順治時期
由十七世紀中葉到二十世紀中葉，雖然時有外來勢力介入，但一直與西藏政權、歷史息息相關的仍是達賴喇
康熙時期
和碩特汗國以藏傳佛教格魯派勢力掌握政權。1653年4月，清朝政府正式授予五世達賴喇嘛金印、金冊，承認他在西藏政治宗教上的合法地位。1676年康熙十五年，受五世達賴推薦，第二任第巴陳列嘉錯之侄桑結嘉錯接替羅桑圖道擔任第巴。桑結辭以年輕為由，未接受，五世達賴乃為之專頒一道法旨，繼續推薦。1679年，桑結嘉錯就任，是為第五任第巴。1682年，五世達賴過世（當時西藏與不丹開戰），桑結嘉錯匿不發喪，詭稱達賴坐靜閉關，秘不見人，從而繼續以五世達賴名義號令西藏、蒙古。他與當時西藏軍事首領，蒙古和碩特部的法王關係緊張，因此圖謀驅逐和碩特部出藏。他結納準噶爾的噶爾丹，互相支持，又以達賴名義邀封於中國清朝。1694年，康熙帝封桑結嘉錯為“掌瓦赤喇怛喇達賴喇嘛教弘宣佛法王”，他於是自稱“土伯特國王”，以此與和碩特部的法王拉藏汗抗爭，並支持噶爾丹入侵喀爾喀蒙古。
1696年，清朝軍隊在昭莫多一役痛擊準噶爾部。1697年，噶爾丹敗亡，康熙帝嚴詔譴責桑結嘉錯。桑結懼，加上不斷受到西藏各勢力的質疑，並且與準噶爾繼任的策妄阿拉布坦對立，乃立倉央嘉措為六世達賴，並派遣密使赴京請封。1701年，和碩特汗國最後第二任可汗達賴汗朋素克去世，和碩特汗國最後一任可汗拉藏汗繼承汗位，清朝康熙皇帝冊封為翊法恭順汗。
1705年，準噶爾部與清朝再度發生戰爭，拉藏汗進攻拉薩，罷免並誘殺第悉桑結嘉措。1706年6月28日，拉藏汗殺桑結嘉措後，更與康熙皇帝決定同時廢黜第六世達賴喇嘛倉央嘉措，重新選定阿旺伊西嘉措為六世達賴，得到康熙的冊封。此舉激怒了拉薩的僧侶，他們在哲蚌寺齊集保護倉央嘉措。然而，當拉薩汗的部隊炮轟哲蚌寺時，為阻止喇嘛們的慘重傷亡，倉央嘉措選擇自願受縛。之後，押解至北京。按官方資料記載，倉央嘉措於同年11月15日北上途中死於青海湖附近公噶瑙爾。另一說，倉央嘉措在押解途中逃脫，曾現身藏東南，後前往藏南、拉薩、蒙古，並在蒙古阿拉善隱居直至1746年去世。
1709年清康熙四十八年，清朝廷派遣侍郎赫壽前往喇薩，辦理西藏事務。此為清代派遣大臣駐藏辦理政務之始，但僅為臨時派員，未成定製。1713年，清朝政府正式授予五世班禪喇嘛金印、金冊，確定班禪和達賴的同等地位，“互為師”，誰大誰為師。
1716年，準噶爾部派兵入侵西藏，攻打拉薩。1717年準噶爾汗國新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地區，滅和碩特汗國，並且占領拉薩。清軍多次被準軍擊敗，最後於1720年由胤禵率軍驅除成功，協助達賴七世入藏，以拉藏汗舊臣管理藏區，這是清朝經營青海、西藏地區之始。
雍正時期
雍正時期，平定青海親王羅卜藏丹津之亂後，雍正帝又在西寧與拉薩分置辦事大臣與駐藏大臣以控管青藏地區。1718年，清朝由青海路出兵入藏攻打準噶爾軍隊，不過全軍覆沒。1720年，清政府派兵護送七世達賴回藏。同年，後西藏向清政府求援，清朝第二次出兵才趕走準噶爾軍。清朝和準噶爾軍在吐魯番方面也有戰鬥。清政府從此在西藏駐軍。1724年，清軍擊敗準噶爾。1727年雍正五年正月，清世宗派遣內閣學士僧格、副都統馬喇駐喇薩，“與達賴喇嘛、康濟鼐、阿爾布巴等和衷辦事”，並設立駐藏大臣衙門。自此，朝廷派駐藏大臣二員辦理西藏事務。
乾隆時期
