內閣
入關前
清朝內閣入關後
仍設內三院，順治十五年（公元1658年）始稱內閣。三年後復改內三院，
康熙時期
康熙九年（公元1670年）恢復內閣。設大學士、協辦大學士、學士，俱滿、漢分授。大學士仍冠以殿閣之名。清初有四殿（中和殿、保和殿、文華殿、武英殿）二閣（文淵閣、東閣），乾隆時去掉中和殿，增設體仁閣，為三殿三閣。清朝內閣雖居百官之首，但權力又遜於明朝。因為清初政務中心是議政王大臣會議。議政王大臣會議，是清朝初期滿洲親貴大臣商討並決定軍國大政的一種形式，稱為“國議”。其源可以上溯到努爾哈赤時代諸貝勒共議國事的制度。皇太極時參與議政人員的範圍有所擴大，故稱議政王大臣會議。清朝入關後，議政王大臣會議仍握有很大權力，內閣只不過負責一般例行的票擬。清聖祖親政後，在宮內設南書房，選翰林官入內當值。入值者得參與機密，擬寫諭旨，於是內閣之權又分於南書房。
雍正時期
雍正七年（公元1729年），清世宗設軍需房，不久改名軍機處。軍機處本是秉承皇帝意旨指示軍事機宜的機構。
乾隆時期以後
清高宗即位，改名總理處，後仍復舊名。軍機處地址在今故宮隆宗門內的北邊。設軍機大臣和軍機章京，均為兼職。軍機大臣的全稱叫“軍機處行走”，或“軍機大臣上行走”，初入軍機處或資歷淺者則稱“在軍機大臣上學習行走”，歷事一段時間後，再去掉“學習”二字。行走是入值辦事的意思。在軍機處任職的官員稱為軍機大臣，統稱大軍機，軍機大臣的僚屬稱為軍機章京，又稱小軍機軍機大臣由皇帝從滿、漢大學士和各部、院、寺長官中特簡，或由軍機章京升任。軍機大臣之間無統屬關係，以品高資深者為班首。軍機處總的職責是“掌軍國大政，以贊機務”（《清史稿·職官一》）。
自軍機處成立後，皇帝對中央及地方機構或官吏有所指示，都由軍機處起草諭旨，皇帝閱定後，可以公開宣示的交內閣頒發，稱作明發；機密的或個別諭行的由軍機處封寄，稱作廷寄。不僅內閣無權過問，連議政王大臣也形同虛設，南書房也只管供奉詩文書畫了。議政王大臣會議在乾隆五十六年（公元1791年）下諭取消，南書房延續到光緒二十四年（公元1898年）取消。“軍機大臣，惟用親信”，一切秉承皇帝的意志行事，欽承宸斷，表明君主集權達到空前的高度。
如果說明朝中期內閣首輔多少還保留一點宰相權勢的話，那么清朝的內閣和軍機處，則徹底消除了歷史上宰相制度的影響。明朝時為了進一步集權而不設宰相、中書省等機構，宰相的權利轉移到內閣，由內閣來處理國家政務。清朝繼承了這一做法，內閣的首輔大學士以及協辦大學士都被稱為中堂，即宰相的別稱，但實權則由軍機處掌握。
中央行政機構
中央行政機構在六部之外和六部並立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府。
六部之設，與明朝相同。但有三點變化。
一是六部之官為復職，即有一漢員，必有一滿員。尚書、侍郎如此，司官也是一樣。一般說來，司官掌印為滿員，辦事為漢員。又有筆帖式，滿語是文書官的意思，專供筆札，以滿、蒙、漢旗人擔任（各院寺皆設）。
二是所屬機構有部分調整。如戶部下設十四司，刑部下設十八司。
