靈童降生
土登嘉措 藏曆第十五饒迥(1876年)火鼠年五月五日，土登嘉措降生在下達布地區一戶普通農家裡。由於該戶處在形似矯健的大象的朗林拉巴山前，故稱之為朗頓(大象旁之意)。
當時十二世達賴喇嘛成烈嘉措去世已一年多了，按慣例首先請八世班禪丹白旺秋打卦問卜。八世班禪答覆說達賴靈童已經出世，其方向在拉薩的東南方。而後，護法神也說靈童已在拉薩東南方向出世。於是，攝政達擦和噶廈政府派出多人尋訪，在查詢過程中，人們發現朗頓的情況與聖湖顯影、神佛預言完全相同。他們即致函政府，詳細匯報了所見所聞。噶廈立即派人到朗頓再度進行認真考察，指示其父母將男嬰出世前後的吉祥預兆，詳實地作一書面稟報。
根據各地傳報的情況來看，朗頓的男嬰無疑是達賴轉世靈童。但為了慎重起見，噶廈再次派人攜帶哈達、鍍金銅白度母像等敬獻物，前往靈童出生地。隨後，八世班禪丹白旺秋、攝政達擦呼圖克圖、各寺高僧等一致認為靈童確係前世達賴轉世，因而通過駐藏大臣松桂上奏皇帝。光緒皇帝下諭旨云：“貢嘎仁欽之子羅布藏塔布開甲木錯，即作為達賴喇嘛之稱畢勒罕，毋庸掣瓶。”（牙含章：《達賴喇嘛傳》，人民出版社1984年版，第93頁）噶廈接到諭旨後，即派專使前往轉世靈童降生地宣讀皇帝聖旨。
藏曆十一月一日，靈童由噶倫宇妥為首的迎請官員陪同，浩浩蕩蕩前往拉薩。沿途部眾焚香，僧人們手持經幡列隊迎送靈童。十四日，靈童抵達拉薩東郊的蔡貢塘。按慣例，駐藏大臣松桂捧讀了聖諭，宣讀完畢後，靈童向東方行了三跪九叩禮，然後由駐藏大臣等向達賴靈童敬獻哈達，達賴靈童也向駐藏大臣回贈了哈達，並送了鍍金佛像等厚禮。
剃髮坐床
藏曆土虎(1878)年正月四日，八世班禪丹白旺秋應政府的邀請前來拉薩。十一日，班禪額爾德尼、攝政達擦呼圖克圖等一同前往蔡貢塘會晤達賴靈童，互獻哈達。之後，在日光殿的主聖前，由班禪額爾德尼剪去靈童的頂發，取法名為“吉尊阿旺桑土措晉美旺秋卻勒南巴傑娃德白桑布”。為了慶賀靈童剃髮取法名，西藏舉行了盛大的慶祝宴會。
此後，西藏地方政府通過駐藏大臣松桂，請求“準許下年舉行達賴坐床大典，並用黃色馬鞍。”土兔(1879)年公曆五月，光緒皇帝諭旨云：“達賴喇嘛轉世已確定，今年六月十三日良辰吉時舉行坐床，甚佳，朕深喜之!現贈達賴喇嘛黃哈達一條，佛像一尊，念珠一串，鈴杵一套。達賴喇嘛坐床之後，可啟用前世達賴喇嘛之金印，並復奏皇上謝恩。經用黃轎及黃色的鞍轡均予準用。封佛父貢嘎仁慶為公爵，賞戴寶石頂子，著孔雀翎，依旨遵行，欽此!
佛父貢嘎仁慶被封為公爵以後，噶廈政府按慣例又撥給莊園和農奴，遂成為大貴族之一，名為朗頓。
五月十三日，達賴喇嘛坐床典禮正式開始。達賴喇嘛在悅耳的鼓樂、號角等樂器聲乘著由8人抬著的黃色轎子，在攝政達擦呼圖克圖、欽差大臣等漢藏僧俗官員的簇擁下向拉薩進發。
按舊例，達賴喇嘛首先到大昭寺，向釋迦牟尼等佛像叩頭敬禮，敬獻哈達。十四日正逢良辰吉時，在布達拉宮司喜平措大殿送達賴喇嘛禮品，並由一位年長的堪仲(僧官擔任的大秘書)大聲宣讀了皇帝發來的賀信諭書。接著駐藏大臣向達賴喇嘛敬獻上等哈達1條，青玉如意1件，並且將皇帝贈送的陽紋緞織畫像1幅、一條哈達，長柄玉盞1個，鍍金銀輪1件、銀制曼遮1個和漢銀1萬兩等禮品呈請達賴喇嘛過目。
為了慶祝達賴喇嘛坐床，西藏進行了隆重的慶祝活動。
坐床大典舉行之後，按照慣例，達賴派白產堪布前往北京，向皇帝呈送讚頌其恩德的奏本。其中云：“我們邊地眾生之幸福，過去來自您的恩德，今後不靠皇上靠何人?”
