行政制度
乾隆二十四年(1759年),清政府在平定新疆南部的大小和卓叛亂以後,鑒於當時面臨的複雜的周邊環境,經過詳細慎密的事前考察之後,在新疆實施了軍政合一、以軍統政的行政管理制度——軍府制。天山南路參贊大臣就是軍府制體制中的重要組成部分。南路參贊大臣從建立伊始到1866年不見設定為止,在它存續的一百多年間,其名稱曾因其府治的變遷而三易,先後稱為喀什噶爾參贊大臣、烏什參贊大臣、葉爾羌參贊大臣;其職責在不同歷史時期也有所變化:最初僅為駐紮回疆一城之參贊大臣,後被授命總理回疆事務,稱為“總理回疆事務參贊大臣”，肩負新疆南部的一切事。
設定參贊
18世紀中葉，清政府經過數年征戰與經營，不僅平定了準噶爾蒙古叛亂，而且也平定了大、小和卓的叛亂，新疆重新歸於中國中央政府的管理之下，天山南北得到了統一，長達數百年的地方割據、民族分裂、戰亂不止的動盪局面終於結束了。 新疆地處祖國西北，土地遼闊、地理複雜，遠離內地，治理不便。再加上新疆民族眾多，信仰不一，在歷史上存在過許多不同民族、不同宗教的政權，各政權之間攻伐過頻，造成民族間矛盾甚深。而且新疆周邊國家情況複雜，環境惡劣。所以清政府在收復新疆後首先要考慮的就是如何加強治理、發展經濟、安撫民生、鞏固邊防。為此，清政府在新疆實行軍府制，是考慮到新疆當時特殊的政治、軍事、經濟、民族、宗教等情況，對新疆的穩定，乃至西北地區
參贊大臣清王朝根據新疆特殊的地理狀況、民族分布、歷史沿革等情況，把新疆分成三大區：北路是伊犁、塔爾巴哈台地區，各設立參贊大臣，歸伊犁將軍直轄；南路設喀什噶爾參贊大臣，下設阿克蘇、葉爾羌、和闐、庫車、喀喇沙爾、烏什辦事大臣，聽伊犁將軍節制；東路設烏魯木齊都統，管理庫爾喀喇烏蘇以東，包括吐魯番、哈密地區，也聽伊犁將軍節制。設伊犁為新疆的“都會”，總領全疆軍政事務。但在實際執行過程中，伊犁將軍對北疆的管轄力度較大，南疆事務多歸參贊大臣署理。尤其是南疆，乾隆本著“因俗施治”、“齊其政不易其宜”的政策，保留了維吾爾社會固有的伯克制度，各城伯克直接管理民政，而南疆參贊大臣長期直接受命於中央政府。經過數十年的調整補充，一直到乾隆末年，新疆的軍府制建置才算完成。伊犁將軍雖然是總領全疆，但對地方事務的管理主要由參贊大臣負責。尤其是晚清，參贊大臣的重要性已經高於伊犁將軍。
又
臨時出征的統帥下面，也往往設參贊大臣，以贊襄軍務。