三是職權小於明朝六部。如吏部的一部分人事權劃歸軍機處。兵部不問八旗軍政，所司止綠營具體事務，軍事調動、命將征伐，則歸於皇帝，出於軍機處。工部主管工程建設，但黃河、海塘等重要工程皆皇帝指示調度，工部並不過問。乾隆時，六部之外，又增設樂部。樂部管理大祭禮、大朝會演樂及審定樂器音律。設典樂大臣。統領神樂署、和聲署、什幫處。
軍事系統
清朝軍隊主要分八旗和綠營兩個系統。八旗又分京營和駐防兩部分，京營中侍衛皇帝的稱為親軍，由侍衛處（領侍衛府）領侍衛內大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清門侍衛和皇帝出行隨扈，權位尤重。其他守衛京師的有驍騎營、前鋒營、護軍營、步兵營、健銳營、火器營、神機營、虎槍營、善撲營等。驍騎營由八旗都統直轄；前鋒營、護軍營、步兵營各設統領管轄；健銳營、火器營、神機營由於都是特種兵，設掌印總統大臣或管理大臣管轄；虎槍營專任扈從、圍獵等，設總統管轄；善撲營則專門練習摔角。
駐防八旗駐紮於全國各重要之地，視情況不同設將軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等官。內地將軍等只管軍事，而駐紮邊疆的將軍等要兼管民政。清朝的將軍是滿官的稱號，戰時則任命親王為大將軍。
綠營即漢兵，駐紮京師的稱巡捕營，歸步軍統領管轄。綠營的建制分標、協、營、汛幾級，標又分為督標、撫標、提標、鎮標、軍標、河標、漕標等，分別由總督、巡撫、提督、總兵、八旗駐防將軍、河道總督、漕運總督統率。督標、撫標、軍標、河標、漕標都是兼轄，實際各省綠營獨立組織為提標、鎮標，提督實為一省的最高武官，總兵略低於提督。總兵以下，副將所屬為協，參將、游擊、都司、守備所屬為營，千總、把總、外委所屬為汛。
行憲機構
清朝沿襲明代設都察院，左都御史、左副都御史為監察院長官，右都御史、右副都御史則為總督、巡撫的加銜。
都察院也與明朝相仿。不同之處有五點。
一是左右都御史、左右副都御史均為復職。乾隆時裁撤僉都御史。其中左職為堂上官，主管都察院事務；右都御史為總督的兼銜，右副都御史為巡撫、河道總督、漕運總督的兼銜。
二是把明朝具有封駁職能的六科併入都察院。六科設掌印給事中和給事中，均為復職。六科的主要職責是掌發科抄，即各科每日派一名給事中赴內閣領取批覆的本章，按內容分抄有關衙門承辦。給事中地位高於御史，為御史升轉之途。清朝給事中一般不司封駁，稱清望之官。
三是都察院按省區分為十五道（清末增至二十道），每道設掌印御史和一般御史。十五道分管稽核各省刑名案件，同時分工稽察在京各衙門事務。清代各道與明代最大的不同是御史出巡制度廢革。順治時，還因臨時需要設過巡按御史、兩江御史、巡田御史及巡鹽御史，均不屬於十五道，行之不久，即行罷革。以後雖偶有差派在京御史巡察各地，但規模小，時間短，不成制度。
四是增設五城察院和五城兵馬司。明朝京師有巡城御史及五城兵馬司，清朝在京師中、東、西、南、北五城各設有一個察院，其長官稱巡城御史，由給事中、御史中簡派，一年一更替。
五城兵馬司各設指揮、副指揮等官。各城察院和兵馬司，分管本城區的治安。五是增設宗室御史處、稽查內務府御史處，分別監察宗人府和內務府的事務。都察院與刑部、大理寺仍稱三法司。都御史與六部尚書合稱七卿。九卿的設定也與明朝相同。
地方行政
