人物生平
征戰甘肅
“尕司令”馬仲英，瑞典探險家斯文·赫定攝於1934年1927年秋，國民軍師長趙席聘任河州鎮守使，徵兵要款，觸犯宗教禁忌，激起穆斯林強烈反對。
1928年春天，馮玉祥的國民軍與甘肅河州穆斯林發生矛盾，國民軍大規模清鄉，時馬寶為馬麒的寧海軍一個營長，有病休養在河州老家，馬仲英父親馬寶，作為請願的代表，也被扣留送蘭州，被國民軍懷疑“通匪”而遭逮捕槍決。在軍校學習的馬仲英遂聯合寧海軍軍官馬騰、馬儀、馬虎山、馬古里拜、馬七三、馬丹巴6個私逃河州，襲擊了一隊國民軍運輸隊，繳獲了大批武器。到達河州後，召集當地兩三萬民眾建立武裝“黑虎吸馮軍”，自稱司令。因為當時只有16歲，被稱為“尕司令”。
馬仲英三度圍攻河州，並且提出“不殺回、不殺漢，專殺國民軍辦事員”的口號，先後3次圍攻河州，戰爭一度進展到離蘭州僅60公里的牛心山，蘭州為之震動，1928年夏末，馮玉祥調集吉鴻昌、孫連仲、佟麟閣等部，對馬仲英發起反攻，激戰7晝夜，馬仲英戰敗，一路撤退到岷州。十二月馬仲英捲土重來，迅速進逼西寧，在遭到青海主席孫連仲部的阻擊後，轉而襲取湟源，大肆屠殺漢民，然後退走河西。
1929年農曆二月，馬仲英攻占民勤，屠漢民。二月初二日馬仲英進城起，至二十一日離城止，屠殺一直沒有間斷。民勤全城不滿一萬人口，被屠殺了四千六百多人，被殺的人絕大多數是老弱婦孺，不少人跑到廟裡以為躲個活命，不料亦難逃屠殺，其中槍殺的很少，絕大多數是被亂刀砍死的，更有小孩子被倒提腿劈成兩半的，還有投井死的。婦女被奸，無一倖免。
劉郁芬得到馬仲英占據民勤的訊息後，即命令駐天水的三十師吉鴻昌部開往民勤，進行清剿。吉部以急行軍趕到武威，休息了兩天，即向民勤前進；馬仲英沿洪水河布置抵抗。二月二十日吉部到達香家灣，隔河轟炮，馬仲英稍事抵抗即退走。二十一日吉部進至民勤縣城西南之十里墩，馬仲英即連夜撤出民勤縣城，向東逃竄。二十二日早晨，吉部進城；吉部劉兆祥旅奉命追擊，追至東渠大廟（距縣城一百八十里），馬仲英已入寧夏。至此，吉鴻昌又率李松崐旅由民勤經武威、古浪去寧夏清剿。
征戰寧夏
馬仲英所部1929年，馬仲英率部進入寧夏，由河州（今甘肅臨夏）率領反馮玉祥的部隊經西寧進入河西走廊，進入了永昌城，跟著逼近鎮番城（今民勤縣），與吉鴻昌交戰。馬仲英退出鎮番後，進入內蒙古定遠營，阿拉善旗達王為馬部供應了大批糧草，還贈送了一些子彈，力勸馬仲英去攻寧夏，以泄門致中（時任寧夏省主席）攻打王爺府的宿怨。這時，馬仲英還得到寧海鎮守使馬麒、涼州鎮守使馬廷勷和馬廷賢兄弟的暗中支持，馬廷賢率部與其同行。吉軍乘勝追擊，連克小壩、葉盛堡等地，直逼寧夏城。馬仲英為了保存實力，利於再戰，放火焚毀了馬福祥、馬鴻賓的護軍使衙門及其他房產和一些剩餘的槍枝彈藥，於1929年6月7日放棄寧夏城，馬仲英向石嘴山敗退時，路過平羅，因蘇雨生嚴密防守，不得進城，只好繞道北撤。退到石嘴山。
馬仲英與吉鴻昌二戰寧夏城後，部隊被馬鴻逵收編。馬仲英自己去了北平。據說曾受到蔣介石的接見，蔣還試圖推薦他去中央軍校學習。此間他還加入了中國社會主義青年團，並以作戰參謀的身份參加中原大戰。
馬仲英知人善任，經國民黨中央正式收編後，一邊整頓軍務，一面開始招賢納士，勵精圖治。首先他網羅了許多失意文人和政客，如曾擔任過縣長的何鑄九和曾任高等法院院長的蘇子俊；接納一些聞風而來的高級知識分子和受國民黨迫害或受共產黨派遣來的進步青年，如擔任師部政訓主任的楊波清、參謀蘇繼善、秘書鄔逸民；甚至還有幾個遠道而來的外國人，如土耳其人凱末爾。其中他的顧問兼秘書長、留蘇學生張雅韶對馬仲英的影響最大。馬仲英在酒泉站穩後，經常召集酒泉各界代表集會，每次講話都流露出激進的“革命主張”，而張雅韶的講話更為嚴謹和富有鼓動性。
馬仲英的部隊被馬鴻逵收編後，馬仲英遠走北平一年即返回寧夏，鏇即攜舊部再叛，1930年冬天突然攻取張掖，然後收編部隊，自稱“甘寧青聯軍總司令”開始擴充實力。馬仲英盤踞肅州（今酒泉）和甘州（今張掖）引起青海陸軍新編第九師師長馬步芳的嫉妒，馬步芳遂於1931年夏天進攻馬仲英，馬仲英主力遠在肅州，救援不及而丟失張掖。馬步芳乘勝開始進攻酒泉，恰在此時，馬仲英在肅州見到了哈密特使堯樂博斯，堯樂博斯勸說馬仲英進軍新疆。馬仲英正被馬步芳打得很狼狽，於是一拍即合，領兵入疆。
征戰新疆
斯文赫定拍攝的馬仲英照片1931年初夏，馬仲英詐稱“奉命出關”、“興師援哈”，揚言在“三個月內打敗金樹仁”。5月19日在肅州整裝出發，當時號稱3個縱隊，每個縱隊各有司令1人。實際上戰鬥人員僅有400多人，槍枝僅90餘支，連同家屬、勤雜人員也不過500多人。馬仲英計畫在15天內趕到哈密，但是到達星星峽附近時，糧草耗盡，馬仲英臨時決定夜襲星星峽，繳獲了部分槍械和糧草。然後兵分兩路，一路奔沁城，一路沿大路直去哈密東郊的黃蘆崗。
哈密有三城，回城在南，漢城在北，漢城又有新老城之分，老城在新城和回城之間，文武官署均在此地，新城和老城之間防線很長。老城東南兩門和新城北門毫無屏障。當時漢城駐軍為朱瑞墀的一個師，部下有步、騎、炮、機槍等13個連。朱瑞墀鎮守新城，熊發友守衛老城。
馬仲英進駐黃蘆崗後，與加尼牙孜部的配合，馬仲英的參謀長吳英琦率領先鋒夜襲哈密，一舉攻克回城，開始對漢城猛烈攻擊。熊發友見勢不好準備投降，被朱瑞墀阻止。朱瑞墀認為馬部雖然驍勇善戰，但是沒有重武器，必不利於攻城，果然在金軍嚴密防守下，哈密未破。
