劉裕掌權
402年司馬元顯為了避免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之為先鋒，司馬尚之為後部。桓玄也率軍東下，最後大破司馬尚之。劉牢之認為司馬元顯無用，倒戈引桓軍入建康。桓玄控制朝廷，誅殺異己，先後殺司馬元顯與道子，並奪取劉牢之兵權，誅戮部分北府將領，提拔北府將領劉裕。他最初有意革新朝廷，但最後豪奢縱慾，政令無常，漸失人心。403年桓玄篡位稱帝，建國桓楚。隔年劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收復建康，桓玄挾晉安帝西撤江陵。不久桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗，在逃往蜀地途中被馮遷所殺。而後桓振、桓謙又挾晉安帝反抗，劉裕直到405年肅清桓氏勢力，得以迎晉安帝復位，掌控了朝廷。劉裕掌控朝廷後，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵。412年劉裕搶先討伐劉毅，劉毅兵敗自殺。405年，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，推譙縱為首叛晉，譙蜀建立。蜀軍隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱自號成都王。408年晉廷派劉敬宣率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻占成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。
盧循為孫恩繼承人，桓玄為安撫他任為永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻占廣州，隔年晉廷又任命他為廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，於桑洛州合力擊潰劉毅（今江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧循之亂。此時劉裕回撤，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，為守將劉道規所敗。12月盧循被晉軍打敗，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定。
