世班禪據理力爭毫不妥協，甚至大吵大鬧，拍桌子摔茶杯，但發言被多次打斷，為此，十世班禪還獲罪“態度惡劣”、“抗拒改造”。會上，“翻身農奴代表”聲淚俱下地指控十世班禪殘酷壓迫剝削農奴，犯有滔天罪行，並批判他是“最大的反動農奴主之一”。隨後，會議批判了“班禪叛國集團”，指控十世班禪陰謀“背叛祖國”，搞“西藏獨立”，指控原堪布廳的主要成員是“班禪集團”的“黑干將”、“黑高參”。此外，會議還指控了十世班禪在日喀則和拉薩的“班禪集團反黨叛國罪行展”，並發動“百萬翻身農奴大張旗鼓地揭發批判，憤怒聲討”。在會議期間，十世班禪的家被抄，查出大批卦辭，並被認為是“向党進攻”、“詛咒共產黨、詛咒毛主席”的罪證。十世班禪一度成了西藏階級鬥爭的主要對象，被認為是西藏各族人民“最危險的敵人”。當月，由周恩來安排，班禪舉家搬到北京已故副委員長沈鈞儒的寓所居住，仍受到副委員長的待遇。期間，十世班禪參加了國家民委辦的學習班，還被安排到低壓電器廠接受勞動改造。12月17日，國務院決定撤銷十世班禪的西藏自治區籌委會副主任委員及代理主任委員職務，僅保留委員職務。在此後舉行的第三屆全國人大第一次會議和第四屆全國政協第一次會議上，十世班禪還被撤銷了全國人大常委會副委員長和全國政協副主席的職務，只保留了全國政協常務委員一職。原班禪堪布會議廳的主要成員及十世班禪的身邊人員，如詹東·計晉美、恩久·洛桑群培、頓吉·索朗多吉、嘉雅·洛桑丹白堅贊等人也在1964年受到批判及處理。
文革入獄
文化大革命爆發後，部分鬥爭矛頭指向了達賴喇嘛和十世班禪。周恩來對紅衛兵表示對烏蘭夫、十世班禪等少數民族領袖人物要加以保護，如果他們有問題可以寫材料揭發，也可以背對背批判，但不能揪斗。因此，十世班禪在初期生活相當平靜。1966年8月末，中央民族學院的一些人強行進入十世班禪的住處，將十世班禪押送到學院，召開了大規模的批鬥會並成立了“揪斗班禪聯絡站”、“批判班禪指揮部”等組織，爭相批鬥班禪。其中，批鬥罪名包括虐待毆打家中保姆，喜好男色等。在周恩來的協調下，十世班禪由北京衛戍區轉移到北京政法學院接受“監護”，與被“北航紅旗”揪回的彭德懷關押在同一地點。 兩個多月後，得到周恩來指示，十世班禪被衛戍區送回了寓所。
文革時期新華社刊登的對十世班禪的批判
各族革命人民掀起活學活用毛澤東思想的新高潮，狠揭狠批了中國赫魯雪夫及其在西藏的代理人推行的反革命修正主義路線，清算了達賴、班禪叛國集團的滔天罪行，階級鬥爭和兩條路線鬥爭覺悟大大提高。．．．向中國赫魯雪夫等黨內最大的一小撮走資派及其在西藏的代理人發動猛烈進攻，徹底揭露了他們招降納叛，結黨營私，勾結達賴、班禪叛國集團和國民黨殘渣餘孽，妄圖在西藏復辟封建農奴制度和資本主義的滔天罪行．．．他們在狠揭狠批中國赫魯雪夫及其代理人的同時，還清算了達賴、班禪叛國集團反對社會主義、反對毛澤東思想，妄圖復辟封建農奴制度的滔天罪行。通過革命的大批判，百萬翻身農奴的階級鬥爭和兩條路線鬥爭覺悟大大提高，他們說：中國赫魯雪夫等一小撮壞蛋，同達賴、班禪這些反動的農奴主坐在一條卡墊上，在一個碗裡抓糌粑，是披著羊皮的豺狼，我們一定要把混在羊群里的狼統統地揪出來！—新華社 1968年9月4日
