初期，明鄭不但控制海域，造成「海舶不得鄭氏令旗者，不能來往」現象，南明中期(1653年)則自鑄永曆通寶稱王於廈門，後期(1661年)更於台灣建立該島的第一個漢人政權。鄭氏勢力自鄭芝龍經鄭成功到鄭經以迄鄭克塽，刻劃了一個閩南海商集團及政治勢力的興起與崩潰。
若以軍事專論明鄭，活動區域多在閩浙一帶的明鄭，軍事力量最大時候為1659年，以海軍為主的鄭家軍精銳有17萬人之多，並曾圍攻南京。另外，1662年之前，延平郡王的軍政中樞都是在廈門，即使在鄭成功攻下台灣後，台灣仍只稱「東都」。直至1663年，明鄭政權實際領導人鄭經才將政經中心從廈門移往台灣，並建立延平王國，惟明鄭統治轄域仍包含福建的金、廈兩島。1664年4月，明鄭於多次戰役後，喪失金廈，明鄭勢力正式於中國大陸消失，轉以台灣為最後根據地。惟因清朝軍事攻擊等因素，明鄭政權於1683年隨延平王國降清而滅亡。
背景
中國明朝時期，位居中國東北方的滿族，於1599年創作滿文字，因受其影響，至此滿人發展自我體系的國家，並在1644年趁李自成起事等因素入主中原，定都北京。
因為清朝未立即進取中國南方，中國南方各地漢人擁立俱明朝皇帝血統的南明政權。該政權共分別明福王、明唐王、明魯王及明桂王等南明四王，惟四王並不合作，造成勢力分歧。其中，本被稱閩浙「流寇」而被明朝「招撫」的鄭芝龍支持南明唐王，並於1644年－1645年間被南明封為平國公、南安伯及南安侯等重要官職並身兼戶、兵、工三部尚書。
初建
鄭芝龍初建明鄭勢力後，立即成為海上霸主。明朝鄭氏的崛起，雖影響到荷蘭人的貿易，讓荷蘭人數度聯合其他勢力功擊鄭芝龍，但鄭氏勢力仍持續擴張。其規模史載敘述形容：「凡海舶不得鄭氏令旗者，不能來往。每舶例入三千金，歲入千萬計，以此富敵國，自築城安平鎮」； 「從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利，芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯」「八閩以鄭氏為長城」，至此，明鄭勢力的通商範圍廣及：大泥、浡尼、占城、呂宋、魍港、北港、大員、平戶、長崎、孟買、萬丹、舊港、巴達維亞、麻六甲、高棉及暹羅，據估計，明鄭兵力達20萬，擁有超過三千艘船的船隊，成為中國東南海洋世界的唯一強權。
延平王
1646年，鄭芝龍依附中國北方清朝政權，惟其子鄭成功仍繼續支持南明政權。因兩次擊退清軍有功，鄭成功被南明桂王永曆帝敕封為延平郡王。至此，鄭成功擁有閩浙部分轄土戶兵等權，並分別於1658年及1659年兩度攻擊清政權浙江舟山及南京兩重要軍事據點，惟均未獲得決定性成功。
據台
1661年3月1日，占有金廈兩據點的鄭成功，為了更多領土，於鄭成功囑意下進攻台灣，最後於翌年陽曆2月1日攻下熱蘭遮城，將荷蘭人驅逐出台灣，建立了台灣歷史上第一個漢人政權。而該政權王位於1662年鄭成功去世後，傳鄭經、鄭克塽二代後，至1683年降清為止。
西征
明鄭除了擁有台灣領土政權外，也於1673年－1680年間，以軍力占擁有中國閩南部分領土。
1673年，三藩之亂爆發，繼承鄭成功於台灣建立政府體制的延平王鄭經，接受靖南王耿精忠請援，率軍由台灣西渡福建。鄭經先調遣兵萬人、船百餘艘先行至廈門，耿軍派人往接。開始時，鄭軍軍容不似鄭成功時代之壯盛，耿精忠一開始甚為輕視。但鄭經以廈門為根據地，陸續攻下漳州、泉州與潮州三府，進而攻下閩粵交接的重要據點惠州。鄭經於攻下多座城市，商請耿精忠如約撥船及地方安插兵士。耿精忠不答，雙方開始交惡。
1680年代始，廣東平南王尚之信、福建靖南王耿精忠相繼為清軍所平定，雲南平西王吳三桂亦死亡，明鄭勢力敗退僅能守住廈門。1680年，清將萬正色遣人遊說鄭軍水師副總督朱天貴（原為耿精忠部將）率艦300艘，將士2萬餘人降清，鄭經放棄廈門並率殘餘兵力回台，至此，明鄭在中國閩南的勢力再度消失。
軍隊
明鄭軍隊為鄭芝龍所創立的私人軍隊，後來歸鄭成功掌管，並曾於中國南方發動過兩次所謂「北伐」。鄭成功在治軍上非常的嚴苛，對於怯戰者、畏戰者、貪瀆者、叛逆者都是殺無赦，而且常常株連全家。從1649年起至 1661年未攻打台灣前，鄭成功所誅殺的將吏就有75員，因此明鄭軍隊有「怯者不敢獨退，勇者不敢獨進，膽勇成列，心力俱齊」的描述，在與清軍的對陣當中，勝率極高。
1662年，鄭成功除固守金門數萬水師之外，親自率領約25,000名明鄭士兵攻打台灣大員，打敗荷蘭東印度公司的部隊，展開對於台灣的統治。
攻台前
攻台前的明鄭軍隊，主要使用福船，亦稱大船。這種船有如此的描述：「為樓三層，乘風衝擊，不可遏抑，其高若墉 不可抑攻；其堅若鐵石，矢石不能貫，炬不可爇」。當時明鄭於中國東南沿海有著絕對的制海權，沒有向明鄭繳交過路費的外國商船幾乎不可能通行。
曾攻打過南京的明鄭軍隊於未據台前，於1640年代大本營即駐於廈門，其編制為內司鎮（藩主直轄） 前鎮、後鎮、一鎮、二鎮、三鎮、四鎮、五鎮、樓船鎮、左、右武衛營、左、右虎衛營、驍騎鎮〈騎兵營〉、神器營（炮兵營）、親丁鎮等。
據台後
攻下台灣的明鄭軍隊，隨鄭成功去世及喪失金廈據點後軍力大幅受損，除鄭經於閩南西征所建立的軍隊外，以屯兵方式為主的台灣明鄭時期軍隊約數萬名。並於台灣如簡化成五軍戎政（五軍戎務）、總督軍務、管軍提督、將軍、親軍衛鎮、陸師鎮、水師鎮及監軍數部份。
1683年鄭氏王朝覆滅後，鄭家軍將領與軍隊悉數被強迫內渡中國，而據《欽命太保建平侯鄭造報官員兵民船隻總冊》，最後防守台灣的明鄭官兵共有37500名。
