建造背景
自1636年丙子胡亂以後，朝鮮成為清朝的屬國，但是內心卻十分思念原宗主國――明朝，而反感以異族入主中原的滿清。這股思明思潮就是所謂的“尊周思想”或“尊周大義”，亦是朝鮮長期存在的“小中華思想”的具體體現。朝鮮孝宗年間，甚至一度準備出兵北伐清朝。“尊周思想”對朝鮮王朝後期的儒林產生了非常深遠的影響，其中理學大儒宋時烈可謂是尊周思想的宗師，同時也是重要的政治人物，是西人老論派的開山鼻祖。他在孝宗年間受到重用，並直接參與了孝宗的北伐計畫，他說：“虜（指清朝），予仇也，誓不忍共戴一天。積怒累怨，銜痛匿恨。卑詞之中，冤恨愈切；金幣之中，謀猷愈壯。”同時，他又對明朝極度懷念和崇拜，在1644年明朝滅亡之時，宋時烈“聞毅宗皇帝（崇禎帝）殉社，則舉哀於家”，聽說南明永曆帝被害以後，宋時烈更是“失聲痛哭曰：‘天下事無復可望矣！’”。宋時烈還不斷強調壬辰倭亂期間明神宗的“再造之恩”，他說：“至於壬辰之變，受報酬勤，宗社亡而復存，生民死而復生，環東土數千里，一草一木，何莫非帝（指明神宗）德之所濡哉？”宋時烈這種強烈的“尊周大義”也成為了後來建造萬東廟的指導思想和理論基礎。
孝宗大王去世後，北伐計畫停止了，宋時烈由於黨爭而遭到貶謫，從1666年（朝鮮顯宗七年）以後隱居在忠清道清州華陽洞，他對此地情有獨鍾，自號“華陽洞主”。1671年，宋時烈的門人閔鼎重出使清朝，在京師（今中國北京）購得明毅宗御筆“非禮不動”四字，宋時烈得到崇禎御筆以後非常高興，1674年，宋時烈將“非禮不動”四字摹刻在華陽洞瞻星台下的峭壁上，並感嘆道“有君如是，而天下竟至於淪喪，豈非當時臣子之罪哉！”，因而愈發懷念和稱頌崇禎皇帝。此後宋時烈一直想在“非禮不動”摹刻的基礎下擴建廟宇，進行祭祀活動，但是在1689年（朝鮮肅宗十五年），83歲高齡的宋時烈因黨爭的牽連而被賜死，臨死前對其弟子權尚夏遺言在華陽洞建廟祭祀明神宗和崇禎帝。權尚夏等人接受老師遺命，經過15年的醞釀，終於在明朝滅亡周甲之際的1704年（肅宗三十年）建成了萬東廟。
建築形制
萬東廟的具體位置在現在韓國忠清北道槐山郡青川面華陽洞。除了萬東廟作為主體祭祀場所以外，又有煥章庵、雲漢閣、瞻星台等附屬建築，具有相當規模，在其前右方還建有華陽洞書院，是專門負責萬東廟祭祀的機構，所以萬東廟和華陽洞書院是互為依託的一個整體。
華陽洞一帶地勢獨特，山川秀美，地形有“華陽九曲”之稱。有人說：“華陽九曲，我東之武夷也。”將華陽洞與朱子學的聖地武夷山並稱。萬東廟建在“九曲”中之第二曲雲影潭上，分為三進，地勢由前往後，拾級而上，越來越高。萬東廟前楣懸掛匾額“萬東”二字，取朝鮮宣祖手書之“萬折必東”之語，語出《荀子》，意為江河不論有多少曲折，也會向東流入大海，表明了朝鮮對明朝的忠誠，與“江漢朝宗”之意相同。第一門匾“星拱”，取自《論語・為政》中“居其所而眾星拱之”一句。最高處祠堂正寢三間，東西夾室各一間，前堂五間，寢閣與閣堂垂以簾，室內在祭祀時供奉明神宗和崇禎帝的靈位，在兩個牌位上貼白紙，上書“神宗顯皇帝神位”和“毅宗烈皇帝神位”。廟內有碑，上刻：