馬仲英的第36師師部駐紮酒泉肅州鎮守使官署，下設軍需、軍法、政訓、參謀、軍械、軍醫、秘書、副官八處。並設立直屬教導連，由馬仲英的弟弟馬仲傑任連長，專門培訓優秀青年，準備培養為部隊的軍官。又設專門的被服廠、軍械修理廠等後勤單位，儼然從“匪”轉變為一支正規部隊。但是其部隊仍然沿用舊習，全部用綽號作為番號，如“牛肉團”、“歪嘴團”、“黑鷹團”、“是非團”、“棗騮團”、“鴨子營”、“黑漢旅”等，其騎兵以馬的毛色編隊，如“黑馬隊”、“白馬隊”、“花馬隊”、“棗騮隊”等，依然一副流寇作風。後來經過馬仲英大力整頓，強征當地農民子弟入伍，得眾3000，編為2個旅，由馬仲傑（馬仲英的弟弟）和馬虎山（馬仲英的姐夫）分別擔任旅長。從此軍容整齊、指揮統一。
1932年，金樹仁任用盛世才進剿和加尼牙孜的哈密軍。和加尼牙孜再次請馬仲英入疆。馬派手下馬世明、馬全祿率部進入新疆，分別攻占吐魯番和襲擊迪化。
新疆督辦盛世才馬全祿攻迪化不克，遂轉而四處襲擊迪化郊縣，盛世才率軍回守迪化，經常被馬全祿的四處騷擾搞得疲憊不堪，往往是一處戰鬥未完，另一處戰鬥又起，疲於奔命。這種局面正是馬仲英所希望看到的。馬仲英自從第一次入疆後，潛心研究再次入疆的計畫，馬全祿在迪化四郊的游擊戰，正是實現這一計畫的關鍵。
當時的新疆3月，兩路大軍開始行動，堯樂博斯的南路一路未經歷大的戰鬥，順利占領了吐魯番。但是馬仲傑（馬仲英寵愛有加的弟弟）的一路卻不太順利，馬仲英自哈密出發後，沿途張貼《為討伐金樹仁告新疆民眾書》，羅列金樹仁十大罪狀，宣揚36師“奉中央命令”“志在排解糾紛，挽救危局，使同胞出水火之厄”，號召當地民眾支持自己，因時政府主席，由於盛世才把持新疆省軍大權，在政變關鍵時刻又支持政變，因而被推選為新疆督辦。
決戰紫泥泉
1933年1月，馬仲英率領6000多人進軍新疆，占領新疆東部。4月12日，迪化金樹仁手下的歸化軍（白俄軍隊）和東北抗日義勇軍舊部反叛，推盛世才為新疆督辦。盛世才被推選為督辦後，馬上就讓人感受到他的陰冷風格。首先他派人與馬全祿的部下馬德祥勾結，用高官厚祿相利誘，唆使馬德祥殺死馬全祿，進而收編馬全祿餘部2000多人，從而消除了威脅迪化的一大威脅。然後盛世才又利用馬仲英和和加尼牙孜因為分配戰利品而發生的分歧和矛盾，以劃分南疆給和加尼牙孜為代價，誘使和加尼牙孜與馬仲英脫離關係，這樣和馬聯盟瓦解，馬仲英從此失去了當地部分少數民族頭目的支持，這成為後來馬仲英無法在南疆立足的重要原因，由此可見盛世才的謀略。紫泥泉位於孚遠和阜康之間，阜康距離迪化十分近，在孚遠通向阜康的大路上有個三台鎮，三台的西邊就是紫泥泉，這裡是從哈密經不放鬆軍事防備。從5月開始，盛世才開始調集大批省軍向阜康方向集中，到6月中旬，先後抵達紫泥泉地區的部隊有：
1933年馬仲英入疆時 36師軍隊照片第二路軍指揮官柴秀齡，兵力900人
第三路軍指揮官巴平古特，這是在迪化的白俄歸化軍主力，兵力有1000人
第四路軍指揮官劉萬奎，綽號劉快腿，原來是東北土匪，後跟隨蘇炳文率部下抗日，失敗後經蘇聯進入新疆。兵力有500人
第五路軍指揮官張毓秀，兵力750人
第六路軍指揮官哈良玉，兵力700人
炮兵指揮官楊炳森，兵力300人
敢死隊指揮官白玉，兵力400人
機槍隊指揮官王丕綱，兵力260人
此外還有裝甲車隊、輜重隊、衛生隊和無線電台等。
馬仲英部大約有7000多人，駐紮在哈密、奇台和孚遠一線。在5月占領孚遠後，新疆臨時政府曾經與馬仲英進行接觸，商談和平解
當時的新疆1933年6月7日，盛世才手下的歸化軍從阜康開始向紫泥泉方向推進，同時，已經和盛世才有密約的和加尼牙孜也開始帶領部下脫離馬仲英向紫泥泉移動，馬仲英為了保護孚遠外郊，被迫推進到紫泥泉，於6月8日晚到達並開始布防。馬仲英打算利用紫泥泉村進行掩護，進可攻擊，退可防守。而盛世才的戰術打算利用自己優勢兵力，直接進攻當面對手，並在這一地帶對馬仲英進行包圍而加以殲滅，為了實現這個戰役目的，盛世才制定了如下作戰方案：
以第四路劉快腿部加機槍兩連並鋼甲車隊，占領乾溝南北，誘使馬軍進攻，然後堅決就地抵抗阻擊；第三路歸化軍之騎兵掩護第四路的右翼，第六路騎兵掩護第四路左側，當全線總攻時兩支騎兵威脅馬軍兩翼並包圍敵軍；第五路、第二路為二線部隊，其中第五路沿公路右線攻擊前進，第二路則沿公路左線進攻，隨時援助第四路發起中央進攻；第一路和敢死隊、其他機槍隊為總預備隊，同時炮兵受命集中炮火炮擊紫泥泉村，掩護步兵推進。
4月12日下午4點30分，劉快腿部開始與馬仲英部隊發生接觸，雙方立即開始激烈交戰。馬仲英的部隊氣勢兇猛，潮水般一批批沖向省軍陣地，省軍用機槍和裝甲車等重火力頑強抵抗，然而馬軍不在乎兵員傷亡，沖在前面的人剛剛被射中倒下，後面就有更多的人補上，給省軍造成很大的心理壓力，省軍陣地數度被馬軍騎兵突破，盛世才在前沿指揮作戰險些被活捉。盛世才後來心有餘悸地回憶說這是他一生中最危險的一仗。但是負責堅守省軍中央陣地的劉快腿500精兵發揮了極大作用，劉快腿的部下多為他當年在東北做土匪時訓練的神槍手，槍法嫻熟，百發百中，彈無虛發。每次馬軍騎兵從兩側突破陣地時，都被這些槍手準確的射擊命中騎手頭部而斃命。如此交戰不久，馬軍即傷亡達400餘人。馬軍第一線士兵多為進入哈密後補充新兵，戰鬥力不如跟隨馬仲英入疆的3000甘肅子弟兵，此時見傷亡巨大，開始畏縮不前，省軍趁機開始發起總攻，前進到紫泥泉村附近，雙方又發生激戰。馬軍二線部隊部署在村莊周圍，開始頑強阻擊省軍的進攻。不久，天色漸暗，陰雲密布，大雨滂沱，並不時突降冰雹，氣溫驟然降至零度以下，士兵無法繼續戰鬥，省軍遂停止進攻，雙方對峙了一夜。
