概述
伊斯蘭教傳入中國內地的年代，學術界尚無定論。無論哪種宗教在中國傳播和發展，若沒有明確的經典教義，是很難確定是什麼宗教的？佛教有專門的政府翻譯機構，上至皇帝王公，下至黎民百姓，都因為有明確的經典教義而了解佛教。不僅是佛教，摩尼教和景教在中國的歷史上，都有一席之地。因為，這些宗教都有明確的經文。例如：景教有景教的經文，洛陽出土的《大秦景教宣元至本經》經幢[年代：唐元和九年（西元814年）十二月]。完整的《古蘭經》，未實質傳入中國時，伊斯蘭教教義不甚明了，這時所謂伊斯蘭教，頂多算附伊斯蘭教教，這個和洪秀全附基督教一樣，也不是實質上的基督教。對宗教而言，了解真實的教義是根本。玄奘去西天取經，豈不是要了解真實的佛教教義嗎？漢朝摩騰、法蘭尊者，拿著梵文的《四十二章經》翻譯成漢文，以此傳播佛教。又著名的玄奘法師去印度，帶回梵文經典翻譯成漢文。確定摩騰、法蘭二尊者帶來的佛經，能說明佛教傳入中國的年代；確定帶來的是《四十二章經》能說明佛教的教義。不翻譯成中文的，如何普及和了解呢？光有梵文的，沒翻譯也不行。二者辨證統一。所以，要想確定伊斯蘭教正式傳入中國的年代，需要確定：什麼年代？是誰拿著阿拉伯文的《古蘭經》來中國翻譯，以此傳播伊斯蘭教的？
.唐宋時期
摩尼教和伊斯蘭教混淆問題
《舊唐書·憲宗紀》載：元和二年正月庚子，回紇請於河南府、太原府置摩尼寺，許之，此即今禮拜寺所由立也。丁謙在《蓬萊軒地理學叢書》中解釋得清楚：“以唐元和時，始進摩尼，當時未悉源流，因其來自回紇，遂以回回教稱之”。在河南，從現存碑刻資料中可以約略尋出一點線索。如，鎮平縣柳泉鋪清光緒十四年十月十四日《增修清真寺碑序》載：“回教之有寺……方其奉朝請入中國，首建恆聖寺於羊城，繼修磨呢寺豫境，其後寺宇遍延天下,有謂清真寺者，有謂禮拜寺者，至今皆以清真為名焉”。在河南以外，回族民間也有將回回與摩尼教混淆的現象。如，山西太原清真寺清光緒二年（1876）有碑刻載：“易思摩尼教門，新新不息而已”。北京清乾隆二十九年（1764）《敕建回人禮拜寺碑記》亦載：“回紇自隋開皇時始入中國，至唐元和初偕摩民進貢，請置寺太原”。
沒有《古蘭經》做依據的情況下，當時的政府和信眾對伊斯蘭教了解多少？伊斯蘭教連經典依據都沒有，政府和信眾，如何能全面了解這個宗教呢？就算信的人，也如盲人摸象一樣，聽個一句半句，這也是很多人把伊斯蘭教和其他宗教混淆的原因之一。
.真主一詞在景教碑上
大秦景教宣元至本經幢記中有這樣的話：“夫至聖應現，利洽無方，我無元真主匠帝”可見真主一詞，早在唐朝就為景教徒所用。
伊佛不分問題
有麻嘉國。自麻離拔國西去，陸行八十餘程乃到。此是佛麻霞勿出世之處，有佛所居方丈，以五色玉結甃成牆屋。每歲遇佛忌辰，大食諸國王，皆遣人持寶貝金銀施捨，以錦綺蓋其方丈。每年諸國前來就方丈禮拜，並他國官豪，不拘萬里，皆至瞻禮。方丈後有佛墓，日夜常見霞光，人近不得，往往皆合眼走過。若人臨命終時，取墓上土塗胸，即乘佛力超生雲。（〔南宋〕周去非：《嶺外代答·大食諸國》）
有白達國，系大食諸國之京師也。其國王則佛麻霞勿之子孫也。（〔南宋〕周去非：《嶺外代答·大食諸國》）
國人好奉事佛。其國有大食國蕃客，寄居甚多。每洗浴畢，用鬱金塗身，欲象佛之金身也。（〔南宋〕周去非：《嶺外代答·故臨國》）
王與官民皆事天。有佛名麻霞勿。七日一削髮剪甲，歲首清齋，念經一月。每日五次禮天。”（〔南宋〕趙汝適：《諸蕃志》）
有學者說，古代大儒伊佛不分。這樣的情況，只能說明《古蘭經》，還沒完整系統傳入中國，不然也不會造成伊佛不分。伊斯蘭教沒有明確經典依據，是造成伊佛不分的主要原因，其實質是伊斯蘭教自身教義不明問題。另外，伊佛不分給人的啟示是：不要看念佛的，就以為是念佛教的佛，要以佛教的經典為依據。
元代至明
代前期。是伊斯蘭教在中國內地廣泛傳播和全面發展的重要時期。甫宋末年，蒙古汗國興起後，成吉思汗及其繼承者在1219～1260年間發動了3次大規模的對外西征。在近半個世紀內，蒙古人先後征服了中亞和西亞信仰伊斯蘭教的各個國家和民族，1258年滅阿拉伯帝國阿拔斯王朝。蒙古人西征中，將一批批中亞各族人、波斯人、阿拉伯人作為戰俘而被徵調到中國來，參加蒙古征服和統一中國的戰爭。其中有被簽發的軍士、工匠和被俘掠的婦孺，也有一些宗教學者、社會上層及其部屬等，總數大約有幾十萬之多。被簽發的軍士被編入“探馬赤軍”，戰時從征，平時屯聚牧養，分駐各地，以西北的陝、甘、青為多，有的則遷往西南、江南和中原各地。蒙古人的西征及占領中亞、西亞等地，使中西交通大開，“無此疆彼界”，自願來華的商人、傳教師、旅行家、學術人士絡繹不絕。