周敦頤生於一官僚地主家庭，年幼喪父，北宋天聖三年（1025），8歲時，母親帶他投靠衡陽舅父鄭向(鄭家故宅後改為濂溪周氏宗祠(今南華大學附一醫院處))，宋仁宗天聖九年（1031年），周敦頤隨其母到京師開封。 至1037年鄭向調任兩浙轉運使，周敦頤同母隨遷潤州丹徒縣(今江蘇鎮江市丹徒區)。鄭向見他聰穎好學，便栽培他念書，敦頤知識廣泛，博取眾家之長，融會貫通，成一家之言。由於任宋仁宗朝中的龍圖閣學士的舅舅鄭向的推薦，做了分寧縣（修水）的主簿。後調任到南安軍擔任司理參軍。
宋仁宗慶曆六年（1046年），大理寺臣程響在南安認識了周敦頤，見他「氣貌非常人」，與之交談，更知其「為學知道」，同他結為朋友，隨即將兩個兒子程顥、程頤送至南安拜敦頤為師受業。後移桂陽令，徙知南昌，歷合州判官、虔州通判。熙寧初知郴州，擢廣東轉運判官，提點刑獄。後知南康軍，治所在今星子縣。築室廬山蓮花峰下，前有溪，取營道故居濂溪以名之，遂定居於此，並將原在故里的母親鄭木君墓遷葬於廬山清泉社三起山。周敦頤卒，亦附葬於母親墓旁。
熙寧六年六月初七（1073年7月14日星期日）病逝，死後寧宗賜諡「元」，人稱「元公」。弟子程顥、程頤繼承和完善了他的思想。後來經過著名學者朱熹的進一步的發展，成為中國的正統思想。《宋元公案》中對於周敦頤的地位有這樣的論述："孔孟而後，漢儒止有傳經之學。性道微言之絕久矣。元公崛起，二程嗣之，又復橫渠清大儒輩出，聖學大昌。" 《宋史·道學傳》:「兩漢而下，儒學幾至大壞。千有餘載，至宋中葉，周敦頤出於舂陵，乃得聖賢不傳之學，作《太極圖說》、《通書》，推明陰陽五行之理，明於天而性於人者，瞭若指掌。」
二程兄弟、張橫渠、邵雍、司馬光五人，再加上周敦頤，被朱熹稱為「北宋六先生」（《六先生畫像贊》）。
著作
周敦頤在研究《周易》後，寫了著作《太極圖·易說》，提出宇宙生成論體系。1072年，在江西廬山蓮花洞創辦了濂溪書院，並自號「濂溪先生」。著名散文作品《愛蓮說》作於此時，表明了敦頤對蓮花的讚賞。是為千古名句。
| 「 | 予獨愛蓮之出淤泥而不染，濯清漣而不妖，中通外直，不蔓不枝，香遠益清，亭亭淨植，可遠觀而不可褻玩焉。 | 」 |