1968年2月，十世班禪被再次帶走，並以隔離監護的名義囚禁在秦城監獄，與外界失去聯繫。在獄中，十世班禪受盡折磨。在監獄中，十世班禪十分憤怒，經常猛烈地敲打鐵門並呼喚：“打開鐵門、把我拉出去，交給民眾批鬥。”“你們為什麼不批判我，不提審我，我要見人，我要說話！”有時，十世班禪故意將飯碗打翻，或在放風時故意用腳踹看守，以激怒他們和他們吵架。由於監獄管理人員都為漢人，十世班禪沒有機會使用藏語。在監獄期間，每天警衛送飯前都會遞過一張紙條詢問十世班禪想吃什麼。但是，那時十世班禪還不懂漢文，因此受到很大的刺激。於是，他給監獄長提意見，要了一本《新華字典》，並將其“從頭到尾反覆背誦”。 同時，他主動和監獄管理人員談話學習漢語，並艱難地閱讀了毛澤東著作和中文報刊，將一本《新華字典》翻爛。出獄後，十世班禪曾說：“這本小字典，是我最好的老師，我要把它作為珍貴文物好好保存。”通過數年獄中的刻苦自學，出獄時，十世班禪已能流利地說漢語，漢文水平與社會知識進步較大。十世班禪的牢房與原北京副市長萬里較近，兩人關係因此較為親密。
因受十世班禪1962年《七萬言書》一案的牽連，八十歲的喜饒嘉措在文革中受到批鬥被被打斷一條腿，並在受盡折磨後於1968年死去。1969年，一度有報導稱十世班禪已經在監獄內死亡。
在文革期間，西藏本土興起的紅衛兵狂熱地參與了“破四舊”，在文化方面造成巨大破壞。文革結束後，中華人民共和國政府在藏區的政治影響力受到巨大挑戰，而重新獲得自由的十世班禪則享有了極大的聲望。在文革的運動中，一批積極參加文革運動的藏區本土幹部被十世班禪視為“投機鑽營分子、地痞、流氓無產者”。與此同時，文革時期一度熄滅的宗教熱情在藏區恢復。當時，雖然遭到共產黨長期嚴厲批判，當中華人民共和國政府與十四世達賴喇嘛接觸達賴代表團回國時，其代表團仍然出人意料地得到了萬人空巷的歡迎。進入八十年代後，西藏局勢的不穩定隨之而來。
出獄
普通人的生活1977年10月，十世班禪獲釋，但被軟禁於北京直至1982年。出獄後，十世班禪過上了普通人的生活，每天他很早起床，念完晨經後外出跑步，從北京站一直跑到天安門廣場。還與其他北京人一同作體操，與見面的陌生人問聲好。跑步後，吃過早點看書學習。有時到胡同里散步，有時自己買菜和日用品。與此同時，十世班禪開始對自己的“七萬言書”反省，並認為自己在文革中的遭遇並不委屈，並表示：“過去我確實犯了錯誤，說了一些錯話，做了一些錯事，今後我準備好好總結一下，再給中央寫個檢討報告。”在一次談話中，十世班禪談到“過去我被人扶在寶座上，接客群人拜見，就連我自己的父母來見我，都要給我磕頭。那時我不知道天高地厚，但是現在我知道了，那樣做是錯誤的。一個不知道天高地厚的人，什麼事情也辦不成，現在越想越可笑。”
結婚
1978年，十世班禪與其他民主人士組成代表團到外地考察，原69軍軍長董其武是考察團副團長。考察之中，十世班禪和與其年齡相近的董其武的警衛關係較近。於是，十世班禪委託該警衛員給自己介紹結婚對象，得到該警衛員答應。回北京後，該警衛員介紹了董其武的外孫女李潔。19歲的李潔出於好奇帶著自己的五姨見了班禪，而十世班禪一見傾情直接向其求婚。李潔被十世班禪的氣質所吸引，願意放棄第四軍醫大學的學業與十世班禪結婚，但遇到輿論阻力和女方家人的反對，李潔的外祖父董其武也不同意。對此，十世班禪說：“喇嘛結婚並不違反教規。達賴喇嘛的哥哥嘉樂頓珠結了婚，達賴的弟弟也結了婚，他們都是活佛，可見一定程度是可以結婚的。”為此，他們二人向中共中央發出報告，申請結婚。1978年6月，在得到鄧小平批准同意後，二人領取了結婚證書並舉行了隆重的結婚典禮。李先念、張愛萍、楊得志、阿沛·阿旺晉美、趙朴初等出席了婚禮。婚後，李潔成為他的妻子兼秘書，並育有一女。
最好的愛國者
1979年，西藏“分裂勢力”打出“獨立”旗號，十世班禪表示：“我維護祖國統一的立場是堅定不移的，對於分裂祖國的行徑，我過去反對，現在反對，將來也反對，我願為維護祖國統一的偉大事業作出最大犧牲。”7月2日，十世班禪在政協五屆二次會議上被增選為全國政協副主席。1980年9月，當選全國人大常委會副委員長。之後不久，十世班禪前往藏區視察。出發前，全國政協主席鄧小平和十世班禪談話，稱讚他是“我們國家一個最好的愛國者，是擁護國家統一的。” 視察中“你自己的活動，可以放手，不要顧慮。”“你在這次下去的時候可以說，文化革命中那些事情都錯了。你不要怕，就說這是中央領導同志講的。”
