命名
基底核基底核的英文學名為“Basal Ganglia”。其中的“Basal”（基底）意表起解剖位置位於大腦的深部和底部。而“Ganglia”（神經節）是一命名錯誤。Ganglia一詞本義指周邊神經系統的神經元胞體的聚集部，但實際上基底核位於中樞神經系統。中樞神經系統的神經元胞體聚集應成為“核”（“Nucleus”，例如紅核：Red nucleus）。這個英文的錯誤命名一直沿用至今，成為習慣 。 但是中文術語“基底核”卻糾正了這個錯誤。
研究歷史
基底核英國解剖學家托馬斯·威利斯（Thomas Willis）於1664年最早記載了基底核的結構。 之後許多年，“紋狀體”（Corpus striatum）一詞被用來泛指皮層下的一系列核團。 但是後來發現，其中許多核團之間並沒有直接的聯繫。比如殼（Putamen）和尾狀核（caudate nucleus）之間就沒有直接的連線。 今日的“紋狀體”（Striatum）一詞指尾狀核，殼和伏隔核三者構成的整體，該整體是基底核系統的主要輸入通道。該命名法則是Cécile and Oskar Vogt (1941) 提出的。 紋狀體得名於其多紋的外形。該外形來自於大量緻密的紋狀體-蒼白球-黑質（紋蒼黑）纖維。這些纖維連線構成了基底核神經迴路的核心。紋蒼黑纖維在跨過內囊的部分也叫做“Edinger梳狀束”。 蒼白球（Globus pallidus）在早些時候被稱為豆狀核（Lentiform nucleus）。
Luys於1865年發現了丘腦下核（Subthalamic nucleus）。晚些時候，人們發現大腦腳-腦橋複合體（Pedunculopontine complex）和中央複合體（Central complex)可能調控基底核的功能。20世紀的醫學和神經生物學研究並且從初步從機理上認識了基底核的損傷和一些列運動疾病（例如帕金森氏症和亨廷頓氏症）的關聯，並且澄清了基底核參與運動和認知功能。
解剖構造
靈長目的基底核的主要組成部分如下：
前側
紋狀體（Striatum）包括
尾狀核（Caudate nucleus）
殼（Putamen）
伏隔核（Nucleus accumbens）
外蒼白球（External segment of globus pallidus，GPe）
內蒼白球（Internal segment of globus pallidus，GPi）
後側，以下這些結構在大腦中更靠下，靠後。
丘腦下核（Subthalamic nucleus, STN）
黑質（Substantia nigra, SN），根據內部結構可分為
黑質緻密部（Substantia nigra pars compacta，SNc）
黑質網狀部（Substantia nigra pars reticulata，SNr）
黑質側部（Substantia nigra pars lateralis，SNl）
應注意不同學者經常賦予基底核不同的範圍。例如，並非所有學者主張將黑質算作基底核的一部分。也有一些學者主張將杏仁核劃入基底核。 哺乳類的大腦包含左右兩側的一對基底核，關於大腦中線對稱。 基底核可以從功能上劃分為一系列並行迴路，包括骨骼肌肉運動迴路，邊緣迴路和動眼迴路等。不同的迴路投射到不同的目標區。例如骨骼肌肉運動迴路主要投射到丘腦的腹外側核（Ventrolateral nucleus, VL）。
迴路和神經遞質
左圖所示為基底核的基本內部連線。紋狀體（包括尾狀核和殼）是基底核系統的主要輸入通道。大腦皮層的諸多運動，前額葉和感覺分區投射到紋狀體。如表2所示，基底核中不同核團的神經元合成不同的神經遞質。谷氨酸是一種興奮性神經遞質，GABA是一種抑制性神經遞質。而如下表所示，多巴胺的興奮或抑制取決於受體的種類。來自黑質緻密部的多巴胺能輸入刺激紋狀體內的所有多巴胺受體，但是由於間接和直接通路內的受體種類不同，多巴胺輸入的效應也不同。從下表中可以看出，由於多巴胺輸入對直接通路的效應是興奮，而對間接通路的效應是抑制，該神經遞質的總體功能是激活丘腦。
基底核包含兩大迴路，分別成為直接通路（Direct pathway）和間接通路（Indirect pathway）。它們是皮質-基底核-丘腦迴路（Cortico-basal-thalamic loop）的兩大部分。
表1，基底核的直接與間接通路
通路名稱 通路的組成
（+表興奮性輸出，
-表抑制性輸出 抑制性連線的個數 機能描述 多巴胺受體類型
直接 大腦皮質+
→紋狀體-
→內蒼白球/黑質（GPi/SNr）-
→丘腦+
→大腦皮質 2 (偶) 大腦皮質的活動激活紋狀體神經元，進而抑制內蒼白球的自發發放。由於蒼白球的神經元對丘腦的作用是抑制性的，這一效應實際上削弱了丘腦所受到的抑制性輸入。這一過程成為“去抑制”（Disinhibition） D1 (興奮性)
間接 大腦皮質+
→紋狀體-
→外蒼白球（GPe） -
→丘腦下核（STN） +
→內蒼白球/黑質（GPi/SNr）-
→丘腦+
