戰爭背景
鎌倉幕府八代執權北條時宗蒙古帝國消滅金朝以後，負責漠南漢地事務的忽必烈於1260年在中原即位稱帝。同年，高麗元宗向其稱臣，高麗成為其東藩。1264年忽必烈定鼎燕京，以易經“大哉乾元”之意，建立元朝，定都大都（今北京），並於兩年之後要求高麗派使者奔赴日本，希望與日本“通好”（同時忽必烈想消耗南宋新附軍）。
趙彝代表元廷出使日本，但未取得任何收穫；1268年，忽必烈又派遣了第二批使者，同樣是空手而回。兩批使者都參見了鎮西奉行，由其傳達鎌倉幕府的征夷大將軍及在京都的天皇。此後，忽必烈或通過高麗，或自遣使者，又繼續傳送了一系列的信件，並以戰爭相威脅。幕府時值鎌倉時代中期，幕府將軍惟康親王並無實權，實權掌握在權臣北條氏手中。
忽必烈當時的“執權”北條時宗決定不投降，並立刻著手加強日本最靠近高麗的領土，因此也是最有可能被首先侵略的地方——九州的防禦。首先，幕府命令分封在九州的大名回到自己的駐地，並將在九州的軍隊西移，以進一步增固可能的登入點的防禦。另外，幕府還組織了大規模的宗教祈禱活動，以心理戰來應對這場危機，其他大多數公家活動亦被推遲。
忽必烈早在1268年就想發動戰爭，但卻發現朝鮮半島當時沒有足夠的財力提供充足的兵力；1273年他派了一支部隊去高麗做為先鋒，結果這支部隊卻無法在高麗的國土上自給自足，最終被迫返回中國以資補給。因為元軍騎兵所需的馬匹，以及所需的養馬草場，都嚴重限制了部隊的運動，以致於元軍無法在缺乏牧草的地區活動。
戰爭過程
博多的防禦牆。《蒙古襲來絵詞》，1293年1274年（元至元十一年、日文永十一年）和1281年（元至元十八年、日弘安四年）元世祖忽必烈發動的兩次侵日戰爭。1259年（憲宗九年）征服高麗的忽必烈於1268年（元至元五年）命高麗使者攜國書赴日，書中要求日本效法高麗來朝“通好”，否則將至“用兵”。日本朝廷祈求神佑，但以“書辭無理”，拒絕接受。幕府執權北條時宗令大宰府備戰，加強九州沿海要地的警備。其後忽必烈又兩派使者，均遭日本朝廷拒見。1274年忽必烈發動征日戰爭。
莒崎神宮正殿"敵國降伏”匾額
征日將領1274年10月3日，任命征東元帥忻都、右左副帥洪茶丘和劉復亨統率蒙漢軍2萬人、高麗軍5000人、水手6700人．計3.23萬人從高麗合浦出發。1274年10月5日至14日相繼襲擊對馬、壹岐島。16日逼近肥前沿海諸島，使幾百名日本武士喪生。19日元軍兵船駛進博多灣，翌日登入。守護少貳經資指揮英勇戰鬥，但在元軍步兵集閉戰法和火藥武器震天雷的威力下， 日軍處於不利地位。由元世祖授命組成的征日元軍，是由蒙、漢、高麗三族軍隊組成的聯軍。蒙軍不但在戰鬥力，還有戰術方面都遠遠高於日本。據日蒙古型皮鎧本史書記載：擊鼓鳴鑼，殺聲震天。日軍戰馬驚恐不安，跳躍打轉，當武士撥轉馬頭沖向敵人的時候，已經被敵人射中。蒙古矢短，但矢根塗有毒液，射上即中毒。敵數百人箭射如雨，長柄矛可刺進鎧甲縫隙。元軍排列成隊，有逼近者，中間分開，兩端合圍，予以消滅。元軍甲輕、善騎馬，力大，不惜命，豪勇自如，善於進退。大將據高處指揮，進退擊鼓，按鼓聲行動。在後退時，鐵炮中裝鐵彈，隨著火焰噴出，四面烈火，煙氣瀰漫；其聲悽厲，心碎肝裂，目眩耳聾，不辯東西，被擊斃者極多。激戰至暮，日軍撤至太宰府水城。
然而元軍雖然在戰場上壓制了日軍，卻不擅長山地作戰，無法突破九州島崎嶇的地形進入九州腹地。且日軍戰鬥意志頑強，堅決抵抗，給元軍也造成了不小損失，劉復亨受箭傷，元軍撤至船上。當夜意外颱風刮翻元軍200多艘兵船，忻都連夜乘剩餘船隻撤退回國。
在文永之役後，金方慶俘虜了兩百名日本人，獻給高麗王作為奴隸。