此後，十世班禪七次去西藏，三次去青海，兩次去四川藏區視察。在此期間，十世班禪也曾率領代表團前往的澳大利亞、紐西蘭、尼泊爾及南美玻利維亞數國進行訪問。出國訪問期間，十世班禪曾收到來信勸其趁出國訪問的機會到自由國家避難，十世班禪對此回答到“我和達賴喇嘛是教友，我尊重他，但我們走的路不一樣。”十世班禪任中華人民共和國憲法修改委員會委員，援助西藏發展基金會主任委員，中國佛教協會名譽會長，中國藏語系高級佛學院院長。
返藏重建與改革
1982年，離開西藏18年之久的十世班禪回到西藏，受到了數千藏人的歡迎。一周后，他重開了扎什倫布寺的佛塔，當地三萬居民參加了相關儀式，該寺曾存放了五世至九世班禪的遺骨，文革時期被紅衛兵肢解拋棄，後被藏人找回。從當年起，十世班禪在以國家領導人和宗教領袖的雙重身份下訪前往藏區各地訪問，在發表談話中，十世班禪號召信徒民眾不要再奉獻錢物和布施，認為這些原本只是送給活佛舉行象徵意義的見面禮，但是由於有人把它誤認為是祈福贖罪的代價，並認為奉獻的越多就越虔誠，導致了一些民眾傾家蕩產，為此與教義不符且加重了生活負擔，應該予以改革，並表示：“這種對奉獻的誤解行之已久，積累成習，需要由宗教界自己去改革，看來需要我帶個頭，從教義的角度向信教民眾講清道理，勸導他們逐步改變這種習慣。”此後，十世班禪在每次訪問藏區期間都聲明不收奉獻和布施。但仍舊有許多信眾堅持該習慣。十世班禪有時把收到的現金交予當地政府用於教育文化事業，有時則留給寺廟，或者直接捐給當地的學校和幼稚園。根據不完全統計，1982年到1988年間，十世班禪先後在當地捐款20萬元。1983年6月，女兒堯西·班·仁吉旺姆於北京降生。
文革期間，《格薩爾》被批判為“大毒草”，《格薩爾》的各種抄本、刻本、譯本、文物、畫卷等在藏區各地遭到焚毀。文革結束後，《格薩爾》得到平反，1980年社科院少文所和民研會為搶救《格薩爾》成立了《格薩爾》工作。1986年5月，十世班禪與中國《格薩爾》工作組成員會面並留影。
當年11月，十世班禪率領全國人大代表團訪問尼泊爾，向居住在尼泊爾的藏族人講經摸頂，收到奉獻布施4萬餘盾尼泊爾盧比。訪問後，十世班禪將所得大部分捐給了釋迦摩尼誕生地的藍毗尼建設委員會。12月9日，十世班禪與趙朴初、趙渢和呂驥等前在出訪歐洲前前往中央音樂學院參加了“北京佛教音樂團”舉辦的音樂會。
1987年3月28日，十世班禪在人大小組會上發言時談到：“1958年我在青海聽到黨內檔案上說‘要挑起叛亂、壓出叛亂，然後在平叛過程中，徹底解決宗教和民族問題’”。7月17日，十世班禪表示：“我們今天在這裡歡聚一堂的時候，自然想到達賴喇嘛和國外的藏族同胞。他們遠離故土、流落異國，脫離祖國，離別同胞，這是任何的愛國之心、有愛民族之心的人所不堪的。作為同一民族的同胞兄弟，我對他們的這種處境歷來十分關切。特別是對達賴喇嘛本人，由於他和我同是佛門弟子，同是歷史上形成的黃教教主宗喀巴衣缽的傳承人，是很好的教友，我對他更為關切。”9月1日，十世班禪在北京的西黃寺主持創辦了中國藏語系高級佛學院。
