主要職責
依據《中華人民共和國審計法》和《安徽省審計監督條例》規定，縣審計局的主要職責是：（一）執行國家審計工作的法規和方針、政策，制定審計業務規章制度和審計計畫，確定審計工作重點。
（二）向縣政府、巢湖市審計局報告和向有關部門通報審計情況。提出制定和完善巨觀調控措施的建議。
（三）直接進行下列審計：
1、縣級財政預算執行情況和其他財政收支。
2、縣直各部門財政收支和事業單位及下屬單位的財務收支。
3、鄉鎮人民政府預算的執行情況和決算。
4、受縣政府授權交辦地方非國有金融機構的資產、負債和損益狀況。
5、縣政府部門管理和受縣政府委託由社會團體管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
6、縣直各部門派駐的縣外、省外機構的財務收支及其經濟效益。
7、國有控股企業和重大建設項目。
8、其他法律、法規規定應由縣級審計機關進行審計的事項。
（四）向縣長提交縣級預算執行情況的審計結果報告；受縣政府委託，向縣人大常委會提出縣級預算執行情況和其他財政收支審計工作報告。
（五）根據有關規定，組織對黨政領導幹部和國有企業、國有控股企業領導人員進行任期經濟責任審計；承辦縣本級直屬單位黨政領導幹部任期經濟責任審計和縣屬國有企業及國控股企業領導幹部人員任期經濟責任審計。
（六）辦理大要案審計查證，配合、協助有關部門查處經濟案件。
（七）承擔局機關及下屬機構審計幹部隊伍建設；指導審計幹部教育培訓工作；監督社會審計組織的審計業務質量和指導、監督內部審計開展工作。
（八）承辦縣政府交辦的其他審計事項。
內設機構
根據上述職責，縣審計局設5個職能股（室）：（一）辦公室
協助處理局機關日常政務，負責有關會議的組織和有關報告、檔案以及審計機關管理制度的起草；管理局機關文電處理、保密、信訪、行政後勤和檔案等項事務；管理審計事業經費，負責信息、網路管理、統計工作；負責辦理局機關、下屬機構的機構編制、人事管理等項事宜。
（二）綜合股
負責編制審計工作規劃，安排年度審計項目；組織對審計業務和社會審計組織審計業務質量的監督檢查；審核與覆核局機關和經濟責任審計分局的審計報告、審計意見書和審計決定；受理審計複議和辦理有關法律事項；組織實施審計普法教育；負責指導、監督內部審計工作。
（三）財政金融審計股
負責編制縣預算執行情況審計方案，匯總審計結果；負責審計縣級預算執行情況、縣地方稅務系統稅收征管情況、縣國庫辦理縣級預算內外資金的收納撥付情況；負責審計鄉鎮人民政府財政決算；負責審計縣財政局及其下屬單位的財政收支狀況；根據上級審計機關授權，負責對國有商業銀行、保險公司等中央國有金融機構在我縣的分支機構的資產、負債和損益狀況審計監督；負責對地方非國有金融機構進行審計監督；開展專項審計和審計調查。
（四）行政事業審計股
負責審計與縣財政有撥繳款關係的縣人大機關、縣政府工作機構、縣政協機關、縣法院機關、縣檢察院機關和政黨組織、社會團體的財政財務收支；負責審計縣政府有關部門及其下屬單位的財政收支；負責審計由縣政府主管部門和受縣政府委託由社會團體管理的農、林、水利、扶貧開發、資源環保資金的籌集、管理和使用情況；組織農村鄉鎮資金審計工作；負責審計由縣政府主管部門管理和受縣政府委託由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支以及各項福利、救災救濟、優撫安置和社會捐贈資金的管理使用情況；負責審計鄉鎮人民政府管理的社會保障資金的籌集、管理和使用情況；開展專項審計和審計調查。
（五）經貿審計股
負責審計縣政府有關部門及其下屬單位的財務收支；依據有關法律法規規定，對國有重點企業進行審計監督；組織對其他縣屬國有企業的審計監督；負責對重大建設項目的概預算執行和竣工決算審計監督；組織對其他縣建設項目的審計監督；根據上級審計機關授權，審計國際組織和外國政府貸款、援助和贈款項目的財務收支；提供世界銀行和亞洲開發銀行援助、貸款項目的審計公證報告；負責對中方控股的中外合資、合作企業和國（境）外企業的審計；開展專項審計和審計調查。
經濟責任審計局的職責
依據和編[2002]02號檔案，經濟責任審計局的職責：
一、將縣委、縣政府批准的年度縣級經濟責任審計計畫所涉及的審計對象列入年度審計項目計畫。依據經批准的增加經濟責任審計對象報告，增加審計項目。
二、依法實施審計。其中：縣直黨政機關、重點企業和事業單位直接實施審計；組織或委託內部審計機構和社會審計力量，對其他單位實施審計。
三、對審計中發現的嚴重違法違紀案件線索，移交縣紀委、縣監察局或縣檢察院立案查處；對嚴重違反財經法規以及嚴重阻礙、拒絕審計的有關責任人員，移交縣紀委、縣監察局、縣委組織部、縣人事局進行處理；對因審計手段限制而難以查清的問題疑點，移交縣紀委、縣監察局進行檢查。
四、向縣聯席會議通報審計情況。
五、向縣委是、縣政府提交審計結果報告，並抄縣紀委、縣委組織部、縣監察局、縣人事局等有關部門。
六、制定經濟責任審計工作有關規章制度。
七、對全縣經濟責任審計人員進行業務培訓；對社會審計組織承辦經濟責任審計事項的資格進行審定和質量監督。
八、負責縣經濟責任審計工作聯席會議辦公室日常工作。
鄉鎮審計室的職責
依據和編字[2004]10號檔案，鄉鎮審計室的職責
一、加強對鄉鎮財政、財務收支的經常性監督，每年對鄉鎮財務收支輪審一次；
二、直接對鄉鎮重大經濟活動進行審計監督；
三、必要時也可對農村集體經濟組織與國家財政收支有關的特定事項進行審計監督。
