組織結構
虛擬配送中心是以盟主企業為核心，通過若干物流企業聯合起來執行配送任務的，每個企業執行配送作業的一個或幾個環節，其目標就是最大限度的利用社會資源，以最低的成本、最快的速度把貨物安全、準確地送到客戶手中，並通過擴大服務網路覆蓋地域範圍和增加服務內容為客戶提供“一站式”服務。
從傳統配迭中心的矩形組織結構向虛擬配送中心的網路化的組織結構的轉換，反映了配送中心的“虛擬化”的過程。虛擬組織作為一種新型組織模式，由於其活性結點的網路聯接結構、信息流驅動特徵、協作創新機制，加之有效的運作管理，使其能更好地應對複雜、不確定、持續變化的環境，是資訊時代組織的理想模式。同一般的虛擬企業的組織結構一樣，虛擬配送中心的組織結構由如下幾類主要的構件組成：
1、虛擬能力團隊（Virtual Competence Team VCT）， 它是按能力的差異劃分的團隊,該團隊並沒有明確或制度規定的任務及權責關係，僅作為網路管理的一個虛設的單位。
2、虛擬工作團隊（Virtual Working Team VWT）它是根據任務需要臨時由VCT形成工作組，在任務完成後即自動解散。
3、網路事務中心（Virtual Affairs Center，VAC）是虛擬組織的“綜台”部門，負責對VCT、VWT及整個組織網路的協調、監控、引導和對外聯絡網路事務中 EL,VAC是虛擬配送中心的核心，它負責管理和協調整個虛擬配送中心網路的正常工作，在不同的VCT中抽取符台要求的團隊．組成執行確定任務的VWT，虛擬配送中心的VAC可以由傳統配送中心通過虛擬化轉變而來，也可以是專門組織，VAC可是永久的，也可是因項目而臨時組織的。
虛擬配送中心的虛擬能力團隊VCT則是由可以完成配送相關業務的專業公司組成，這些公司可 包含若干專業運輸公司、專業加工公司、專業倉儲公司，與有關的供應商。由於虛擬配送中心可以由某一專業公司發起，這個發起公司可以承擔VAC的角色。因此這個時候，VAC與某一個VCT合二為一。
配送中心在執行某一配送任務的過程中，在VCT中的某些符台要求的供應商、倉儲公司、運輸公司與加工公司組成虛擬工作團隊VWT，在VAC的協調、控制下完成配送任務。VWT中各成員的關係是一種戰略夥伴關係，以強強聯合的方式，使VWT中的各個成員發揮各自的優勢，達到共贏的效果。
在虛擬配送中心中，正式的層次命令和控制組織結構可以被非正式的電子網路所取代，VCT會用電子連線、用整合的方式完成至關重要的活動。這些工作團隊就他們成員的正式組織結構而言應該是透明的，正式的組織圖可以與實際工作流無關。虛擬配送中心以功能分割信息的協誦網路作為配送中心的物流組織解決方案，使物流組織更為緊湊和有效。當前已存在的信息技術，已使電子化結構和協調行為成為現實。
控制特點
不同於傳統配送中心和一般虛擬企業，虛擬配送中心的計畫和控制有以下幾個方面的特點：
1、資源動態性和用戶需求動態性。在單一配送企業中，資源信息是相對靜態的，用戶的需求也是相對穩定的。而在虛擬配送企業中，企業可利用資源得到了擴展，各成員企業的資源都是動態變化著的。而提高企業服務柔性，滿足客戶即時需求又是組建虛擬企業目的之一，因而客戶需求也是動態的。這都增加了計畫和控制的難度。
2、跨企業邊界的緊密集成。虛擬配送是多個企業合作完成服務，因此服務過程要跨越多個企業的邊界。而且由於服務過程是針對每個客戶定製和直接面向客戶的，所以每個成員必須緊密合作才能保證高質量的完成任務，因而這種集成的緊密程度和對控制能力的要求又超出一般虛擬企業。
3、地域分布性。虛擬配送中心一般是以客戶為中心，由分布在不同地理位置上的物流企業組成的。地域上的分布性決定了信息集成的難度和計畫調度的難度。
