創建背景
二十世紀末，經過高校管理體制的調整，中國的高等學校形成了中央政府和省級地方政府兩級管理，以省級政府統籌管理為主的新體制。除少數關係國家發展全局的高校以及行業特殊性強的高校繼續由國務院委託教育部和其他少數部門管理外，多數高校由地方管理或以地方管理為主。歷史沿革
“全國重點大學”的由來，要追溯到上世紀50—60年代。
教育部直屬高校1959年，當時國家下發的有關檔案中將北京大學、清華大學、復旦大學、
中國人民大學、中國科技大學等20所高校確定為首批全國重點大學。
到1960年又增加了44所大學為重點大學。
1978年，國務院確定北京大學、清華大學、復旦大學等88所大學為全國重點大學。
上世紀末，經過高校管理體制的調整，我國高校形成了中央和省級政府兩級管理，以省級政府統籌管理為主的新體制。
除少數關係國家發展全局的高校以及行業特殊性強的高校繼續由國務院委託教育部和其他少數部門管理外，多數高校由地方管理或以地方管理為主。
中國高校（全國普通高等學校）劃分為：中央部屬高校、地方省屬高校。
而“重點大學”的提法目前已不再使用。
1998年3月10日，九屆全國人大一次會議審議通過了《關於國務院機構改革方案的決定》。1998年改革歷史性的進步是，政府職能轉變有了重大進展，其突出體現是撤銷了幾乎所有的工業專業經濟部門，共10個：電力工業部、煤炭工業部、冶金工業部、機械工業部、電子工業部、化學工業部、地質礦產部、林業部、中國輕工業總會、中國紡織總會。然而，這些部門確直屬一些高校，因此對所屬高校重新劃分，就成了當時教育界一個重大問題。
1998年劃入教育部高校
1、湖南大學（原機械工業部）
2、東北大學（原冶金工業部）
3、東華大學（原紡織工業部）
4、江南大學（原輕工業部）
5、合肥工業大學（原機械工業部）
6、中南工業大學（原中國有色金屬公司，2000年合併為中南大學）
7、武漢理工大學（原建材總局）
8、北京科技大學（原冶金工業部）
9、北京化工大學（原化學工業部）
10、吉林工業大學（原機械工業部，2000年併入吉林大學）
2000年劃入教育部高校
1、北京郵電大學（原信息產業部）
2、電子科技大學（原信息產業部）
3、西安電子科技大學（原信息產業部）
4、中央財經大學（原財政部）
5、上海財經大學（原財政部）
6、西南財經大學（原中國人民銀行）
7、中國政法大學
8、西南交通大學（原鐵道部）
9、中國地質大學
10、中國礦業大學
教育部直屬高校11、中國石油大學
12、中國農業大學
13、南京農業大學
14、華中農業大學
15、北京林業大學
16、東北林業大學（原林業部）
17、河海大學
18、中國藥科大學
19、中央音樂學院
20、中央美術學院
21、中央戲劇學院
22、中國傳媒大學
23、北京交通大學
24、北京中醫藥大學
25、對外經濟貿易大學（原外經貿部，現商務部）
26、中南財經政法大學（原財政部、法務部）
2001年劃入教育部高校
1、西北農林科技大學2、長安大學
2003年劃入教育部高校
1、華北電力大學（原電力工業部）
全國分布
| 北京大學 | 中國人民大學 | 清華大學 |
| 北京科技大學 | 北京化工大學 | 北京師範大學 |
| 北京語言大學 | 北京外國語大學 | 北京交通大學 |
| 北京郵電大學 | 中國石油大學（北京） | 中國石油大學（華東） |
| 中國農業大學 | 中國傳媒大學 | 北京林業大學 |
| 中國政法大學 | 中央財經大學 | 中央音樂學院 |
| 中央戲劇學院 | 中央美術學院 | 北京中醫藥大學 |
| 對外經濟貿易大學 | 南開大學 | 天津大學 |
| 華北電力大學 | 東北大學 | 大連理工大學 |
| 吉林大學 | 東北師範大學 | 東北林業大學 |
| 復旦大學 | 同濟大學 | 上海交通大學 |
| 華東理工大學 | 東華大學 | 華東師範大學 |
| 上海外國語大學 | 南京大學 | 上海財經大學 |
| 東南大學 | 中國礦業大學 | 中國礦業大學（北京） |
| 河海大學 | 江南大學 | 南京農業大學 |
| 合肥工業大學 | 中國藥科大學 | 浙江大學 |
| 廈門大學 | 山東大學 | 中國海洋大學 |
| 武漢大學 | 華中科技大學 | 中國地質大學（武漢） |
| 中國地質大學（北京） | 武漢理工大學 | 華中師範大學 |
| 華中農業大學 | 中南財經政法大學 | 湖南大學 |
| 中南大學 | 中山大學 | 華南理工大學 |
| 四川大學 | 西南財經大學 | 西南交通大學 |
| 電子科技大學 | 重慶大學 | 西南大學 |
| 西安交通大學 | 西北農林科技大學 | 陝西師範大學 |
| 西安電子科技大學 | 長安大學 | 蘭州大學 |
高校工作司
教育部直屬高校工作司指導直屬高等學校制定發展戰略規劃，規範並監督直屬高校辦學行為；承擔直屬高等學校管理體制調整和改革工作；配合有關方面加強直屬高等學校領導班子思想政治建設等有關工作。領導介紹
司長 陳維嘉；副司長 賈德永；
巡視員 陳志龍；
副巡視員 牛燕冰。
內設處室
綜合處；發展改革處；高校領導工作處。重點實驗室
| 序號 | 國家重點實驗室（教育部直屬高校） | 行政主管 | 巨觀管理 |
