簡介
採用經典的陽離子交換色譜分離、茚三酮柱後衍生法，對蛋白質水解液及各種游離胺基酸的組分含量進行分析。儀器基本結構同普通HPLC相似，但針對胺基酸分析進行了細節最佳化（例如氮氣保護、惰性管路、線上脫氣、洗脫梯度及柱溫梯度控制等等）
系統
通常細分為兩種系統：蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離胺基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次最多分析約25種胺基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統一次最多分析約50種胺基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。
效果
分析效果：從目前已知的胺基酸分析方法比較來看，除靈敏度（最低檢測限）比HPLC柱前衍生方法稍低以外（HPLC：<0.5pmol；胺基酸分析儀：<10pmol)，其他如分離度、重現性、操作簡便性、運行成本等方面，都優於其他分析方法。
質量選擇
1、原理：基於陽離子交換柱分離、柱後茚三酮衍生、光度法測定的離子交換色譜法（IEC）。此類方法由Stein和Moore兩人1958年發明，並於1972年獲諾貝爾獎，是當今國際標準和國家標準以及仲裁和涉外的方法。
2、重要指標：滿足分析需要的技術指標如分離度、重複性等要求，而其中的分離度又是更為重要的指標，因為，色譜理論一般以分離度達到1.2作為兩峰基本分離的判定前提，只有峰分開了，才有意義去討論定性和定量的重複性。
3、指標的真實性：有些廠家只標出個別胺基酸的指標如Asp或Arg，或只用平均數據替代全部數據等等，而儀器性能好，經營信譽較高的廠家就會標出全部胺基酸的指標供用戶參考。
4、儀器的可靠性：如果儀器今天堵了、明天漏了，用戶不僅要付出大量人力財力，分析結果的可信度也將大打折扣。
5、儀器運行成本：例如是否可以使用國產試劑、柱子壽命（以多少次進樣計算、而不以多少年計算）等。
6、儀器設計是否有利於胺基酸分析：例如是否有惰性氣體保護（茚三酮極易被氧化）、是否提供線上脫氣、是否提供溶液和樣品的製冷控制等。
7、售後服務：分析過程中遇到困難是在所難免，廠家必須能夠快速回響、儘快解決問題。另外，常用備件的價格也是一個重要因素，因為用戶在購買前一般難以注意到售後的問題，而很多廠家也沒有公示自己的常用備件價格，這就為將來的使用埋下了隱患，事實上，也的確有很多儀器在出現一些看似微小的故障之後，就因為維修費用太高而被“束之高閣”。
化學通用分析儀器
| 化學通用分析儀器主要用於中間體、染料、醫藥、生化、環保、石油化工、食品、農藥等各類在紫外-可見光區有一定吸收的精細化工產品的分離分析。 |