4、集中一分散控制。傳統配送企業的生產計畫與控制是面向單一企業內部的集中控制，而虛擬配送企業的每個加盟成員都是獨立的物流企業，擁有對自己所有資源的獨立使用權。他們在加入虛擬企業的同時也經營著自身的業務，而且他們可能加入不只一個虛擬企業。因此在進行服務運作時他們都要從自身的利益去考慮最大限度的合理利用資源，在整體利益和個體利益之間求得一個平衡。所以進行計畫調度時必須實行集中．分散控制策略，在集中調度資源的思想指導下兼顧各企業自身的獨立性，使用指令一協商的方式完成整個調度過程。
現實區別
配送中心運營實務與管理 1、虛擬配送中心的價值鏈的各個環節分布在組成虛擬配送中心的企業中。
2、由於虛擬配送中心中沒有一個專門的配送中心倉庫，它的存儲業務由價值鏈兩端的生產商和客戶承擔。所以，虛擬配送中心的價值鏈兩端的生產商和客戶承擔。所以，虛擬配送企業的價值鏈從生產商的產品存儲開始，結束於客戶的存儲和生產商的售後服務。
3、虛擬配送中心不存在某些輔助的組織機構，比如人力資源管理、虛擬企業的人力資源直接來自於成員企業。
4、虛擬配送企業突出強調了配送調度活動以及運用於調度的信息系統。
5、在虛擬配送中心中，正式的層次命令和控制組織結構被非正式的電子網路、即虛擬的組織所取代，虛擬配送中心的組織與管理。其實就是組成成員間的協調。
6、企業管理更加強調可以快速重組的單元，能夠自治並享有充分自主權的團隊工作使企業的管理更加靈活。
7、虛擬配送中心的核心是一種從必要的配送過程或資源(人或配送設備)中綜合出來的新的配送自E力。相對於傳統配送中心，它們的物理位置不再重要。
8、虛擬配送中心通過最大價值原則組建虛擬工作團隊，通過虛擬工作團隊的合作達到最大配送效益。虛擬配送中心通過VWT選擇和構建VCT形成最優的價值增值鏈，而傳統的配送中心則常常固配送隊伍組織的固定和不靈活而常常產生低效的配送。
運作流程
第一步 配送信息的收集與整理虛擬配送中心運作的一個重要的問題是能否按最大價值原則組建最優的配送VWT。而要組建效益最大化的VWT，必須對虛擬能力團隊的狀況，配送客戶的情況有一個明確的認識。
第二步 網路事務中心統一決策核心地位的確立 網路事務中心是虛擬配送中心的運作的核心。因此在虛擬配送中心各成員的思想認識上和組織制度上必須確立網路事務中心作為虛擬配送中心的組織管理主體的地位，否則無法保證虛擬配送中心物流活動的統一和協調管理。
第三步 虛擬工作團隊的組織和確立 網路事務中心Internet和Intranet為通訊媒介，把配送、服務、價格作為配送對象選擇和賦予的函式，集成顧客、銷售商、供應商以及生產者各方面的意見，通過對整理後的配送信息進行分析處理和在網路中進行動態的個性化設計，在不同的VCT中同抽取符合條件的團隊，從配送效益和顧客滿意度最大化的原則出發組成執行特定任務的VWT。正確的選擇和構建VWT是虛擬配送中心信息活動中最為關鍵的活動。
第四步 VWT配送系統的設計系統設計的目的是規劃一種能節約成本、維持和提高顧客服務、運作規範合理、效率化的配送系統和流程，其中VWT中VCT間的合作方式和關係協調需要明確。
第五步 行政手續的辦理 當VWT的系統設計完成屆，需要向有關管理部門提出申請，取得共同配送系統建立的許可。
第六步 資金調達籌資活動是VWT配送活動的金融保障，籌資方法可 有從銀行貸款、招股集資或參與成員共同出資等多種。
第七步 系統的成立與運行即在系統規劃的基礎上從事實際的配送活動。
第八步 實施後的檢查與改善配送活動實施後，應對績效和成員進行檢查評估，便及時發現同題，不斷加以改善，以確保虛擬配送中心的有效運作與發展。
