反清革命
清朝末年改行新軍制，於安慶設立安徽武備練軍學堂。余亞農長兄余申甫及次兄余丹甫均去就讀。武備學堂改陸軍國小後，在兄長的影響下，清光緒三十年（1904年）余亞農考入該校。兩年後，徐錫麟任安徽陸軍國小堂會辦，暗中號召推翻清廷專制政權，余亞農受其革命思想的啟蒙。陸軍國小畢業，升入北京清河鎮陸軍第一中學。兩年後，入保定軍官學校入伍生隊學習。在此期間，經常與志同道合的同學研究時事，抨擊時弊，經吳祿貞介紹於宣統二年（1910年）秘密參加了同盟會。武昌起義前夕，余亞農受吳祿貞之命，去漢陽聯繫湖北新軍起事。在漢陽，因起事日期尚未最後確定，乃離鄂返皖，進行聯絡。時值合肥光復，其次兄及孫品驂等人在合肥大同書院成立軍政府廬州分府，余亞農前去襄助。後南京臨時政府成立，孫中山任臨時大總統，柏文蔚任革命軍第1軍軍長，駐浦口、徐州一帶。余亞農被推為全椒民軍司令，復應聘為第1軍訓練處代理處長。
追隨國父
民國元年（1912年）2月，袁世凱篡國，余亞農亦隨第1軍被解除職務，調入剛成立的保定軍校學習。民國2年7月，孫中山組織武裝討袁，發動“二次革命”，安徽宣布獨立。柏文蔚組建安徽討袁軍，自任總司令。余亞農聞訊後離校南下，投入討袁淮上軍張孟介（匯滔）部任營長。9月，“二次革命”失敗，袁軍接連發出通緝令，嚴密搜捕孫中山、黃興、李烈鈞等人，張匯滔、鄭贊丞護送孫中山避居上海，余亞農亦追隨張匯滔逃亡去滬。當時，合肥王亞樵正因組織社會黨反對軍閥而被迫出走上海，余亞農與王亞樵在廬州軍政分府曾經相識，乃隨王亞樵參加討袁護法運動，自此成為王亞樵秘密組織的主要成員。民國3年7月8日，余亞農回響孫中山號召，赴日本東京參加中華革命黨成立大會。返滬後，聯絡同志，圖謀起事。王亞樵建議爆炸北京政府，迫袁退位，孫中山未予同意。王亞樵乃命余亞農在上海呂斑路文德里秘密製造炸彈，擬去爆炸上海警察廳，然後舉事。不料火藥爆炸，余亞農面、腿均受傷，因而被法租界巡捕房拘留3個月。被釋後，仍在滬、粵過流亡生活。1917年，孫中山領導護法運動期間，余亞農曾投滇軍方聲濤部，任夏述唐旅參謀。1922年陳炯明叛變，孫中山蒙難永豐艦，下令討賊，余亞農參加東路討賊軍許崇智部，任第8旅16團第3營營長，不久敗於廣州石碑，乃離職返滬。
國共兩黨合作後，余亞農返回安徽，與孫品驂等人發動“討曹（錕）驅馬（聯甲）”運動，後因奉軍進攻而失敗，孫品驂下野，余亞農隻身走保定，去天津。不久即自天津投奔國民軍第5軍方振武部，初任參議。1926年3月，國民軍第5軍參與國民軍與直、奉軍的南口之役，轉戰晉北。余亞農任第2（混成）旅第6團團長。8月，國民軍兵敗，5軍退至五原。9月，國民聯軍成立，5軍餘部被整編為國民聯軍第2軍，余亞農任第2軍第8旅旅長。
民國15年9月，馮玉祥於五原誓師，參加北伐。國民聯軍出兵援陝，解西安之圍。余亞農率全師官兵經察、綏、寧而援陝，解救了被圍困8個月的楊虎城部。民國16年春，余亞農率部經三原，出潼關，進駐襄樊。此時，馮玉祥部國民軍改隸蔣介石指揮，國民聯軍加入國民革命軍，改編為第2集團軍，宣布全軍集體加入國民黨，參加北伐。方振武所部第2軍擴編為第3方面軍，隸屬第2集團軍，余亞農升任第1軍第3師師長。不久進入豫西，以期與北伐大軍會師中原。10月，因與馮玉祥矛盾頻起，方振武率所部脫離第2集團軍建制，投入蔣介石的第1集團軍，所部改稱中央直屬第9方面軍，參與討伐唐生智。1928年3月，南京政府二次北伐，方振武所部此時已改編為第1集團軍第4軍團，余亞農改任第34軍89師師長。