| 1 | 天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 2 | 蛋白質工程和植物基因工程國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 3 | 稀土材料化學及套用國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 4 | 核物理與核技術國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 5 | 人工微結構和介觀物理國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 6 | 湍流與複雜系統國家重點實驗室（北京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 7 | 區域光纖通信網與新型光通信系統國家重點實驗室（北京大學、上海交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 8 | 化工資源有效利用國家重點實驗室（北京化工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 9 | 軌道交通控制與安全國家重點實驗室（北京交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 10 | 新金屬材料國家重點實驗室（北京科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 11 | 認知神經科學與學習國家重點實驗室（北京師範大學） | 教育部 | 科技部 |
| 12 | 地表過程與資源生態國家重點實驗室（北京師範大學） | 教育部 | 科技部 |
| 13 | 網路與交換技術國家重點實驗室（北京郵電大學） | 教育部 | 科技部 |
| 14 | 精細化工國家重點實驗室（大連理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 15 | 工業裝備結構分析國家重點實驗室（大連理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 16 | 海岸和近海工程國家重點實驗室（大連理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 17 | 綜合業務網理論及關鍵技術國家重點實驗室（西安電子科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 18 | 雷達信號處理國家重點實驗室（西安電子科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 19 | 電子薄膜與集成器件國家重點實驗室（電子科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 20 | 軋制技術及連軋自動化國家重點實驗室（東北大學） | 教育部 | 科技部 |
| 21 | 纖維材料改性國家重點實驗室（東華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 20 | 毫米波國家重點實驗室（東南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 21 | 生物電子學國家重點實驗室（東南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 22 | 移動通信國家重點實驗室（東南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 23 | 醫學神經生物學國家重點實驗室（復旦大學） | 教育部 | 科技部 |
| 24 | 遺傳工程國家重點實驗室（復旦大學） | 教育部 | 科技部 |
| 25 | 專用積體電路與系統國家重點實驗室（復旦大學） | 教育部 | 科技部 |
| 26 | 套用表面物理國家重點實驗室（復旦大學） | 教育部 | 科技部 |
| 27 | 化學生物感測與計量學國家重點實驗室（湖南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 28 | 汽車車身先進設計製造國家重點實驗室（湖南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 29 | 生物反應器工程國家重點實驗室（華東理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 30 | 河口海岸學國家重點實驗室（華東師範大學） | 教育部 | 科技部 |
| 31 | 精密光譜科學與技術國家重點實驗室（華東師範大學） | 教育部 | 科技部 |
| 32 | 製漿造紙工程國家重點實驗室（華南理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 33 | 煤燃燒國家重點實驗室（華中科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 34 | 數字製造裝備與技術國家重點實驗室（華中科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 35 | 材料成形與模具技術國家重點實驗室（華中科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 36 | 雷射技術國家重點實驗室（華中科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 37 | 農業微生物學國家重點實驗室（華中農業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 38 | 作物遺傳改良國家重點實驗室（華中農業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 39 | 理論化學計算國家重點實驗室（吉林大學） | 教育部 | 科技部 |
