1549年8月，西方耶穌會傳教士到達鹿兒島(日本九州島的最南端)，基督教從此進入日本。當時，耶穌會的傳教活動集中在此地。到1614年時，日本基督徒總數超過了30萬。
從豐臣秀吉征服九州開始，日本基督徒受苦受難的日子就開始了。豐臣秀吉將基督徒看作葡萄牙與西班牙對日本殖民的先兆，對其進行“大掃除”—趕走西方傳教士、頒布禁教令。
基督教教會
還好，豐臣秀吉不久就病死了，日本的基督徒們彈冠相慶，以為終於可以鬆口氣了，誰知來了個更狠的。德川家康統一日本後，將基督教看作威脅統治的大敵，決定讓其在日本徹底消失，其繼承者們執行此項任務時更是“用心”。
1597年，豐臣秀吉第一次下手時，只不過在長崎絞死了26名基督徒。而德川家康前後處死了三千多名基督徒，鮮血流遍日本。
當時，德川幕府對於日本基督徒的方針是“留教不留頭”。當然，三十多萬教徒不可能全部殺光，還是要先進行“教育改造”。德川幕府認為，最有效的改造手段就是酷刑。
其中一種手段叫“火攻改造”。不願棄教的人被赤裸裸綁住後，官吏會問其棄不棄教，每回答一次“不”，燒紅的鐵棍就在其屁股上“嗤”的一聲烙個印。屁股上烙滿了就烙後背，昏死過去就澆醒了再烙。
有的基督徒還被放在燒紅的鐵板上，這樣一來，他們肯定會亂跳，一不小心摔倒，全身就會被燙得冒煙。如果還不屈服，官吏就開始採用“切攻改造”。
首先從手指切起，基督徒每回答一次“不”，就切掉一根手指，手指切完了，就切鼻子、耳朵等，直到把能看到的器官切完，成為“人彘”般模樣。而且，劊子手們還要掌握高超的技術，不能讓人在中途死去。
江戶時代初期的長崎，由於基督教徒眾多，官府人手不夠，於是決定“集中改造”。
1629年，大量基督徒被移送到雲仙的溫泉山，洗了一次特殊的“溫泉”——赤裸裸的基督徒們被成批推進這個火山口附近的“溫泉”，滾燙的熱水讓整個山間響起了悽慘的號叫聲，很多人被當場燙死。
到了德川幕府第三代將軍德川家光執政時期，“改造”基督徒的手段更是不斷翻新。幕府在品川附近的海灘上立起了很多大石柱，基督徒被倒立綁在這些石柱上。
潮起潮落，基督徒們就被水淹來淹去。因為求生本能，他們必須拚命把頭仰起來，加上血液逆循環，不少人的眼珠就這樣掉了出來。
而且，潮水不會將他們馬上淹死，人一點點喝進海水後，要半天左右才會被脹死。此中的痛苦，非常人可以想像。
這些慘絕人寰的酷刑之下，絕大多數信仰堅定的日本基督徒被活活折磨死，意志薄弱的教徒接受過“改造”後，不死也只剩下半條命。
就這樣，一個酷刑創造的“奇蹟”出現了：江戶時代此後的兩百多年間，基督教遠離日本。
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