清沿襲明制，大致分省、府、縣三級，總督、巡撫為掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員，布政、按察兩使為督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防將軍和提督學政，不過駐防將軍只管八旗駐軍；提督學政只管學校與科舉考試，其權力不能與督、撫相比的。省以下有道的設定，道為監察區性質，不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種，兼兵備銜，另有一些不屬布政、按察二司的道，如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下為府，設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下為縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的為散廳，設定同直隸廳。在少數民族地區則設專門機構管理，即土司，一般分為兩種：一種由軍事部門管轄，如宣慰司、宣撫司、安撫司、招討司、長官司等，其中還有投降清朝的土司官職由明朝直接承襲下來的指揮使司，長官為指揮使，宣慰使、宣撫使、安撫使等；另一種是由行政部門管轄，也設府、縣等，官員稱土知府、土知縣，通常由少數民族頭人擔任。
品級總表
正一品
太師、太傅、太保、三殿三閣（保和殿、武英殿、文華殿；體仁閣、文淵閣、東閣）為正一品殿閣大學士、領侍衛內大臣、掌鑾儀衛事大臣，內閣大學士。
從一品
太子太師、太子太傅、太子太保、少師、少傅、少保、各部院尚書（吏部、兵部、刑部、工部、禮部、戶部、理藩院、）、都察院左右都御使、協辦大學士。總督（加尚書銜）、提督九門步軍巡捕五營統領（九門提督）、內大臣、將軍、都統、提督。
正二品
太子少師、太子少傅、太子少保、內務府總管、鑾儀使、大理院正卿。各省巡撫（加兵部侍郎銜）、漕運總督、河運總督。八旗護軍統領、（左、右）翼前鋒統領，副都統、總兵。
從二品
內閣學士、軍機處散秩大臣、翰林院掌院學士、各部院左右侍郎。各省的布政使，按察使，都指揮使。副將。
正三品
都察院左右副都御使、通政使、大理寺卿、詹事府詹事、上駟院卿、大理院少卿、太常寺卿。順天府尹、奉天府尹、步軍翼尉。一等侍衛、火器營翼長、健銳營翼長、前鋒參領、護軍參領、驍騎參領、武備院卿、參領。城守尉、參將。
從三品
太僕寺卿、光祿寺卿。都轉鹽運使司鹽運使、參政道。包衣護軍參領、包衣驍騎參領、王府一等侍衛。游擊、下五旗參領、協領、指揮同知、宣慰使、土游擊。
正四品
通政使司副使、鴻臚寺卿、大理寺少卿、太常寺少卿、太僕寺少卿、詹事府少詹事、都察院六科給事中。順天府丞、奉天府丞、各省守巡道員、鹽法道、副使道。防守尉、佐領、都司、指揮僉事、宣慰使司同知、土都司、兵備道、代本。
從四品
內閣侍讀學士、翰林院侍讀學士、翰林院侍講學士、光祿寺少卿、國子監祭酒。知府、土知府、都轉鹽運使司運同、參議道。城門領、包衣護軍副參領、包衣驍騎副參領、包衣佐領、四品典儀。宣撫使、宣慰使司副使。
正五品
各部院郎中、太醫院院使、左右庶子、僉事道、欽天監監正。直隸州知州、同知、土同知、順天府治中、奉天府治中、監掣同知。步軍副尉、步軍校。關口守御、防禦、守備、宣撫使司同知、千戶、宣慰使司僉事。
