準噶爾之亂平定後，清朝進入了一個長期的和平與穩定階段，隨之而來的卻是國家武備鬆弛，軍隊戰鬥力低下，以致於洪秀全在廣西起義後得以迅速攻陷南京。
不過好在曾國藩的湘軍在戰爭中迅速崛起，不僅衍生出楚軍、淮軍等地方武裝，還取代了八旗軍、綠營軍成為國家的正規軍。
然而誰也沒有料到，作為百戰之師，湘軍隨左宗棠進陝甘平亂卻遇到了大麻煩。雖然重挫農民起義軍，但湘軍也付出了統帥劉松山陣亡的慘痛代價，逼得左宗棠不得不採取“以回制回”的策略。
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有人肯定會說，湘軍對陣太平軍時死得更多呢?事實確實就是這樣，太平軍占據東南膏腴之地，源源不斷地從洋人手中買槍買炮。陝甘地處西北，社會閉塞經濟落後，他們可沒有太平軍的財大氣粗。
陝甘之亂能成為繼太平天國後清朝統治者最主要的威脅，根本原因還在於宗教。洪秀全也借宗教之名籠絡人心，但他那個拜上帝教比起伊斯蘭文明卻顯得過於簡陋。
伊斯蘭教傳入中國的歷史可追溯至唐朝。蒙元時期，蒙古人幾次西征，強制大批中亞、西亞的穆斯林軍人、農民和工匠進入中國。人數遠遠超過了唐宋時期來華的總人口，這為“回族”的誕生提供了可能。
明朝時期，元朝留下的色目人眾多，朱元璋曾一度對其採取民族同化政策，但結果卻事與願違，“無論嫁與娶，與回族通婚者絕大多數都接受了伊斯蘭教和回族的風俗習慣，成了回族”。
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伊斯蘭教在中國表現出了強大的生命力，但也受到了漢文化和漢語等方面的影響，進而表現出衰退的趨勢，尤其是在明朝中後期。
這時陝西人胡登洲巴巴深感“經文匱乏，學人廖落，既傳譯之不明，復闡揚之無自”，於是在清真寺中開展經堂教育。
明末清初，一些穆斯林學者又積極推動伊斯蘭文化與漢文化交流，主張“以儒釋經”，兩個文化的完美融合標誌著“回族”在中國的正式成立。
康熙、乾隆兩代是清朝的全盛時期，中國與波斯、阿拉伯和中亞等地交流頻繁，伊斯蘭教的一種神秘教派蘇菲主義傳入中國，並與儒家、道家思想融合，發展出了回族穆斯林特有的“門宦”制度。
門宦制度總結起來就是神化和崇拜教主，宣揚教主是引領信徒進入天堂的人，從而使信徒絕對服從於他。一個門宦的教主下轄多個清真寺，每個清真寺的教長由教主委任。教主的“口喚”教徒只能“從唯謹，雖令之死，亦所甘心”。同時教主對信徒的婚姻、錢財和訴訟等享有至高無上的權利。
教主傳承只在初期短暫地實行過“傳賢制”，後來都是世襲制，所以有學者說：“甘肅之回教門宦，隱然一封建制也”。
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門宦的形成對回族社會具有極大的整合作用，社會矛盾一旦變得不可調和後，他們嚴密組織機制立刻就能爆發出驚人的效力。例如金積堡之所以能成為義軍的大本營，完全因為首領馬化龍是西北聲望最高的教主。
義軍首領既掌握軍事權利，有享有宗教影響力，所以在裝備和訓練都處於絕對劣勢時，義軍依然能發揮出頑強的戰鬥力。當然也不排除湘軍自身的問題，比如南人不習北戰，湘軍成軍日久將士思歸厭戰等原因。
曾國藩 準格爾 伊斯蘭