| 40 | 無機合成與製備化學國家重點實驗室（吉林大學） | 教育部 | 科技部 |
| 41 | 超分子結構與材料國家重點實驗室（吉林大學） | 教育部 | 科技部 |
| 42 | 汽車動態模擬國家重點實驗室（吉林大學） | 教育部 | 科技部 |
| 43 | 超硬材料國家重點實驗室（吉林大學） | 教育部 | 科技部 |
| 44 | 集成光電子學國家重點實驗室（清華大學、吉林大學、中國科學院半導體研究所） | 教育部 | 科技部 |
| 45 | 食品科學與技術國家重點實驗室（江南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 46 | 功能有機分子化學國家重點實驗室（蘭州大學） | 教育部 | 科技部 |
| 47 | 醫藥生物技術國家重點實驗室（南京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 48 | 現代配位化學國家重點實驗室（南京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 49 | 計算機軟體新技術國家重點實驗室（南京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 50 | 內生金屬礦床成礦機制研究國家重點實驗室（南京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 51 | 固體微結構物理國家重點實驗室（南京大學） | 教育部 | 科技部 |
| 52 | 作物遺傳與種質創新國家重點實驗室（南京農業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 53 | 元素有機化學國家重點實驗室（南開大學） | 教育部 | 科技部 |
| 54 | 摩擦學國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 55 | 汽車安全與節能國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 56 | 水沙科學與水利水電工程國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 57 | 新型陶瓷與精細工藝國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 58 | 電力系統及大型發電設備安全控制和仿真國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 59 | 微波與數字通信技術國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 60 | 智慧型技術與系統國家重點實驗室（清華大學） | 教育部 | 科技部 |
| 61 | 晶體材料國家重點實驗室（山東大學） | 教育部 | 科技部 |
| 62 | 微生物技術國家重點實驗室（山東大學） | 教育部 | 科技部 |
| 63 | 醫學基因組學國家重點實驗室（上海交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 64 | 海洋工程國家重點實驗室（上海交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 65 | 機械系統與振動國家重點實驗室（上海交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 66 | 金屬基複合材料國家重點實驗室（上海交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 67 | 口腔疾病研究國家重點實驗室（四川大學） | 教育部 | 科技部 |
| 68 | 生物治療國家重點實驗室（四川大學） | 教育部 | 科技部 |
| 69 | 高分子材料工程國家重點實驗室（四川大學） | 教育部 | 科技部 |
| 70 | 水力學與山區河流開發保護國家重點實驗室（四川大學） | 教育部 | 科技部 |
| 71 | 內燃機燃燒學國家重點實驗室（天津大學） | 教育部 | 科技部 |
| 72 | 精密測試技術及儀器國家重點實驗室（清華大學、天津大學） | 教育部 | 科技部 |
| 73 | 海洋地質國家重點實驗室（同濟大學） | 教育部 | 科技部 |
| 74 | 污染控制與資源化研究國家重點實驗室（南京大學、同濟大學） | 教育部 | 科技部 |
| 75 | 水資源與水電工程科學國家重點實驗室（武漢大學） | 教育部 | 科技部 |
| 76 | 軟體工程國家重點實驗室（武漢大學） | 教育部 | 科技部 |