受戒學習
藏曆水馬(1882)年，達賴年滿7周歲，已到受戒年齡。但因八世班禪有病，由經師通善濟嚨呼圖克圖在大昭寺給土登嘉措受沙彌戒。接著，繼續在哲蚌寺學經求法。
土登嘉措 是年，八世班禪丹白旺秋圓寂。火狗(1886)年四月八日，攝政達擦通善呼圖克圖去世。次日，駐藏大臣色楞額前去驗屍，並封了攝政的大印。“十三日，四大噶倫、總堪布等人帶著哈達、曼遮等禮品，前往布達拉宮向達賴報告並商討繼任人選問題。報告說，達賴喇嘛還年幼，且要求學念經，故攝政之事暫由第穆呼圖克圖代行為宜。噶廈專門派人與兩位駐藏大臣磋商攝政的人選，根據與駐藏大臣磋商決定，任命第穆呼圖克圖為代理攝政，並按照駐藏大臣的意見，多喀瓦、宇妥等三位大臣前去向達賴喇嘛報告。”（《傳記希奇珍寶鏈》上卷，138頁）
於是，駐藏大臣轉奏皇帝準許第穆呼圖克圖代行攝政職權。為了保持西藏政局的，當年的藏曆五月十三日，舉行了第穆呼圖克圖宣誓就職儀式。
1895年（清光緒二十一年），十三世達賴已二十歲，按照舊例，應由班禪給他授比丘戒，但九世班禪年幼剛受沙彌戒，不夠資格，改由佛師普覺羅桑楚臣強巴嘉措傳授了比丘戒。這時，西藏內部發生了一次重大政治事件，即攝政第穆呼圖克圖暴亡，由十三世達賴親政。在同年十月，第穆“因病”請求“辭退”，駐藏大臣奎煥向清朝政府上奏，批示是：“諭軍機大臣等，……第穆大臣圖克圖既據奏稱因病力求辭退，著即準其所請，所有藏番政教兩務即歸達賴喇嘛掌管”。據十三世達賴的藏文傳記載，攝政第穆呼圖克圖名義是“辭退”了，實際上仍操縱著大權，並進行詛咒，想把十三世達賴害死。據說有一天第穆呼圖克圖之弟傲布才仁給十三世達賴送了一雙靴子，達賴穿上以後感到身體不適，就請乃迥降詢問，乃迥說第穆呼圖克圖送的靴子裡面有鬼，達賴把靴子拆開檢查，果然發現裡面藏有達賴生辰年月日的咒符，可使十三世達賴早日死亡。於是十三世達賴就逮捕了第穆呼圖克圖之弟傲布才仁進行審訊。當晚第穆呼圖克圖即在他的丹吉林寺暴亡。時年四十五歲。
掌權親政
英軍入侵
第穆呼圖克圖逝世後，十三世達賴就完全掌握了西藏政教大權。當時他面臨著英帝國主義者軍事侵略的進一步威脅，英人已放出了進攻拉薩的狂言。對於抵抗英帝國主義的侵略，十三世達賴的態度是明確的，他決心領導西藏僧俗人民進行第二次抗英戰爭。
1903年（清光緒二十九年），英軍第二次入侵西藏。次年，英軍攻占春丕、帕里。當英軍到江孜時，受到藏軍有力的阻擊，雙方發生了激戰，英國人也死傷不少，這就是西藏歷史上有名的江孜保衛戰。後來，英軍又派來了增援部隊，即向拉薩進發，當年八月三日占領了拉薩。
出逃外蒙
十三世達賴在英軍抵達拉薩的前夕，從布達拉宮出走，經黑河，越過唐古拉山，而進入青海，前往外蒙古，當到達外蒙古之庫倫時，企圖逃往俄國。後來，由於受到清朝駐外蒙古大臣和從北京派來的欽差大臣之勸阻，赴俄的目的才沒有達到。