“嗚呼，函夏腥穢，九廟顛覆，天子之祠，寄降於稗海下邑、窮崖深谷之間，此天下之至變也。雖然使我東土義理則明，彝倫以定，以我當日君臣之志，上獻於先帝之靈，而永有辭於天下後世者，�在於斯。其事微而其義深矣，彼拘拘以無於禮而擬於僭者，惡足以知之哉？”
萬東廟的瞻星台是朝鮮君臣摹刻明朝皇帝御筆和抒發思明之情的地方，自宋時烈開摹寫“非禮不動”之先河以後，以後又相繼摹刻了神宗御筆“玉藻冰壺”、“思無邪”，朝鮮宣祖手書“萬折必東”，宋時烈手書“大明天地，崇禎日月”等。煥章庵是一座書齋，取自《論語》“煥乎其文章”之句，宋時烈募八九僧徒守之，將“非禮不動”的原本藏於此處，後來其他御筆模本亦藏於此庵中。朝鮮英祖又在煥章庵特建小屋。“奉安皇筆及肅廟（朝鮮肅宗）御筆、華陽院額印本，名其屋曰‘雲漢閣’”，取自《詩經・大雅》中的“雲漢”一篇。華陽洞書院建於1696年，原為祭祀宋時烈等先賢的祠堂，後專門負責主持萬東廟的祭祀，歷代山長都是朝廷高官，成為朝鮮全國600多座書院中勢力最大的一座。萬東廟建築群以懷念明朝為主題，就連植物也以“大明”為名，如大明桃、大明竹、大明梅、大明稻、大明紅等等。朝鮮王朝末期的儒生金平默曾有詩詠道：
“昨栽大明梅，今栽大明竹。
江乾春雨歇，當栽大明菊。
主人新卜開三徑，與子同為大明族。”
就這樣，萬東廟作為祭祀場所，瞻星台作為摹寫御筆之處，煥章庵、雲漢閣作為貯藏遺物之室，華陽洞書院作為祭祀先賢、主持祭祀的機構，一道組成了清州華陽洞尊周文化主題建築群的一個整體，寄託了朝鮮儒林對明王朝的追思，成為了朝鮮儒林的聖地。而朝鮮儒林祭祀明朝皇帝的萬東廟與朝鮮王室祭祀明帝的大報壇、明朝遺民所建的大統廟作為朝鮮尊周思想的三大建築，也反映了東亞文化圈中的一個獨特現象。
萬東廟的祭祀在季春、季秋上丁進行，由華陽洞書院的儒生主持，其制度是“薦以四籩四豆，用太牢獻三爵，紙榜祭之，祭畢焚之，以為定式，又別有祝文，每祭用之”。其祝文的格式用崇禎年號，同時祭祀萬曆和崇禎二帝。萬東廟祭祀得到朝鮮歷代國王的大力支持，1725年（英祖元年），英祖大王下令劃分田產給萬東廟，至此萬東廟有了廟產，為其祭祀提供了物質上的保證，也使其世代延續成為可能。但這也開了萬東廟兼併土地的先例，一定程度上激化了社會矛盾。
撤廢經過
萬東廟建成一百多年以後，便發生了一次撤廢風波，發生在朝鮮高宗年間。1864年，高宗李熙即位，由其父興宣大院君李�應攝政。大院君執政後就大舉實行以加強專制主義中央集權為目的的改革，其中一個重要措施就是廢除書院，而祭祀萬東廟的華陽洞書院作為朝鮮勢力最大、地位最高的書院而首當其衝。1865年（高宗二年）三月二十九日，大院君以大王大妃趙氏（神貞王后）之名義頒布教旨，正式下令撤廢華陽洞書院和萬東廟，引起了朝鮮儒林的軒然大波。