| 77 | 測繪遙感信息工程國家重點實驗室（武漢大學） | 教育部 | 科技部 |
| 78 | 材料複合新技術國家重點實驗室（武漢理工大學） | 教育部 | 科技部 |
| 79 | 綜合業務網理論及關鍵技術國家重點實驗室（西安電子科技大學） | 教育部 | 科技部 |
| 80 | 機械製造系統工程國家重點實驗室（西安交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 81 | 金屬材料強度國家重點實驗室（西安交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 82 | 電力設備電氣絕緣國家重點實驗室（西安交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 83 | 動力工程多相流國家重點實驗室（西安交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 84 | 牽引動力國家重點實驗室（西南交通大學） | 教育部 | 科技部 |
| 85 | 固體表面物理化學國家重點實驗室（廈門大學） | 教育部 | 科技部 |
| 86 | 近海海洋環境科學國家重點實驗室（廈門大學） | 教育部 | 科技部 |
| 87 | 傳染病診治國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 88 | 矽材料國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 89 | 流體傳動及控制國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 90 | 能源清潔利用國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 91 | 工業控制技術國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 92 | 計算機輔助設計與圖形學國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 93 | 現代光學儀器國家重點實驗室（浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 94 | 化學工程聯合國家重點實驗室（天津大學、清華大學、華東理工大學、浙江大學） | 教育部 | 科技部 |
| 95 | 地質過程與礦產資源國家重點實驗室（中國地質大學） | 教育部 | 科技部 |
| 96 | 深部岩土力學與地下工程國家重點實驗室（中國礦業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 97 | 煤炭資源與安全開採國家重點實驗室（中國礦業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 98 | 農業生物技術國家重點實驗室（中國農業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 99 | 植物生理學與生物化學國家重點實驗室（中國農業大學） | 教育部 | 科技部 |
| 100 | 油氣資源與探測國家重點實驗室（中國石油大學） | 教育部 | 科技部 |
| 101 | 醫學遺傳學國家重點實驗室（中南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 102 | 粉末冶金國家重點實驗室（中南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 103 | 華南腫瘤學國家重點實驗室（中山大學） | 教育部 | 科技部 |
| 104 | 眼科學國家重點實驗室（中山大學） | 教育部 | 科技部 |
| 105 | 有害生物控制與資源利用國家重點實驗室（中山大學） | 教育部 | 科技部 |
| 106 | 光電材料與技術國家重點實驗室（中山大學） | 教育部 | 科技部 |
| 107 | 機械傳動國家重點實驗室（重慶大學） | 教育部 | 科技部 |
| 108 | 輸配電裝備及系統安全與新技術國家重點實驗室（重慶大學） | 教育部 | 科技部 |
| 109 | 家蠶基因組生物學國家重點實驗室(西南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 110 | 重慶市三峽庫區生態環境與生物資源國家重點實驗室(西南大學） | 教育部 | 科技部 |
| 111 | 天然藥物活性物質與功能國家重點實驗室 (中國藥科大學) | 教育部 | 科技部 |
績效排名
中央教育科學研究所（高等教育研究中心）2008年發布：高校評價對高校健康發展具有不可替代的重要意義
教育部直屬高校對72所教育部直屬高校進行績效評價的研究表明，絕對評價得分高的學校，績效評價不一定高，絕對評價得分低的學校，績效評價不一定低。績效評價對豐富高校評價內容和方式、合理配置高校資源有重大意義。註：
1.表中投入得分越高表示該學校獲得的投入越多，產出得分越高表明該學校的產出越多，績效得分越高表明該學校績效狀況越好。
2.考慮到中央美術學院、中央戲劇學院、中央音樂學院獨特的辦學定位和學科特色，本次績效評價暫不將其結果列入排序之中。