從五品
鴻臚寺少卿、各部院部外郎、翰林院侍講、翰林院侍讀、詹事府洗馬。各州知州、都轉鹽運使司副使、土知州。委署護軍參領、委署驍騎參領、下五旗包衣參領。副千戶、宣撫使司副使、招討使、安撫使、長官司長官使、河營協辦守備、守御所千總。
正六品
太醫院左右院判、內閣侍讀、左右中允、主事、都察院都事。京府通判、土通判、京縣知縣、通判。蘭翎侍衛、整儀尉、親軍校、護軍校、前鋒校、鳥槍步軍校、驍騎校、委署步軍校。千總、宣撫使司僉事、安撫使司同知、招討使司副使、長官司副長官、百戶、土千總、門千總、營千總。
從六品
左右贊善、翰林院修撰。土州同、州同、運判、理同。內務府蘭翎長、六品典儀。盛京遊牧副尉。
正七品
內閣典籍、主簿、評事、通政使、太常寺典簿司知事、太常寺博士、御醫。知縣、京縣縣丞、順天府滿洲教授、訓導、土知縣、縣視學。城門吏、太僕寺馬廠協領。把總、土把總、安撫使司副使。
從七品
五官靈台郎、光祿寺典簿、布政使司都事、翰林院檢討、國子監博士。土州判、州判。七品典儀。衛千總、安撫使司僉事。
正八品
司務、司庫、協律郎、國子監學正、太醫院吏目。土縣丞、縣丞、庫大使、按察使司知事、府廳學正、鹽課司大使、鹽引批驗所大使、教諭。外委千總。
從八品
五官摯壺正、典簿。訓導、鹽運司知事。委署親軍校、委署護軍校、委署前鋒校、委署鳥槍護軍校、委署驍騎校。
正九品
主簿、土主簿、土知事、莊頭、府廳知事各營蘭翎長。外委把總。
從九品
孔目外郎、司獄、司晨、醫士、鳴贊待詔、欽天監博士。倉大吏、吏目、巡檢、道府大使、府稅課司大使。太僕寺馬廠委署協領。編外外委。
未入流
五城兵馬司吏目府使、醫士、布政使司檢校。正術、正科、訓術、訓科、典術、典科、關廳庫大使、驛丞、茶引批驗所大使、河泊所大使、道會、道正、京師崇文門關分司副使、州縣稅課司大使。五城兵司吏目。
註：
1、以上均為正俸，京官例支雙俸。又每正俸一兩兼支米一斛。大學士、六部尚書、侍郎，俸米再加倍支給。
2、王公百官補服均為石青色，朝服、蟒袍為石青色或藍色。
3、風憲官（御史）補服繡獬豸。
4、武官又有養廉銀，如提督880兩，下至把總100兩。
5、清代官服制度：清代文武百官品服有朝冠、吉服冠、朝服、補服、蟒袍等。品秩差別主要看冠服頂子、蟒袍以及補服的紋飾。朝冠頂珠見上表；吉服冠與朝冠大體相同，冠後插有翎枝，其制六品以下用藍翎，五品以上用花翎；百官蟒袍，一品至三品繡五爪九蟒，四品至六品繡四爪八蟒，七品至九品繡四爪五蟒；補服，自親王以下皆有補服，其色石青，前後綴有補子，文禽武獸。貝子以上王親用圓形補子，其餘用方補；文官五品、武官四品以上，及科道、侍衛等職，均需懸掛朝珠，朝珠共108顆，旁附小珠三串(一邊一串，一邊二串），名位“記念”。戴法男女有別，兩串在左為男，兩串在右為女。另有一串垂於背，名“背雲”。
