背景事件
1862年，法國傳教士鄧司鐸到酉陽傳教，在小搖壩修建天主教堂“公信堂”，一些教民以傳教士為護符，橫行鄉里，強迫民眾奉教，激起士民怨憤。1865年2月，數百民眾將公信堂搗毀。8月27日，酉陽民眾又自發在縣城集會遊行，抗議教士教民欺凌平民。29日，有民眾數十人到城隍廟與教士瑪弼樂論理。瑪氏出言不遜，逞凶打人，被民眾毆斃。在法國公使威脅下，四川總督於1867年以處死1人，杖、徒、充軍數人，由民眾賠款8萬兩銀結案。此次教案以護教抑民了結後，教士教民更加囂張。1868年，法國教士李國在酉陽組織教堂武裝，欺凌平民，激起公憤。1869年1月，民團首領何彩率眾進城焚毀新修教堂，殺死李國。與酉陽毗鄰的貴州民眾也趕到酉陽參加反洋教鬥爭。教案發生後，酉陽知州派兵迫令民眾繳械解散。華籍教士覃輔臣卻乘機報復，率教堂武裝殺死民眾145人，傷700餘人。在法國恫嚇下，清政府以處死民眾2人，杖、流被捕民眾，賠款18 000兩白銀結案，覃輔臣及不法教民在法國傳教士的庇護下卻逍遙法外。是為“酉陽教案”。
與此同時，重慶市區及近郊也先後發生過兩次教案。
1862年，法國公使提出將重慶城內長安寺給予川東主教改建為天主堂。訊息傳出，引起重慶紳商的強烈反對。法方卻堅持其無理要求，並向清廷施壓。清廷害怕引起釁端，令四川省儘快將長安寺交給天主教會，從而引發重慶民眾打教。1863年3月，上千團勇和民眾，將天主教最大的真元堂及教堂設的醫館等搗毀。事發後，四川總督及成都將軍立即將川東道吳鎬撤職，並採取措施防止事態擴大。最後，法國主教範若瑟與重慶紳商於1864年達成協定：天主教不再要求將長安寺改建為教堂，重慶紳商付給范若瑟15萬兩白銀作為賠償，對打教者也不予深究。是為第一次重慶教案。
第一次
重慶教案(1863年)
1858年，在川法國傳教士以《天津條約》、《北京條約》中有關對傳教弛禁、還堂條款為由，要求退還川東4所教堂舊址，請準以重慶城內長安寺地改修重慶教堂。教士范若瑟持清廷文牒，強行拆除長安寺，修建真原堂。川東三十六民團保甲暨八省會館首事辦公聚會地均被逼遷出。不久，范若瑟升任川東教區主教，又擴建真原堂為主教座堂，侵及附近民產民居，激起民眾公憤。1863年3月，重慶民眾一舉搗毀真原堂及教士住宅多處。
教案發生後，范若瑟通過法駐京公使向清總理衙門施加壓力，索取巨額賠款。清廷指令八旗成都將軍、署理川督崇實火速辦理。經調停議妥：由重慶府八省會館賠償教會銀20餘萬兩，法國傳教士另擇地建堂；重慶府各屬境內教會可自由購地建房；長安寺轉給八省會館，永作辦公之所。
第二次
重慶教案(1886年)
1886年6月，美國基督教士在重慶城西鵝項頸購地建房，士紳趙昌勖等以其壓斷地脈、有傷風水為由，聯名呈請縣官制止，未得斷結，眾憤不平。適逢重慶府武童生府試，應試武生帶頭聚眾數千人，於7月1日，將鵝項頸美教士房屋拆毀，隨即進城打毀亮風埡、叢樹牌兩處英國教堂及城內法國教堂，燒毀教士及教徒住宅。7月2日，繼續在城內拆毀教徒房屋，對象多為“殷實富家”。家住楊柳街的教徒羅元義，早已招有打手防備。打教民眾前來拆房，反被殺斃11人，傷22人，引起全城民眾極大憤怒。兩天之內，巴縣及大足、銅梁等地焚毀教民房屋250餘家，重慶城內及附廓美、英、法教堂、洋房、醫館全毀。川東各屬州縣民情洶洶，民教雙方皆聚眾械鬥。7 月初，江北廳教民持械聚眾，焚毀鋪屋400餘家。川東各屬民眾紛紛自組民團，聲言打教。7月25日，南川、綦江民團攻打重慶白果樹神學院，雙方各有較大傷亡。
影響
清廷對重慶教案極為震驚，於1886年8月13日、23日連下兩道上諭，命川督劉秉璋查辦。劉秉璋委派候補知府唐翼祖、羅享奎前往查勘，會同川東道、重慶府、巴縣各官同法國駐渝領事、主教商議賠償契約。1887年1月11日，各方議定賠款契約，計賠償法國銀22萬兩，美國2.3萬兩，英國1.857萬兩，總計26.157萬兩(含大足、銅梁賠款)，所有賠款，俱由川東道籌集。1月15日，川東道奏報重慶教案人員定罪情況：羅元義、石匯處斬梟示；吳炳南、何包漁秋後處絞；余犯或杖責枷號，或飭通緝。12月21日，川東道、重慶府、巴縣與重慶鎮都 督府聯銜告示，宣稱重慶教案現已議結，鵝項頸等處地產已贖回，“永作官荒，不準修復”；今後修建教堂“不得格外華麗”，“以免駭人觀瞻，致擾物議”。
