起源
太極圖現代有不少人認為太極圖起源於原始時代，甚至有人認為是太古洪荒之時外星人饋贈地球人的禮物，或本次人類文明以前上一次甚至兩三次文明毀滅時遺留下來的唯一信物。陳立夫認為：“大陸先後所出土之古太極圖，較《周易》及《乾鑿度》之成書，尚早三、四千年。諸如陝西永靖所出土六千五百年前（伏羲時代）雙耳彩陶壺上之雙龍古太極圖（藏瑞典遠東博物館），使用毛筆中鋒所畫，早於孔子四千年。又出土商代及西周之多件青銅器上，亦契有雌雄雙龍相互纏繞之太極圖。”(《關於太極圖的一些問題》)陳先生將雙龍相互纏繞之圖直接稱為“雙龍太極圖”。雙龍纏繞圖實際上就是華夏始祖“伏羲女媧交尾圖”；此外有人認為太極圖來源於符號(青海民和縣和樂都柳灣、遼寧翁牛特旗石棚山、廣東曲江石峽中層遺址出土的新石器時代的陶器上都刻有符號)，雙魚紋樣圖形(陝西西安半坡遺址出土人面魚紋彩陶盆)，雙鳳紋樣圖形(新石器時代骨刻與陶繪、河姆渡文化中有這種紋飾)，近前有人聲稱太極圖來源於河南洛油伏羲台下黃河與洛書相匯後形成的“渦漩”。
發展
太極圖2．關於陳摶或薛翁、蜀之隱者、青城山隱者創作或始傳“陰陽魚”太極圖的觀點，因無以考證，只能存疑，不能輕易否定，也不能簡單肯定。2．太極圖與道教有關，宋元及清代胡渭的部分有關觀點基本可信，這種關係主要體現在內丹、陰陽等思想觀念上。“水火匡廓圖”與“三五至精圖”同樣也不能直接推衍出“陰陽魚”太極圖。
3．現存文獻中最早一張太極圖出自南宋張行成的《翼玄》。此圖不是清康熙以後人竄入，這一點從《翼玄》、《易通變》的文字內容中可以得到證實。
4．太極圖經明初趙撝謙改造(簡化)，定型於明末趙仲全。之後出現的由兩個半圓合成的太極圖(包括以左右半圓排列、以上下半圓排列等)都與本義不符。
演變
太極圖“陰陽魚”形正是對六十四卦方位圓圖的形象說明。《翼玄》中已用了先天圖“右行”、“左行”的字眼，除以上引文外，卷十還說：“易先天爻象圖，自乾坤始者，陰陽之象，上下皆右行；自復遇始(當為“垢”之誤)者，陰陽之象，上下皆左行，列於二也。”陰陽魚”的左行、右行不正是卦爻的左行、右行嗎?“列於二”如不是指陰陽——黑白二色的排列，那又是指什麼呢?
張行成在另一專著《易通變》中，載十四圖，其中第一幅圖即“有極圖”，“有極圖”即“先天圖”。此圖實為方圓合圖(圓圖變形為八邊形)。其中對圓圖的解釋可見看出“陰陽魚”圖的蘊義。“太極包含萬象，以為有而未見，以為無而固存。……天地之象已具乎渾淪之中，太極之全體也。”(卷一)“圓圖右行者，六變未有一之卦也；左行者，五變已有一之卦也。”(卷一)“先天圖自一陰一陽六變各至於三十二，是為地之一柔一剛，復垢代乾坤以為父母，剛柔承陰陽以成變化，而天下之能事畢矣。”(卷一)以陰陽爻的變化解釋六十四卦圓圖的排列，而“陰陽魚”圖形恰好準確而形象地反映了這種卦爻變化。
在太極圖圖形中，右上方“白魚”左行由大到小，依次為乾、兌、離、震(包括由這四卦作為下卦的4X8＝32卦)，表示陽爻逐漸減少；左下方“黑魚”右行由大到小，依次為坤、艮、坎、巽(包括由這四卦作為下卦的4X8＝32卦)，表示陰爻逐漸減少。而陽爻減少的同時，陰爻在增多；陰爻減少的同時，陽爻在增多，所以用“黑白魚”互糾表示。兩個“魚眼”則表示陽中有陰、陰中有陽，其中“白魚”中的“黑眼”表示離卦，“黑魚”中的“白眼”表示坎卦。
在《翼玄》先天圖中，以黑白小方格表示的六十四卦爻位變化圖，乾、坤分別為六個白格、六個黑格(為大父母)，復、垢分別為一白五黑、一黑五白(為小父母)，陰陽變化自復姤開始，由復左行，由垢右行。如果按黑白格的多少組合起來(不考慮位置的高低)，那么恰恰就是一幅“陰陽魚”圖。張行成在找到六十四卦爻變規律的基礎上，做出陰陽魚互糾圖，應當是順理成章的事。郭或說“陰陽魚”圖只有“在黑白各半圓圖的基礎上應時衍變而產生”，有點武斷。
張行成之後，似乎沒有人直接提過他作有這么一幅圖，袁桷在講太極圖流變時，曾提到過他，“薛(季宣)授袁(溉)時嘗言：河洛遺學多在蜀漢間，故士大夫聞是說者，爭相購之。後有二張，曰行成精象數，曰縯通於玄。最後朱文公屬其友蔡季通……”(轉引自胡渭《易圖明辨》卷三)從張行成的生平看，他是臨邛人，“乾道間，由成都府路鈐轄司幹辦公事丐祠，杜門十年。”(黃宗羲《宋元學案·張祝諸儒學案》)，他杜門著書，共七種，七十九卷。以邵雍之學為歸宿，“取自陳希夷至邵氏所傳先天卦數等四十圖”(《四庫全書總目·子部·術數類》作“十四圖”，為確。)“敷演解釋，以通諸易之變，始若殊途，終歸一致。”“先是康節之學有所傳十四圖者，世莫之傳。先生得於蜀中估籍吏人之家，因演解之，以為象數之用。”(《宋元學案》)據此說，張行成以在蜀中之便，完全可能在蔡元定(季通)以前得到這幅圖。
