沿革
君權的集中
廢去丞相一職的朱元璋在明代以前，歷朝大體上沿用秦始皇所創立的君主之下設宰相輔政的政治體制框架，只是相權的形式和職權的大小略有不同。明朝初年，也基本沿用漢唐舊制，直接承襲元朝舊制，在中央設三大府：中書省，下統六部，職掌行政事務；大都督府，統管 軍事；御史台，職掌監察事務。地方設行中書省，置平章政事，總管地方事務。但朱元璋對此很不滿意，他親自設計、制定了幾項重要的政治制度，對以往政治制度進行了大膽的變革和創新。
明朝朱元璋洪武十三年，以宰相胡惟庸謀反伏誅，於是廢去丞相一職，子孫不得復立。秦、漢以來實行一千六百餘年的丞相制度自此廢除，六部直接向皇帝負責，相權與君權合而為一，明朝皇帝大權獨攬，在世界政治史上只有路易十四時期的"朕即國家"可以類比。在世界政治史上明朝的政治體系也屬於罕見的專制政體，施行軍權、行政權、 監察權三權分立的國家體制，後期由於監察權被廢止，國體失衡很快衰敗。由於國家事務繁多，皇帝無法處理，洪武十五年九月罷四輔官，仿宋殿閣制設內閣。其後的清朝也大多繼承明朝的政治制度。內閣只為皇帝的顧問，相當於幕僚長的職務（但後來內閣的地位逐漸提高，內閣首輔成為事實上的宰相，“雖無宰相之名，但有宰相之實”） 。
奏章的批答為皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝的意旨寫出，稱“傳旨當筆”，權力及地位遠遠不及過去的宰相，只有黑市地位，而沒有法定地位。宣宗（朱瞻基）時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱為“票擬”制度，又授予宦官機構司禮監“批朱”。票擬之法補救可君主不願面見閣臣之弊，但內閣大臣與皇帝溝通，全賴司禮監（宦官）。由是開啟明朝宦官專政之大門。為加強對全國臣民的監視，明太祖還設立特務機構錦衣衛，明成祖又設立東廠，明憲宗再設西廠（後來取消），合稱“廠衛”，由宦官統領，自此明朝宦官之權勢無以復加。
君權削弱
文官集團的崛起和成熟，逐漸成為左右朝廷政策的強大力量，甚至皇帝本人在面對這種朝臣的壓力之時，也不能不有所顧忌。
弘治帝朱佑樘到了弘治以後，情況就已經是明朝皇帝沒有辦法控制的了。皇帝已經變成了 權力的來源和象徵，但他們做任何的事情都已經沒有辦法自由。比如武宗南巡，權力意識大增的大臣們全體反對。嘉靖的大禮儀事件、萬曆的國本之爭。此時，明朝的皇帝們已經變成了退居幕後的國家最高統治者，但是行政權已經幾乎完全的落在了內閣和六部的手裡。
以都察院御史和六科給事中組成的言官隊伍，這批人在本朝品位雖卑，但政治地位卻很高，在歷次政治運動中都發揮了關鍵的作用；他們上則規諫皇帝，左右言路，下則彈劾、糾察百司、百官，巡視、按察地方吏治等。大凡從中央到地方各級衙門，從皇帝到百官，從國家大事到社會生活，都在言官的監察範圍，既威懾百官安分守道、各司其職，也要求皇帝本人的所作所為應該符合天道本身。除了言官之外，翰林院、六部、內閣等官員也多次成為諍諫刺劾的主力軍。1577年，張居正父親去世，按例應回鄉丁憂，然而在皇帝挽留下奪情留任；朝中其他大臣認為本朝以孝為大，張居正不應眷念職位。憤怒的官員決定參劾首輔大臣。先是兩位翰林，後是兩位刑部官員，冒著受到皇帝嚴厲處罰的風險，上奏參劾張居正。雖然四位官員果然受到杖刑，卻在朝內贏得了忠臣的好名聲。
這也不是皇帝昏庸和懶惰造成的，明朝中期的很多皇帝們都因為要權力和大臣們進行過殊死的鬥爭，皇帝是權力的來源，他可以給人權力也可以剝奪權力，並且掌握人的生死，這是他唯一可以威脅大臣的地方。但是偏偏明朝的大臣不怕死，而皇帝撤換了一個大臣，會有更多的大臣站出來維護這個集體的權力。所以皇帝也苦於要不回自己作為統治者的行政權力，只能逐漸的退居深宮，做最高的決議人。而所謂廷議這種事情已經不太需要皇帝的參加了。
明朝內閣首輔之一張居正明朝皇帝個人的自由到最後已經是狹小到無以復加了。甚至連立儲君這樣的事情也沒有自由。萬曆的國本之爭對比康熙隨心所欲的換太子，可知萬曆做皇帝的難處！明末在各項制度上已經接近於早期歐洲的君主立憲，正如歐洲君主國家的儲君們被選擇出來需要經過內閣的批准。