1739年乾隆四年，晉封噶倫頗羅鼐為多羅郡王。1747年，頗羅鼐病故，其次子珠爾默特那木札勒襲封郡王。珠爾默特那木札勒“素不信奉達賴喇嘛，心懷仇隟”，表面上順從駐藏大臣，暗中聯絡蒙古準噶爾部，伺機起兵反叛。1749年，珠爾默特那木札勒攻殺其長兄“阿里公”珠爾默特策布登，控制了阿里。1750年，駐藏大臣傅清、拉布敦迫於情勢，誘殺珠爾默特那木札勒，隨後為其黨羽卓呢爾（官名）羅卜藏札什所殺。隨後，清朝廷派四川總督策棱領兵入藏平叛。清政府駐藏大臣制度最終確立，成為定製，不再冊封噶倫為札薩克，防止權力集中於世俗貴族之手。1751年，清朝頒行策棱所奏的《西藏善後章程》十三條。章程規定，噶倫員額為四人，且必須於公所（噶廈）辦理政事。“查舊例噶隆會辦事件，原有噶沙之公所衙門。自頗羅鼐後，各噶隆竟不赴公所，俱於私宅辦事。……今噶隆業已照例補放，自應遵照舊例，遇有應辦事件，俱赴公所會辦。”章程擴大了駐藏大臣的職權，並首次正式規定了達賴喇嘛的世俗權力，形成了駐藏大臣、達賴與班禪的僧官系統、噶廈俗官系統三者制衡的狀態；正式設立噶廈政府，駐地在拉薩大昭寺，長官為噶倫，秉承駐藏大臣、達賴喇嘛旨意辦事。
從清初到18世紀末清廷對西藏的控制呈逐步加強的趨勢。乾隆皇帝當政時期，強大的六世班禪赴京覲見，為乾隆皇帝慶祝70大壽，由於拒絕接種，感染天花在承德去世，將隨身攜帶的金苯巴瓶留在承德仿布達拉宮建造的普陀宗乘之廟。六世班禪曾是乾隆老師，乾隆贈送給了班禪喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。但班禪喇嘛的駐錫地扎什倫布寺卻沒有給六世班禪的兄弟白教第十世夏瑪巴他的那部分。當夏瑪巴的楊巴千寺的管理員對此事抱怨時，扎什倫布寺答覆說，金子全部都是屬於扎什倫布寺的。第十世夏瑪巴還遭到誹謗，說他為了重新得到他的寺院，策劃謀反西藏政府。從而在西藏政府與夏瑪巴相互仇視。1784年，夏瑪巴撤離西藏去了鄰國廓爾喀（今尼泊爾）。
1791年，廓爾喀因與西藏鹽稅銀錢糾紛與白教祖古夏瑪巴唆使，軍隊入侵西藏，意圖搶掠遍布西藏各地的寺廟中的財富。當時，西藏政府請求滿清政府派兵支援。1792年，乾隆命清朝大將軍福康安同參贊大臣海蘭察率領清兵支援當地藏兵，將廓爾喀軍隊驅返喜馬拉雅山南麓，甚至還反攻至廓爾喀首都－陽布外二十公里的熱鎖橋，迫使廓爾喀向清朝五年朝貢一次。驅逐廓爾喀軍隊之後，滿清官兵以完善西藏行政為理由，訂立了治理西藏的多項章程，要求以“金瓶掣籤”認定達賴喇嘛、班禪喇嘛和其他呼圖克圖的轉世。《藏內善後章程》二十九條，大大加強了駐藏大臣的權力。1793年，上述章程的部分條款彙編成“欽定藏內善後章程”，並翻譯成藏文，詳細規定西藏的宗教事務、外事、軍事、行政和司法權力，達賴、班禪轉世程式，地方政權的組織結構，並正式劃分西藏和青海、四川、新疆等省份的邊界。此後西藏的政務完全依照此章程行事。
清朝末期
1888年光緒十四年，英國發動第一次侵略西藏的戰爭，清政府求和，英國要求清政府簽訂不平等條約以結束戰爭。1890年3月17日，中英二國在印度的加爾各答簽訂《中英藏印條約》，中方代表是駐藏幫辦大臣升泰，英方代表是印度總督蘭斯敦（Lansdowne）。通過這個條約，哲孟雄（錫金）成為英國的保護國，一切內政外交皆聽命於英人。西藏由此失去藩籬，再無險可固；此外，條約劃定藏哲邊界，使西藏丟失了崗八宗以南的大片牧場和險要地區。西藏上層對此條約非常反對，向駐藏大臣衙門上稟帖譴責升泰的作為。1893年12月5日，由於藏印條約中的多個問題沒有得到實際解決，在英國的壓力下，清政府派何長榮與英國代表保爾（A. W. PAUL）在大吉嶺簽訂《中英藏印續約》，其內容是：開放亞東為商埠，在五年內免納進出口稅；英人在該地享有領事裁判權；在哲孟雄遊牧的藏人應照英國在哲孟雄隨時立定遊牧章程辦理。自此，英國人最終打開西藏的大門。