馬軍出奇台均配發單衣褲，在當夜雨雪紛飛中，凍死很多，即使挺過寒夜者也是雙手凍僵，幾乎無法繼續持槍射擊。而省軍士兵配發皮衣，因而能夠堅持。第二天拂曉，修整了一夜的省軍又一次發起猛烈攻勢，不給馬軍絲毫喘息的機會。戰鬥開始不久馬軍又傷亡200多人，馬仲英衛隊營近500人原為省軍，在孚遠投降馬仲英，無力再戰，當即藉助天色昏暗於陣前投降省軍，致使馬軍陣地出現一個大缺口，防線隨即崩潰，馬軍全軍潰退。馬仲英率自己從甘肅帶進新疆的3000士兵，沿公路一路東逃，經木壘河翻越天山南下吐魯番。省軍追兵則於14日勝利占領奇台。
此次戰鬥，盛世才大獲全勝，擊斃馬軍600多人，繳獲槍枝1000多支，子彈30000多發，自己僅有300人的傷亡。馬仲英南逃吐魯番卻是出乎盛世才的預料，盛世才在戰鬥勝利後命令參謀長陳中率騎兵追擊，原以為馬仲英會東撤哈密，然後背靠自己甘肅的老地盤，進可攻，退可守，如此以來，其仍然是新疆治安之大患，卻不料馬仲英會南下。
馬仲英之南下的確令人費解，縱然吐魯番有馬世明活動，但也斷不可自絕退路，喪失迴旋餘地。況且與和加尼牙孜決裂後，已經失去大半當地民眾的支持，再南下吐魯番，無疑自尋死地。如果是擔心和加尼牙孜會在哈密斷其後路，那倒不必，因為哈密當時還有馬軍數百駐紮（這些官兵在馬仲英南下後歷盡千辛萬苦回到甘肅，隨即被馬步芳繳械遣散），而且和加尼牙孜主力也在紫泥泉附近做壁上觀，哈密實際並沒有多少兵力。因此解釋他的南下，只能是其年輕氣盛，為了顏面不願回甘肅寄居馬步芳籬下而已。此後馬仲英盤踞吐魯番，糾集力量再戰迪化，雖然聲勢浩大，但一遭失利，則前後退路全無，只得狼狽西去，為最後的失敗埋下了伏筆
和平談判
為馬仲英工作的日本人大西忠盛世才為了東路與馬仲英的交戰，與黃慕松見面後匆匆離去，但他遍布迪化的耳目卻在時刻監視著黃慕松的一舉一動。紫泥泉戰鬥後，盛世才在奇台捕獲了跟隨馬仲英入疆的日本人大西忠，大西忠，化名於華亭，根據當時在馬仲英部擔任高級參謀的楊波清回憶，大西忠精通破譯電報密碼，在經甘肅去新疆途中被馬部士兵擒獲，後留在36師參謀部專門負責情報工作，由於此人漢語不流利，很多人懷疑他是日本間諜。馬仲英從奇台敗退時，專門命令軍法處四處搜殺此人，但由於大西忠躲藏起來未果。盛世才捕獲大西忠後，利用大西忠破譯了黃慕松與南京國民政府的來往電報，因而對黃慕鬆了如指掌。
盛世才攫取412政變的果實後，憑藉軍事實力逐步排擠412政變發起人，勢必引起這個集團的不滿。當初發起推翻金樹仁政權的督辦行營參謀長陳中、省政府秘書長陶明樾，省軍航空學校校長李笑天等人在黃慕松到來之後，紛紛向黃慕松靠攏，希望通過中央大員的渠道取得國民政府的支持，從而限制盛世才權利的膨脹。同時黃慕松為了實現國民政府的意圖，精心炮製了一個撤督辦成立軍事委員會的方案，也就是撤消盛世才為督辦的新疆邊防督辦公署，代之以新疆軍事委員會，容納和加尼牙孜、原金樹仁政權殘餘、入疆之東北抗日義勇軍、馬仲英、伊犁屯墾使張培元等為委員，以盛世才為委員長。黃慕松希望通過這個方案即限制盛世才的權利，又可以平息遍及全疆的動亂。但是黃慕松的一廂情願與盛世才的打算有著根本的差異。盛世才拋棄國民革命軍參謀部的工作來新疆就有野心，不到3年眼見已經成為半個新疆王，自然不會撒手。
1933年6月下旬，盛世才突然停止追擊馬仲英。匆匆帶親信部隊返回迪化。6月25日傍晚以開會名義將陳中、陶明樾、李笑天三人擒獲，隨即當場槍決。這一血腥手段果然收效顯著，新疆臨時省政府主席劉文龍嚇的嚎啕大哭要求辭職，省府辦公人員一致向黃慕松要求收回撤除邊防督辦公署的計畫。另一方面，盛世才暗中指示手下四處散布黃慕松與馬仲英勾結，同時又公開宣布大西忠實為日本間諜，馬仲英乃“日本帝國主義走狗”，言外之意黃慕松與馬仲英接觸實際是在為日本帝國主義張目。這一點十分重要，因為此時從塔城輾轉回國的東北抗日義勇軍正在陸續向迪化集中，準備回撤關內繼續抗日，此言論一出激起果然東北義勇軍義憤，後來從蘇聯歸來的義勇軍大部分留在新疆捲入了內戰，在隨後不到半年的戰爭中，付出了約5000人的生命，但是接著盛世才統治新疆的10多年中，喪生於盛世才黑暗統治中的竟多達10000餘人，這不能不說是東北抗日義勇軍的悲哀，也使人更加痛恨盛世才的陰險狡詐（1944年盛世才回內地後，原東北義勇軍舊部為報仇，四處尋機刺殺盛世才，搞得他深居簡出，即便後來隨國民黨敗軍逃至台北，也輕易不敢拋頭露面，義勇軍舊部殺盛世才不成，轉而去蘭州將盛世才岳父一家老少滿門刺殺，還在牆壁上用鮮血寫道：十年冤仇一日雪，可見盛世才在新疆激起民憤有多大）。
殺害412政變領導人後，黃慕松便被盛世才軟禁在迪化，威逼之下黃慕松只好向南京拍發電報：“新疆僻處強鄰，情形複雜，隱憂四伏，非定重心難期安靜。查臨時督辦盛世才，臨時主席劉文龍，辛苦維持，業經數月，擬請中央既予真除，庶名位既正，責任更專，有裨時局，殊非淺鮮，伏祈鑒核，迅賜發表，以定人心”，心滿意足的盛世才方釋放黃慕松。
新疆事態的急劇變化，尤其是盛世才槍殺三人震驚全國，一時間輿論譁然，連蔣介石和汪精衛都不得不紛紛表態，發表對新疆時局的看法，時任南京國民政府行政院長的汪精衛在1933年7月10日提出了解決新疆問題的三大原則，第一是外交要統一於中央；第二是軍事要統一於中央；第三是宗教要自由，民族要平等。馬仲英於7月11日致國民政府，表示服從中央。盛世才、劉文龍也在7月20日致電蔣介石和汪精衛表示服從。於是南京國民政府於1933年8月1日行政院第118次會議上無可奈何地任命劉文龍為新疆省主席，盛世才兼邊防督辦，張培元兼伊犁屯墾使及陸軍新編第八師師長。