反蔣活動
民國17年5月3日，日本侵略軍在濟南製造“五三慘案”。余亞農奉命率部防守黃河大橋，與日本軍第6師團齋藤旅團發生激戰，官兵雖有重大犧牲，但終於保住了大橋。同年，奉軍被驅逐出關後，蔣介石“編遣國會”， 1929年1月，國民革命軍各部縮編。89師被縮編為44師131旅，余亞農任旅長，調駐安慶集賢關。8月，余亞農調任45師134旅旅長。9月，方振武因反對所謂的“編遣”，被蔣介石軟禁於南京。蔣介石欲將45師師長鮑剛與第6師師長方策對調，鮑剛不服，在蕪湖起兵反蔣，余亞農聞訊後，於安慶北門外集賢關營園客廳，將奉蔣命前來“點編”的嫡系部隊第26路總指揮兼第6師師長方策扣押，率所部開進五祖山，樹旗反蔣，終因眾寡懸殊而失敗，方策收編45師殘部，接任師長。余亞農流亡上海。蔣閻馮中原大戰爆發後，余亞農乘船去天津轉鄭州，被馮玉祥委為豫皖邊區第1路軍司令，活動於中原。後因內部不團結，該部為蔣介石分化瓦解。余亞農重返上海。
“九·一八”事變後，王亞樵秘密組織鐵血鋤奸團，以鋤殺漢奸、日軍特務為己任，並發動工人、學生、市民抵制日貨，檢查奸商。余亞農在團中分工負責政治，專事抗日宣傳，並調查了解日諜、漢姦情況，以作為打擊對象。民國22年5月，余亞農參加馮玉祥領導的抗日同盟軍，任援助沽源及多倫的預備隊司令。同盟軍在蔣介石的進攻下失敗解散，馮玉祥去泰山，余亞農回到上海。同年冬，福建事變發生，余亞農星夜趕往福州，被委為29路軍總指揮。但該軍未成立，事變便告失敗，余亞農又回上海繼續從事秘密反蔣活動。民國24年11月1日，孫鳳鳴於國民黨四屆六中全會上刺傷汪精衛，引起全國震動。戴笠親自帶人去香港要求港方引渡王亞樵等人。余亞農與鄭抱真等人伴王亞樵自水路出逃，經西江直駛廣西梧州李濟琛圩子。
1936年8月，余亞農受李濟琛領導的民族革命大同盟委託與張獻廷持密信去延安，聯繫反蔣，受到了周恩來、李克農的熱情接待，毛澤東、朱德還親自為他餞行。在他返回梧州時，王亞樵已被蔣幫特務所暗殺。
1938年春，余亞農任皖北人民抗日自衛軍第5路指揮。因余亞農與新四軍第6支隊司令員彭雪楓合作較好，遭國民黨內反共頑固派忌恨，同年冬自衛軍為廣西軍黃瑞華、蒙若剛部包圍繳械。余亞農被逮捕後，經安徽省民眾總動員委員會及社會人士營救始獲釋，在淮北經商耕地，以資餬口。李品仙、廖磊數次說其出山，均遭拒絕。
解放之後
日軍投降後，余亞農應中共華中局鄧子恢之邀，赴蘇北與蔡蹈和、鄭抱真等共商大計。回滬，經沈鈞儒、沈志遠介紹，加入民主同盟，復以“民革”名義開展兵運工作。1949年冬，余亞農與中共地下工作者一起在寧、滬、蕪間進行策動起義活動，以協助大軍渡江。解放後，余亞農先後任華東軍政委員會委員、皖北政治協商委員會副主席、皖北行署監委會副主任、安徽省人民政府委員、副省長等職。1959年去世，享年72歲。中共安徽省委員會在余亞農病危時，根據他本人的請求，批准他為中國共產黨正式黨員。
