定義
非營利性醫療機構指為社會公眾利益服務而設立運營的醫療機構，不以營利為目的，其收入用於彌補醫療服務成本。（《中國衛生統計年鑑》定義）
相關政策
對社會資本舉辦非營利性醫療機構，可享受與公立醫療機構同樣的稅收優惠政策：一是對其按照國家規定價格取得的醫療服務收入，免徵各項稅收。二是對其取得的非醫療服務收入直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批准可抵扣其應納稅所得額，就其餘額徵收企業所得稅。三是對其自產自用的製劑，免徵增值稅。四是對其自用的房產、土地、車船免徵房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。五是鼓勵對社會資本舉辦的非營利性醫療機構進行捐贈，符合稅收法律法規規定的可享受相關稅收優惠政策。
營利性與非營利性醫療機構的區別
1、經營目標不同
營利性醫療機構運行的目標是追求利潤最大化;非營利性醫療機構運行目標是為特定社會目標，不以賺錢為目的。
2、分配方式不同
營利性醫療機構盈利後，投資者對稅後利潤可以分紅，非營利性醫療機構不以賺錢為目的，但為了擴大醫療規模，也可適當盈利，但這種盈利只能用於自身發展，不能分紅。
3、處置財產方式不同
營利性醫療機構經營不善而終止服務，投資者個人可以自行處置其剩餘財產;而非營利性醫療機構終止服務後，其剩餘財產只能由社會管理部門或其他非營利性醫療機構處置。
4、收支結束的用途不同
營利性醫療機構的收支結餘是用於投資者回報。非營利性醫療機構的收支、結餘不能用於投資者回報，也不能為其職工變相分配，所有利潤和盈餘只能投入到機構的再發展中，用於購買設備，引進技術，開展新的服務項目或向公民提供低成本的醫療衛生服務。
5、是否享受財產補貼
政府辦的縣及縣以上非營利性醫療機構，以定向補助為主，由同級財政安排。營利性醫療機構沒有任何財政補助。
6、價格標準不同
營利性醫療機構提供的醫療服務實行市場調節價，醫療機構根據實際服務成本或市場供求情況自主制訂價格.，非營利性醫療機構提供的醫療服務實行政府指導價，醫療機構按照主管部門制訂的基準價，並在其浮動範圍內，確定其本單位實際醫療服務價格。
根據衛生部、財政部、國家計委《關於城鎮醫療機構實施分類管理的意見》中指出：“城鎮個體診所股份制、股份合作制和中外合資醫療機構一般定為營利性醫療機構。”
營利性與非營利性醫療機構相關稅收政策
根據財政部、國家稅務總局《關於醫療、衛生機構有關稅收政策的通知》(財稅<2 O O O>4 2 號)，對營利性醫療機構有關政策是：該機構取得的收入應按規定徵收各種稅收。為了支持營利性醫療機構自身的發展，對營利性醫療機構取得的收入，直接用於改善醫療衛生條件的；可自取得執業登記之日起，三年內給予以下優惠政策：對其取得的醫療收入免徵營業稅；對其自用的房產土地、車船免徵房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅。
對非營利性醫療機構的政策是：(1)按照國家規定取得的醫療收入免徵各種稅收，不按照國家規定價格取得的收入，不得享受這項政策。(2)從事非醫療服務取得的收入，應按照規定徵收各種稅收。(3)非營利性醫療機構將取得的醫療服務收入，直接用於改善醫療條件的部分，經稅務部門批准，可抵扣其應納稅所得額，就其餘額徵收企業所得稅;(4)對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免徵房產稅、城鎮土地使用稅、車船使用稅。
劃分營利性與非營利性醫療機構存在的問題
現在，在規範營利性和非營利性醫療機構還存在著一些值得注意的問題。有許多個體診所，承擔了很少量婦幼保健防疫業務，便打著村衛生室的牌子，認為自己就是非營利性醫療機構，就要享受相應的稅收優惠。
村級衛生組織是農村社會公益機構，是三級醫療預防保健網的基礎。主要職能是：實施計畫免疫、婦女、兒童保健業務服務，傳染病和地方病防治、開展農民常見病、多發病診治和危重病人就醫指導，承擔農村合作醫療保健制度的衛生服務。在本行政村區域內，原則上設定一個衛生室，並接受當地衛生行政部門和村委員領導，接受鄉鎮衛生院業務監督和指導，各項業務收入和經濟往來由集體管理，收入不歸自己所有，是一個非營利性醫療機構。
而那些假“衛生室”往往是個人出資興辦，以營利賺錢為目的，收支結餘不是擴大醫療規模，改善醫療條件，歸個人消費使用。提供的醫療、服務價格不是按照政府主管部門制訂基準價，而是以市場調節價，自主訂價的，不享受同級財政補貼，不受本行政區域內村委會領導，和當地鄉鎮衛生院業務監督和指導，根本不符合非營利性醫療機構條件。對這種鑽政策空子的行為，可定性為偷稅，應予以嚴厲查處。
稅務部門的對策
稅務部門應加強與醫療衛生部門的信息溝通，對於符合非營利性機構條件的單位和個人，由衛生管理部門認定，稅務部門與衛生部門聯合下文。
對所有非營利性醫療機構，要應按照行政事業單位會計核算要求，設立帳薄，要編制內容完整，數字真實，計算準確的會計報告，以便於衛生管理部門、稅務部門監督。對於村衛生室實行由鄉防保所財務統管，堅持“以鄉統管，分村核算，盈虧歸室”基本原則。防保所按規定設定會計賬薄，以村為單位，設定明細帳，及時辦理會計事項，編制會計報告，上報衛生部門。對於已認定為非營利性醫療機構，只要不符合條件者，稅務部門應提請衛生管理部門取消其資格，恢復為營利性醫療機構，按有關規定徵收稅款。
只有這樣才能杜絕在認定非營利性醫療機構過程中出現弄虛作假問題，防止個體診所借“村衛生室”之名，逃避納稅，保證國家稅款不會流失。
總之，只有真正區分營利性與非營利性醫療機構，才能堵塞我們工作中的漏洞，做到應收盡收，保證國家稅款及時足額入庫，使我們的稅源管理走上科學化軌道。
2011年以來，國家對營利性醫療機構無證照經營的查處行為由原來的工商行政管理部門改為衛生行政主管部門處罰。
