主要功績
清福建總督姚啟聖，派人對朱天貴做策反工作，他於康熙十九年（1680年）率所部兵船三百餘只，眾三萬餘歸清。清廷特授予平陽（浙江溫州）總兵官。朱天貴遂經營方略，整頓隊伍，訓練成一支堅強的水師。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅奉命規復台灣。施琅保舉同安總兵吳英、平陽總兵朱天貴，以二人所部船隊分任左、右翼進攻澎湖。此戰役施琅統領戰船600隻進軍，其中朱天貴所部戰船300隻，是全軍的主力。
明鄭澎湖守將劉國軒督水師抵抗，他的部將丘輝在海面上與朱天貴相遇。因丘輝和林應為兒女親家，而林應和朱天貴也是兒女親家，又都為明鄭的舊日同僚。有此關係，朱天貴站於坐船尾樓上高聲大呼：“親家！”丘輝切齒應道：“叛賊！背義之人，天所不容！”說罷，即令舵工轉舵，發炮，朱天貴猝不及防，被一炮打中，穿肋而死於船中。這時，朱天貴年僅三十七歲。
時清船隊在施琅和吳英等的協調下，用“三迭浪”式“五梅花”陣法作戰，激戰過午，時風向反南，施琅大呼銳進，雙方死傷者眾。施琅堅持進兵，至黃昏時分，劉國軒軍大敗，退走台灣。施琅乃占領了澎湖三十六島嶼，繼續向台灣進兵。
人物評價
康熙帝聞施琅捷報，喜賦《中秋日聞海上捷音》七律一首。詩云：
萬里扶桑早卦弓，
水犀軍指島門空。
來庭豈為修文德，
柔遠初非黷武功。
牙帳受降秋色外，
羽林奏捷月明中。
海隅久念蒼生困，
耕鑿從今九址同。
康熙帝聞朱天貴在海戰中臨陣殉難，悲傷不已，特給予優恤。追贈朱天貴太子少保，謚“忠壯”。並追贈其曾祖朱介祿、祖父朱元紳、父朱從諫皆官總兵官左都督；子源淳，蔭官知州，歷官至濟南道。還由朝廷旨命興化府建祠、地方官春秋二祭。
朱天貴祠，原在城廂區東大路的鎮海門（東門）內路側靠東，是康熙收復台灣後給予朱天貴封贈所建的專祠。其整個營造手法，完整地體現十七世紀八十年代建築風格。這是後話。
現在已經搬遷到綬溪公園中，與明朝著名史學家柯維騏的柯氏修史堂毗鄰。
朱天貴墓葬在涵江區梧塘鎮漏頭村。其墓坐東朝西，墓碑上載：“諭祭平陽總兵朱天貴，加封太子太保”。墓前豎有翁仲、石羊、石虎、石馬等。已毀。