盛世才殺害陳中等三人，震懾了迪化反對自己的異己，又軟禁了黃慕松，遂又開始考慮對付心腹大患馬仲英。馬仲英自紫泥泉敗退吐魯番後，養精蓄銳，一方面東出鄯善，圍攻奇台；另一方面派遣馬世明重新返回迪化近郊騷擾，同時命令早先進抵阿山附近的馬赫英進逼塔城，還分出少量兵力西去喀什，意在創造更大的地盤。馬世明返回南山後，派人刺殺了早先反叛的馬德祥，糾集舊部再次騷擾迪化郊區。盛世才再次調派東北義勇軍和歸化軍在水西溝一帶圍剿馬世明，馬世明一戰即退，1933年7月9日伏擊追擊的東北義勇軍，擊斃了其指揮劉快腿，迪化局勢再度緊張起來。
迫於內外壓力，盛世才被迫施展手腕，假意與馬仲英和談，這和兵困馬乏的馬仲英不謀而合。雙方代表先後在吐魯番和迪化多次會晤，其中馬仲英代表張雅韶還與盛世才在迪化徹夜長談。盛世才提出任命馬仲英為東疆警備總司令，指定哈密為其防區，而馬仲英卻提出南北疆分治，馬占南疆，盛占北疆，各不相犯。雙方分歧很大，和談一度陷於僵局。
汪精衛三條準則公布後，態度強硬的馬仲英突然轉變，因為國民政府已經正式承認了盛世才的地位，同時也沒有忘記遠在伊犁的張培元，而唯獨沒有提及馬仲英，馬仲英雖然年輕，但也知道再固執己見則師出無名，因此他完全接受了盛世才提出的和平條件。
然而歸順盛世才的和加尼牙孜卻仍然在託克遜一帶繼續和馬世明交戰，馬軍一舉殲滅和加尼牙孜大半，和加尼牙孜狼狽退往焉耆。盛世才見勢不妙，連忙派員攜巨款趕去犒賞，但和加尼牙孜部下戰鬥力低下，不久又被馬世明擊敗，被迫逃去庫車。馬仲英對和加尼牙孜進攻馬世明十分惱怒，認為是盛世才故意指使，於是藉故不肯離開吐魯番去哈密赴任。
在盛世才和馬仲英相互猜忌的時候，1933年9月2日，南京國民政府外交部長羅文乾抵達迪化，羅文乾此行名義上是視察新疆事務，事實上是想繼續履行黃慕松未完成的任務。9月8日，羅文乾在迪化參加了盛世才和劉文龍的就職儀式，9月9日即匆忙趕赴吐魯番與馬仲英會商，9月13日，說服了馬仲英的羅文乾趕回迪化通過電報向南京行政院匯報情況。9月19日南京行政院第116次會議上再次討論新疆事態，9月26日行政院第127次會議，由汪精衛主持，最終對新疆省政府進行了改組，任命劉文龍、盛世才、張培元、朱瑞墀、馬仲英、和加尼牙孜等13人為省府委員，這個名單後經國民黨中央政治會議第377次會議認可，由行政院發表。
然而盛世才對此頗有微詞，在羅文乾赴吐魯番會晤馬仲英的時候，盛世才就明確反對任命馬仲英為省府委員，9月15日，羅文乾即將離開迪化回內地的時候，盛世才突然召開了一個軍事會議，在會議上，以歸化軍巴平古特為首的主戰派氣焰囂張，這恰好和盛世才內心想法相符。於是會議一結束，盛世才突然將馬仲英派駐迪化的代表張雅韶等三人拘押，1933年9月16日盛世才向南京國民政府發報，把挑起戰爭的罪過推給馬仲英，使羅文乾長時間辛苦奔波的和平斡鏇結果化為烏有，後來羅文乾對採訪的記者哀嘆道：“余至此束手無策，功虧一簣，良堪嘆息。”
其實對盛世才不滿者並非馬仲英一人，早先被金樹仁撤去東路剿匪總指揮此時在伊犁割據一方的張培元也強烈反對盛世才。9月28日，借道蘇聯返回內地的羅文乾來到伊犁，為張培元舉行就職儀式，儀式後羅文干將和平要求向張培元全盤托出，希望張培元與省方合作，團結一致。而張培元毫不留情地回答：“我就不讓盛世才當邊防督辦，其他的事情什麼都好談。”在馬仲英、張培元、盛世才之間攪的筋疲力盡的羅文乾力不從心，只好悻悻繞道西伯利亞返回內地。羅文乾在回南京的途中，於天津火車站對記者談及新疆和平破裂的經過和情形說：盛世才於1933年9月15日突然召開軍事會議，決定對馬宣戰，並突然在宴席中拘捕馬仲英派去和談代表等三人，致使和平無法維持，戰火不可避免。
盛馬大戰
盛世才突然扣押張雅韶等和談代表時，馬仲英正在焉耆與馬福元商討想南疆晉軍的問題，3天后馬仲英返回吐魯番得知訊息，怒不可遏，隨即號召手下官兵，準備與盛世才決一死戰。馬仲英十分清楚經過紫泥泉大戰後，單憑自己的力量無法戰勝盛世才，於是他有計畫地與同樣和盛世才有矛盾的張培元合作。羅文乾西去伊犁後，馬仲英的代表隨後也面見張培元，果然張培元同意馬仲英的計畫，雙方商定夾擊迪化，推翻盛世才。此時的馬仲英占據新疆廣大地盤，從哈密經鄯善、吐魯番直到焉耆，另外馬赫英的勢力從鎮西向北沿外蒙國境直達阿山南部，而馬世明的勢力則越過達坂城滲透到了柴窩堡。盛世才的防守地區也只是東到奇台、西達塔城而已。1933年10月9日，馬仲英在吐魯番舉行閱兵視事大會，宣布要消滅盛世才，而盛世才不甘示弱，第二天在迪化通電全國討伐馬仲英。10月早先趁盛世才與馬仲英大戰迪化南山時已經占據阿山的馬仲英得力部下馬赫英此時得到馬仲英的命令，指揮2000人馬大舉南下圍攻塔城，就此第二次盛馬大戰開始。
戰爭開始，形勢對盛世才十分不利，鎮守塔城的陳繼善連發急電求援，稱塔城在馬軍包圍下已三日，“形勢危急，若無援軍，後果難料”。盛世才慌亂中調遣督辦公署參謀長劉斌率領歸化軍增援塔城。1933年10月12日盛世才在迪化百姓的歡送下浩浩蕩蕩出發，兵分兩路，一路出奇台經七角井攻擊鄯善，企圖切斷馬仲英返回哈密、甘肅的退路。另一路則有盛世才親自指揮直攻通向吐魯番的門戶達坂城。