6、清代官員戴的官帽又稱大帽，共有兩種：一為冬季所戴，稱“暖帽”；一位夏季所戴，名“涼帽”。根據規定，每年三月開始戴涼帽，八月換戴暖帽（北洋艦隊則較為特殊，一年四季均為暖帽）。暖帽多為圓形，周圍有一道檐邊，材料多為皮質，也有緞質、呢質、布質，視氣候而變，暖帽中間裝飾有用紅色絲絛編成的帽緯，俗稱“紅纓”。帽緯之上裝有頂珠，按品級而異，無品則無頂。涼帽為圓錐形，用藤、竹、篾席、麥秸等編成，外裹綾羅，顏色多為白色，也有湖色及黃色。涼帽頂上也裝有紅纓、頂珠，制同暖帽。另，凡戴官帽，都需在頂珠之下，裝一支兩寸長的翎管，用來安插翎枝。花翎用孔雀翎毛做成，俗稱孔雀翎，藍翎則用鶡羽製作。
官制服裝
官制服裝服飾：紅寶石帽頂，繡仙鶴
從一品：歲俸81兩，加支 524兩
圖樣：紅寶石頂，繡麒麟
官職如：將軍，提督
二品：歲俸155兩服飾：珊瑚頂，繡錦雞
從二品：歲俸67兩，加支444兩，從2品53兩，加支324兩
圖樣：珊瑚頂，繡獅子
官職如：副將
三品：歲俸130兩
服飾：藍寶石頂，繡孔雀
39兩，加支204兩
圖樣：藍寶石頂，繡豹
官職如：參將（正） 游擊（從）
四品：歲俸105兩
服飾：青金石頂，繡雲雁 27兩，加支114兩
圖樣：青金石頂，繡虎
官職如：都司
五品：歲俸80兩
服飾：水晶頂，繡白鷳 18兩，加支72兩
圖樣：水晶頂，繡熊
官職如：守備
六品：歲俸60兩
服飾：硨磲頂，繡鴛鴦14兩，加支35兩
圖樣：硨磲頂，繡彪
官職如：千總
七品：歲俸45兩
服飾：素金頂，繡?鶒 12兩
圖樣：素金頂，繡犀牛
官職如：把總
八品：歲俸40兩
服飾：陰紋鏤花金頂，繡鵪鶉 23 兩
圖樣：陰紋鏤花金頂，繡犀牛
官職如：外委千總
正九品：歲俸35 兩
服飾：陰紋鏤花金頂，繡練雀
圖樣：陰紋鏤花金頂，繡海馬
官職如：外委把總
從九品及未入流：歲俸31兩
服飾：陽紋鏤花金頂，繡練雀
註：
1、以上均為正俸，京官例支雙俸。又每正俸一兩兼支米一斛。大學士、六部尚書、侍郎，俸米再加倍支給。
2、王公百官補服均為石青色，朝服、蟒袍為石青色或藍色。
3、風憲官（御史）補服繡獬豸。
4、武官又有養廉銀，如提督880兩，下至把總100兩。
5、清代官服制度：清代文武百官品服有朝冠、吉服冠、朝服、補服、蟒袍等。品秩差別主要看冠服頂子、蟒袍以及補服的紋飾。朝冠頂珠見上表；吉服冠與朝冠大體相同，冠後插有翎枝，其制六品以下用藍翎，五品以上用花翎；百官蟒袍，一品至三品繡五爪九蟒，四品至六品繡四爪八蟒，七品至九品繡四爪五蟒；補服，自親王以下皆有補服，其色石青，前後綴有補子，文禽武獸。貝子以上王親用圓形補子，其餘用方補；文官五品、武官四品以上，及科道、侍衛等職，均需懸掛朝珠，朝珠共108顆，旁附小珠三串（一邊一串，一邊二串），名位“記念”。戴法男女有別，兩串在左為男，兩串在右為女。另有一串垂於背，名“背雲”。
6、清代官員戴的官帽又稱大帽，共有兩種：一為冬季所戴，稱“暖帽”；一位夏季所戴，名“涼帽”。根據規定，每年三月開始戴涼帽，八月換戴暖帽（北洋艦隊則較為特殊，一年四季均為暖帽）。暖帽多為圓形，周圍有一道檐邊，材料多為皮質，也有緞質、呢質、布質，視氣候而變，暖帽中間裝飾有用紅色絲絛編成的帽緯，俗稱“紅纓”。帽緯之上裝有頂珠，按品級而異，無品則無頂。涼帽為圓錐形，用藤、竹、篾席、麥秸等編成，外裹綾羅，顏色多為白色，也有湖色及黃色。涼帽頂上也裝有紅纓、頂珠，制同暖帽。另，凡戴官帽，都需在頂珠之下，裝一支兩寸長的翎管，用來安插翎枝。花翎用孔雀翎毛做成，俗稱孔雀翎，藍翎則用鶡羽製作。