他們與唐宋時期寓居中國的大食、波斯人的後裔都是穆斯林，故被稱為“回回”或“木速蠻”(Musliman，即波斯語穆斯林)，成為元代色目人中的重要成分。《蒙兀兒史》載：“蒙兀西征，不暇深辯，舉天山南北，蔥嶺東西，凡奉穆罕默德信徒，不以波斯、吐火羅、康居、烏孫、大食、突厥，通謂之回紇，而又不能正言，聲訛為‘回回’。”東來的回回人，入居元朝後，“樂居中土，皆以中原為家”，“不復回首故國也”。他們仍保持著伊斯蘭教信仰和文化。他們“居中土也，服食中土也，而惟其俗是泥也”，“雖適殊域，傳子孫”，其宗教信仰“累世不敢易焉”。這些人當時遍布全國各地。元初，馬可·波羅在其遊記中就曾多次提到中國各省都有穆斯林。他說押赤(今昆明)“人有數種，有回教徒，偶像教徒，及若干聶斯脫里派之基督教徒。”元末來中國的摩洛哥旅遊家伊本·白圖泰在其遊記中載：“中國各城市，都有專供穆斯林居住的地區，區內有供行聚禮等用的清真大寺。”他還具體記述了刺桐(今泉州)和杭州穆斯林的情況。宋末元初周密在《癸辛雜識》中說；“今回回皆以中原為家，江南尤多”。凡穆斯林居住的地方，均修建有禮拜寺。元代禮拜寺的建築規模和數量遠遠超過前代。據元至正八年(1348)定州(今河北定州市)《重建禮拜寺記》碑文云：“回回之人遍天下”，“近而京城，外而諸路，其寺萬餘，供西向以行拜天之禮。”此時的大都(今北京)、廣州、泉州、揚州、溫州、慶元(今寧波)、上海、上都、長安等地，是穆斯林商人云集之地，禮拜寺及其它伊斯蘭建築更為集中，如泉州在元代增建禮拜寺就有六七座之多。在和林，也有兩座禮拜寺。一些回回穆斯林官吏在自己的行政管轄區內也修建了不少寺，如賽典赤·贍思丁在昆明建寺多達12座，保存至今的尚有正義路南城寺和金碧路永寧寺。元代的詔令、典章等文獻中，稱禮拜寺為密昔吉(Masjid，麥斯吉德)或俗稱回回寺，稱掌教為“答失蠻”(Danisnmara，即學者)或稱回回掌教、回回大師；把伊斯蘭教法稱之為“回回法”，“回回家體例”，等等。從元末明初起，回回穆斯林遍及全國，他們的宗教信仰和風俗習慣被人們廣泛注意，故把伊斯蘭教稱為“回回教”、“回回教門”，一直沿襲到近現代。
.元代至明代前期，還有相當數量的漢、蒙古、維吾爾等族人因政治的、經濟的和通婚等原因改信了伊斯蘭教，成為回回穆斯林。元代回回人入華後，他們在各地定居和漢族雜居，同漢族的婦女通婚，凡嫁給回回人的婦女，均改宗伊斯蘭教。元代；蒙古人從宗王貴族到所屬軍民，有因接受伊斯蘭教而日益融合到回回人中，元世祖忽必烈之孫阿難答自幼歸信伊斯蘭教，其所率官兵多數為穆斯林，從而使其轄區(包括陝、甘、寧、青等地)伊斯蘭教得到廣泛傳播和發展。據明代文獻載，明初哈密地區有3種人雜居：“一是回回人，一是畏兀兒，一是哈拉灰”。哈拉灰原為蒙古人，明正德年間(1506～1521)，他們曾兩次遷至肅州(今甘肅酒泉)，到萬曆年間(1573～1620)由於受到回族的影響，已經“不食豬肉，與回回同俗”了。
從元代至明代前期，也是各種不同來源的回回人形成一個民族的時期。他們來華後，屯墾牧養，或做工經商，在一定的經濟基礎上，伊斯蘭教對回回人的社會發展和民族共同體的形成曾起了重要的紐帶作用。(1)由於回回人信仰伊斯蘭教，共同的信仰增強了凝聚力，從而促進了民族共同心理狀態的形成。(2)教坊組織把處於大分散之中的回回穆斯林結成一個個群體或社團。教坊即是以禮拜寺為中心的穆斯林的聚居區。根據文獻記載，元代，規模較大的禮拜寺，除設有掌教外，還有執掌教法、傳呼禮拜和執掌寺務的各類教職人員。明代，教坊制度下的禮拜寺管理組織更趨完善。寺坊內有阿訇(伊瑪目)和“三掌教”。教坊的出現和發展，從組織上鞏固了宗教信仰，起到了團結這一坊穆斯林的社會作用。(3)伊斯蘭教在很大程度上影響了回族的風俗習慣，包括婚姻、家庭、喪葬、飲食、節日、禮儀及道德行為等，多遵從《古蘭經》的有關規定演變而來。伊斯蘭教對回回民族的政治、經濟、文化教育，以及思維方式、理理結構和價值觀念都發生了深刻的影響。另外，居住在今甘肅和青海省的東鄉族、保全族和撒拉族，他們的祖先也是元明時期從中亞等遷入的各族穆斯林。他們進入這一地區與漢、藏、蒙古等族雜居，能在漢藏文化或蒙藏文化的包圍之中獨立發展，正是伊斯蘭教的信仰和文化所起的重要作用。