1988年2月8日、9日，十世班禪表示1987年10月，警察向圍攻警察局的人群開火警告，造成人員死傷，與中國官方宣稱沒有人員死亡的說法衝突。同年，十世班禪與阿沛·阿旺晉美在西藏自治區大會上一同倡議並通過了《關於學習、使用、發展藏語文的若干規定》的決議，以推動對整個藏區民族文化、語言、文字的教育。4月，在全國人大七屆一次會議中外記者招待會上，十世班禪回顧自己的歷史時表示：“我在監獄裡沒有死掉，主要是周恩來先生的恩情。”5月，全國人大常委會決定對十世班禪進行平反。
由於文革期間，中國當時僅存的一套官刻《乾隆版大藏經》的經板7萬多塊經板中約有1萬塊遭到毀壞。1987年，中國佛教協會、北京市文物事業管理局、文物出版社決定重印《乾隆版大藏經》。1988年11月24日，十世班禪前往人民大會堂西藏廳參加了《乾隆版大藏經》發行儀式，並為重印的大藏經題詞：“戒惡行善，克己自律，乃佛法也。弘揚佛學，利益眾生，願一切虔誠的信徒康福長壽。遍行善事乃眾生幸福之源。”此外，他還說到：“‘文革’期間有很多珍貴的文物被毀，西藏地區也有許多珍藏的藏傳佛教珍貴文物也都被毀掉了。沒關係，會有大護法補刻上毀掉的經板。”
圓寂
1989年1月9日，十世班禪乘專機從北京動身前往西藏日喀則扎什倫布寺，主持班禪東陵札什南捷開光典禮（五世至九世班禪大師遺體合葬靈塔祀殿）。習仲勛送行時說：“這個季節西藏缺氧嚴重，你要注意自己的身體，不要性急，要勞逸結合。”十世班禪說：“開光典禮辦完，便遂了我最大的心愿，就是死了也瞑目。”習仲勛說：“佛不要你走，馬克思也不要你走。”陪同班禪一同出行的包括李佐民、任仁等人外，還有班禪的父母、經師及習仲勛送的黑背狼犬。1月10日，十世班禪參拜了大昭寺朝拜釋迦牟尼佛像，誦經祈禱。1月11日上午，中共中央委員、西藏自治區黨委書記熱地，向十世班禪歸還60年代從班禪家中沒收的檔案材料，其中包括了《七萬言書》手稿和照片、夢兆錄、卦辭等。十世班禪對此說到：“你們看，這意見書，全是我親手書寫，親自修改的，為了它，我花了不少心血。批判時，說是這個人寫的，那個人寫的，冤枉了不少人。”
1月14日乘車前往300公里外的日喀則。22日上午，十世班禪主持了在扎什倫布寺班禪東陵扎什南捷的開光典禮。參加此次典禮的人還包括國務院宗教事務局的領導，西藏、四川、甘肅、青海、貴州、寧夏等省區領導及當地黨政軍領導和僧侶代表。會上，十世班禪與中央代表和時任西藏自治區黨委書記胡錦濤先後發表了講話。開光典禮達5個小時，後宣布：“我的任務完成了！”
1月23日，十世班禪給各省代表召開座談會，聽取對西藏工作的意見。十世班禪發表講話對中華人民共和國政府的西藏政策進行了激烈的批評，認為中華人民共和國治理西藏30年來付出的代價超過了發展帶來的好處，並針對當時對待藏人示威的嚴厲處置表示有些官員反覆犯錯。24日，為宗教界代表召開座談會，聽取對藏傳佛教發展的意見。25日與26日，為五萬餘信眾逐一摩頂，因此勞累過度。27日晚，宴請日喀則軍政領導。同日，十世班禪講到：“扎什南捷開光典禮大會，我再加這樣一句話就好了：我和達賴喇嘛都是宗喀巴弟子。在這個隆重的開光大典上，我很想念我的教友達賴喇嘛。”
1月28日凌晨，十世班禪在日喀則在主持歷代班禪靈塔落成儀式中心臟病發作，心電圖顯示為急性下壁和廣泛前壁心肌梗塞。時任中共中央總書記趙紫陽得知後立即派遣一隊心臟病專家乘專機前往日喀則，時任辦公廳主任溫家寶任搶救小組組長。溫家寶到達拉薩後，乘直升機前往日喀則的班禪新宮德慶格桑頗章。搶救進行兩個小時後，守候在班禪身邊的嘉雅經師對救助人員說到：“你們已經盡了最大的努力，現在請把大師交給我們吧，讓我們按照藏傳佛教的儀軌處理”。隨後，全國人大常委會開始編寫訃告並準備在十世班禪去世後發布，訃告中稱“偉大的愛國主義者，著名的國務活動家，中國共產黨的忠誠朋友，中國藏傳佛教的傑出領袖，十師班禪額爾德尼確吉堅贊在日喀則新宮德慶格桑頗章逝世，享年51歲。”。29日晚20時16分，十世班禪因搶救無效而圓寂。