馬仲英得到盛世才大軍來犯的報告，命令駐紮達坂城的沒指頭團長（綽號）迅速占領附近高地固守，同時他親自率領步兵一個旅，會同駐紮託克遜的馬彥良騎兵一團抵達達坂城，憑藉高地實施防禦戰。10月13日，雙方部隊分別緊張構築工事備戰。15日清晨，省軍開始發起攻擊，盛世才仍然使用東北義勇軍做先鋒，猛烈攻擊山灣的馬軍山頭陣地。馬軍居高臨下，槍炮齊發，打得進攻省軍傷亡慘重，被迫撤回。裝甲車、山炮、輜重等作戰器械慌忙渡過孔雀河，歸化軍的裝甲車因為載重過重，竟然把橋樑壓垮，而後續車輛陸續到來，士兵忙不擇路，紛紛搶先過河，交通擁擠不堪。馬軍騎兵追到河邊，很多省軍潰兵繳械投降，成建制投降的就有2個連之多。此戰馬仲英繳獲了山炮4門、裝甲車1輛（由於缺乏燃料，後在戰場燒毀）、步槍300餘支，機槍多挺，還有大批輜重。
這場決戰，達坂城外萬餘人的對攻迅速變成一場追擊戰，馬仲英殺紅眼的騎兵從達坂城跟著盛世才的敗軍一路打到烏魯木齊城下。盛世才的裝甲車被馬仲英調到馬富元那裡，用來衝擊馬木提的騎兵。
而在塔城，馬赫英不費一槍一彈順利占領塔城舊城。10月5日，進攻新城，戰況一度十分激烈，馬軍使用雲梯，頭頂鐵鍋奮勇登城，塔城岌岌可危。幸而從迪化趕來了歸化軍黑洛夫斯基一團援兵，儘管援軍指揮黑洛夫斯基在進行巷戰時遭到馬軍士兵的狙擊身亡，還是解除了塔城之圍，馬赫英帶部下退守額敏，鏇即被隨後趕來的劉斌部擊潰。
這時盛馬雙方雖然各一勝一負，實際上盛世才方似乎更為危急，雖然劉斌解除了塔城之圍，但是盛世才在達坂城下的慘敗，使得迪化周邊戰局十分危險。1933年10月下旬，馬仲英親自率領精銳騎兵約2000人，出天山直攻孚遠，10月27日黎明，馬仲英部從城西北架設兩部雲梯開始偷襲孚遠，幸而被守軍發覺被擊退，馬軍轉而攻擊城垣東北角，又被守軍擊退。入夜，守衛孚遠的民團派出人員連夜奔阜康求援。而馬仲英在則指揮部下在城東門挖掘數條地道，試圖爆破城門並夜襲孚遠，29日下午，馬軍在東城牆北挖掘的地道順利進入城內，被巡邏守軍發現，守軍急忙使用辣椒、煙桿和茅草煙燻地道，才使馬軍利用地道的進攻戰術破產。10月30日黎明，馬軍引爆了東門下地道的炸藥，同時使用機槍掩護，開始猛攻東門。東城門在炸垮後，守軍動員數十名少年從兩側擔土填堵，一晝夜竟然將缺口封出，至此馬軍攻勢大減。不久，省軍援軍趕到，馬仲英遂悻悻撤軍。
經過半月交戰，盛世才深感軍力之不足，為了達到自己獨霸新疆的野心，他一方面在軍事上竭力阻擋馬仲英的凌厲進攻，另一方面又開始施展政治手腕，這次他的目標是蘇聯。盛世才與馬仲英的第二次戰爭開始後，盛世才便有目的地與蘇聯駐迪化總領事孜拉特肯進行密商，孜拉特肯將商談經過詳細匯報給莫斯科，同時盛世才又委派新疆外事處處長陳德立藉口去蘇聯治病，與姚雄一起於1933年10月經塔城赴莫斯科接洽。11月2日，盛世才從前線突然返回迪化，會晤蘇聯總領事，為了繼續商議細節，蘇聯特地派遣來原塔城外交特派員阿布列索夫接替孜拉特肯擔任駐迪化總領事，實際上阿布列索夫受命全權負責與盛世才的談判。1933年12月，盛世才在迪化與蘇聯代表波哥丁簽署了秘密協定。由於此事十分機密，有關協定的細節尚無詳細的資料，根據一些當事人後來的回憶和後來發生的事件來看（如大衛·達林的《蘇聯與遠東》），此協定涉及的範圍相當廣泛，大致有以下：
1、蘇聯援助盛世才價值300萬盧布的軍火，其中包括30架飛機（包含機組人員）、機槍、步槍、通訊器材等軍火和戰時物資。
2、蘇聯承諾蘇聯紅軍在盛世才認為條件許可的時候入疆平息馬仲英及其他人員的叛亂
3、新疆統一給於蘇聯在新疆開採礦山、石油和金礦的讓與權
4、新疆統一蘇聯由朱古察修築一條鐵路到迪化
5、新疆可以保留歸化軍，但對個別仇恨蘇聯政權者需要加以清洗，其職務應由蘇聯代表同意的軍官代替
6、新疆必須清除對蘇聯懷有敵意的政府官員
7、新疆應當推行和扶植共產主義觀念
這些條款也是根據後來事態的發展和一些當事人回憶錄中顯露的蛛絲馬跡來推測的，盛世才在1942年7月7日給蔣介石的信中也坦然承認曾經向蘇聯求援，但是他一口否認求援同時的附加條件，儘管如此，盛世才自己在回憶錄《牧邊瑣憶》也承認蘇聯在新疆取得的許多權益包括開採獨山子油礦，都是沒有正式文字協定，而只有口頭承諾。
作為與蘇聯有著漫長國境線的新疆，在政治、經濟上都有密切的聯繫，中國近、現代新疆歷史重大事件，無不帶有蘇聯的印記。根據張培元妻妹的回憶，早在盛世才與蘇聯接洽之前，蘇聯就曾經與獨霸伊犁的張培元進行過接觸，蘇方暗示只要張培元與蘇聯合作，蘇聯可以幫助其推翻盛世才從而扶持張培元，張培元雖然是一介武夫，卻知道民族大義，斷然拒絕說：“（與盛世才的矛盾）是我們中國人的家事，斷無外人插手的可能！”從維護國家統一的觀點上，張培元雖然後來兵敗自殺，在人格上可圈可點。
馬仲英也曾經與蘇聯進行過接觸，從馬仲英身邊高參大多來自蘇聯留學生上來分析，以及後來馬兵敗後進入蘇聯來看，這種說法似乎比較可信，有資料顯示，馬赫英進入阿山和塔城後，受馬仲英的命令先後多次與蘇方聯繫，試圖說服蘇聯支持馬仲英推翻盛世才，但是此時的盛世才利用大西忠大造輿論，宣揚馬仲英實為日本帝國主義在新疆的走狗，令蘇聯疑竇頓生，此事最後不了了之。
1933年年底，莫斯科塔斯社多次發表社論，評論新疆局勢，言日英兩國激烈爭奪新疆，均有征服中亞進而進攻蘇聯的打算，蘇聯紅軍將在尊重中國主權的情況下幫助新疆地方政府平息局勢。而盛世才在新疆遙相呼應，大罵馬仲英為日本帝國主義的走狗。1933年12月9日，南京《救國日報》登載了張培元致南京國民政府的電報，電報稱伊犁新編第八師已經截獲了蘇聯運給盛世才的第一批軍用物資，其中包括有服裝、槍械、彈藥、火炮等，並言盛世才以阿山、塔城兩地做抵押，第二批物資正在途中，不久便到。馬仲英派駐南京的代表也稱：盛世才已經與某國訂有密約。因此莫斯科12月11日塔斯社電稱，中國報紙所登載的已將新疆土地割讓給蘇聯的密約訊息，蘇聯政府當局已就此授權塔斯社予以“切實否認”。