元代回回的社會地位僅次於蒙古人。穆斯林在軍事、政治、經濟、文化領域都占有重要地位和影響，其中一些人躋身於統治者行列。元代統治者對伊斯蘭教持寬容態度，設立了“回回國於學”進行宗教及文化教育，建立了“回回掌教哈的所”管理伊斯蘭教事務。穆斯林所到之處普遍興建禮拜寺，對前代所建寺也進行了修葺和重建。伊斯蘭教成為與佛、道教並駕齊驅的“清教”與“真教”。此時阿拉伯的科學文化通過來華的穆斯林傳入中國。元政府設回回司天監、回回藥物院等機構，穆斯林學者在天文、曆法、醫藥、建築、軍工、文學藝術上對中國科學文化的發展和中外文化交流作出了貢獻。明代開國功臣中，有不少是穆斯林，如著名將領常遇春、胡大海等，故朱元璋對穆斯林實行懷柔政策，任用穆斯林將領及學者在朝廷擔任軍政要職，頒布聖旨保護伊斯蘭教，敕建各地清真寺。明太監、穆斯林航海家鄭和奉命率船隊7次“下西洋”。於1430年最後一次下西洋時，派隨行的穆斯林到麥加朝覲，繪製了“天房圖”，加強了中阿人民之間的友誼。
明代後期至清代前期。明末清初之際，隨著回回民族的社會發展，伊斯蘭文化同中國傳統文化相結合，從而形成了中國伊斯蘭教的特點。這一時期，為適應回族社會經濟發展和解決宗教人才缺乏的問題，明嘉靖年間(1522～1566)陝西著名經師胡登洲開創經堂教育之先河，先在陝西，後在山東、河南、河北、雲南等地出現了由清真寺阿訇招收學生傳習經典，以培養宗教人才和普及宗教知識的經堂教育制度。各地經堂教育在其發展演變過程中，形成各自的中心和特點。在西北地區以馮養吾、張少山為代表的陝西學者，推行寺院宗教教育，多以阿拉伯文讀本為主，攻讀認主學為特點。以常志美為代表的山東及內地諸省，阿拉伯文和波斯文兼授，多攻教法學。雲南派創始人馬復初，兼有陝西、山東兩派特點。繼經堂教育的發展之後，一些著名阿訇、經師、學者，為改變以往“教義不彰，教理不講”的狀況，相繼開展了漢文譯著伊斯蘭教經籍的活動。這時以江南的南京和雲南為中心，以漢語譯述和闡發伊斯蘭教義，弘揚伊斯蘭學術文化，使教內外了解伊斯蘭教。譯著活動的前一階段，以王岱輿、劉智、張中、馬注、伍遵契為代表，譯著內容多為教義、教法、典制、歷史、哲學等。後一階段以馬復初、馬聯元等為代表，內容除教義、教法外，涉及阿拉伯語法、修辭學、地理、天文、曆法等，並開始漢譯《古蘭經》。有的學者還用阿拉伯文書寫，或漢阿兩種文字並用。這些穆斯林學者大多通曉儒、佛、道學說，被稱為“中阿兼通”、“學通四教”、“長攻儒者之學”的“回儒”。他們的譯著“悉本尊經”，參考了不少蘇菲典籍，大都採用了使伊斯蘭教義與中國傳統文化相結合的“以儒詮經”的方式，從而形成了中國伊斯蘭教的宗教哲學思想體系。這一時期，在回族、撒拉、東鄉、保全等穆斯林聚居的甘肅、寧夏、青海地區，由於伊斯蘭教蘇菲主義思想的傳入，形成蘇菲“門宦”派別。早在宋末元初，伊斯蘭教蘇菲派的修道者在中國東南沿海及內地某些要地已有傳教活動，但並沒有形成門宦和派別。明末清初以來，海禁開放後，中西交通暢行，西亞和中亞的一些蘇菲派傳教師來到中國西北地區，傳播蘇菲主義教義，也有中國穆斯林因朝覲麥加及遊學阿拉伯各國接受蘇菲主義思想後回國傳道的。蘇菲派關於現實虛幻、淨化靈魂以求人主合一的說教，以及提倡堅忍、苦行、節慾、修煉的做法，對於窮困的穆斯林有巨大的吸引力。隨著門宦創始人聲譽的不斷提高，信仰者日漸增多，門宦也就應運而生，先後形成大小門宦有33個，按其宗教主張，主要有戛迪林耶、哲赫林耶、虎非耶和庫布林耶，習稱“四大門宦”。門宦的特點，首先是尊崇該門宦的創始人，稱為“老人家”、“謝赫”，信徒視他們為通向“安拉之道的引領人”。在世時受到教眾的崇敬，歿後要在其墓地修建“拱北”墓廬，信徒每年在其忌日前往拜謁、念經等。其次各門宦管轄許多教坊。為了管理廣大教眾，教主便委派“熱依斯”為代理人，到各教坊的中心清真寺擔任教長，從而形成了層層有隸屬關係的擴大教坊制度。第三，有的門宦教主實行世襲制，“以始傳者之子孫世世為掌教”。少數門宦倡導傳賢制，但教主的繼承者也多出自其親族。
新疆伊斯蘭教。約於五代北宋之際伊斯蘭教從中亞開始傳入新疆地區。在傳播方式上與內地不同。據文獻記載，10世紀初，回鶻西遷時一支回鶻人(即今維吾爾族祖先)在汗族龐特勤率領下與居住在中亞七河流域至楚河流域(今吉爾吉斯斯坦及哈薩克斯坦部分地區)的葛邏祿、樣磨、烏古斯、處月等古代突厥語族的各族人民，在西域建立了喀喇汗王朝(約940～1211)。汗國實行遊牧民族常見的“雙汗制”，大汗稱阿爾斯蘭(突厥語意為“獅子”)可汗，駐地巴拉沙袞(今吉爾吉斯斯坦的托克馬克)，副汗稱布格拉(即公駝)可汗，駐地初在怛邏斯(今哈薩克斯坦的江布爾)，後遷至喀什噶爾(今新疆喀什)。據14世紀維吾爾歷史學家傑馬爾·卡爾西《蘇拉赫詞典補編》記載，10世紀上半葉，王朝第一任大汗毗伽闕·卡迪爾汗之孫、駐喀什噶爾的薩圖克·布格拉汗，受避居喀什北部阿圖什的中亞薩曼王朝(874～996)王室成員艾布·奈斯爾·薩曼尼的影響而首先接受伊斯蘭教信仰，經與其叔父奧古斯勒恰克進行鬥爭並取得勝利，使汗國的東支率先歸信伊斯蘭教，開喀喇汗王朝伊斯蘭化之先河。