中央制度
庫里台大會
元世祖建立元朝後，有意立真金為太子，定傳子之局，可惜真金早死而使繼承問題又浮現。元朝而後常因皇太子早死或兄弟爭位而動盪不安，中期又有武仁之約的協定，武宗系與仁宗系交替繼承皇位，然而又因元仁宗廢除協定而再度混亂。元朝的繼承問題直到元惠宗方穩定，但也進入元朝末期。一省兩院
元朝政治制度與金朝一樣承襲宋朝制度，採取文武分權的制度，以中書省總理政務，樞密院掌管兵權。然而元朝的中書省已成為中央最高行政機關，元朝不設定門下省，尚書省時設時不設，僅元世祖時期與元武宗時期有設定，所以門下省與尚書省的權力皆交給中書省。中書省統領六部，主持全國政務，形成明清內閣制的先驅。其組織架構繼承南宋體制，宰相的稱呼共有中書令、司統率百官與總理政務等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中書令缺則總領中書事務。平章政事又居次，凡軍國重事，無不參決。副相方面有左右丞、參政等。六部共有吏部、戶部、禮部、兵部、刑部與工部，內有尚書、侍郎。尚書省主要負責財政事務，不過時置時廢。
樞密院執掌軍事，御史台負責督察，與宋朝制度大致相同，然而在地方設有行中書省、行樞密院與行御史台。此外又有掌管學校的集賢院、掌管御膳的宣徽院、掌管驛傳的通政院，其他還有太常禮儀院、太史院、太醫院與將作院，略前代的九寺諸監。最後新成立的是宣政院（初名總制院），負責佛教及吐蕃（今西藏）地區軍政事務，這是前代所沒有的。
選官制度
在人才選用方面，元朝前期極少舉辦科舉，因此高級官僚的錄用端看與元廷關係遠近而決定，主要採取世襲、恩蔭與推舉制的方式。此外尚有循胥吏（小公務員）升進為官僚的方式，這與宋朝制度大異。宋朝官與吏的界限分明，胥吏大多以胥吏為終，然而元朝因為缺乏科舉取才，就以推舉或考試胥吏的方式晉升為官，這打破官吏屏障，使官吏成為上下的關係。科舉選材方面，窩闊台汗聽從耶律楚材建議，召集名儒講經於東宮，率大臣子弟聽講。又置“編修所”於燕京，“經籍所”於平陽，倡導學習漢族古代文化，又在1234年設“經書國子學”，以馮志常為總教習，命侍臣子弟 18人入學，學習漢文化。並且於1238年以術忽德和劉中舉辦戊戌選試，此次科舉取士錄取4030人，並且建立儒戶以保護士大夫。但最後仍廢除科舉，改採推舉制度，往後於1252年與1276年兩次共入選3890儒戶。元世祖忽必烈即位後，正式設立了國子學，以河南許衡為集賢大學士兼國子祭酒，親擇蒙古子弟使教之，遍學儒家經典文史，培養統治人才。1289年元世祖下詔等級江南人口戶籍，次年正式施行推舉制度，此次等級成為後來戶計的依據。直到1313年，提倡漢化運動的元仁宗下詔恢復科舉，1314年八月在全國的17處考場，舉行鄉試，1315年二月和三月相繼在大都舉行會試和殿試（廷試），因為是在延祐年間舉行的，史稱“延祐復科”，本次科舉以程朱理學為考試的內容。元朝前後共舉行過16次，選舉蒙古、色目、漢人、南人進士約 1100餘人。然而為了保障蒙古人與色目人，漢族的考試偏難，並且只能獲得一半的名額，這也讓蒙古與色目子弟失去了學習漢族文化的積極性和進取精神。雖然這是聊勝於無的科舉，但在形式上已經恢復，漢族士大夫莫不對元廷忠心耿耿。在元朝滅亡之際，捨身殉國的就有很多是科舉出身者，可見科舉復辦對懷柔漢族士大夫有一定效果。貨幣制度與賦役
