政治
國共內戰
海峽兩岸關係兩岸在對解決對方問題的政策上偏重於武力及軍事手段。中國人民解放軍誓言“解放台灣”，在1949年發動金門戰役企圖登入大金門島；1955年攻打金門、一江山島與大陳島，引發第一次台灣海峽危機；隨後在1958年發動金門炮戰，引發第二次台灣海峽危機。在主動以軍事方式尋求一統中國的同時，中國共產黨以中國國民黨及蔣中正為訴求對象在1956年提出“爭取和平解放台灣”並於1957年由毛澤東提議“第三次國共合作”，隨後1960年由毛澤東與周恩來共同擘劃一綱四目，即：祖國為中華人民共和國；中央政府在北京，台灣為地方政府；台灣回歸後，除外交歸於中央外，其餘軍、政、人事“均委於蔣”。以上提議均為中華民國政府拒絕。
金門的“三民主義”此段期間，美國並不否認中華民國對於台灣行使主權的正當性，卻在國軍節節敗退中意圖採取袖手不管政策（Hands-offPolicy，1949年12月23日美國國務院向遠東地區使節發表之秘密備忘錄），隨後因韓戰認識台灣戰略地位之重要性轉而提出台灣地位未定論，所產生的扭曲現象是：美國一方面維持與中華民國的外交關係，卻又為避免台灣被併入共產主義集團而稱占當時中華民國實際控制領土絕大部分的台灣系主權未決。雖然美國與中華民國成為軍事防禦同盟，但為拉攏中華人民共和國避免其倒向蘇聯，美國並未放棄與中國共產黨保持聯繫，1954年6月起雙方即在日內瓦展開領事級會談，隨後在1955年雙方所簽署的聯合公報中，美國第一次用“中華人民共和國”這個名稱來稱呼大陸政府當局。
外交形勢逆轉與聯合國席次爭奪戰：美國一方面藉由中美共同防禦條約防護台灣的安全，另一方面也牽制住蔣介石反攻大陸將美國拖入戰爭的可能性，兩岸關係從軍事對抗走向外交角力。自1962年起，中華人民共和國即每年委由同為共產主義國家集團的友邦申請加入聯合國，然而當時受到冷戰對峙的影響，西方國家多數承認自由中國（即中華民國政府）在聯合國的席次代表權。一方面由於中華民國政府積極開展與新興獨立國家的關係，另一方面拜冷戰對峙、眾多西方國家追隨美國腳步之賜，1960年代成為中華民國外交成果最為豐碩的黃金歲月，其間最大的外交挫敗是1964年與法蘭西共和國斷交，不過1969年時邦交國數目達到高峰－68個邦交國。與此同時，中華人民共和國則在內有文化大革命，對外先後與蘇聯、印度交惡的狀況下，導致外交呈現孤立傾向，只有24個邦交國，不過隨後雙方外交實力即開始發生逆轉。
聯合國第二十六屆大會此時期台海兩岸政府均堅守一個中國原則，此一原則隨著中華人民共和國在聯合國取代中華民國後在國際間更為鞏固，即使有國家願意雙重承認北京與台北，兩岸政府也不接受雙重承認。中華民國的外交關係為此大受打擊，至1976年與中華民國維持邦交的國家計26國，其餘世界各國多轉向承認中華人民共和國，包括1972年與中華人民共和國建交的日本及1979年的美國。美國是最後一個與中華民國斷交的聯合國安全理事會常任理事國，其轉向卻早有跡可循：1972年2月美國總統尼克森訪問北京，在同月28日與周恩來發表聯合公報（即上海公報），該公報
尼克森中華人民共和國不放棄武力解決兩岸問題：台灣地區實行地方自治已久，省議員、縣長、市長、縣議員、市議員皆依《台灣省地方自治實施條例》由人民直接選舉。1996年首次舉行總統直選，中國人民解放軍第二炮兵部隊卻對台灣試射飛彈，意圖左右選舉，造成台灣海峽飛彈危機，使兩岸關係跌入冰點。1997年修憲凍省，亦即全面凍結省自治選舉，簡化省級組織以提高行政效率。2000年台灣第二任總統民選，中華人民共和國國務院總理朱鎔基以嚴厲的口吻批評“誰要是搞台灣獨立，你就沒有好下場！”，意圖左右總統大選，結果民進黨總統候選人陳
陳水扁根據台灣智庫2007年9月發布的“民調”，在美國、中國、日本、韓國四國中的"友好感"，38.0%的台灣民眾對日本最有好感，其次為美國的16.8%，中國只有7.1%。
2010年8月4日，80餘位兩岸及海外專家學者4日起連續兩天聚首古城西安，參加一年一度的海峽兩岸關係學術研討會，探討“ECFA與兩岸關係發展之展望”。
經貿