955年，其於穆薩·阿卜杜勒·凱里姆即汗位後，將伊斯蘭教定為國教，在爭奪王位的鬥爭中把伊斯蘭教推行到大汗駐地一帶。11世紀阿拉伯史學家伊本·米斯凱韋和12世紀歷史學家伊本·艾西爾在《歷史大全》中提到，960年有20萬帳突厥遊牧民族歸信了伊斯蘭教。11世紀初期，穆薩之子哈桑·布格拉汗及其孫優素福·卡迪爾汗都以喀什噶爾為中心，向新疆東北和東南部繼續擴充其勢力，在占據英吉莎、葉爾羌等地後，優素福曾向于闐(今和田)佛教地區發動“聖戰”。經過20年的戰爭才滅掉了于闐李氏王朝，把疆域擴大到約昌城以東(今新疆若羌縣境內)，使于闐古老的佛教重地後來逐漸伊斯蘭化。12世紀中葉，地跨蔥嶺東西的喀喇汗王朝被東來的契丹人所占據，包括今新疆在內。這時奉不同宗教信仰的回鶻人還處在西遼(1132～1218)政權的統一管轄之下。西遼上層信仰佛教，但對其它宗教並不嚴加排斥(篡奪西遼政權的乃蠻部屈出律採取敵視態度除外)，因此這一時期伊斯蘭教仍有所發展。據《長春真人西遊記》載，迄元朝建立之前，當時伊斯蘭教與佛教在新疆以昌八剌(今吉木薩爾)為界，以東為佛教勢力，以西以喀什噶爾為中心，北路沿塔里木盆地北緣到阿克蘇、庫車之間，南路沿莎車、葉城、和田到且末一帶，都為伊斯蘭教勢力範圍。費志尼《世界征服者史》說，13世紀西遼末代君主屈出律強迫穆斯林放棄伊斯蘭教信仰時，和田的伊瑪目同他據理辯論，表明伊斯蘭教在這一地區已有牢固基礎。西遼末年，伊犁河流域的阿力麻里地區還出現了伊斯蘭化的小王國，這是伊斯蘭教第一次傳播到天山以北的遊牧區。《世界征服者史》又載，阿力麻里地區這時還有人信奉伊斯蘭教蘇菲派。元朝後期，伊斯蘭教在占據新疆和中亞河中地區的蒙古東察合台汗國繼續發展，伊斯蘭教播及天山南北。據16世紀米爾扎·穆罕默德·海達兒的《拉失德史》等書記載，禿黑魯帖木兒(1347～1363在位)即汗位前後，在謝赫·哲馬魯丁及其子阿兒沙都丁的勸諭和影響下，由大毛拉黑的馬特為他主持了入教儀式，成為新疆地區第一個信奉伊斯蘭教的蒙古察合台後王。隨後，他派遣伊瑪目前往各地宜教，其屬下從宗王、貴族到農牧民，約16萬帳蒙古人“剪掉長發歸信伊斯蘭教”。明洪武十六年(1383)，黑的兒和卓稱汗後即親自向東部哈喇火州和吐魯番等佛教地區發動“聖戰”，採取強硬措施“強迫當地居民皈依”。從此，這兩個地方被稱為“達爾·伊斯蘭”(即伊斯蘭化地區)。黑的兒和卓即汗位前後，今新疆境內分裂為許多割據政權，統治者仍為察合台蒙古貴族的後裔。為了爭奪權利，別失八里的馬哈麻汗繼黑的兒和卓之後，繼續在蒙古人中推行伊斯蘭教，在他統治時期，新疆地區所有的察合台蒙古人都改宗了伊斯蘭教。
15～16世紀，伊斯蘭教在新疆地區長足發展，不僅信仰的人數增加和地區擴大，而且成為各民族的主要意識形態。在新疆的吐魯番、哈密地區伊斯蘭教占據優勢，成為不同地區維吾爾人的統一宗教，對其語言文字、風俗習慣、道德規範和心理素質等方面產生了深刻影響。察合台蒙古人信仰伊斯蘭教後，與維吾爾人通婚並逐漸走向定居，並與當地維吾爾人逐漸所融合。在北疆的伊犁河谷和中亞草原的哈薩克遊牧社會中，伊斯蘭教也逐漸占據了統治地位。一位奧斯曼土耳其人賽非於1582年寫的著作說，哈薩克人是伊斯蘭教哈乃斐法學派的信奉者。在哈薩克汗國頭克汗時期(1680～1718)制定的《七項法典》中，伊斯蘭教法成為立法的依據，規定“侮蔑真主者，經七人證明屬實判死刑”，“如背叛伊斯蘭教改奉基督教者，要沒收其所有財產”等等。伊斯蘭教在新疆地區的傳播和發展，有如下特點；1．各王朝均實行政教合一制，推行伊斯蘭教法，宗教上層人物如謝赫、毛拉、卡迪等享有較高社會地位，喀喇汗王朝君主和察合台後王尊他們為導師和宗教顧問。在統治者的支持下，宗教領袖人物都擁有很大的權利，如14世紀後期勸諭禿黑魯·帖木兒入教的謝赫·哲馬魯丁及其子阿爾沙、都丁傳教於天山南北，後來家族被賦於庫車、阿克蘇和烏什等地伊斯蘭教“喀孜”(即教法官)的世襲特權，一直到別失八里與亦力巴里政權時期。宗教上層把喀喇汗朝以來為傳播伊斯蘭教殉教者的墳墓加以重修，稱為“麻札”，被信徒奉為“聖地”。歷代察合台後王都賜予大量土地和其它教產作為“麻札”的宗教公產。同時，清真寺也被賜予大量“瓦克夫”地產。2．17世紀初以來，中亞蘇菲派著名和卓麥赫杜姆，阿扎姆的子嗣，先後來到新疆傳教，他們憑藉和卓的特殊身份，在南疆葉爾羌汗國統治者的支持下，廣收門徒，聚斂財富，形成了一股強大的宗教政治勢力。