概述
所貌前身為北京市農林科學院水產研究所，隸屬於北京市農林科學院，本部位於豐臺區角門路18號，另有小湯山良種開發中心、延慶玉渡山冷水魚基地、房山十渡魚類繁育基地、良鄉生物漁藥研發中心、河北灤平水產良種場等五個試驗基地，占地總面積21公頃。
定位於立足北京，面向全國，瞄準世界漁業科技發展前沿，針對北京乃至全國水產業發展中關鍵技術問題，從事水產套用技術研究和推廣。主要致力於水產生物技術、水產動物育種、增養殖技術、水產動物營養與病害防治、漁業信息、漁業生態與環保、水產品加工及質量安全等技術領域的研究工作，服務於北京及全國漁業生產，為農民提供漁業科技服務。
科研設施
掛靠的單位水產所科研設施完善，本部建有3000平米科研辦公樓、6000平米實驗樓；擁有現代化儀器100餘台件。下設生物技術與育種、冷水魚類、觀賞與休閒漁業、水產動物營養與病害防治、漁業生態與環保、水產加工與質量安全、漁業信息等七個研究室。經市科委批准組建了北京農業生物技術中心水產實驗室、北京市水產科研中試基地；擁有農業部批准的國家級北京水產名優魚類良種場和國家級錦鯉良種場。中國水產學會觀賞魚分會、北京水產學會掛靠在本所。
機構建制水產所技術力量雄厚，擁有100餘人的科研技術隊伍，中高級以上技術人員占76%，同時還聘請了國內外有關科研單位、大專院校的知名專家、教授為客座研究員。建所以來，共完成國家863、省部級重點科技攻關、推廣等項目200餘項，取得了100多項科技成果，其中42項科研成果獲得了國家、農業部和市政府的獎勵。為解決首都“吃魚難”的問題做出了重要貢獻，為保障北京水產食品安全發揮了重要作用，對本市乃至全國漁業行業科技進步及漁業質量和效益的提高起到了重要推動作用。
國內外交流
水產所廣泛開展國內外水產學術交流、科技合作，與美國、德國、英國、日本、以色列、巴西等國家的水產科研機構及大學等建立了品種交換、科學研究、學術交流、人才培訓等協作關係.與中國水產科學研究院、中國農業大學、大連水產學院、北京師範大學等建立了科技合作關係。
水產所在國家及北京市委、市政府的支持和關懷下，將進一步加快自主科技創新的步伐，更好地服務“三農”，立足北京，面向全國，走向世界。
現任領導:蘇建通
所領導北京市農林科學院副院長，兼水產科學研究所所長、國家淡水漁業工程技術研究中心主任、中國水產學會常務理事、中國觀賞魚專業委員會主任、北京水產學會常務副理事長。1998年入選“北京市跨世紀人才工程”；1999年享受國務院政府特殊津貼；2001年獲 “首都農業科技先進工作者”稱號；2003年榮獲北京市有突出貢獻的科學、技術、管理專家的稱號；2006年入選“北京市新世紀百千萬人才工程”。
領導致辭
附屬產業時光荏苒，北京市水產科學研究所自成立至今已走過了50年的歷程。在科技部、農業部批准下組建了國家淡水漁業工程技術研究中心和國家級北京水產良種場。建所以來，共完成國家863、現代農業產業技術體系、省部級重點科技攻關等項目200餘項，取得了100多項科技成果，其中46項科研成果獲得了科技部、農業部和市政府的獎勵，為解決首都“吃魚難”的問題做出了重要貢獻，為保障北京水產食品安全發揮了重要作用，對本市乃至全國漁業行業科技進步及漁業質量和效益的提高起到了重要推動作用。
附屬基地2009年將迎來中華人民共和國成立六十周年華誕。在新的一年中，我們將認真學習、貫徹落實黨的十七屆三中全會精神，根據市政府“關於加快發展都市型現代農業”的要求和市農科院《科技改革與發展3年規劃（2008-2010年）》的指引，結合自身的特點、優勢，加快科技創新、技術服務、成果轉化的步伐，繼往開來，為支撐和引領首都乃至全國漁業的發展做出新的貢獻。
在此，我代表北京市水產科學研究所領導班子向廣大員工表示衷心的感謝，向關心支持我們工作的職工家屬致以崇高的敬意！並願與國內外各界同仁精誠合作，共創佳業！