元日戰爭自1275年起， 幕府就開始為他們認為不久將進行的第二次入侵做了準備。除了更好地組織起九州的武士外，學習中原的戰術體系之外，他們還在很多可能登入點修建堡壘和其它防禦設施，這些登入點中包括博多港。與此同時，高麗國王多次與元朝談判，反對進一步的入侵日本計畫。而元朝也派遣使者至日本，但日本兩次下令將元朝派來的使者斬首。忽必烈非常惱火， 開始積極籌劃第二次入侵。
1279年元軍征服南宋之後，於1281年春發動了對日本的第二次入侵。元軍的這次入侵規模大於第一次，其中由范文虎、李庭等人率領的江南軍就有十餘萬人（包含輔兵）。元軍艦隊因供應和人員登載問題而推遲了起航。高麗盟軍先行進發，在對馬島慘遭失敗而返。同年夏，元軍聯合高麗人奪取了壹岐島，向九州進發，並在不同地點登入。在經歷一些獨立的小戰鬥，也就是所謂的弘安之戰或“第二次博多港之戰”後，元軍被趕回了船上。此時一場持續兩天的颱風，也就是非常有名的“神風”，襲擊了元軍艦隊並摧毀了大部分的船隻。
元日戰爭關於元軍艦隊被颱風摧毀的原因，有說法認為是因為元軍使用的是在內河航行的平底船，採用了當時較為流行的水密隔艙設定，而不是在海洋上航行的海船。 而之所以如此，是因為由於元朝蒙古統治者在中國及高麗的殘酷壓迫，導致兩地（高麗與中國南方沿海）對於造軍船很反感，造船的漢人和高麗人故意使用錯誤的船型，而蒙古人對航海又一無所知；又或者忽必烈攻日太過倉促，未有充分準備海船，造船人只得在匆忙間敷衍了事。不過具體原因尚無定論。
但是需要確定的是，雖然元軍遭遇了颱風，但是颱風發生時，並不是所有的元軍都在船上，絕大部分屯駐在平戶島、鷹島等九州島西北部的島嶼進行休整，準備向東移動，襲擊太宰府。
實際上元軍對日軍的作戰非常不利，在颱風發生之前，日軍就在壹岐島之戰中打敗了元軍，逼迫元軍東路軍放棄壹岐島，南下平戶島與主力會合。日軍主帥少貳資能取得勝利之後，因為戰傷而死亡。國內某些文章，宣揚說元軍打敗日軍，擊殺日軍統帥少貳資能，這是不對的，少貳資能是在勝仗當中身亡。
颱風發生後，元軍溺死不少，物資損失嚴重，士氣也暴跌。但大部尚存。少貳資能之子少貳景資率領數萬九州軍，水陸結合，對剩餘的援軍發起迅猛打擊，運用主場優勢各個擊破，元軍除了范文虎、忻都等人率領少量士卒逃回之外，都被殲滅或俘虜。
當戰爭結束時，宇都宮貞綱率領的西國援軍（號稱六萬，實際兵力三萬不到）尚在路上，未能趕到。則少貳資能、少貳景資父子打敗元軍是以少勝多無疑了。
一般認為拋棄士卒逃亡，導致剩餘士兵士氣進一步暴跌，終於全軍覆沒的責任人是范文虎。但這很可能只是元史的諱飾。如范文虎這樣一個南宋降將，如何能作為大軍最高統帥？假設范文虎是第一責任人，為何歸國後並未受到重罰，且很快又升官？也許在史料當中，范文虎只不過是幫蒙古人忻都背了鍋罷了。
戰爭結果
抵禦元軍入侵的防禦工事的遺址，位於日本九州福岡縣福岡市博多區筥松。這個遺址本來在海岸邊，但現已離開海岸很遠。
1281年的戰鬥中日本武士登上元軍戰船。忽必烈於1286年試圖再次入侵日本，但因同時在南方發動的對越南陳朝的進攻受挫造成國力匱乏而作罷。
日本方面，為了對付元軍入侵而進行的全國範圍的改編使得其經濟和軍事都處於重壓之下，並且整個國家的資源使用已經到了極限。元軍入侵也使得日本幕府找到了繼續統治國家的藉口而不是將權力交給天皇。他們之後一段時間繼續加強九州的防務，那裡的許多軍事設施很多年後還有效。由於戰後受貨幣經濟影響，幕府無法恩賞抗元官兵，加劇了國內矛盾。1333年，鎌倉幕府滅亡。
儘管不是得到普遍承認，但許多學者仍認為侵略事件雙方的兵力比傳統觀點認為的要少得多。還認為日本方面能夠在沒有“神風”的幫助下有效地擊退入侵者。
