崇禎皇帝朱由檢劇照
南明隆武元年局勢圖
在南方諸多藩王政權相繼覆滅後，桂王朱由榔開始隆重登場。南明隆武二年(公元1646年)1月，丁楚魁、呂大器、陳子壯等人擁立朱由榔為監國，接著又在廣東肇慶稱帝，改年號為永曆。同年，唐王之弟朱聿釒粵又在廣州稱帝建立紹武政權，雙方在關鍵時刻非但沒能團結一致，卻為爭奪正統地位相互攻打。40天后，紹武政權被滿清消滅，朱由榔也迫於軍事壓力撤往廣西，處境極為險惡。
無奈之下，永曆政權開始招安各地農民軍，與其合作抗清。朱由榔先和李自成的大順軍餘部合作，郝搖旗部大敗清軍於全州，接著又與何騰蛟、瞿式耜的部隊匯同，幾乎收復了湖南全境。與此同時，廣東、四川等地的抗清鬥爭復甦，江西及廣州的降清將領金聲桓、李成棟陸續投奔南明，一時間，永曆政權控制的區域擴大到了雲、貴、川、湘、贛及兩廣等七省，南明第一次抗清鬥爭高潮出現。
如今的貴州安龍皇宮
奈何永曆政權派系構成太雜，內部充滿了諸多矛盾，無法真正做到團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。從永曆三年開始，農民軍將領何騰蛟、瞿式耜先後被俘犧牲，清軍重新占領湖南、廣西，一些剛收復的失地也陸續失去。不久，李來亨及其他農民軍將領率部出走，獨立進行抗清運動。永曆六年(公元1652年)，朱由榔接受大西軍餘部孫可望、李定國聯合抗清的建議，在貴州安隆所(後改名“安龍府”)投靠農民軍，這時孫李二人已占據云南全境。同年李定國發動反攻，駐守桂林的定南王孔有德兵敗自殺，敬謹親王尼堪在衡州被殺，“兩蹶名王，天下震動”。
永曆皇帝朱由榔蠟像
緊接著，劉文秀克復川南，張煌言在東南沿海發動攻勢，接受了永曆政權的封號，抗清鬥爭再次達到高潮。然而不幸的是，這時孫可望同李定國之間矛盾爆發，同室操戈導致大好形勢被破壞殆盡。清廷自然不會放過趁火打劫的機會，於是吳三桂充當先鋒部隊，帶領八旗精銳逐步消滅各地反清勢力，最後直撲永曆帝，無力反抗的朱由榔只能一路逃亡。
如今的果敢街頭
最後永曆帝帶著殘餘人馬跑到緬甸，不僅沒受到緬甸國王的優待，反遭囚禁侮辱。永曆十六年(公元1662年)，吳三桂率大軍趕到緬甸，逼迫緬甸國王交出永曆帝，新國王哇達姆摩此時剛弒兄自立，內部極度不穩，無法與吳三桂部抗衡，只得乖乖交出永曆皇帝，後者隨即遇害。然而跟隨永曆帝來緬的殘餘勢力卻在此定居下來，一直說漢語用漢字，堅守傳統風俗，一直渴望回到家鄉懷抱。他們，就是緬甸的果敢人。
南明 永曆帝