除了張行成，宋代還有沒有人作過“陰陽魚太極圖”呢?據文獻記載，至少還有兩個人作過這類圖。一個是早於張行成的鄭東卿(少枚)，一個是晚於張行成的羅願(端良)。鄭東卿傳“古先天圖”：他作有《先天圖注》，自序說：“東卿自學《易》以來，讀易家文字百有餘家，所可取者，古先天圖、揚雄《太玄經》、關子明《洞極經》、魏伯陽《參同契》、邵堯夫《皇極經世書》而已……四家之學，皆兆於先天圖。先天圖，其《易》之源乎?復無文字解注，而世亦以為無用之物也。今予作方圓相生圖，為先天圖註腳，比之四家者為最簡易。”鄭東卿提到的“古先天圖”至少早於揚雄，並不是他自作，他只是作了一幅“方圓相生圖”為它作註腳。“古先天圖”到底何樣，不得而知。從名稱上推測當是外套先天六十四卦一類圖(當時冠以“先天圖”名稱者，全是指這類圖，只是中間圖形有“方形”與“陰陽魚”形的區別)。
羅願作“河圖”：據明初宋濂介紹：“新安羅端良願作陰陽相含之象，就其中八分之，以為八卦，謂之河圖；
宋代張行成、鄭東卿、羅願的這類先天太極圖，在很長一段時間內都沒有引起足夠的重視，(鄭、羅的圖以至於散佚。)這種情況一直延續到明代初年。明代一反過去，人們開始真正關注這類圖。文界分為九宮，謂之洛書。言出於青城山隱者，然不寫為象。”(轉引自胡渭《易圖明辨》卷三)羅願的這張圖也說是從四川青城山隱者那裡得來的，為陰陽相含之象，中間“八分之”，只是仍不稱“太極圖”，而稱“河圖”，不過圖象也沒有流傳下來。胡渭認為就是後來趙仲全“古太極圖”的樣子。羅願與朱熹是同鄉(同是新安人，今安徽徽州)，又是摯友，因而可能朱熹在托蔡元定入蜀尋找三圖之前，就看到了羅願這張圖，只是不重視，或不贊成(朱熹認為“河圖”是十數圖，而不是這張圖)。
明初，趙偽謙在《六書本義》中載有太極圖，這張圖過去被學者認為是第一張“太極圖”，看來這個結論應該改寫了。不過當時仍未稱“太極圖”，而是稱“天地自然河圖”(胡渭引用時稱“天地自然之圖”)。趙撝謙解釋：伏羲時，滎陽一帶的黃河中有龍馬背負這張圖浮出水面，所以被稱為“河圖”，《周易》說“河出圖”，《尚書》說“河圖在東序”，就是指這張圖，而不是指九數圖或十數圖。
趙撝謙圖與張行成圖有一些不同：(1)趙圖外圈為先天八卦，張圖為先天六十四卦。(2)趙圖“魚頭”稜角分明，“魚眼”為偏長的淚痕狀；張圖“魚頭”線條柔和，“魚眼”為圓形。
到了明末，趙仲全作《道學正宗》，書中載有“古太極圖”，這是現存文獻中第一次將這張圖稱為“古太極圖”的。與趙撝謙圖比較，在“陰陽魚”上加了四條線，劃分為八個區域。(胡渭認為羅願當年的陰陽相含之象的“河圖”就是這種樣子。)這就將卦爻陰陽位數與“陰陽魚圖”黑白變化度數更嚴格地對應起來。從這個意義上說，後世乾變萬化的太極圖(以兩個半圓合成的太極圖最為流行)，都是不對的，都不符合與卦爻位數嚴格對應的本義。其後在對這張圖的稱謂上，基本統一，此圖最終確名為“太極圖”，一直延用。
申遺
專家呼籲太極圖“申遺”避免韓搶申端午事件重演
太極圖明賜東介紹，在長達千年的時光中，古人在對圓形、對稱形、圖騰、陰陽概念等認識基礎上，逐步形成了太極圖。凝聚著中華民族智慧的太極圖集中表現在紡織輪和陶瓷器皿上，如今只能從考古學上找到最有力的證據。“不僅僅在哲學辯證領域，太極圖對科學也有重要影響，只是很少有人知道。”明賜東拋出一個又一個重磅觀點。明賜東用多媒體展示出一幅以國寶大熊貓為藍本按照太極圖設計創作的“熊貓太極圖”，“四川是國寶大熊貓的故鄉，我建議把熊貓太極圖作為四川省的徽記，使代表四川的國寶熊貓與代表中華始原文化的太極圖融為一體。”同時，明賜東還設計了一幅申報世界非物質文化遺產的特殊“太極圖”，“今年我已經把一份3萬多字、18頁的《申報書》及建議函遞交到四川省文化廳，提出就太極圖申報世界級非物質文化遺產，使這一中國始原文化瑰寶能更加深遠地影響中國和世界，也避免韓國搶申端午的事件再在太極圖上重演。”
在四川省文化廳回復明賜東的函中，省文化廳明確表示：“將儘快把你的建議和擬申報內容向文化部作專題匯報。將向國家非物質文化遺產專家諮詢委員會諮詢。”明賜東認為，如果按照常規程式走，申報成世界級非遺至少需要近10年時間，“在太極圖的申報上，希望能打破常規快速申報，讓中華民族這一傳統文化瑰寶儘快得到高級別的保護和傳承。”