為爭奪宗教領導權，和卓家族從開始就分為兩個不同的宗教派別，即伊斯哈格系的黑山派和伊禪卡朗系的白山派。兩派為爭奪勢力範圍，相互對立。在鬥爭中失利的白山派和卓憑藉北疆準噶爾貴族的軍事征服剷除異己，推翻葉爾羌汗國的統治，在南疆建立起依附於準噶爾汗國的“伊斯蘭教神聖國家”。直至18世紀中期清朝平定準噶爾貴族的叛亂，收復新疆後，和卓家族勢力才分崩離析。3．與和卓勢力發展的同時，伊斯蘭教蘇菲派神秘主義得到進一步傳播和發展。它與新疆突厥語各民族原有的宗教影響和傳統文化相結合，產生了諸多蘇菲神秘主義的依禪派。其中影響較大的有納格什班迪耶、虎非耶、戛迪林耶、捷日耶、契斯提耶、蘇哈拉瓦迪耶和斯拉木耶等派別。這些依禪派別的出現和發展，促進了崇拜聖徒、聖墓(即麻札朝拜)的發展和麻札建築的大型化，形成了新疆地區伊斯蘭教禮儀制度上的一大特色。
近現代中國伊斯蘭教。進入近代以後，伊斯蘭教適應歷史發展的要求，在內地和新疆都發生了一些新變化，主要表現在；1．為反抗清朝的階級壓迫和民族歧視，中國穆斯林同全國人民一起，進行了多次反壓迫起義和鬥爭，其中1856～1874年由杜文秀領導的雲南回族穆斯林起義，1862～1877年的西北回族穆斯林起義和1864～1866年庫車維吾爾族穆斯林聯合回族等穆斯林在烏魯木齊、伊犁、哈密等地掀起的武裝鬥爭等規模最大，時間最長。西北穆斯林起義在一定意義上是清順治五年(1648)米喇印、丁國棟領導的“甘州起義”和乾隆四十六年(1781)、四十九年(1784)蘇四十三、田五反清起義的繼續和發展。這些起義多以伊斯蘭教作為鬥爭的思想旗幟和聯絡紐帶，教坊是起義者最基本的組織形式，有的由阿旬或門宦教主領導，禮拜寺為起義隊伍進行鬥爭的據點。同時，伊斯蘭教提倡的“舍希德”(即聖戰)精神，鼓舞了他們英勇頑強的鬥爭意志。這些起義和鬥爭沉重地打擊了清王朝的民族壓迫，是近代中國各民族人民反帝、反封建鬥爭的組成部分。但各次起義均被清朝統治者殘酷鎮壓，致使人口銳減，大批穆斯林或被發配邊疆或被遷徙窮山僻壤之地，居住愈來愈分散，生活環境和社會環境更為艱苦，中國穆斯林蒙受厄難。2．清末民國初，由於社會矛盾和教派矛盾的發展，甘肅東鄉人馬萬福等阿訇，在“尊經革俗”、“憑經行教”的宗旨下，傳播瓦哈比派的宗教主張和經典，在西北的甘肅、青海、寧夏地區創立伊赫瓦尼派，後來傳至河南、山東、河北和新疆等地區。這是中國伊斯蘭教自明末清初以來繼蘇菲派傳入之後發生的第二次教派分化。經過這兩次分化，形成了近代中國伊斯蘭教派別格局。至1949年，中國伊斯蘭教內部分為格迪目、蘇菲主義門宦(包括虎非耶、戛迪林耶、哲赫林耶、庫布林耶)、西道堂、伊赫瓦尼派、賽萊菲耶派以及依禪派。中國穆斯林大都屬於遜尼派的哈乃斐教法學派。各派別在基本信仰、教義上是相同的，只是在某些教律和修行禮儀細節上有所區別。分布在新疆的塔吉克族穆斯林，在15世紀末至16世紀初，已改宗什葉派伊斯瑪儀支派。3．從清末民國初年以來，受近代中國民族資產階級“教育救國”、“科技救國”潮流的影響，一批穆斯林學者、經師如王寬、阿卜杜勒·卡迪爾等，提倡改革宗教教育，實行“經書兩通”，創辦新式學堂，促進了中國穆斯林寺院經堂教育向現代教育的轉化。新式學堂早期有北京牛街清真寺的清真兩等國小堂和回文師範學堂(1908)、北平成達師範(1925)、上海伊斯蘭師範(1927)、四川萬縣伊斯蘭師範(1928)、雲南明德中學(1929)和杭州穆興中學等。20世紀30年代以後，在全國各地回族穆斯林分布較多的地方，興辦的各類普通國小達四五百所，普通中學和師範專科學校也有二三十所。同時在舊式經堂教育中，課程設定也在逐步改變，普遍增設漢語文、常識等課。在新疆地區，經堂教育由小型分散的私塾形式，發展到專門的宗教學校(麥德萊賽)，在教學形式、講授內容和管理方式上，頗具該地區民族特色。同時派留學生到埃及愛資哈爾大學及土耳其等伊斯蘭國家留學。為發展伊斯蘭教育和文化，中國穆斯林的宗教教育及文化社團組織也陸續建立。最早為清末鎮江童琮發起成立的“東亞清真教育總會”和留日回族學生組織的“留東清真教育會”。1912年王寬和馬鄰翼在北京發起組織的“中國回教俱進會”，其支部遍及全國許多省、縣。其後，伊斯蘭教各種社會團體和學術文化機構日漸增多，學術活動廣泛開展。為適應現代社會的發展，振興民族和伊斯蘭文化，許多穆斯林知識分子還在各地創辦了許多刊物，並先後抽譯、選譯和全譯出版《古蘭經》及其他典籍的漢語譯本和維吾爾文譯本，從而形成了繼明末清初以來中國伊斯蘭學術文化研究的新高潮，湧現了一批對《古蘭經》學、聖訓學、教法學和伊斯蘭哲學研究造詣精湛的學者、經師。其中以王寬、王靜齋、達浦生、哈德成、馬松亭、楊仲明、虎嵩山、楊明遠、馬良駿、龐士謙、馬堅、舍姆斯丁、泰劍立·薩依布等比較著名，他們對中國近現代伊斯蘭文化的傳播和發展都作出過重要貢獻。