元朝為了加強對經濟的統制，以使用紙幣為主，鑄造錢幣比其他朝代為少。1260年元世祖發行了以絲為本位的交鈔與以白銀或金為本位的中統鈔（中統鈔沒有設定流通期限），鈔幣持有者可以按照法令比價兌換銀或金，雖然其後曾一度廢除，但持續使用到元朝末期，成為元朝貨幣的核心的紙幣。全國各路都設有兌換的機關——“平準庫”。兌換基金充足，準許兌現,兌換的時候徵收兩到三分的手續費（工墨鈔）。1276年由於元廷大肆搜括，增發紙幣，並將各路準備金銀運往大都，引起物價上漲，紙鈔貶值。1280年，紙幣貶值成為原來的十分之一。1287年物價已經“相去幾十餘倍”了。為了穩定物價，元廷發行“至元寶鈔”和中統鈔並行。1350年元惠宗又發行“至正交鈔”，發行不久，貶值嚴重，物價暴漲。事實上，民間的日常交易、借貸、商品標價等多有用銀的。這時使用的白銀，主要是銀錠和元寶。關於元朝的田賦，《元史·食貨志一》說：“元之取民，大率以唐為法。其取於內郡者曰丁稅，曰地稅，此仿唐之租庸調也；取於江南者曰秋稅，曰夏稅，此仿唐之兩稅也。”這段話雖然並不確切，但至少說明了南北田賦制度的差異。中原田賦的徵收大概始於耶律楚材輔政以後。在這之前蒙古帝國根本沒有賦稅之制。元朝行於江南的田賦制度基本上沿用了宋代的兩稅制。元朝人民還有一項很沉重的財政負擔，即科差，是徭役向賦稅轉化的一種形式。
民族制度
推行漢法與抵制漢法
元朝在推行漢人的典章制度與維護蒙古舊法之間，時常發生衝突，並且分裂成守舊派與崇漢派。早在元太祖成吉思汗攻占漢地後，有賴耶律楚材與木華黎推行漢法以維護其典章制度。當時近臣別迭建議將漢人驅趕並把中原變成大牧場以收取財富，遭到耶律楚材的反對，他認為可用徵稅的方式獲得財富，因此保留了漢地的典章制度。他積極改變蒙古軍以往“凡攻城邑，敵以矢石相加者，即為拒命，既克，必殺之。”的作風，努力興科祟儒、整頓吏治，實為漢法推行之祖。木華黎為了便於管理漢地，也於漢族四大世侯合作，逐漸鞏固了對河北、山西等地的治理。後來管理漢地的元世祖忽必烈也積極推動漢法，任用了大批漢族幕僚和儒士等創設典章制度，如劉秉忠、許衡和姚樞等，並提出了“行漢法”的主張。積極推動了學習漢文的熱潮。如元世祖就非常熟悉漢文典籍、禮儀制度，並能用漢文創作詩歌，並且還以法律的形式規定，太子必須學習漢文。接受儒士元好問和張德輝提議的“儒教大宗師”稱號。忽必烈最後在大都建元稱帝，創建中國式的元朝，建立了一套以傳統中國中央集權作藍本的政治體制，例如設立了三省六部和司農司等一系列專司機構，使用中原的統治機構來統治人民，任劉秉忠等人的規劃建立首都大都。然而，元世祖在李璮叛亂後逐漸不任用漢人。由於四大汗國以及守舊派蒙古王室都不滿元世祖行漢法的舉動而叛變或疏遠之。元世祖晚年也漸與儒臣疏遠，任用阿合馬、盧世榮與桑哥等色目人與漢人為首的理財派，漢法最後未成為一套完整的體系。後來的元仁宗、元英宗、元文宗與元惠宗等人更是可以純熟地運用漢文進行創作。一些入居中原的蒙古貴族，羨慕漢文化，還請了儒生當家庭教師教育子女。為了學習方便還翻譯了許多漢文典籍，諸如《通鑑節要》、《論語》、《孟子》、《大學》、《中庸》、《周禮》、《春秋》、《孝經》等。但崇漢派與守舊派時常發生衝突與政變，例如南坡之變等。
