歷史沿革
蒙藏委員會舊址國民政府北伐成功及南京國民政府成立後，於1929年再根據中華民國政府組織法成立“蒙藏委員會”，地址在南京曾公祠，管理蒙古地方（今蒙古國）、西藏地方及其它各省蒙族、藏族聚居區的行政、宗教及其他各項事務，先直屬國民政府，後改為行政院所屬部會之一，為中央主管蒙藏政務之最高機關，特任閻錫山為委員長，指定趙戴文為副委員長。下設矇事處、藏事處、蒙藏教育委員會、編譯室、調查室等。
中華民國（1911年—1949年），蒙藏委員會所掌政務幾乎涉及所有蒙古地方、興安省、察哈爾省、綏遠省、熱河省和西藏地方、西康省、青海省、甘肅省的民族文化宗教事務。
抗戰時，曾參與十四世達賴的認定和坐床儀式，時任蒙藏委員會委員長的吳忠信代表重慶國民政府親自主持。
1949年國民政府撤離中國大陸以後，由於無法管轄蒙藏地區，蒙藏委員會的許可權與業務有所改變，主要負責在台藏人、蒙古人的生活和就業，以及與今日蒙古國、海外藏人組織之間的政治、經濟、文化、教育事務的交流。
另外設有蒙藏文化中心，用來傳揚展示蒙藏兩地的文化交流。
隨著台灣當局機構改革，“行政院大陸委員會”可能將“蒙藏委員會”並進來，以更加符合兩岸關係的現狀。
歷任委員長
郭寄嶠（1963年－1972年）
崔垂言（1972年－1981年）
薛人仰（1981年－1984年）
董樹藩（1984年－1986年）
吳化鵬（1986年－1993年）
張駿逸（1993年－1994年）
李厚高（1994年－1997年）
高孔廉（1997年－2000年）
徐正光（2000年－2002年）
許志雄（2002年－2008年）
高思博（2008年－2011年2月）
羅瑩雪（2011年2月—2013年11月）
蔡玉玲（2013年11月—）
提廢風波
2016年3月，民進黨“立法委員”蔡易余等人正式提出議案，要求廢除“蒙藏委員會”，認為其“職能不明，浪費人民的納稅錢”。台灣最大論壇PTT有網民叫好稱：早該廢除這個部門了，就是個笑話；西藏蒙古根本管不著，卻有“蒙藏委員會”，該廢。也有網民稱，你了解歷史嗎？公開賣國不臉紅。