明朝的太子被立出來是也要獲得內閣的首肯的，在中國歷史上，明朝還是首例，連立儲君都身不由己。明朝的皇帝們，他們的早期都曾經試圖確立以自己的想法來實施的政治制度，但無一例外的被大臣們駁回，退居深宮是他們唯一的選擇，除非他們不顧輿論的壓力，對大臣進行殘酷的屠殺以換取自己的的權力。但是在明朝這樣做的可能性很小，嘉靖的開始的屠殺並沒有嚇倒明朝的大臣，倒最終嚇倒了皇帝自己。這些明朝皇帝們，一個個在深宮打發這自己無聊的歲月的時候，其實大部分的人心中，是很無奈的！
明朝的體制決定了皇帝交出行政權力對這個國家的運作更加的有利。所以皇帝們不得不無奈的退居深宮。
總之明朝皇帝想要行使權利，有諸多掣肘。
後期的宦官干政
魏忠賢的出現打亂了明朝的 文官治國體系，在他瘋狂的屠殺迫害之後，行政權力轉移到宦官，大臣的權力被剝奪。
明朝的宦官專權實際上是皇帝想奪回權力的工具。宦官們惟利是圖，被閹了後只有依靠皇權才能生存，除了皇宮連謀生的本領都沒有。而且，對於那些宦官，如果皇帝嫌他權利太大，與之形成矛盾，皇帝不高興了一紙詔書就可以扳倒，因為這時皇帝就與內閣和大臣一邊了。這絕非唐朝時，宦官權利大到可以殺皇帝可比。比如英宗於曹吉祥，憲宗於汪直，武宗於劉瑾，思宗於魏忠賢，無不如是。
機構
主要機構
朱元璋廢宰相一職，仿宋殿閣制設內閣。明朝在中央設定六部、五寺、特務機構內行廠、三公、諸司、外三監、內十二監 。
•六部
明朝在中央設定吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降為郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最為重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低。
•監察機構
在洪武十三年前，明朝還沿襲元的監察制度，設立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年後，朱元璋廢御史台。兩年之後，朱元璋設立新的監察機構—都察院。都察院下面設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為十二道監察御史。每道有監察御史三至五人，範圍大體為一省。但監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為十三道，共有一百一十人。
•六科
明朝開始只設了給事中。到洪武二十四年，設都給事中六人，分吏、戶、禮、工、刑、兵六科，每科一人。該制度基本是繼承了唐朝的門下省制度。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。而該制度也發揮了一定的改善朝政作用。
•五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合為三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱為大理寺卿，也是九卿之一。其餘四個寺的卿職權較低。太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
•內閣
在廢除丞相制度後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔制度來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十七年後被廢。之後朱元璋請來幾位翰林學士幫忙輔佐，這些翰林學士的官職被命為“XX大學士”。這也就是所謂的內閣機構。
•特務機構
參見： 錦衣衛、 東廠和 西廠
明朝實行嚴密的特務政治。主要的特務機構包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。 錦衣衛設立於洪武十五年，直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱。東廠成立於永樂十八年，是明成祖為了鎮壓政治上的反對力量而成立。地點位於京師東安門北。東廠的主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝匯報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊；而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。