2005年1月29日，中華航空公司CI581航班降落在首都國際機場在兩岸人員往來方面，中華民國人士進入大陸需持有由中華人民共和國公安機關頒發的“台灣居民來往大陸通行證”（俗稱“台胞證”），該證件可在中國香港或中國的海關申請，基本上絕大多數台灣人——甚至包括一些主張台灣獨立的人士——都可以取得台胞證進入大陸地區。台灣對大陸地區人士進入台灣則依然有嚴格的限制，只接受已經擁有中國香港、中國澳門或第三國的永久居留權，或是經第三地訪問台灣的團體遊客。
而台資企業，使用第三地投資方式，低調進入中國大陸市場；或是經由中華民國政府同意進入中國大陸市場。目前台資在中國外資的統計數據上並不是第一，但是包括經濟學人雜誌在內的許多人都認為台資應該是中國大陸最大外資。
中共在早期對於台商投資採取完全開放態度，以外商甚至一些在地方高於外商的待遇對待台商。但是在2004年起中華人民共和國明確表態不歡迎具有“台獨”背景的“綠色台商”在大陸投資，並對一些台商點名批評。[來源請求]這樣的經濟交流方式，使得許多台商或是人士攜家帶眷，前往中國工作或是“投資”。增進彼此的交流，不過台灣人和中國大陸人彼此的觀念還是差很多，需要時間來消除彼此的差異。基本上，台商在中國大陸的投資在一
兩岸周末包機前民進黨不分區立委林濁水也提出一個很特殊的現象：陳水扁總統時期大幅放寬兩岸經貿政策，但是由於中共官方故意阻擾之、企業界及泛藍整天以“鎖國”攻擊之；因此反而讓陳前總統成為“反西進代言人”、替民進黨開拓了許多選票（這些選票是大多是兩岸經貿開放的受害者、例如因為產業西進增加的失業勞工及許多薪水無法上漲者）。
兩岸周末包機開始後、在中國國際航空公司的罔址運行圖上重新加了台灣航線。但把台灣航線當做中國國內線的形式來記載。關於這個問題、馬英九沒有發表抗議聲明。
法律
《台灣地區與大陸地區人民關係條例》立法公布於1992年7月31日，為中華民國為規範台灣地區與中國大陸地區人民的經濟、貿易、文化等往來並處理衍生之法律事件所訂定的律例。其中，條例名稱的“大陸地區”定位為“台灣地區以外之中華民國領土”﹔“大陸地區人民”則明定為“指在中國大陸地區設有戶籍之人民”。
亦簡稱為《兩岸人民關係條例》的該條例，經過多次修正後，今仍為台灣重要法律之一，之後亦有《台灣地區與大陸地區人民關係條例施行細則》、《大陸地區人民來台從事商務活動許可辦法》及《大陸地區人民來台從事觀光活動許可辦法》等等子法。
文教體育
鄧麗君通俗文化互相影響：由於兩岸同文同種，通俗文化的交流受到政治因素及意識形態干擾的情況較少。中華民國的流行歌手、通俗小說及電視劇受到大陸民眾的廣泛支持與喜愛，在早期對峙形式嚴峻之時，鄧麗君的甜美嗓音即風靡大陸，隨後諸如蔡琴、張惠妹、周杰倫也受到歡迎。台灣的閩語歌曲在大陸也有很大市場，《愛拼才會贏》曾在大陸大賣，2005年福建省媒體選出十大閩南語歌曲，十首都來自台灣。
大陸改革開放後擺脫教條形式的歷史戲劇作品在台灣民間也頗受注意，諸如《宰相劉羅鍋》、《走向共和》（又稱滿清末代王朝）、《雍正王朝》等均讓台灣地區民眾刮目相看。北京的搖滾樂次文化與台北的搖滾樂圈也有許多互動。
港澳
目前，行政院大陸委員會香港事務局分別以中華旅行社、遠東貿易服務中心以及光華新聞文化中心的名義在香港運作[3]。相對香港特區政府在台北設香港旅遊發展局台北辦事處及香港貿易發展局台北顧問辦事處。2007年5月1日，因應香港旅遊團在阿里山區發生車禍，陸委會表示希望港府能在台灣設立辦事處。
另外，行政院大陸委員會澳門事務處以台北經濟文化中心的名義在澳門運作。
中華民國機構人員被香港政府拒絕入境連串事件：1999年7月，中華旅行社總經理鄭安國在香港電台闡述“特殊兩國論”，其後引起中華人民共和國國務院副總理錢其琛指示香港不應宣傳和支持“兩國論”，部份香港親中輿論批評傳媒不應該“鼓吹台獨”。11月，鄭安國工作簽證期滿，但香港政府沒有續發籤證，被調回台灣，但繼任的張良任亦未能得到香港入境處簽證；等待十三個月後，於2001年1月成功赴港履新。對於此事，香港行政長官表示中華旅行社代表要接受某些條件；香港政府則聲明台灣(中華民國)機構及其人員在港從來沒有官方地位。
馬英九2007年3月23日傍晚，中華民國陸委會官員及記者組成香港第三屆行政長官選舉觀選團，但隨團委員張志宇在機場被拒入境，折返台北。陸委會發表聲明認為港府行為不友善，漠視台港關係，港府入境處則表示一貫按照香港法律及既定程式，處理入境個案。