關於大院君裁撤華陽洞書院和萬東廟的原因，有史料記載是因為大院君年輕時遭到萬東廟儒生的羞辱，但更關鍵的原因仍是從大院君的改革出發的。政治方面，大院君執政後拔高南人和北人的地位，壓制老論的勢力，而萬東廟是根據老論始祖宋時烈的遺志所建，可以說是老論派的老巢，自然不會放過；此外，書院的勢力已經威脅到朝廷，尤其是華陽洞書院的“黑牌”（書簡），比官府命令還有威力，不利於加強中央集權。經濟方面，書院以延續祭祀為由廣占田地，剝削百姓，激化了階級矛盾，同時書院又有免賦稅和免徭役的特權，成為避役者的巢窟，不利於增加國家的財政收入和經濟控制。文化方面，19世紀朝鮮的尊周思明思潮已大不如前，除了部分儒生以外，朝鮮朝野心甘情願地做清朝的屬國，祭祀明朝皇帝的活動也普遍流於形式，萬東廟逐漸喪失其存在的理論基礎。思想方面，書院作為儒生討論之地，無可避免地議論國政，而儒林在民間的影響力很大，華陽洞書院“在公共事務上的看法比官府敕令更具有權威性”，大院君對書院儒生議論和誹謗國政非常反感，為管制輿論和控制思想，書院便成為大院君開刀的對象。
在以上因素的綜合作用下，大院君果斷下令撤廢華陽洞書院，關閉祭祀明神宗和崇禎帝的萬東廟。此舉引起了朝鮮全國士林的激烈反彈，他們以所謂“儒通”（“一人先唱，眾口同聲，傳檄國內，數旬皆遍曰儒通”）的形式向全朝鮮發出檄文，並選派代表在首都漢城（今韓國首爾）王宮門前示威抗議。但大院君決心已定，表示“苟有害於斯民者，雖出於孔子，我不能恕”，毫不動搖地堅持撤廢華陽洞書院和萬東廟。他指示親信李景夏出動士兵，用武力鎮壓儒生，將他們趕出漢城。儘管如此，1865年頒布的廢除萬東廟的教旨辟頭就說：“嗚呼！先正宋文正公，惟我孝宗大王同德之臣也。秉執大義，撐宇亘宙，左海民物得免禽獸之歸者，是誰之功也？……蓋出於不得已之苦心，此萬東廟之所由設也。”而其撤廢的理由是王室已有大報壇祭祀明朝皇帝，“而必不至疊設私祭於荒山窮谷之中”，而萬東廟的牌位、匾額則移到漢城大報壇敬奉閣中保存。大院君沒有明說撤廢萬東廟的理由，而是以明確明朝皇帝祭祀（“以明致敬致嚴之實”）的名義將萬東廟祭祀“合併”到大報壇中，固然是其安撫人心的策略，同時亦可見儒林勢力的龐大及尊周思想的影響。
華陽洞書院和萬東廟被撤廢后，大院君不斷關閉書院，並於1871年正式下達“書院撤廢令”，朝鮮全國除了47所“賜額書院”（國王親自題寫匾額的書院）以外，其他600多所書院全部裁撤。1873年（高宗十年）十一月，高宗王妃閔妃發動宮廷政變，逼退大院君，奪取了政權。閔妃集團盡行廢除大院君的措施，撤廢書院便是重要一項。當時的名儒崔益鉉在上疏歷數大院君的過失時便提到“皇廟之撤，君臣之倫�矣；書院之罷，師生之義絕矣”，因而要求恢復萬東廟祭祀。1874年（高宗十一年）二月，高宗下旨恢復撤廢九年之久的萬東廟。五個月以後，萬東廟重修工程完成，萬東廟得以恢復祭祀，但主持祭祀的由華陽洞書院改為忠清道清州牧使。閔妃集團恢復萬東廟並非出於尊周大義，而正如韓國歷史學家李�根所說“大院君撤萬東廟之目的在於打擊儒林，閔妃恢復萬東廟之目的在於巴結儒林”，萬東廟已成為政治鬥爭的工具，亦從此元氣大傷，一蹶不振了。時人有詩曰：“斷碑苔蝕字崇禎，武夷山頭杜鵑紅”，正是描繪萬東廟後期的破敗景象。
1905年，萬東廟停止祭祀，從此退出歷史舞台。到朝鮮日治時期，萬東廟遭到嚴重破壞，地面建築蕩然無存，只剩下圍牆、台階和基石等遺址，其碑亦在原處，不過在日本占領時期遭到人為破壞，碑文遭亂刻塗鴉，已模糊不清。華陽洞書院則被徹底夷為平地。現在萬東廟遺址是俗離山國立公園的一部分，得到韓國妥善保護。後又在遺址附近仿建萬東廟，以作紀念。