對十三世達賴出走，駐藏大臣有泰向清朝政府的奏摺中“彈劾”十三世達賴“平日跋扈妄為，臨事潛逃無蹤，請褫革達賴喇嘛的名號。”清朝政府回電：“著即將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝。”對於十三世達賴在英軍占領拉薩時出走一事，應該理解為他為了避免被英軍俘獲，是被迫出走的，似為妥切。因為十三世達賴到達外蒙古以後，即通過清政府庫倫辦事大臣德麟向清政府代表，請求援助抗英。對清朝政府“革除”達賴名號一事，西藏僧俗民眾非常不滿，駐藏大臣有泰也感到這事辦的很不妥當，乃向清政府請求“開復達賴名號，以順番情”。清朝政府的批示是：“著俟達賴喇嘛由庫倫啟程後，再降諭旨。”
赴京陛見
1906年（清光緒三十二年）4月，十三世達賴由庫倫啟程返藏，九月抵青海塔爾寺。陝甘總督升允向十三世達賴轉達了清朝政府的“奉旨款留，暫不回藏”的“上諭”。因此，十三世達賴就在塔爾寺等候“諭旨”。
1907年（清光緒三十三年），清朝政府命令十三世達賴先到山西五台山朝佛，然後“赴京陛見”。土登嘉措即於是年11月離開塔爾寺，次年正月十八日到五台山，在此停留了約半年。7月27日，清朝政府特派軍機大臣和山西巡撫前來五台山，敦請十三世達賴入京“陛見”。8月4日，土登嘉措到達北京，受到妥善的接待，仍令住在五世達賴和六世班禪居住過的黃寺，清德宗在中南海紫光閣為十三世達賴土登嘉措設宴洗塵。不僅“開復”了“名號”，而且加封為“誠順贊化西天大善自在佛”，並決定給達賴每年“廩餼銀”一萬兩，由四川藩庫按時撥付。
在北京期間，十三世達賴數次與慈禧太后和清德宗會悟，據十三世達賴的藏文傳記載，當時土登嘉措要求他直接向慈禧太后和清德宗“奏事”，沒有批准，仍要他有事必須通過駐藏大臣“代奏”。接著，慈禧和清德宗相繼逝世，溥儀作了皇帝，改元宣統。
經清朝政府批准，十三世達賴即於1907年11月28日離京返藏。1909年（清宣統元年）10月30日返抵拉薩，駐藏大臣聯豫在扎什城表示歡迎。
出逃印度
十三世達賴土登嘉措回藏後，與駐藏大臣發生了尖銳的矛盾，而矛盾的焦點，則是川軍入藏問題。土登嘉措未抵拉薩之前，聯豫即奏請由四川調兩千官軍入藏，得到清朝政府的批准。按理講這是正當的。因為西藏是大清帝國的領土，迭遭英帝的侵略，為了保衛邊疆，鞏固國防，中央政權應該派軍隊進駐西藏。但是西藏是少數民族地區，進駐西藏的軍隊，應是經過訓練、軍紀嚴明的部隊。然而川軍進藏以後的紀律很壞，川軍一入拉薩，沿途開槍，擊斃巡警一名，又在琉璃橋畔殺了濟仲大喇嘛。川軍還向布達拉宮開槍亂擊，“達賴恐遭危險，即挈其左右逃往印度。”
十三世達賴逃亡印度以後，清朝政府又下令宣布革去十三世達賴名號，並要駐藏大臣另找靈童代替。這樣，不僅在西藏引起極大的震動，即在內外蒙古、青海、四川、雲南、甘肅等地蒙藏民眾中引起強烈反感。但清朝政府不願收回成命，只令駐藏大臣聯豫派人前去印度，設法勸說十三世達賴回來。
返回西藏
接著，在內地辛亥革命成功，清帝宣布退位，成立了中華民國，結束了數千年的封建帝制。1912年藏曆五月初五日，十三世達賴從大吉嶺啟程回藏，曾與九世班禪會晤於熱隆寺。不久，十三世達賴從熱隆寺又轉移到桑頂寺，因拉薩戰事尚未結束。他在桑頂寺住了兩個月，於是年八月二十九日離開桑頂寺，十二月十六日到拉薩。當十三世達賴到達拉薩之時，國內政局已發生新的變化，孫中山先生辭去大總統之職，袁世凱當了大總統，民國元年（1912）7月19日，北洋政府設立了蒙藏事務局，任命蒙古喀喇沁王爺貢桑諾布為總裁。十三世達賴主動給貢桑諾布寫了一封信，派蒙古族喇嘛羅布桑東珠爾為代表，前往北京。