第六屆兩岸經貿文化論壇共同建議
1．積極促進兩岸經濟合作框架協定及早期收穫計畫等儘快生效和執行，以利兩岸產業和民眾儘早受益。及時展開後續商談並簽署相關協定，進一步推動兩岸經濟關係正常化、機制化進程。
2．推動兩岸新興產業全面合作。促進兩岸新能源、節能環保等新興產業規劃和產業政策的對接；通過規劃引導、政策支持、產學研共同參與的項目合作，探索兩岸產業合作新模式和新途徑，提升合作水平。
3．擴大兩岸產業合作領域。繼續實施兩岸產業合作搭橋項目，鼓勵雙向投資，推動產業合作試點項目；深化在紡織、電子、精密機械、石化等領域的合作；加強信息、生技、新能源、節能環保、電動車等新興領域的合作。
4．積極發展現代服務業，提升兩岸服務業競爭力。在金融服務、農產品物流、網路服務、觀光醫療、電信增值服務等領域加強合作，創造兩岸服務業新價值，提供更多就業機會，提升人民生活質量。
5．加強新能源、節能環保產業鏈最佳化整合。鼓勵兩岸企業通過共同投資、研發、生產及開拓市場等形式，提升產業技術和製造能力，降低生產成本，增強產品核心競爭力。
6．推動兩岸科技合作，提高自主創新能力。鼓勵兩岸共同建立研發中心，建立以企業為主體、產學研相結合的創新機制；鼓勵兩岸的科技園區、科研機構、高等院校就新能源、節能環保等戰略性新興產業開展合作；深化兩岸技術標準合作，建立溝通機制。
7．協助企業加快轉型升級。引導大陸台商利用大陸實施區域發展規劃和擴大內需市場的契機，調整發展策略和市場布局；鼓勵兩岸中小企業發揮優勢，加強合作，增強應對市場競爭和適應技術變革的能力。
8．加強兩岸技術、管理人才教育培訓的合作。為太陽光電、風力發電、節能環保等產業提供高素質人才，提升兩岸新興產業技術研發與創新能力。
9．建立兩岸新能源、節能環保產業（節能車輛、先進電池、LED照明、光電產業等）交流合作平台。定期舉辦新能源、節能環保項目合作交流；擴大智慧財產權合作，共同推進產業標準的研究與制定，探索聯合組建專利資料庫或建立專利許可合作機制；加強兩岸氫能領域的信息交流與學術研討；研商兩岸企業參與全球碳交易市場機制的可行性；建設以低碳排放為特徵的產業體系和消費模式。
10．推動兩岸環境保護和環保產業共同發展。促進兩岸在發展循環經濟、環境污染防治與生態保護、信息交換、環境監測技術與儀器研製等領域的交流合作。
11．支持兩岸企業共同開拓國際市場。通過定期發布產業、市場信息，促進兩岸產業相互了解，掌握國際市場最新動態，加強對兩岸出口企業合作的支持力度。
12．鼓勵兩岸積極開展應對極端氣候的防災、救災合作。推動建立氣象監測數據、遙感數據的交流平台；開展災害監測、預警與應急回響的交流合作；通報災害預警警報，建立定期交流與災害聯防機制；鼓勵開展兩岸災害應變及專業救災人員交流；聯合舉行應對重大環境威脅的演練；建立重大自然災害相互救援時的聯繫協調機制，簡化手續，便利兩岸專業人員及物資儘速投入救災。
13．支持制定擴大兩岸文化教育交流的政策，繼續加強兩岸文教交流，推進交流的制度化、規範化，共同傳承和弘揚中華文化。
14．鼓勵兩岸就協商文化、教育交流協定進行規劃研究，推動商簽工作儘快啟動。
15．積極促進兩岸在合作編纂中華語文工具書、規範術語和專有名詞及建設中華語文雲技術資料庫方面獲得實質進展。
16．繼續鼓勵和支持兩岸青少年參加形式多樣的交流活動。
17．加快推動兩岸學歷學位互認，鼓勵兩岸學生互至對岸學習研修，促進建立兩岸高等院校相互招生的聯繫與協調機制，建立兩岸學歷學位證件查驗及作業平台。
18．積極促進兩岸體育交流合作。加強兩岸奧委會、單項協會和各類體育組織及專業人員的交流；繼續推動兩岸優秀運動員、教練的交流互訪和移地訓練。
19．建立出版物交流合作規範，繼續擴大出版物貿易和著作權貿易。探討兩岸圖書批發零售業相關促進政策。
20．採取具體步驟，推動儘快實現兩岸媒體互設常駐機構。支持制定促進新聞交流與媒體合作的政策。營造便捷、良好的採訪環境。
21．完善兩岸廣播、影視、出版等業界溝通對話機制，鼓勵加強兩岸文創、數字內容、音樂產業的交流合作，支持制定兩岸合作發展文創產業的規劃及相關政策，共同開拓海外文化市場。
22．推動落實兩岸智慧財產權保護合作協定，共同維護兩岸文化市場秩序，保障兩岸業者權益。