東廠在設立之初，就由宦官擔任提督，後來通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任。西廠設立於憲宗時期，首領為汪直。1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。 內廠設定於武宗時期，首領為宦官劉謹，劉謹伏誅後，內廠與西廠同時被廢，僅留東廠。
其它機構
•三公
包括太師、太傅、太保。這些官職都是虛弦。他們名為輔導太子，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院。太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。而翰林院遠較太醫院重要。翰林院首長則是翰林學士。
•諸司
指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文，公告周知。行人司負責到地方上頒詔諭及赴外國作使臣。
•外三監
包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象。國子監是教育機構，有祭酒一人，司業一人，監丞一人，博士五人，助教十五人，學正十人，學錄七人，典簿一人，典籍一人，典饌兩人。上林苑監負責掌管皇帝的御花園，畜牧場與菜圃。
•內十二監
為宦官衙門。事實上只有在這些衙門工作的宦官才是太監。包括司禮監、內宮監、御用監、司設監、御馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。以司禮監最為重要，監內的提督太監主管宮內一切宦官禮儀刑名。而 秉筆太監在宦官極端專權時竟代替皇帝批公文。此外還設有四個司（惜薪、鐘鼓、寶鈔、混堂），八個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋面，司苑），合為內官廿四衙門。宮女也有六個局（尚宮、尚儀、尚食、尚寢、尚功等），每個局下設四個司。
爵位
明制，皇子封親王，授金冊金寶，歲祿萬石，府置官屬。護衛甲士少者三千人，多者至萬九千人，隸籍兵部。冕服車旗邸第，下天子一等。公侯大臣伏而拜謁，無敢鈞禮。親王嫡長子，年及十歲，則授金冊金寶，立為王世子，長孫立為世孫，冠服視一品。諸子年十歲，則授塗金銀冊銀寶，封為郡王。嫡長子為郡王世子，嫡長孫則授長孫，冠服視二品。諸子授鎮國將軍，孫輔國將軍，曾孫奉國將軍，四世孫鎮國中尉，五世孫輔國中尉，六世以下皆奉國中尉。
皇姑曰大長公主，皇姊妹曰長公主，皇女曰公主，俱授金冊，祿二千石，婿曰駙馬都尉。親王女曰郡主，
郡王女曰縣主，孫女曰郡君，曾孫女曰縣君，玄孫女曰鄉君，婿皆儀賓。郡主祿八百石，郡主以下依次遞減。
宗藩
後發動靖難之役的明成祖朱棣明初，朱元璋設計的典章制度包括了政治，經濟，軍事等諸方面。他繼漢晉以後第三次實行分封制度，建立諸藩。
朱元璋分封諸王，則完全出於己願。朱元璋之所以分封諸王，顯然懷有一種理想，那就是“法古建邦”，“分茅胙土，以藩屏國家”，“藩輔帝室”這一理念的關懷所系。這一點從他的分封詔書中可以清楚知道。
從此意義而言，朱元璋的分封諸王是中國歷史上漢代以降一次帶有分封本意的復古行動。明初分封的諸王，雖不領土地，人口，但是領有軍隊。一般諸王都領有二三衛，大者擁軍二三萬，如秦王，晉王，燕王等；小者亦近萬。如此多之兵，不待徵發已是數萬之眾。故而就出現了清人楊椿所說的局勢，“高皇帝崩，遂人人有帝制自為之意。”
而朱元璋選擇的皇位繼承人太子朱標乃一柔仁之人，即使不早亡，這些強藩兄弟勢力坐大亦是指日之事，後患無窮。不料朱標早死，皇位竟然落入皇太孫朱允炆之手。這種情緒從建文繼承皇位到削藩時已經顯露出來。那些勢力強大而志大才疏的皇叔們不是輸給了建文帝，而是輸給了朱棣。頗有乃父風範的燕王朱棣，瞅準了建文帝削藩，變更官制這些違背祖訓的舉措，公然打起“清君側”的大旗，起而發動靖難叛亂。歷時四年的血戰，燕王終於成為明朝的最高統治者。