新中國的穆斯林。1949年中華人民共和國建立後，中國各民族穆斯林在政治上獲得平等權利。由於共同綱領和憲法規定的宗教信仰自由政策的貫徹，首先廢除了歷史上對伊斯蘭教的各種貶稱、蔑稱及不正確的稱謂。穆斯林的宗教信仰、宗教活動和風俗習慣受到法律保護和尊重。國家實施民族區域自治政策，在穆斯林聚居地區，分別建立各有關民族的自治區2個，自治州4個，自治縣16個。自治地方的行政主要領導人都由各有關民族幹部擔任，管理本民族的事務，促進了民族團結和社會進步。1953年，在北京成立了中國各族穆斯林全國性的宗教團體中國伊斯蘭教協會。此後，在各省、自治區、直轄市和穆斯林分布較多的市、縣也建立了地方性的伊斯蘭教協會，管理教務。同時，出版、發行《中國穆斯林》雜誌，印行《古蘭經》、聖訓、教法等多種伊斯蘭教典籍計100多萬冊。為有計畫地培養年輕一代阿訇、毛拉等教職人員，1955年在北京創辦了中國伊斯蘭教經學院，後又在新疆、寧夏、昆明、蘭州、鄭州、青海、瀋陽和北京市等省(區)也辦有地區性的經學院8所。據統計，全國有大小清真寺約37000多座，阿旬、毛拉等教職人員約計4萬餘人。從70年代末以來，國家進一步落實宗教政策，平反了冤假錯案，修復開放清真寺、拱北和道堂，宗教文物古蹟受到保護，一大批穆斯林愛國宗教上層人士和學者，分別在各級人大、政協和伊協團體中任職。經過社會改革和落實宗教信仰自由政策，伊斯蘭教在中國同其他宗教一樣，與社會主義社會建立了相協調關係。伊斯蘭教界人士的思想面貌發生了根本變化，成為愛國統一戰線的一部分。廣大穆斯林愛國愛教，過著正常的宗教生活。每年的開齋節、古爾邦節和聖紀節，政府規定給穆斯林放假，各地在保證物資供應和慶祝活動等方面都予以照顧。穆斯林的風俗習慣受到尊重，各地多設有專門的穆斯林喪葬服務處，並劃出專用土地作為公墓。隨著我國改革開放的深入發展，各族穆斯林地區社會穩定，經濟不斷發展。每年前往麥加朝覲的人數不斷增加，在平等友好的基礎上同伊斯蘭國家及渺l、宗教團體的友好交往日益頻繁，伊斯蘭學術文化交流活躍，增進了國內外穆斯林之間的了解和友誼。(馬啟成)
歷史
唐代稱阿拉伯為“大食”。永徽二年（651年）正值第二任哈里發奧斯曼當政，他曾派使節到長安見唐高宗，介紹國內習俗和伊斯蘭教情況，這是阿拉伯與中國在外交方面的首次接觸。其後來往的人員主要是商人。隨著來華人數的增多，至宋代，來華穆斯林與當地居民通婚，改宗伊斯蘭教者有增無減，其子子孫孫久居長安，成為中國穆斯林的先祖。在五代北宋之際，生活在新疆天山南北的一些民族也隨著哈拉汗王朝（黑汗王朝，以楚河流域為中心建立了汗國）的分合，陸續改宗伊斯蘭教。1271年，忽必烈建立元朝，定都燕京，1279年滅南宋統一中國，這時西亞、中亞各族穆斯林大批來華，使伊斯蘭教在中國進入全面發展的新階段。
分布
中國信仰伊斯蘭教的民族有十個，比較聚居於新疆、河南、甘肅、寧夏、雲南等地區。
他們是：回族、維吾爾族、哈薩克族、烏孜別克族、柯爾克孜族、塔塔爾族、塔吉克族、東鄉族、撒拉族、保全族，人口總數約2000萬。
中國穆斯林人口分布情況歷來是“大分散、小集中”，全國現有清真寺34000多座，阿甸、毛拉45000多人。我國穆斯林在信仰上屬於遜尼派，在教法上遵從哈乃斐學派。此外，自明末清初以來，中亞、西亞的蘇菲主義教義不斷傳入我國西北地區後，逐漸形成門宦（在新疆稱之為依禪）。
各門宦都以一宗教領袖為中心，管理清真寺教務，形成了各自不同的存在模式，為中國伊斯蘭教教派活動增添了新的內容。儘管中國穆斯林中存在著不同的教派和門宦，但是他們能夠在平等、團結的環境中分別從事各自的宗教文化生活，積極參加社會主義物質文明和精神文明建設。
教派
伊斯蘭教傳入寧夏後，在其發展過程中逐漸形成五個教派，即格底木教派、虎非耶教派、哲合林耶教派、格底林耶教派、伊合瓦尼教派。這五個教派的基本信仰都屬遜尼派，其教規律法又都崇信遜尼派的哈乃飛學派。
清代寧夏的穆斯林中形成許多著名的門宦。門宦是清代對蘇非教團的意譯，現代學術界所謂的中國伊斯蘭教門宦制度，則指發展得比較充分、比較典型的蘇非教團的組織管理方式。門宦制就是教主制，每個門宦都有一個被神化了的世襲教主，他既是門宦的精神領袖，又是世俗領袖。在宗教遵行方面，門宦不太重視教乘的五功，而專注於教乘的靜修與參悟，尤其沉湎於念誦齊克爾(祈禱會)。門宦認為，只有修煉道乘，才能接近真主。各門宦的功修方法均較獨特，大都秘不外傳。