1895年，第十三世達賴喇嘛阿旺·羅桑土登嘉措親政。由於清政府同英國簽訂了一系列有損西藏的條約，駐藏大臣在西藏的威信不斷受到考驗，西藏和清政府之間也逐漸疏遠。十三世達賴喇嘛首先對與涉外有瓜葛的人實行嚴厲懲治，凡查出確實與英人入侵有關的人或被處罰、或籍沒、或入獄、或梟首。再是派人推到印度人在藏印邊界上豎立的界碑，對印度進口貨物依舊課什一稅。
1903年12月，由於對噶廈政府拒絕執行中英藏印條約不滿，英國軍隊再次侵入西藏。1904年3月31日，英國軍隊和藏軍交火，運用機槍和大炮屠殺了700多人。4月中旬，英軍進入了江孜地區，面對江孜宗山堅固的防禦工事，英軍從印度調來了4000多名援軍和8門大炮，以及大量先進的穿甲炮彈。6月，西藏政府發布徵兵廣告以回擊英軍。剛接替裕鋼駐藏大臣之職的有泰此時仍舊奉行妥協政策，對藏軍進行多方約束和限制，向清政府提出「今欲折服其（西藏）心，非任其戰任其敗，終不能了局」。七月初，英軍占領江孜，達賴喇嘛感到敗局已成，便派人與英人接觸以阻止其進犯拉薩。十三世達賴喇嘛於7月27日率親信被迫途經青海逃往蒙古，臨走前指定嘎丹墀巴羅桑堅贊為代理攝政。但英軍領率麥克唐納仍舊率軍前進，7月7日，英軍攻陷江孜宗山，七月底渡過雅魯藏布江。8月3日，榮赫鵬占領拉薩。達賴喇嘛的出走加之對西藏氣候的不適應，英軍不能在拉薩長駐。榮赫鵬找到駐藏大臣有泰，並拿出已經準備好的拉薩條約草案，要他誘逼西藏代表進行談判。清政府革去了達賴的名號，命九世班禪曲吉尼瑪（22歲）代替達賴名號，但班禪不接受，使到西藏群龍無首。英軍在拉薩大肆劫掠，搶走了許多珍貴的文物和經典，但找不到逼和對象。9月7日，統帥英軍入侵西藏的上校榮赫鵬（F.E.Younghusband)，逼迫西藏哲蚌、色拉、噶爾丹三大寺的寺長羅生戛爾曾等人在拉薩簽訂了《拉薩條約》，代理攝政羅桑堅贊在《拉薩條約》上蓋上了達賴喇嘛的印章。此時有泰上奏朝廷，說「達賴喇嘛兵敗潛逃，聲名狼藉」，請求褫革達賴喇嘛的封號，由班禪額爾德尼來拉薩掌理宗教事務。清政府於是下令「將達賴喇嘛名號暫行革去，並著班禪額爾德尼暫攝」。有泰同時將拉薩條約的內容報告給清廷，條約公布後廣泛引起公憤，俄國也對英國在西藏獨家牟利提出質疑。於是清政府決定和英國商談修改拉薩條約，賠款由清政府償還。條約送北京，但清廷卻堅持不在該約上籤字。清政府派唐紹儀、張蔭棠等赴印度同英方談判，唐紹儀堅持中國對西藏的主權不容侵犯。
1905年1月，外務部右侍郎唐紹儀率參贊張蔭棠、梁士詒奉命赴印加爾各答與英印政府上一修改條約事宜。英人派外交大臣費禮夏為全權代表同中國代表談判。唐紹儀要求刪去條約中的第九條，堅持中國對西藏擁有主權，但英人堅持只承認中國對西藏的宗主權。當時宗主權與主權分別被譯為「上國」和「主國」，唐紹儀指出「查上國二字﹐英文系『蘇索倫梯』（Suzerainty，按今譯宗主權），譯言所管為屬國，而屬國自有治民之權，若自認為上國，則西藏等於韓、越、球、緬。主國二字，英文系『騷付倫梯』（Sovereignty，按今譯主權），譯言臣民推為極尊，歸其管轄，而各事可定者也。」雙方爭執不決，於是11月12日英方提出停止談判。1906年4月，英方再次恢復和中方的談判。