他求治心切，很想有所作為。但因矛盾叢集、積弊深重，無法在短期內使政局根本好轉。朱由檢性剛愎自用，急躁多疑，又急於求成，因此在朝政中屢鑄大錯。因對外廷大臣不滿，在清除魏忠賢為首的閹黨後，又重用另一批宦官。給予宦官行使監軍和提督京營大權。大批宦官被派往地方重鎮，凌駕於地方督撫之上。甚至派宦官總理戶、工二部，而將戶、工部尚書擱置一旁，致使宦官權力日益膨脹，統治集團矛盾日益加劇。無奈中，他不斷反省，四下罪已詔，減膳撤樂，又在宮中設壇，祈求上天降福消災。在對天帝及各類神仙失望之餘，一度對天主教產生興趣，召外國傳教士入宮講解教義。崇禎十七年(1644年)，明王朝面臨沒頂之災。明軍在與農民起義軍和清軍的戰鬥中，屢戰屢敗，已完全喪失戰鬥力。三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，崇禎帝於絕望中殘酷地手刃妃嬪、公主，逃生不得後，於十九日凌晨，當北京內城被起義軍攻陷時，自縊於煤山(今景山)壽皇亭。明朝滅亡。
崇禎帝卒後，南明弘光年間謚思宗烈皇帝。廟號思宗，後改為毅宗。清改為莊烈愍皇帝。廟號懷宗。葬北京昌平思陵。