格底木教派 格底木是阿拉伯語，意為古老的和尊古的。該派是中國伊斯蘭教最古老的一派，源於阿拉伯地區的遜尼派。約有二分之一的寧夏穆斯林皈依此派，尤以涇源、西吉、固原、同心、靈武、平羅各縣和吳忠、青銅峽市最為集中。此教派實行互不隸屬的單一教坊制，教權結構較為楹散。其教坊通常以一個清真寺為中心，寺中設開學阿訇、治坊阿訇、二阿訇、掌學阿訇等，開學阿訇是教坊的最高首領—伊瑪目，主要職責是率眾禮拜、開經霽學、傳授經典、執掌教規教法、料理宗教事務。在長期的發展中，此派受漢族儒家思想影響，一些宗教儀式中可見有漢族習俗痕跡。
虎非耶教派 虎非耶為阿拉伯語，意為悄悄的、暗暗的、低聲的。該派主張低聲念誦齊克爾，所以又稱低念派。虎非耶教派念記主詞時，要停止呼吸，連續不斷地低聲默誦。其修行人員多是一種巡遊的苦修者，通常沒有固定的行教區，也沒有隸屬的教坊和清真寺。該派支系甚多，互不統屬，各自為教。清末以來，寧夏地區形成了洪門、鮮門、通貴三個門宦。洪門門宦的創始人是同心縣人，傳統的中心地在同心縣的洪崗子，故稱洪門。鮮門門宦已有二百多年的歷史，首領稱太爺，其第一代太爺姓鮮，故稱鮮門，傳教中心在西吉縣的前岔。通貴門宦民國初年創始於賀蘭縣通貴鄉，以地點得名，其傳教區主要在賀蘭、永寧、平羅諸縣。
哲合林耶教派 阿拉伯語哲合林耶意為公開的、響亮的、高揚的。該派主張高聲念誦記主贊聖詞，此與虎非耶教派正相反，故又有高念派之稱，哲合林耶教派形成於清乾隆年間，其創始人馬明心(1719～81年)字復性，又名真衛，經名伊卜拉欣，道號維朵耶.屯拉海(意為維護真主之道的人)。他在雍正年間曾在葉門沙孜林耶道堂留學，回國後在循化、河州等地傳授哲合林耶教旨。清代，哲合林耶曾掀起數次大規模的武裝行動，以金積堡為中心的西北回民反清首領馬化龍就是其第五任教統。二十世紀初葉，哲合林耶教派的教徒，僅在寧夏就達11萬人，曾是規模最大、影響最廣的教派。這一教派在寧夏的門宦主要有兩個，即沙溝門宦和板橋門宦，前者又稱北山派，後者又稱南川派。沙溝門宦的傳教根據地在西吉縣沙溝，教眾主要分布在西吉、海原、固原、涇源等縣和吳忠市。板橋門宦的傳教根據地在吳忠的板橋，教徒主要分布在吳忠、靈武、固原等地。該教派因曾多次抗清，均被清廷鎮壓，遭到血腥屠殺，故此常自稱為血脖子教門。
格底林耶教派 阿拉伯語格底林耶意為大能者。該派受佛教、道教影響較重，主張通過靜修參悟、誦念「無字真經歌」達到認主的目的，所以又有清真和尚、清真道士的別名。相傳該派源於蘇非派卡迪里教團，在中國的創始人相傳為穆罕默德的二十九世後裔和卓阿布都.董拉希。寧夏的格底林耶教派主要分為韭菜坪門宦和齊門門宦，前者以韭菜坪(今海原李俊鄉)拱北為中心，教徒主要分布在固原地區；後者教徒主要分布在固原縣七營、梁家堡和同心縣的石岑等地。
伊合瓦尼教派 阿拉伯語伊合瓦尼意為同教兄弟。因主張遵經立教，也被稱作遵經派。又因這一教派反對門宦制度，提倡穆民皆兄弟，故又被稱為伊斯蘭維新派。該教派民國初年首先出現於同心、吳忠一帶，至1934年才在馬鴻達的扶持下發展起來。伊合瓦尼教派是受十八世紀阿拉伯半島興起的瓦哈比派及該派所進行的伊赫萬運動的影響下發展起來的，帶有革新色彩。其實該派和格底目派的信仰是大體一致的，只有在具體的宗教儀式上兩者才有差別。伊合瓦尼教派提出的遵經革俗，主要是要改革一些陳舊的習俗和非伊斯蘭的禮儀。例如，伊合瓦尼認為：念經不應接受報酬，不應以尊貴的《古蘭經》作為謀生髮財的工具；定期的蓋德爾拜、白拉提夜拜、登霄夜拜等副功拜是異端，應予禁止；不應為聖人修拱北、拜拱北，不應作聖紀等等。
清真寺
伊斯蘭教反對偶像崇拜，所以清真寺內沒有任何由人形和動物形組成的偶像圖案。寺內裝飾大多以阿拉伯文、幾何圖紋和花卉畫紋組成抽象圖案為主。中國的清真寺有兩種類型，一是殿堂式清真寺，具有中國傳統建築風格，多採用四合院式，一條中軸線貫穿始末，禮拜大殿有起脊的屋頂，大殿平面一般有三種形狀，如凸字形、工字形、矩形等。寺門大多與中國寺廟式大門類似，這是與中國文化結合的產物。另一類是阿拉伯式清真寺，外觀造型為穹頂式建築，大殿上一大四小半圓形綠色穹頂，頂上一彎銀白色新月。但新疆的清真寺大殿一般為平頂結構，門樓高大或有尖塔與拱狀大門相連，木、磚、石裝飾具有新疆風格。影響
伊斯蘭教對各穆斯林民族的歷史文化、倫理道德、生活方式和習俗產生了深刻影響。伊斯蘭文化同中國傳統文化交流融合，成為各穆斯林民族文化不可分割的組成部分，並豐富了中華民族的歷史文化寶庫。伊斯蘭教適應了中國文化，也影響著中國文化。中國的醫學、武術、建築（如北京城的布局），還有其他很多中國文化，都受到伊斯蘭文化的影響。穆斯林在計時、數學、天文、星象研究等方面曾作出重要貢獻。
