概述
研究微生物群體（微生物區系或正常菌群）與其周圍的生物和非生物環境之間相互關係的一門科學。地球生物圈中，微生物無所不在。某些特殊種群甚至在酸性湖泊、深海、冰凍區和熱泉口等一些極端環境中都能夠生存。隨著研究的不斷深入，人們越來越多地認識到微生物在全球物質能量循環中起到的重要作用。微生物生態學與醫學、工業、農業、環境保護和社會科學均有密切的關係。相關研究還將有助於解釋生物基因進化、基因和酶的代謝調控以及生物適應環境的機理等問題，對於保護微生物資源和多樣性具有重要意義。
研究內容
①研究微生物生態學所用的傳統和現代分子生物學方法；②在正常自然環境中的微生物種類、分布及其隨著不同的環境條件變化而發生的變化規律；
③在極端自然環境中的微生物種類和它們所起的作用，在極端環境中微生物的生命機理；
④在自然界中微生物之間的相互關係，微生物與動植物之間的相互關係，這些相互關係對自然界的影響和環境因素對這些相互關係的影響；
⑤在正常自然環境中，微生物代謝活動對自然界的影響，環境條件的變化對這些代謝活動的影響；
⑥污染環境中的微生物學；
⑦微生物產生的生態友好物質；
⑧微生物的生態模型。
核心問題
誰在哪裡？——發現新的微生物並對其分類有哪些種類，各有多少？——多樣性，群落構成
某一類群的細胞在乾什麼？——功能
種群的大小和功能如何被調控？——動力學，相互作用，信號傳遞
什麼使得這個種群如此成功？——種群遺傳學，進化
由於環境中只有很小比例的微生物能夠在培養基中分離，目前分子生物學方法被普遍採用，即分子生態學。
隨著衛星遙感技術的發展，人造衛星照片可以幫助監測全球性的微生物發展變化，提供更準確的信息，如水華的產生。
微生物學辭彙
| 微生物學（microbiology）生物學的分支學科之一。它是在分子、細胞或群體水平上研究各類微小生物（細菌、放線菌、真菌、病毒、立克次氏體、支原體、衣原體、螺鏇體原生動物以及單細胞藻類）的形態結構、生長繁殖、生理代謝、遺傳變異、生態分布和分類進化等生命活動的基本規律，並將其套用於工業發酵、醫學衛生和生物工程等領域的科學。 |
