簡介
行政院海岸巡防署署徽台灣地區以往的海洋相關事權，分散在警政署保七總隊、“財政部關稅司”、“國防部”（“海防司令部”），因事權不一造成許多困擾。
1999年3月18日提案成立海岸巡防專責機構，經行政院研議後，成立籌備委員會，籌劃編成整備工作，同時成立靖海項目小組，由原行政院顧問姚高橋先生擔任召集人。
2000年1月28日正式成立海岸巡防署。
組織構架
行政院海岸巡防署 署長以下為常務副署長，政務副署長，
常務副署長以下為主任秘書以下為企劃處，巡防處，情報處，後勤處，通電信息處，秘書室，人事室，會計處，政風處，勤指中心，空中偵巡隊，法規委員會，訴願委員會，“國家賠償委員會”。
海洋事務研究委員會以下為海洋巡防總局以下為第一至第一六海巡隊，北中南東機動海巡隊，直屬船隊，海岸巡防總局以下為北部地區巡防局，中部地區巡防局，南部地區巡防局，東部地區巡防局。
歷任署長
| 姓名 | 到任日 | 卸任日 |
| 姚高橋 | 2000年1月28日 | 2000年5月21日 |
| 王郡 | 2000年5月21日 | 2004年5月20日 |
| 許惠祐 | 2004年5月20日 | 2006年1月25日 |
| 王進旺 | 2006年1月25日 | 現任 |
海巡署署徽
| 徽章特徵 | 圖案之精神象徵與意涵 |
| 青天白日國徽 | 象徵效忠台灣，保護疆域之意涵。 |
| 金黃色警鴿 | 象徵警戒、和平、效率。 |
| 金黃色法龍 | 象徵保護疆域、沿海、維護人民安全。 |
| 白色天秤 | 象徵公平。 |
海巡階級
| 職務類別（官等） | 階級章圖示 |  海巡署階級章 |
| 特任官（署長） 簡任十四職等 | 金底3星 | |
中將（副署長） 簡任十三職等 | 金底2星 | |
| 中將（總局長）警監一階關務監一階 簡任十二職等 | 金底1星 | |
| 簡任十二職等 少將警監二階關務監二階 | 3線4星 | |
| 簡任十一職等 少將警監三階關務監三階 | 3線3星 | |
| 簡任十職等 上校警監四階關務監四階 | 3線2星 | |
| 薦任九職等 中校警正一階關務正一階 | 3線1星 | |
| 薦任八職等 中校警正二階關務正二階高級技術員一階 | 2線4星 | |
| 薦任七職等 少校警正三階高級關務員二階高級技術員二階 | 2線3星 | |
| 薦任六職等 上尉警正四階高級關務員三階高級技術員三階 | 2線2星 | |
| 委任五職等 中尉警佐一階關務員一階技術員一階 | 2線1星 | |
| 委任四職等 少尉士官長警佐二階關務員二階技術員二階 | 1線4星 | |
| 委任三職等 上士警佐三階關務員三階技術佐一階 | 1線3星 | |
| 委任二職等 中士警佐四階關務佐二階技術佐二階 | 1線2星 | |
| 委任一職等 下士關務佐三階技術佐三階 | 1線1星 | |
| 上等兵 | 2粗折槓3細折槓 | |
| 一等兵 | 2粗折槓2細折槓 | |
| 二等兵 | 2粗折槓1細折槓 |
海巡署因融合軍人、警察、文職公務員等三類人員，故不使用軍階，階級標誌獨立於軍方，而使用類似警階的海巡階級。
主要職能
海巡署臂章一、海岸管制區之管制及安全維護事項。
二、入出港船舶或其它水上運輸工具之安全檢查事項。
三、海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私、防止止非法入出、執行通商口岸人員之安全檢查他犯罪調查事項。
四、海域及海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理事項。
五、走私情報之蒐集，滲透及安全情報之調查處理事項。
六、海洋事務研究發展事項。
七、執行事項：
﹝一﹞海上交通秩序之管制及維護事項。
﹝二﹞海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處理事項。
﹝三﹞漁業巡護及漁業資源之維護事項。
﹝四﹞海洋環境保護及保育事項。
八、其它有關海岸巡防之事項。
有關海域及海岸巡防“國家安全”情報部分，並受“國家安全局”之指導、協調及支持。
執法範圍
依海岸巡防法第2條規定，本署執法範圍包括台灣地區之海水低潮線以迄高潮線起算500公尺以內之岸際地區與近海沙洲，及台灣領海及鄰接區法、台灣專屬經濟海域及大陸礁層法規定之領海、鄰接區、專屬經濟海域與其他政府所規定之執法水域。各區域說明如下：
岸際至專屬經濟海域
岸際執法區域：海水低潮線以迄高潮線起算500公尺以內之岸際地區與近海沙洲。
領海：自領海基線起至其外側12浬間之海域。
鄰接區：鄰接領海外側至距離領海基24浬間之海域。
專屬經濟海域：鄰接領海外側至距離領海基線200浬間之海域。