袁世凱見到十三世達賴來信以後，即於民國元年10月28日發表了恢復十三世達賴名號的命令。該命令稱：“……現在共和成立，五族一家，前達賴喇嘛誠心內向，從前誤解自應捐釋，應即復封為誠順贊化西天大善自在佛，以期維持黃教，贊翊民國，同我太平。此令。”
騎牆政策
西藏會議
十三世達賴接到“開復名號”的命令以後，即通過護理駐藏辦事長官陸興祺，給袁世凱轉去一電，達賴要求北洋政府派人到印度大吉嶺進行談判，反映了當時西藏形勢的迫切需要。當拉薩川軍兵變，包圍色拉寺失敗，反而被藏軍反包圍以後，西藏靖西同知馬師周等人即由印度致電四川者督尹昌衡告急，請求速發援兵入藏。陸興祺也由印度致電北洋政府和四川都督尹昌衡，雲南都督蔡鍔，要求速由川滇出兵援藏。這樣，尹昌衡和蔡鍔接到命令後，立即採取了行動，川軍越金沙江，到達了察木多，擬由中路直達拉薩。滇軍也進入康區，攻克了鄉城，擬由南路經波密進軍拉薩。
十三世達賴喇嘛 英帝國主義看見川滇兩軍進展順利，立即出面進行干涉。一再提出要求，要北洋政府派遣代表到印度大吉嶺召開西藏會議，並主張西藏方面也要派代表參加。北洋政府在英方壓迫之下，不得不命令四川都督尹昌衡與雲南都督蔡鍔停止向西藏進軍，同時也向英國表示同意舉行談判，派陳貽範和王海平二人為中國方面的全權代表，西藏方面則派倫青霞札等人為代表，英國方面派印度外務大臣麥克馬洪為代表參加。會議由原來在印度大吉嶺召開，改為在印度西姆拉召開。西姆拉會議以英國提出的“折衷”方案為基礎，進行談判。“折衷”方案的換文中還承認“西藏為中國領土之一部分”。但主要內容是把我國藏族居住的所有地區劃為“內外藏”兩部分，“內藏”包括青海、甘肅、四川、雲南等省的藏族居住地區，由中國政府直接管轄；“外藏”則包括西藏與西康地區，中國政府“承認外藏自治”，“不干涉其內政，而讓諸藏人自理”，“但中國仍派大臣駐拉薩，護衛部隊限三百人”。並強迫中國代表在草約上籤了字。簽字訊息公布後，引起全國各界人士強烈反對，北洋政府乃命令陳貽範拒絕在正約上籤字。英國即宣布英藏兩方簽字，中國未簽字，不得享受條約上的權利。至此，英帝國主義一手策劃的西姆拉會議徹底破產。英帝國主義與西藏地方政府的代表勾結，秘密篡改中印邊界地圖，提出了所謂“麥克馬洪線”的非法邊界線，妄圖將歷來屬於我國西藏地方的九萬多平方公里的土地劃歸印度版圖。
1919年，北洋政府通過甘肅督軍張廣建，派遣朱繡、李仲蓮及紅教喇嘛古浪倉等由青海赴藏，“與達賴聯絡感情”。同年八月抵拉薩，受到西藏各界的熱烈歡迎，十三世達賴土登嘉措也會見了朱繡一行，並有悔忙亂之意，在朱繡一行由拉薩啟程返回之時，十三世達賴設宴餞行，席間十三世達賴表示：“余親英非出本心，因欽差逼迫過甚，不得已為之。此次貴代表等來藏，余甚感激，惟望大總統從速特派全權代表，解決懸案，余誓傾心內向，同謀五族幸福。至西姆拉會議草案，亦可修忙亂云云。”
達賴這一段話，態度還是友好的。朱繡臨行前，九世班禪從扎什倫布寺，“送來藏字公文一件及禮物多種，其傾向共和之心較達賴殆有過之”。這是朱繡等人的感覺，認為九世班禪的態度比十三世達賴更為友好。