27日，中國代表唐紹儀與英國代表薩道義簽訂《中英續訂藏印條約》，共六款，《拉薩條約》作為附約。條約第二款寫明「英國國家允不占並藏境及不干涉西藏一切政治，中國國家亦允不準他外國干涉藏境及其一切政治」。這段時期西藏政局甚為紊亂。張蔭棠「領副都統」銜後，由清政府指派以駐藏幫辦大臣的身份進藏「查辦藏事」。張蔭棠入藏後，先向中央政府彈劾有泰以及其他相關十餘名滿漢官員。再提出治藏建設十九條及西藏地方善後問題二十四款。11月29日，清廷下令革除有泰等人的職務。但「新政」建設未及實現，張蔭棠便被調離西藏前去印度商定《藏印通商章程》。
1907年6月，中英雙方談判關於藏印通商章程事宜。談判前，英方堅持要有權簽字的西藏官員參加會議。儘管張蔭棠識破其「志與藏人直接，不欲我國干預」，「若一經承認直接交涉，西藏即成獨立國性質」，但勢弱之下只便增派西藏噶倫汪曲結布，攜帶噶廈議事簽字全權文憑赴會。1908年4月20日，中英雙方簽訂《中英修訂藏印通商章程》[1]，共十五款。中方代表張蔭棠，英方代表韋禮敦代表各自政府在條約上籤字，「西藏大吏選派嘎布倫汪曲結布為掌權之員」後「秉承張大臣訓示，隨同商議」。
1910年2月，鍾穎統帥二千餘名川軍抵藏，加強中央政府對西藏的統治。出走內地的達賴喇嘛，開始駐錫青海塔爾寺，後聽德爾智之言前去外蒙古庫倫，受到俄國禮遇。為防備達賴喇嘛親俄，清政府同意恢復其名號，同時派蒙古王公前往宣慰，並準備送其回塔爾寺再則日返藏。時值拉薩條約的談判時期，英國反對達賴此時返藏。清廷最後令其移居五台山。後清政府為給慈禧太后祝壽，召達賴喇嘛進京。達賴喇嘛抵京之後，請求今後有直接向中央奏事之權，以擺脫駐藏大臣的約束。但清政府拒絕了他的請求，僅加封他為「誠順贊化西天大自在佛」，並年給廩餼銀一萬兩。在見慈禧太后之時，達賴喇嘛被要求行跪拜之禮，使其朝見規格低於五世達賴和六世班禪。達賴喇嘛隨後返藏，約見幫辦大臣溫宗堯，希望其令川軍停止越軌行為。溫宗堯同意約束川軍不再騷擾百姓，不侵害達賴喇嘛固有地位。達賴喇嘛遂將在各地阻擊川軍的藏軍調回拉薩，並奏謝朝廷封賞，恢復對駐藏大臣的一切供應。但駐藏大臣聯豫對達成的意見多加指責，並拒絕在給達賴喇嘛的覆信上籤字蓋章。是時，拉薩盛傳聯豫的衛隊向民眾開槍，達賴喇嘛感到形勢嚴峻，於2月12日夜在布達拉宮召開緊急會議，午夜後再次出走。2月21日，達賴喇嘛由亞東英商務處代理麥克唐納引至印度。聯豫反而奏報朝廷，再次褫奪了達賴喇嘛的名號和部分官員的官階品第。
1911年10月10日宣統三年八月十九日、藏曆第十五饒迥鐵豬年，武昌起義爆發，辛亥革命開始，以孫中山為首的革命黨人一度主張“驅逐韃虜”，排斥滿族，建立漢族內地十八行省的政權（後來孫中山發現此議欠妥，遂改為“五族共和”）。邊疆非漢族地方產生動盪和騷亂，清朝建立的國家出現分崩離析的危險，新疆、蒙古、西藏地方紛紛出現分離傾向。駐西藏地方的清軍軍隊是川軍，成分很多是四川哥老會成員，武昌起義爆發和清帝遜位的訊息傳播到邊疆少數民族地區，軍隊是發生了內訌，有擁護共和，有主張勤王，也有自行返回內地以自保。各派自相殘殺，軍餉也斷絕了，清軍在西藏地區開始大肆搶劫。清朝中央政府派駐的大臣聯豫、鍾穎等人只知道藉機謀取私利，西藏地區極度混亂。11月，駐拉薩清軍發生內訌，部分官兵囚禁了末代駐藏大臣聯豫，更有士兵乘機鈔略百姓，攻擊寺院。拉薩陷入混亂狀態。1911年冬天，清四川總督趙爾豐在成都被過激民眾處死，局勢劇變，西康地區也發生嚴重動亂。至1912年底清軍及駐藏大臣全部撤出西藏。