教義
主要信條
伊斯蘭教徒的宗教信仰基本為伊斯蘭教教義中的五個基本信條。這五個信條是：第一，信阿拉。相信阿拉是宇宙萬物的創造者、恩養者和唯一的主宰，是全能全知、大仁大慈、無形象、無所在又無所不在、不生育也不被生、無始無終、永生自存、獨一無二的。
第二，信天使，相信天使是阿拉用光創造的一種妙體，人眼無法看見。天使只受阿拉的驅使，只接受阿拉的命令。它們各司其職，但並無神性，只可承信它們的存在，不能膜拜。天使數目很多，最著名的為四大天使，其中尤以吉卜利勒地位最高。
第三，信經典。相信《古蘭經》是阿拉的語言，是通過穆罕默德降示的最後一部經典。
第四，信先知。相信自人祖阿丹以來，阿拉曾派遣過許多傳布阿拉之道的使者和先知。穆罕默德是最後一個先知，也是最偉大的先知。
第五，信後世。相信人都要經歷今生和後世，終有一天，世界一切生命都會停止，進行總清算，即世界末日的來臨。屆時所有的人都將復活，接受阿拉的裁判，行善者進天堂，作惡者下火獄。
特殊信條
除了這五條主要信條外，各個教派又有自己的特殊信條，最主要的是五功。五功是穆斯林的五項宗教功課，是每個教徒都應遵守的最基本的宗教義務，亦稱五大天命。
五功具體為以下五者：
一為念功，就是要念誦清真言，這是穆斯林對自己信仰的表白。阿拉伯語稱為舍哈德（意為作證），其內容是用阿拉伯語念誦：「我作證：除阿拉外，再沒有神，穆罕默德是阿拉的使者。」只要接受這一證言，並當眾背誦，就可以成為正式的穆斯林。
二為禮功，即作禮拜。一般認為這是接近真主的門路和階梯。穆斯林教徒要履行每日五次的時禮，每周一次的聚禮，宗教節日的會禮。每日五次的時禮，第一次稱晨禮，在拂曉舉行；第二次稱晌禮，在中午1時至3時舉行；第三次稱晡禮，在下午4時至日落前舉行；第四次稱昏禮，在日落後或太陽的白光消逝前舉行；第五次稱宵禮，在入夜至拂曉前進行。聚禮又稱主麻日禮拜，是集體的公共祈禱，一般在星期五舉行。會禮則在每年的開齋節和古爾邦節舉行。禮拜的前提條件是身體清潔，禮拜前必須按規定作大淨或小淨。
三為齋功，即齋戒。伊斯蘭教曆的九月為齋月，在齋月期間，教徒要齋戒一月，每天從日出前到日落要止飲禁食，以清心寡欲，專事真主。
四為課功，又稱天譚制度。穆斯林個人財產達到一定數量時，就應交納一種名為天課的宗教稅。教義認為，窮人是真主的眷屬，把資財施捨給窮人，就等於納入真主之庫，故名為天課。
五為朝功，就是到麥加朝覲天房—克爾白聖殿。伊斯蘭教規定，每個穆斯林，只要身體健康、經濟條件許可、旅途平安，一生中至少要到麥加朝覲一次。凡去朝覲過的，即被尊稱為哈吉。除麥加外，麥地那和耶路撒冷也是伊斯蘭教的聖地。
協會
中國伊斯蘭教協會是中國各民族穆斯林的全國性宗教團體。會址設於北京。於1952年7月，由穆斯林知名人士包爾漢·沙希迪、劉格平、賽福鼎·艾則孜、楊靜仁、達浦生、馬堅、龐士謙、馬玉槐等在北京發起籌備,翌年5月11日成立中國伊斯蘭教協會（以下簡稱協會）。這是我國歷史上第一個空前統一的全國性伊斯蘭教組織，它的成立標誌著實現了中國各族穆斯林的大團結，為黨和政府與各族穆斯林之間架起了溝通的橋樑。宗旨
協助政府宣傳貫徹我國的宗教信仰自由政策，代表全國各民族穆斯林的合法權益，發揮橋樑紐帶作用；高舉愛國主義旗幟，發揚伊斯蘭教的基本精神和優良傳統；獨立自主自辦教務；舉辦各項伊斯蘭事業；積極引導伊斯蘭教與社會主義社會相適應；擁護中國共產黨的領導和社會主義制度；在鄧小平理論和“三個代表”重要思想指引下，堅持科學發展觀，推動各民族穆斯林積極參加社會主義物質文明、政治文明和精神文明建設，為構建和諧社會和實現全面建設小康社會的奮鬥目標而努力；維護宗教和睦，遵守社會道德規範；加強民族團結，維護社會穩定，促進並維護祖國統一，維護世界和平。業務任務
（一）在憲法、法律、法規和政策規定的範圍內開展伊斯蘭教務活動；（二）對穆斯林民眾關心的宗教問題，依據經訓精神作出符合社會發展要求的解釋。
（三）舉辦伊斯蘭教教育，培養伊斯蘭教教職人才；
（四）發掘、整理伊斯蘭教的優良歷史文化遺產，開展伊斯蘭學術文化研究，編譯、出版經籍書刊；
（五）建立、健全伊斯蘭教內部的各項管理規章制度；
（六）指導各地伊斯蘭教協會的教務工作，交流經驗；
（七）促進各地伊斯蘭教協會和清真寺興辦利國利民、服務社會的公益和自養事業；
（八）負責組織全國各民族穆斯林赴聖地麥加履行朝覲功課；
（九）開展同各國穆斯林和伊斯蘭教組織的友好往來，增進交流與合作。