盛世才緊張與蘇聯密商的時候，正值馬仲英圍攻孚遠，塔城附近的馬赫英雖然被迫解除了對塔城的圍攻，但其人馬基本未受損失，此時再次與馬仲英的軍事行動遙相呼應，突然派遣副總指揮李福興率主力偷襲綏來，一時間西線吃緊，劉文龍一天四次向正與馬仲英對峙的盛世才拍發告急電，通報西路危急，迫使盛世才不得不撤回迪化，再次命令督辦參謀長劉斌從塔城進攻李福興，劉斌率領東北義勇軍和歸化軍果然不負盛世才眾望，經過激戰，李福興指揮的烏合之眾抵擋不住劉斌久經百戰的部隊進攻而瓦解，李福興本人也被生擒斬首，馬赫英帶殘部3000逃向綏來，在呼圖壁西南石梯子被劉斌部悉數殲滅。1933年11月23日馬赫英由於傷勢惡化而死。
馬赫英之死，是馬仲英的戰略上失敗的第一步，盛世才解決了馬赫英，已經牢牢控制了北疆。同時劉斌的部隊開始從塔城向伊犁步步緊逼，試圖逼迫張培元就範。軍事上取得勝利的盛世才又開始整肅內部，他在迪化炮製了一系列所謂的“陰謀暴動案”，藉以打擊內部“不穩定分子”，“扣押了陰謀叛亂分子，消滅了與張馬兩逆裡應外合的危險。”事實上這些所謂的“陰謀”案件內被逮捕的人員大多是參加412政變的舊官員，包括東北義勇軍大多數指揮員和歸化軍頭目，如東北義勇軍將領鄭潤成、楊耀均、蘇國、楊炳森、李丹初；歸化軍指揮巴平古特、格里米肯等數十人，其中鄭潤成為黑龍江抗日救國軍第15旅旅長，蘇國為黑龍江抗日救國軍總部參謀長，楊耀均為吉林抗日自衛軍總部參謀長，楊炳森為吉林抗日自衛軍炮兵指揮，這些人後來在1939年左右均被盛世才秘密處死。就連新疆省政府主席劉文龍也被盛世才誣陷為“企圖謀刺”而被囚禁長達10年之久。無論盛世才這一行為是否是與蘇聯密約的一部分，藉此舉徹底清除反盛勢力，從而建立起以盛世才為中心的集權制獨立小王國，卻是盛世才關鍵的一招。
盛世才軍事上的步步緊逼和政治上打擊異己，令伊犁張培元十分不滿，張培元隨即發表告新疆全體民眾書，宣稱要與馬仲英合作，在新疆南北實行分治，並徹底消滅盛世才。1933年12月27日，張培元在伊犁發表通電，自封為北疆總司令，表示與南疆總司令馬仲英聯合討盛。但是由於當時通訊手段落後，馬仲英並不知曉張培元的舉動。
自1933年11月開始，幾個月時間裡，馬仲英的軍隊從烏魯木齊開始，在蘇聯軍隊的追擊下一路攻擊前進了2000餘里，如願以償地打到了南疆，但馬仲英終於明白，他不可能在這裡招收50萬士兵征服全中國後再去征服蘇聯了。這不再是成吉思汗縱橫天下的時代，個人的武勇和神奇所能收穫的東西非常有限。
1934年1月1日，張培元部攻陷塔城，繳獲了蘇聯運送給盛世才的大批槍械，並擊斃了盛世才派到塔城負責守備的原迪化警備司令邢占元。隨後張培元主力楊正中旅開始向迪化方向攻擊前進。盛世才連忙委任剛殲滅馬赫英部的劉斌為伊犁代理屯墾使兼討逆軍總司令，指揮歸化軍第二團、第四團、東北義勇軍於旅、武團、汪、閻二營共3000多人，從綏來向烏蘇進發迎擊張培元。這時應盛世才的要求，經過精心準備的蘇聯紅軍兩個旅，詭稱“阿爾泰軍”（意思是從阿爾泰募集的歸化軍）從葦塘子進入塔城，掐斷了伊犁與前方張培元軍的聯繫，同時蘇軍一個加強團，詭稱“塔爾巴哈台軍”（意思為從塔城募集的歸化軍）從霍爾果斯進入伊犁，直搗張培元的老巢。進入伊犁的蘇軍炸毀了惠遠城南北兩座城門和火藥庫，拔除了張培元的大本營，逮捕了各級官員。在蘇軍入疆參戰的鼓舞下，劉斌部在呼圖壁三道河子相遇楊正中旅，楊旅軍心渙散，大部分官兵不戰而降。楊正中只得帶殘部退守精河。而張培元在伊犁遭到蘇軍釜底抽薪雷霆一擊，頃刻瓦解，張培元見大敵東西夾擊，大勢已去，情急中準備從伊寧翻越天山逃亡阿克蘇。
1934年1月6日走到鐵板溝，突降狂風大雪，饑寒交迫中隨從士兵紛紛逃回伊犁，絕望中的張培元無力制止，留下遺書一封，哀嘆“一誤於羅部長，再誤於楊正中”，遂開槍自殺。楊正中得知張培元自殺訊息，欲率殘部奪回伊犁，而蘇軍大部隊隨即猛烈攻擊，楊正中寡不敵眾，只得翻過天山進入南疆，後來他們在庫車加入了西逃的馬仲英部，楊正中則輾轉逃到敦煌。1934年1月20日，省軍開進伊寧，盛世才任命劉斌為伊犁屯墾使兼伊犁警備司令，宮振翰為伊犁區行政長，進入伊犁的蘇軍自行撤回，而張培元的新編第八師殘部被盛世才改編為新疆邊防軍第七旅，自此張培元勢力在短短20天的時間內土崩瓦解，令南京國民政府和世人目瞪口呆。
馬仲英並不知道張培元失敗的訊息，張培元通電討盛的時候，馬仲英派駐迪化準備與盛世才談判的代表蘇繼善得知訊息，星夜返回吐魯番向馬仲英匯報。馬仲英認為這是千載難逢的好機會，於是在1934年1月12日晚指揮萬人突然包圍迪化，準備速戰速決，一舉消滅盛世才。
盛世才在迪化親自任城防總司令，任命楊耀均為前敵總指揮（後以哈玉良接替），在烏拉泊、倉房溝部署別克迭耶夫為旅長的歸化軍兩個騎兵團，在大灣、寧夏灣、飛機場一帶部署了張風儀、尤得勝、孫慶麟、蔣有芬的部隊，命令孟熙步兵旅會同一個團守衛紅山、六道灣、鹼泉子溝、水磨溝，楊樹堂旅守衛西大橋，盧毓林和商團守衛南關和西關，督辦公署教導營和軍校學生、中等師範學生守衛漢城和滿城，盛世騏指揮衛隊團負責護衛督辦公署。省軍在迪化駐軍約有9000人，加上各大中學校學生、商團、民團總數大約有2萬之眾。1934年1月12日晚，省軍防守部隊與馬仲英主力在迪化郊區芨芨槽子激戰竟夜。省軍不支退守城區，13日凌晨，馬軍已經將迪化圍得如鐵桶一般，馬軍騎兵勢不可擋，潮水一般猛攻南梁，省軍則頑強阻擊，雙方各不相讓，打的難解難分，傷亡都很慘重，形成了對峙局面。