朱棣以違背祖訓為藉口而發動叛亂，也違背祖訓起來。在宗藩政策上，他成為建文帝未完成事業的實際執行人。削藩，瓦解有勢力的同宗兄弟的力量是朱棣上台後的一大任務。與建文帝不同的，是朱棣政治上的手段老練和策略性。在一定意義上，朱棣吸收了建文帝削藩的經驗，與建文帝徹底的冒進的做法不同。在宗藩問題上，朱棣最後採取了豢養藩王的政策。
在一種特殊背景下最終形成的明代宗藩政策，給這個明朝帶來無窮禍害。豢養藩王政策，使諸家藩王無所事事。既不能朝見皇帝，參與朝政，亦不能參與地方事務。他們生活在劃定的地方範圍內，能做什麼？既不能參與經濟，軍事建設，只有個別藩王從事一點個人喜好的文化活動，如寧王朱權寫出了《救荒本草》，朱載堉無聊之極玩撫琴弦之際悟出了“十二平均律”的音樂理論。因此，明代宗室藩王們除了不斷地從事人口生產外，別無他途。宗室人口，從洪武年間的二十幾家，至正德嘉靖間發展到了二萬餘人，據中國社會科學院歷史所研究員王春瑜估計至明末大約有十萬左右。
這眾多的人口，形成一個特殊的階層，唯一的功績就是消耗掉明代老百姓們辛苦倍至生產出來的社會財富，坐食民脂民膏終老。僅俸祿一項，就占了明朝開支中的絕大部分。明代宗藩每年消耗的開支成為明代財政支出中一個大頭，成為明代財政的一大包袱。這足以令明朝最高統治者的皇帝寢食難安。這從明代眾多的戶部尚書以及朝臣關於宗藩開支的奏摺中可以得知。明代宗藩可以說成為一個十足的寄生階層，尾大不掉，是國家社會中的廢物。
這一切，是這個帝國的設計者朱元璋當初分封諸王時無論如何也不曾預見到的。在特殊環境下形成的明代宗藩制度潛藏的禍患，在朱棣死後就甩給了他的後來者去承受他篡逆帶來的惡果，而這一切都是朱元璋親手培植種下的。
特點
明太祖廢丞相制度，以六局部理天下政務，中國的宰相制度今後被廢棄。內閣擁有“票擬”之權。這就使它對天子權利的限定，超越了過來的宰相，由於票擬是下達天子詔令的正常途徑，以是明代內閣限定天子濫動手詔、中旨的妥協，愈加制度化，和內閣相共同，另有六科給事中也在制度上間接起著限定皇權的作用。
地方六部而且間接向天子擔任，對上面上的奏摺有票擬權（對事情處置提來由理意見），並有對天子旨意的封駁權（即可以對天子下達的下令予以支持，而且可以不予實行）。
權益變革：從永樂年間只是對政策提來由理意見而且沒有其他的權益，到明朝前期成為另一種丞相制度的代稱，而且偶然權益可以高出於天子之上。是權益一步步變大。
影響
明朝的政治制度使得明朝精英階層空前膨脹和精英階層確立了獨立性，無論是經濟上的獨立性還是思想上的獨立性都在不斷加強，單個精英或精英團體與君主或皇帝的利益，與帝國的利益越來越難協調一致；而君主的權威隨著時間的推移也在逐漸下降。 因此，出現了明朝皇帝越來越難以控制文官集團，越來越難以隨心所欲。維護君主，打擊精英，反歷史潮流而動，嚴重破壞生產力，破壞經濟和社會的健康穩定成為歷史必然。
評價
明朝政治制度比以往歷代都更完備，其中異於歷代而影響最大的，當首推丞相制的廢除與內閣制的設立。歷史上多有相權對於皇權的威脅，明代丞相制的被永遠廢棄，是皇權對於相權取得的徹底勝利。 但是，偌大的政務叢雜，皇帝絕不可能凡事親裁，只得設立內閣助理。
這情況決定了，一方面，內閣從一開始就是不定性的，職權並不明朗，以後事實亦表明，內閣縱然得到皇帝青睞，得到迅速發展，但始終沒有法定的地位，不能正式統率六部百司。 另一方面，皇帝雖然離不開內閣，但仍然顧忌內閣會演化成為事實上的丞相，威權震主，於是以司禮監加以牽制，出現“外相”。“內相”並存，而內相往往以親近皇帝更為得勢的局面。
從總體而言，歷代丞相多是飽受儒學薰陶、文化層次較高的有識之士，其忠君、憂國憂民的觀念雖然有很大的階級局限性，但畢竟還是存在的。 而司禮監的太監則多是文化素質低下，由於種種不固定的因素而得到皇帝寵幸的，其中不乏狡詐之徒，這樣的人與內閣內外共事，本身就只能對閣權的妨礙與牽制，易於出現宦官口銜天憲控制內閣的局面，宦官一再擅權，正是明代政治日更黑暗乃至不可收拾的重要原因。