→大腦皮質 3 (奇) 與直接通路不同，由於間接通路中抑制性突觸的個數為奇數，紋狀體神經元細胞的激活對丘腦產生抑制效應。 D2 (抑制性)
表2，基底核的神經遞質
核團 神經遞質 描述 相關疾病
紋狀體 GABA 紋狀體的輸出神經元是GABA能，抑制性的。 亨廷頓氏症。
黑質 多巴胺 黑質緻密部的神經元向紋狀體發出多巴胺能投射。其效應取決於受體種類。 若黑質緻密部細胞的多巴胺合成受阻，紋狀體受到的多巴胺能輸入的降低會導致運動和認知障礙。最典型的例子是帕金森氏症。
蒼白球 GABA 蒼白球包括內外兩大部分。內蒼白球直接投射到丘腦，而外蒼白球直接投射到丘腦下核。兩者的作用都是抑制性的。 妥瑞氏綜合症（Tourette's syndrome），亦稱抽動穢語綜合症。
丘腦下核 谷氨酸 丘腦下核的神經元通過谷氨酸能投射來興奮內蒼白球細胞。這是間接通路的一部分 丘腦下核的損傷造成半側投擲症（hemiballismus）
細胞類型和突觸連線
人類的紋狀體中大約有一億神經元。70%以上為輸出神經元。這些輸出神經元在其樹突上分布有非常緻密的棘頭（Spine），故稱為棘狀神經元。 這些棘頭是棘狀神經元與傳入紋狀體的軸突形成突觸的部位。輸入紋狀體的軸突主要來自大腦皮層，丘腦和杏仁體。 這些軸突進入紋狀體後，展出覆蓋範圍甚大的側枝，與大量紋狀體神經元形成突觸。反過來，每個紋狀體神經元也和大量的輸入軸突形成突觸。據估計，每個棘狀神經元接受來自7500-15000個不同軸突的輸入。 這種連線模式類似於小腦的平行纖維和普肯野細胞（Purkinje cells）的連線模式。它可能類似於一種電子電路中的組合邏輯。 輸入到紋狀體棘狀神經元的纖維（即軸突）大多為興奮性的。但是這些神經元大多數時候卻處在靜息狀態（即不發放動作電位）的狀態。 棘狀神經元的這種活動模式，如果考慮到其收到的興奮性輸入的個數，則相當難以理解。其機制目前尚在研究中。
紋狀體中其餘的神經元為中間神經元（Interneurons），這些神經元都為抑制性，包括膽鹼能神經元，GABA/Parvalbumin神經元和Somatostasin/NOS神經元等。這些抑制性中線神經元也接受來自大腦皮質，丘腦和杏仁體的輸入，並且和紋狀體的棘狀神經元相互形成突觸連線。
在人類及其他靈長目動物中，紋狀體中有明顯的“鑲嵌”（Mosaic）結構。在該鑲嵌結構中，紋狀體內有神經元密度較高的區域，稱為“紋狀小體”（Striasome），以及將這些紋狀小體隔開的“基質”（Matrix）。紋狀體的傳入纖維在很大程度上遵守基質所劃定的界限。而且紋狀小體和基質中的神經元似乎也投射到黑質的不同部位。所以紋狀小體和機制似乎在紋狀體中形成了兩個並行的通路，其功能重要性尚在研究中。該並行通路不應與前面所講的直接和間接通路混淆。
紋狀體棘狀神經元向蒼白球和黑質發出GABA能抑制性輸出。據估計，蒼白球大約只有70萬神經元，比紋狀體神經元的數量少兩個數量級。這就意味著平均來說，每個蒼白球神經元接受來自100個左右紋狀體神經元的抑制性輸入。
蒼白球和黑質的輸出神經元在大多數時候處在自發發放狀態，這可能與這些細胞的膜特性有關。它們投射到丘腦服外側核以及上丘，其自發持續發放抑制其中的細胞。但是一旦紋狀體內的特定棘狀神經元被激活，這些蒼白球/黑質神經元將受到強有力的抑制，從而暫停發放。這一過程釋放了蒼白球對丘腦腹外核的抑制，使一個動作得以啟動。
學者已經在猴子等動物進行了一系列在體（In vivo）電生理研究。在動物體內，棘狀神經元多數時候靜息，只偶爾發放若干個脈衝，且持續時間不超過3秒，發放率不超過40脈衝/秒。這些脈衝一般與動物的特定動作的起始同步。另一些實驗觀察到了動物在啟動回響性動作（例如動眼）時黑質細胞的暫停發放 。 這種對應於特定感覺指導下的動作的基底核神經元發放模式是隨著動作的學習逐漸產生的 。 另外，有趣的是，一項研究表明：許多黑質細胞自發發放的暫停，只發生在依賴與外界感覺信號的，學習到的動作，而不發生在自發的動作，即使這兩個是同一個動作 。
與基底核功能相關的疾病
如上文所述，帕金森氏症，表現為運動遲緩，運動喪失和靜止性震顫等症狀，主要是由於黑質緻密部的退化和隨後的多巴胺能輸出降低有關。多巴胺的減少造成了紋狀體直接通路的抑制和間接通路的去抑制，進而導致基底核對丘腦的興奮的喪失。與帕金森氏症幾乎相對的一種疾病成為亨廷頓氏症，表現為異常的多餘動作（舞蹈性震顫）以及協調缺乏等症狀，是由於紋狀體和蒼白球的退化造成的。半側投擲症，表現為反覆的上肢運動（如投擲棒球），是由於丘腦下核的退化或損傷。丘腦下核作為間接通路的最後一級，其到興奮內蒼白球的作用。這種興奮的確實導致內蒼白球對丘腦的抑制作用減弱，進而導致了半側投擲症中所見的冗餘動作（多動症）。妥瑞氏綜合症，表現為運動痙攣，注意力問題和口出穢語等症狀，也被認為與基底核的興奮和抑制作用的平衡喪失有關 。 目前被認為可能與基底核功能相關的疾病還包括張力失常（dystonia） ， 痙攣性失聲症和口吃 等。
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