1月16日，馬仲英見南梁進攻進展不順，便集中力量轉而攻擊省軍防守薄弱的飛機場、無線電台等地，17日凌晨兩地均被馬軍順利占領，省軍防線出現了一個大缺口。17日上午，由於省軍主力當時都在城外設防，迪化城內空虛，情急之下盛世才組織大批學生臨時參戰守衛城池，並緊急組織民團、商團3000多人，僅發放長矛、斧頭登城防禦。同時再次緊急請求蘇聯紅軍援助。據盛世才當時的副官趙劍鋒回憶：在馬仲英圍攻省城的三十多天中，盛世才每隔一兩天就在夜晚派車接蘇聯駐迪化總領事阿布列索夫到督署商談軍事，主要是促請蘇聯政府出兵幫助之事。
馬仲英占領飛機場時，奪取了一架飛機，馬仲英隨即強迫駕駛員張緒芝駕駛飛機，馬坐飛機上持槍威脅駕駛員向盛世才的督辦公署投彈，張緒芝無奈投出三枚手榴彈，同時還投下勸降的傳單，均未起到絲毫作用。
1月18日，蘇聯紅軍從塔城派出飛機前來援助盛世才，這些飛機使用重型炸彈不間斷轟炸馬軍陣地。當時參與轟炸的蘇聯飛行員亞歷山大巴爾敏回憶說：“我們奉政治局的命令，運送一些飛機和炸彈到新疆邊境，在那裡停留了一些時候，因為通迪化的公路被叛軍阻斷，最後由駐紮在那裡的紅軍空軍負責這項運輸，他們把我們運交盛世才的貨物交付了，辦法是將炸彈直接投擲到迪化周圍的叛軍頭上，並將飛機直接降落在這一圍城的機場。我奉命將炸彈以及其他貨物的清單交給盛世才。這一來盛世才可以打擊其敵人並使伊斯蘭教陣營中的纏回不敢有所行動了。”蘇軍的轟炸收效極大。此後凡是晴天，蘇軍飛機就成群結隊進行轟炸，給馬軍造成很大傷亡。1月19日凌晨，馬仲英集中優勢兵力，利用蘇軍飛機未到的時間，突然對南梁發起猛攻，守衛在這裡的省軍不支潰退，危急中盛世才趕到前沿，接連親手槍決了三名潰兵，才震懾了全軍，穩定了防線，潰散的省軍在盛世才的威逼下拚死一戰，在增援來的歸化軍援助下又搶回了丟失的陣地。一天惡戰後，馬軍傷亡高達千人，再無氣力對迪化發起大規模進攻。
消滅東突
“東突厥斯坦伊斯蘭共和國”旗幟11月13日上午，他們在喀什升起了所謂"國旗"，又召開了所謂"民眾大會"和懸旗典禮。再以沙比提大毛拉為首的"政府成員"步入會場，登上主席台後，大會主持者宣布"東突厥斯坦伊斯蘭共和國"正式成立。拼湊了組織機構，總統為和加尼牙孜阿吉，國務總理為沙比提大毛拉，還設內政部長、外交部長、軍政部長、財政部長、教育部長、農商部長、衛生部長等。這是一個封建神權與君權相結合，由反動的宗教上層主政的分裂主義政府。這個分裂政府成立後，沙比提大毛拉派出大批代表，周遊列國，四方乞討，妄圖得到外國承認和國際輿論支持。這些代表分別到過印度、阿富汗、伊朗、英國、美國、德國、義大利、蘇聯等國，要求那些國家對他們的"政府"在政治、經濟上給予承認和支持，尤其給予軍事援助。這些分裂分子實行極狹隘的民族主義政策，製造"東突厥斯坦"是操突厥語系民族居住地的謬論，妄圖把漢族和回族人民逐出新疆。由於馬仲英勢力對他們造成極大的威脅，他們特別仇恨回族，眾多漢、回百姓死於非命。
馬占倉是焉耆回族，是馬仲英在喀什的代表，他與喀什原行政長官馬紹武合作，得到了兵源和武器補充，他們與分裂分子勢不兩立，曾與分裂武裝幾次交戰，被分裂武裝圍困在疏勒城長達11個月。
1934年1月，馬仲英與盛世才交戰敗退南疆後，為了給被東突圍困在疏勒的馬紹武、馬占倉的回族部隊解圍，派部將馬世明、馬福元、鮮福海從阿克蘇向喀什分裂政府進攻，他們在巴楚、伽師相繼擊敗了東突軍隊。1934年2月6日，馬仲英部又擊潰了圍攻疏勒的沙比提大毛拉及穆罕默德·伊敏的軍隊，為困守11個月的馬占倉、馬紹武解了圍。3月28日，馬福元、馬紹武、馬占倉率部聯合向盤據疏勒附近的"東突厥斯坦伊斯蘭共和國"的部隊發起總攻。沙比提大毛拉的士兵多為強征來的四鄉農牧民，未經嚴格訓練，在久經沙場、訓練有素的馬仲英部隊的攻擊下被打得丟盔棄甲，一敗塗地。"東突厥斯坦伊斯蘭共和國"當即土崩瓦解，其政府首腦或被捕，或者率殘兵敗將落荒而逃。這時候"東突厥斯坦伊斯蘭共和國"已名存實亡了。
"東突厥斯坦伊斯蘭共和國"自成立到滅亡，不足半年。這個分裂祖國統一，破壞民族團結的政權一出籠，立刻遭到新疆各族人民的反對。馬仲英占領喀什後，穆罕默德·伊敏退回和闐，又建立所謂"和闐伊斯蘭王國"。7月中旬，馬仲英帶少數隨從去蘇聯學習，部隊交給馬虎山開往和闐，"和闐伊斯蘭王國"也隨之被消滅。穆罕默德·伊敏逃亡印度，至此，南疆出現的分裂政府徹底滅亡。
前往蘇聯
馬仲英到喀什之前，駐喀什的外國使節爭相前往迎接，英國領事尤為熱情，想拉攏馬仲英倒向英國，馬仲英卻出人意料地接受了蘇聯領事的邀請。馬仲英後來對部下講："我們這次出關，為的是反對封建統治，反對帝國主義。這裡的情況與內地不同，新疆有幾千裡邊境與蘇聯相接，各方面都要跟蘇聯打交道。盛世才依靠蘇聯打敗我們，沙比提依靠英國被我們消滅，這說明蘇聯是真心幫助人的，英國是欺騙人的。我們要是不依靠蘇聯，也要上英國的當，這個現成的事例，難道大家還沒看清楚嗎？"盛、馬征戰有年，積怨極深，盛世才不容馬仲英染指新疆，派大部隊追來。後來蘇聯領事出面調停，開始同盛方談判，經多次接觸，雙方締結協約，馬仲英答應交出軍權，只帶少數幕僚去蘇聯學習，而留在喀什的36師由其姐夫馬虎山統領。從此結束了馬仲英在國內的軍事生涯。1934年7月中旬馬仲英由蘇方代表、蘇聯駐喀什領事館秘書康斯坦丁諾夫等人陪同，與蔡雪村、吳應祺、葛薺雲及部分青年軍官約二百八十餘人和一支近30頭駱駝組成的駝隊，攜帶大批金銀細軟由喀什起程，經烏恰縣的斯姆哈納(今屬烏恰縣吉根鄉)，從伊爾克什坦邊卡進入蘇聯。馬仲英本人學習飛機駕駛。