由於英帝國主義者積極干涉西藏內部事務、直接危害到達賴和他代表的階級利益，達賴集團和英帝國主義之間的關係起了變化，達賴開始有了覺悟，又想和祖國各族人民聯合，以便對抗英國。
擁護中央
此時，1925-1927年的大革命已經失敗，國共和合作已經破裂，國民黨政府在南京建立，但仍掛著孫中山先生的“國內各民族一律平等”的招牌，使達賴對國民黨政府產生了若干幻想。1928年冬，西藏駐五台山堪布羅桑巴桑奉達賴指示，前往南京見蔣介石，蔣介石寫了一封信，托他回藏後交給達賴，這是西藏和國民黨政府發生關係的開始。1929年7月，國民黨政府以文官長古應芬的名義，派劉曼卿前往拉薩，試探達賴的態度。劉曼卿於1930年春抵拉薩，先見達賴，達賴沒有表示任何態度。當劉要離拉薩返回內地時，達賴又答應再予接見。這次接見時，達賴向劉曼卿談了很多問題，囑劉回去報告國民政府。如說：“英國人對吾確有誘惑之念，但吾知主權不可失，性質習慣兩不容，故彼來均虛與周鏇，未嘗予以分厘權利，中國只須內部鞏固，康問題不難定於樽俎。……吾於政府所希求者不大，能於最近予藏以織布機、製革機及各種工人足矣。”這說明達賴還是承認西藏是中國領土，康藏問題是中國內部問題，是擁護祖國統一的。
達賴之所以與國民黨政府建立關係，一方面是反映了當時西藏上層對國民黨政府存大若干希望，以便了解國民黨政府究竟有無力量能不能幫助西藏擺脫英帝國主義的控制；另一方面，也可能是向英帝國主義者表示了一下態度，英帝若再要干涉西藏內部事務，西藏就要投向祖國懷抱，要英國政府放聰明點，適可而止。一般的書籍把十三世達賴土登嘉措的這種政策，叫做“騎牆政策”。
十三世達賴土登嘉措在1928年派北京雍和宮堪布貢覺仲尼前往南京，陳述西藏地方政府堅決擁護中央政府的意願。同時，在西藏達賴十三世發現黃教各寺喇嘛不守清規，吃煙、喝酒、嫖妓、賭博或出外謀生等等，事態嚴重，每況愈下，所以進行了嚴厲整頓。1930年，國民黨政府在南京召開蒙藏委員會會議。十三世達賴土登嘉措派僧俗官員參加，並委任楚臣丹增等人為常駐南京的代表。次年，正式成立“西藏駐南京辦事處”。
達賴圓寂
1933年12月17日，十三世達賴土登嘉措在羅布林卡圓寂，享年五十八歲。
十三世達賴圓寂以後，三大寺代表和噶夏僧俗官員會議決定在十四世達賴未執政前，特請熱振呼圖克圖出任攝政，掌管西藏政教事務。
主要著作
十三世達賴土登嘉措在繁忙的政教事中，仍抽時間從事寫作，他的著作據藏文傳記稱有：《佛師普覺傳及建塔史略》、《關於音韻學的注釋》、《關於僧眾戒律問題》、《佛教講論經典的解釋》等。
靈塔殿
十三世達賴靈塔殿 十三世達賴的靈塔殿在布達拉宮，土登嘉措的靈塔於1934年動工，歷時三年完成。據史料記載，靈塔塔身高約14米，耗費黃金595公斤，鑲嵌各種寶石4萬餘顆，可謂璀璨生輝，奪人眼目。靈塔正上方還有一尊十三世達賴喇嘛坐像。
十三世達賴喇嘛靈塔殿是布達拉宮最晚的建築，也是一座封閉型殿堂，參觀後要順原路返回第三層，而在第三層四壁又可看到繪有十三世達賴喇嘛一生的傳記壁畫。十三世達賴喇嘛靈塔殿一般不開放，如果運氣好或許可以跟前來參觀的外國旅遊團進入。