身後
十世班禪的去世引發了許多傳言和猜測。2011年，中國持不同政見者袁紅冰宣稱胡錦濤主導了十世班禪的死亡。在藏人間有許多傳言和陰謀論，如在十世班禪去世前，他曾在和他妻子最後一次見面的時候預見到自己的死亡。在他死前，天空出現了彩虹。包括第十四世達賴喇嘛在內的許多人認為十世班禪是被其醫護人員毒死的。對此，十世班禪的女兒不發表評論，依然認為十世班禪的死是由於身體差、極度超重和慢性失眠所致。2013年，流亡海外的中國作家與法學家袁紅冰與藏漢雙語詩人、藏學研究者安樂業在著作《殺佛——十世班禪大師蒙難真相》中讚許十世班禪是當代西藏佛教復興運動、西藏文化復興運動、西藏復國運動的精神領袖和發起人。他們根據史料與訪查包括太子黨相關成員而認為十世班禪死於中國共產黨的政治暗殺，稱這場行動經鄧小平拍板，並交辦給時任中共中央辦公廳主任溫家寶、西藏自治區黨委書記胡錦濤、共青團西藏自治區委副書記胡春華。該書並批判中共政策下藏人亡教滅種的文化危機。
1989年1月29日，溫家寶等人在日喀則參加十世班禪的遺體告別儀式。按照儀軌，十世班禪的遺體經脫水整形處理後永久保存。2月5日，在人民大會堂舉行了十世班禪的追悼會。1993年8月30日，在得到長期保存處理並在扎什倫布寺的則甲大廳供奉4年零8個月接受信眾瞻仰朝拜後，十世班禪的遺體被安放在耗資6406萬元修建的黃金皮靈塔祀殿釋頌南捷。十世班禪成為70年代以來，除毛澤東以外唯一一位遺體得以保存的黨和國家領導人。
繼任
1989年十世班禪去世後，時任西藏日喀則扎什倫布寺堪布恰扎·強巴赤列被中華人民共和國國務院任命為十世班禪轉世靈童尋訪小組組長，主持尋找十世班禪的轉世靈童，對此，國務院撥款600萬元，讓強巴赤列全權負責。平時，強巴赤列活佛對北京表現得百依百順，並因此獲得全國政協常務委員、西藏自治區政協副主席的地位，以致被部分藏人認為是“漢人的走狗”。在轉世靈童尋訪期間，小組同時與西藏流亡政府保持著聯繫，強巴赤列暗中將尋訪靈童的每一步的情況向第十四世達賴喇嘛匯報，並聽取了達賴喇嘛的指示。1993年8月，強巴赤列托人給達賴喇嘛送信，在信中強巴赤列表示“雖然班禪大師去世時的言行和觀湖等跡象顯示，轉世靈童降生在西藏區域內，但還須達賴打卦，兆示靈童的特徵和誕生方位。”同年年底，強巴赤列再次給達賴喇嘛送信通報尋訪靈童將在下一年開始。在三次尋訪之後後，選出了七名候選男童和五名待查男童。更登確吉尼瑪排在五名待查男童之內。
1995年，強巴赤列將尋訪結果通信告知了十四世達賴喇嘛。5月13日深夜，達賴喇嘛駐香港代表、達賴喇嘛二哥嘉樂頓珠通過電話告知在北京和西藏負責轉世靈童工作的人員，第二天達賴喇嘛將正式宣布十世班禪轉世靈童的結果。5月14日在印度德里，達賴喇嘛搶在中華人民共和國之前通過廣播的形式宣布生於西藏嘉黎縣的更登確吉尼瑪為十世班禪的轉世靈童。當月，強巴赤列被秘密逮捕並在此後以分裂國家罪和泄露國家秘密罪被西藏自治區日喀則市中級人民法院判處有期徒刑6年、剝奪政治權利3年。強巴赤列對此表示不後悔，並解釋到“我是受了比丘戒，並由達賴喇嘛灌頂的。我必須服從灌頂上師的意志，否則，是上不了天堂的。”同年11月29日，中國政府在大昭寺經金瓶摯簽儀式認定確吉傑布是第十一世班禪喇嘛，並於12月決定確吉傑布為十一世班禪喇嘛，12月8日在扎什倫布寺舉行坐床大典。
家庭
確吉堅贊是歷世班禪中唯一一位正式結婚的，他於1979年娶妻，妻子是原國軍將領董其武的外孫女李潔。三年後得女兒仁吉旺姆。著作
- 《菩提道次第廣論簡釋》
- 《雙身喜金剛生、圓次第》
- 《十世班禪佛學文集》