1935年，中國工農紅軍西路軍進入甘肅，馬仲英和蘇聯人準備迎西路軍入疆，因後來西路軍兵敗沒有成功。同年，他把一盤錄音派人帶到南疆他的新36師舊部。錄音中說：“中國目前的形勢，外患日益逼近，內政日益腐敗，賣國賊無恥地賣國，日本帝國主義毫無忌憚侵占我國領土，西北地區也到了危急關頭。我們要準備抗戰！消極就要當亡國奴！同志們，本師長不久就要領導大家向光明的大道前進！”
1935年出走蘇聯學習軍事，後失蹤。
1937年新36師徹底瓦解，被盛世才收編。
人物軼事
死亡之謎《馬仲英在新疆》一書從徵集到正式出版，歷時較長。最早追溯到1966年2月，在北京全國政協召開的第二次全國文史資料會議，在會上，甘肅省政協主管文史工作的沈副秘書長說，他們徵到不少馬仲英在甘肅活動的稿件，但馬仲英最後到了新疆，所以，馬仲英在甘肅的史料給新疆，兩省合起來出一本完整的全面反映馬仲英的史料。隨後在1966年4月，甘肅省政協把馬仲英在甘肅活動的史料寄來了，共14篇，約9萬字。不久，文化大革命開始了，政協的各項正常活動停止了，文史資料工作也停止了。到1969年底，政協清隊結束，政協機關撤銷，所有政協機關工作人員去呼圖壁縣芳草湖農場“五·七”幹校。所以文史資料稿件交給了自治區檔案館。一直到1977年政協機關恢復工作，原有的文史資料稿件又從自治區檔案館要了回來，其中包括馬仲英的史料。1980年，甘肅省政協來函，把寄給我們的馬仲英史料要了回去。
1980年召開的第三次全國文史資料工作會議，我們西北組提議搞文史資料協作，其中有馬仲英史料的協作項目。有關馬仲英在新疆的活動史料，除了楊波清撰寫的《馬仲英隨軍紀聞》外，比較完整和全面敘述馬仲英在新疆的史料是哈密地區公安處組織在押犯撰寫的《流寇馬仲英》，我們以此為基礎，廣為收集，凡是馬仲英所到之處，都作為重點來收集。馬仲英在新疆的史料，一共徵集到60餘萬字，經過篩選，出版的只有20餘萬字，應該是精選精編，而且銷售特好，2000冊書很快被銷售一空。
關於馬仲英之死，一直是個“謎”。一種普遍的說法是馬仲英去蘇聯之後學習軍事知識和技能。在第二次世界大戰中駕機與德軍作戰時殉職。但沒有人寫史料予以證實。1987年徐文學（原八路軍辦事處的幹部，已去澳洲）去甘肅臨夏馬仲英的老家調查訪問，見了1936年從蘇聯回來的馬彥良，馬仲英的髮妻馬秀英和馬仲英的兒子馬光援（1933年生），他們都不知道馬仲英去蘇聯後的情況和馬仲英是哪年死的，是怎么死的。所以，該書沒有有關馬仲英之死的史料。
大概在1990年左右，社科院歷史所的王嘉玲在歷史所看到了一本英文本的盛世才回憶錄，她翻成中文後給我看過手稿，其中大量的篇幅是為他自己辯解，歪曲事實。但我也看過盛世才訪問蘇聯的一些情況。盛世才與馬仲英是對頭，盛世才很怕史達林用馬仲英來替代他在新疆的統治。所以，盛世才一到蘇聯，就千方百計打聽馬仲英的下落。後來，盛世才居然打聽到了馬仲英已於1937年被特務告密秘密處死，而跟馬仲英去蘇聯的隨從也一併被處死。據盛世才打聽到的史實，馬仲英去蘇聯時，攜帶了大量的在新疆搜刮的金銀財寶，一些看管的蘇聯克格勃向馬仲英借錢，馬仲英都是慷慨給予，後來，他們越借越多，怕史達林知道後對他們不利，所以，這些特務在史達林面前造馬仲英是日本帝國主義走狗的謠，史達林是個多疑的人，就把馬仲英秘密處死了。馬仲英被處死後，留在新疆和田原馬仲英的新編36師也被蘇聯和盛世才給消滅了。所以，馬仲英之死和新編36師的消滅，在時間先後上也是與歷史相吻合的。
縱觀建國前的新疆歷史的演變，都與蘇聯有關。後來，盛世才投靠國民黨，與當時德國攻克史達林格勒，攻到莫斯科城下，盛世才見風使舵，耍起了兩面派的花招。但又據說，盛世才實在忍受不了史達林的高壓政策，才背叛蘇聯，投入國民黨懷抱。蔣介石對盛世才予以嘉獎，對新疆人告盛世才在新疆殺人如麻的罪行，蔣介石也就沒有再追究了。
家庭成員
馬仲英的兒子髮妻馬秀英，兒子馬繼援（1933年生）
後世影響
馬仲英在新疆的征戰為後來新疆的發展留下了深遠的影響：20世紀三十年代南疆“東突厥斯坦共和國”的覆滅離不開馬仲英。
盛世才為了抵禦馬仲英而投靠蘇聯，使新疆成了一個親共的地區。但盛世才如此行為全為形勢所迫，後來他就轉向反共。
新疆的部分“疆獨”分子的口號“殺漢滅回”口號，把同樣信奉伊斯蘭教的回族列為敵人，源自馬仲英的回族武裝和南疆分裂分子的衝突。
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斯文赫定所著《馬仲英逃亡記》馬仲英說這番視天下如無物的話時，自稱“我已經29歲了”，實際上，關於其真實年齡的幾種說法都要比29歲這個數字小得多。部分傳記認為其出生於1908年，則其時年25歲。
赫定為馬仲英的年輕和傳奇所激動，回國後寫下《大馬的逃亡》一書，並為馬仲英留下一生中僅存的兩張照片。
中國當代作家紅柯描述馬仲英傳奇生涯的長篇小說《西去的騎手》是第六屆茅盾文學獎入圍作品，雲南人民出版社出版。部分曾發表於《長城》雜誌，2000年1月。
回族歷史人物叢書之一《馬仲英》（董漢河著），1989年11月由寧夏人民出版社出版,這本小冊子共分十三節：一、少年起
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| 回族是中國分布最廣的少數民族，全民主要的生活方式為伊斯蘭，在居住較集中的地方建有清真寺，又稱禮拜寺。 |