暫定執法線以內水域
由於台灣專屬經濟海域與周邊國家嚴重重疊，且劃界談判尚未達成共識。政府為維護漁民權益，於2003年11月7日核定“台灣地區第一批專屬經濟海域暫定執法線”，作為海域執法依據。
公海漁業巡護海域
為保障台灣公海捕魚權利，善盡國際漁業養護責任，並增進與漁民互動，定期派艦維護公海漁業秩序與安全，並以北太平洋及中西太平洋為重點。
重要紀事
海巡特勤隊臂章2000年1月26日，總統公布《海岸巡防法》 等5種法律。
2000年1月28日，納編原執行海防業務的海岸巡防司令部、內政部警政署水上警察局、財政部關稅總局緝私單位，正式成立“行政院海岸巡防署”專責海巡任務，開啟台灣海域及海岸巡防的新紀元。由姚高橋先生擔任首任署長。
2000年5月21日，第二任署長王郡 先生就職。
2001年11月8日，首度舉行岸、海、空聯合“海安一號”演習活動。
2001年11月8日，正式啟用“118”三碼海巡報案服務系統，由勤務指揮中心受理報案後，依“受理快、派遣快、處置快”之作業原則，除提供民眾檢舉走私、偷渡等不法情事管道外，更在“一處報案，全國服務”之理念下，提供民眾災害救護之最佳服務。
2001年8月1日，實施“總大隊前推”之組織變革，以縮減指揮層級。
2002年3月20日，舉行“海安二號”演習活動。
2004年5月20日，第三任署長許惠祐 先生就職。
2004年8月1日，全面以“條碼辨識系統”判讀取代紙本，將漁民進出港資料藉由條碼判讀及登錄於“安檢資訊系統”，免除紙本“漁船進出港登記簿”人工作業耗時及錯誤之缺點。
2005年1月1日，成立“靖海專案”，以“斷源於對岸為首要”，“全力瓦解犯罪”及“全面查緝、嚇阻不法”等策略，以杜絕偷渡犯罪不法活動。
2005年5月1日，配合本署組織再造，整合海洋、海岸巡防總局人員研習中心訓練資源，以任務編組方式成立“本署教育訓練中心”。
2005年5月28日，舉行“海安三號”演習活動。
2005年7月1日，辦理組織調整，依轄區劃分成13個“巡防區”，統合海域、海岸巡防勤務，以強化組織功能，發揮整體巡防力量，提升本署績效。
2005年8月20日，實施“晴空專案”以防止疫病藉由大陸漁船越界捕撈、走私、偷渡管道入侵邊境，增駐金馬地區巡防艦艇（金門14艘、馬祖22艘），全面查緝越界大陸漁船。
2006年1月25日，第四任署長王進旺先生就職。
2006年2月1日，實施“安海專案”，以半年為階段，加強查緝槍、毒走私及偷渡事件，並瓦解其犯罪組織。
2006年6月18日，成立“海巡署公務人員協會”，以提升海巡工作效率，加強為民服務，維護海巡人員權益，確保優質的工作環境。
2006年6月30日，編印完成《亞洲主要國家海域法令彙編》。
2006年11月1日，聯合相關部會實施“安康專案”，以防範農漁畜產品、菸、酒暨動物活體走私入境，維護國人身體健康及經濟秩序。
2007年1月15日，編印完成《瀚海巡馨錄》 第1輯創刊。
2007年5月27日，辦理“96年度岸海聯合海安演習”。
2007年7月18日，完成本署97年度施政計畫。
2007年7月25日，完成本署2007海巡白皮書
2007年9月3日，成立“行政院海岸巡防署海洋巡防總局第15海巡隊綠島生態保育小隊”，加強取締保育區內違法採補等行為，加強維護當地海洋自然生態。
2007年12月11日，行政院海岸巡防署海洋巡防總局組織條例第十條修正案立法完成。
2007年12月18日，行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例第十一條及行政院海岸巡防署海岸巡防總局各地區巡防局組織通則第十一條修正案立法通過。
2008年1月8日，編印完成《瀚海巡馨錄》第2輯。
保釣活動護航
2012年9月24日，75艘台灣宜蘭漁船出海，並於25日繞行釣魚島，抗議日本將釣魚島“國有化”活動。“海巡署”部署10艘以上艦艇隨行，保護保釣漁船安全。為強化南海巡護，署方已定期派遣大型艦艇執行“碧海項目”巡護任務，其中，執行東沙海域巡護7航次、南沙海域2航次。此外，2012年8月21日已有2艘多功能艇進駐太平島。
2013年1月24日，台灣“海巡署”在護送全家福號赴釣魚島時，遭遇日方水炮攻擊，但台灣巡邏艦卻未還擊。“海巡署”解釋稱，日方朝全家福號噴水柱，台方也是朝日船“方向”噴水柱，以此警示，但並沒噴到日本公務船上，以避免再引發外交問題。
台灣“中華保釣協會”秘書長黃錫麟則表示：“我們台灣海巡署設備、裝備差那么多，怎么跟他們比，甚至於海巡署來護航，結果海巡署有些設備、一些燈泡和電纜也有損壞，這不能怪我們海巡署，怪政府本身武力不夠強硬，那我認為說兩岸之間合起來有什麼錯呢？把釣魚台（島）拿回來有什麼錯呢？”
