概述
明洪武二十四年（公元1391年），朱元璋為表彰協助明軍西進，使朝廷順利統一河湟地區而立下功勞的噶舉派番僧三羅喇嘛而敕建佛寺，洪武二十六年（公元1393年），首座大殿瞿曇殿落成，朱元璋以釋迦佛祖姓氏御賜寺名，御題“瞿曇寺”貼金寺匾現仍懸掛在大殿門首。永樂年間，皇帝派遣御用監太監孟繼等四人，帶領宮廷的能工巧匠，奉旨建寺。到宣德二年（公元1427年）以隆國殿為代表的後院落成，瞿曇寺在明朝皇帝的親自關心下，歷經三十七年，終於建成氣勢恢宏、聲名遠播的名剎。明初，永樂、洪熙、宣德等七位皇帝下過七道敕諭，兩道誥命；授創寺僧三羅喇嘛為西寧衛僧綱司都綱，封其侄徒二人為大國師、國師；頒給大金印、鍍金銀印、銅印各一顆，象牙圖章二方；並封地劃林，築城防衛，派兵護寺，連年賜物布施，使瞿曇寺成為安多地區政教合一的首屈主寺。明末，寺院改宗格魯派。
瞿曇寺的選址非常講究。它背靠高大園渾的羅漢山，面臨清澈見底的瞿曇河，兩側以沙山護衛，隔河可遙望鳳凰山，具備了“風水”勘輿的幾乎所有要素。因此，雖經六百年前後的風雨滄桑及明末以來的寺院衰落，但其建築沒有遭受過一次雷擊，整體建築依然巍然屹立、保存完整。
詳細
瞿曇寺的建築布局是典型的以中軸線左右對稱分布排列的形式，全寺由前、中、後三進院落組成，中軸線上依次為山門殿、瞿曇殿、金剛殿、寶光殿、隆國殿五座大殿，兩邊對稱排列著東西御碑亭、小鐘鼓樓、護法殿和三世殿、大鐘鼓樓、四座配殿、四座香趣塔、七十二間迴廊。寺外還有囊謙（活佛府宅）一座。總占地面積五十二畝，建築面積八千四百四十六平方米，房屋五百二十六間。寺院建築依地勢高低而建，緩緩升起，主要殿堂前小後大，愈愈氣派，形成雄偉壯觀、氣勢恢宏的建築格局。
瞿曇寺的建築規格很高，典型官式建築與地方建築手法交相輝映是其一大特點。建築最宏偉的後院，其主殿隆國殿及大鐘樓、大鼓樓是以北京明故宮奉天殿、文樓、武樓為藍本建成的，均為重檐廡殿頂，且無論是大木樑架、斗栱形制、整體結構，還是門楣窗欞、滴珠柱礎、細部裝修等都與故宮有許多對應吻合。隆國殿建於高大的石刻須彌台座上，周設望柱、欄板，台座呈“凸”字型，突出的部分為殿前月台，月台兩側設抄手踏跺，大殿面闊七間、進深五間，四周出廊，上下兩層分施單翹重昂七踩和重昂五踩斗栱。後院一殿兩樓是以迴廊和抄手斜廊連線的，明代故宮奉天殿院落亦是如此，但清康熙年間重建太和殿時，兩側迴、斜廊被拆，因此，該建築風格為國內現存的唯一實物。瞿曇寺中院的瞿曇殿是全寺最早建成的，重檐歇山頂；寶光殿落成於明永樂十六年（公元1418年），重檐歇山頂，明成祖御賜殿名，金剛殿亦建於明初，是最初的山門，三殿與兩側的迴廊、配殿等帶有較為濃厚的地方建築色彩，其大木結構和木裝修多為甘青地方手法，屋脊、山花、墀頭等裝飾華麗；院內四座香趣塔為藏式傳統形制。前院疏朗開闊，僅有山門和碑亭，修建年代稍晚，院內的左右碑亭建於明成化二年（公元1466年），重檐十字脊頂，四面出門並出踏跺，周箍望柱、欄板，氣宇不凡；山門為三開間七檁中柱式單檐歇山大殿，初建為官式建築，在清代修繕時，以地方手法改變舉架並使翼角翹高。
除建築外，瞿曇寺的壁畫、彩繪、石雕堪稱藝術三絕。現存壁畫總計一千五百多平方米，其中近百分之八十是明代所繪，其餘為清代作品；從內容上看，瞿曇、寶光、隆國三大殿及配殿內主要是藏密宗之尊像畫，畫幅巨大，多數為瀝粉貼金，迴廊內全部為佛教故事畫，即佛傳故事、釋迦神變圖和少量的佛教及三羅喇嘛史跡畫，人物形象優美、栩栩如生、線條流暢、繪藝高超。現存建築彩繪約八百平方米，有官式和地方兩種，官式中尤以隆國殿及大鐘、鼓樓內梁枋彩繪為佳，為國內完整保存的明初彩繪精品。石雕文物大多為官式須彌座形制，種類有內地花斑石須彌佛台座、器物座，當地紅沙石佛台蓮花座、六伏獅曼陀羅、鼎座、罄座、燈座、象背雲鼓、須彌山、御碑螭首須彌座等等，雕刻細膩、工藝精湛，按其銘文及工藝可確定為皇室御賜和宮廷工匠就地製作。
瞿曇寺還保存有大量其它文物精品，有明初御碑五通（其中矗立在兩御碑亭、高達三米六的洪熙、宣德“皇帝敕諭碑”為青海現存石碑之冠），宣德二年由御用監太監孟繼等人所立、通高兩米的“皇帝萬萬歲”漢、藏、梵三文楠木牌，高一米七、重近兩噸的“大明宣德年施”銅鐘，明王朝所頒金印、象牙印，明匾七塊、清匾三塊，還有通高一米四五“大明永樂年施”鎏金觀音銅像、御賜鎏金銅瓶和銅鼎、七星摺花刀、鎏金銅香爐和銅杵、各類佛像等宗教文物及大量金、銀、玉、漆、瓷、木製文物。
一九八二年二月，被國務院公布為第二批全國重點文物保護單位。
