背景
鄭軍議戰
鄭成功畫像1660年3月（永曆十四年春，清順治十七年），前荷蘭通事何斌（客家人），因與荷蘭人發生債務糾紛而逃到思明，向鄭成功鼓吹攻取台灣。他說：“台灣沃野數千里，實霸王之區。若得此地，可以雄其國；使人耕種，可以足其食。上至基隆、淡水，硝磺有焉。且橫絕大海，肆通外國，置船興販，桅舵銅鐵不憂乏用。移諸鎮兵士眷口其間，十年生聚，十年教養，而國可富，兵可強，進攻退守，真足與中國抗衡也。”同時獻上台灣地圖，講解原住民形勢，以及水路變化。何斌強調台灣的糧食與軍用物資充足，貿易位置理想，又有海峽天險，每一項都是鄭軍迫切的需求，使鄭成功非常心動。但當時鄭軍正準備抵禦清將達素的進攻，因此攻台之議被暫時擱置。
同年6月（五月），達素領兵數萬進攻廈門，鄭成功引誘對方在海上決戰，並加以擊退，重振軍威。
1661年2月（永曆十五年正月，清順治十八年），鄭成功傳令大修船隻，聽令出征，並召集將領討論攻台事宜。然而將領們對此計畫並不認同，雖不敢直言反對，但多面有難色。只有曾經到過台灣的將領吳豪發言道：“風水不可，水土多病”，又說“港淺大船難進”。前提督黃廷也附和吳豪的看法，但二人的意見被鄭成功駁斥。大將馬信試圖打圓場，提議先派一支部隊前往探望，如果可取則大軍立即跟進，若荷蘭人防禦堅固，則再討論。陳永華也同意馬信的意見。此時協理中軍戎政（軍事行政官）楊朝棟揣摩鄭成功的想法，發言表示支持攻台，鄭成功聞言大喜，決議出兵。
這是1661年3月漢人鄭成功征台攻荷的部將列表，順序引用來自《台灣通志》的文治、武功、拓殖、延平王世家等章。該列表部分部將鎮守銅山，湄州，金門，廈門一併列出。
| 姓名 | 鎮守職務 |
|---|---|
| 蔡政 | 從征台灣，卒於1668年 |
| 謝永常 | 前鋒馬部先鋒官 |
| 謝吉原 | 日本人，後投靠鄭氏而改姓名為謝吉原。 |
| 楊英 | 戶都事 |
| 柯平 | 後知天興縣 |
| 葉亨 | 後知萬年縣 |
| 鄭省英 | 鄭成功之從弟，1661年12月承天府尹 |
| 楊朝棟 | 協理五軍戎務，承天府尹，後因扣糧，九族盡誅。 |
| 馬信 | 提督親軍驍騎 |
| 黃安 | 後滅大肚王國 |
| 陳澤 | |
| 林鳳 | 1663年北伐攻荷身亡 |
| 楊祖 | 左先鋒。1661年攻大肚王國身亡。 |
| 洪暄 | 澎湖游擊，引鄭成功入鹿耳門 |
| 劉國軒 | 守雞籠山（今和平島） |
| 何斌 | 原荷蘭通事 |
| 林驥 | 參軍 |
| 吳豪 | 掠民銀兩，伏誅。 |
| 陳永華 | 後為咨議參軍 |
| 陳豹 | 忠勇侯，據廈門 |
| 萬義 | 據銅山，不願征台，降於施琅 |
| 萬祿 | 據銅山，不願征台，降於施琅 |
| 張進 | 不降施琅清軍，自焚而死。 |
| 邱輝 | 駐澎湖。 |
| 翁天祐 | 據銅山。 |
| 楊來嘉 | 親丁鎮 |
| 楊富 | 正兵鎮 |
| 陳輝 | 水師一鎮 |
| 洪旭 | 本鄭芝龍部將，後歸鄭成功，據銅山。 |
| 黃廷 | 提督，守廈門。 |
| 王秀奇 | 總督五軍戎務守廈門 |
| 鄭泰 | 守金門 |
| 周全斌 | 右武衛 |
| 何義 | 左虎衛 |
| 陳蟒 | 右虎衛 |
| 蕭拱辰 | 中沖鎮 |
| 黃昭 | 後沖鎮 |
| 陳澤 | 前鎮 |
| 林福 | 禮武鎮 |
| 張志 | 後援鎮，首程東征 |
| 陳瑞 | 英兵鎮，專緝逃亡 |
| 蔡翼 | 中軍船 |
| 陳廣 | 侍衛鎮 |
| 劉俊 | 前沖鎮 |
| 顏望忠 | 智武鎮 |
| 胡靖（明鄭） | 游兵鎮 |
| 陳璋 | 殿兵鎮 |
| 莊文烈 | 知天興縣 |
| 祝敬 | 知萬年縣，後扣糧伏誅 |
荷軍備戰
當時荷蘭東印度公司的台灣長官為揆一（FrederikCoyett），駐守熱蘭遮城（FortZeelandia，今台南市安平古堡），另有地方官貓難實叮（JacobusValentyn）駐守普羅民遮城（Provinta，遺址位在今台南市赤崁樓）。
自1650年前後，隨著中國情勢動盪，荷蘭東印度公司一直關注事態發展是否會影響公司的貿易乃至在台灣的地位。對此公司的最高決策機構十七人董事會曾決議，即便在太平時期，也須維持1200人以上的士兵保護公司在台灣的財產，但事實上並未執行。
1660年（永曆十四年，清順治十七年），當鄭成功攻打南京失利，何斌又逃往廈門之後，大員地區便盛傳國姓爺即將前來攻打的風聲。1月時，大員商館發現當地華商陸續將財產轉移到大陸，同時前來貿易的華船急遽減少，於是召集華商打聽訊息，最後判斷國姓爺將在3月底出兵。
大員長官揆一緊急備戰，要求各地加強偵察與武裝，不準華人在普羅民遮城販賣糧食，所有華人頭家仕紳軟禁在熱蘭遮城中以免通敵。田間未及收割的稻穀一律焚毀，共焚毀8000袋之多，並造成華人傷亡。揆一同時在3月10日向巴達維亞城的總督報告，請求援軍。
1660年7月16日，巴達維亞總督派遣外號“固執約翰”的司令官范德蘭（JanvanderLaan）率領12艘船隻組成的艦隊，載運1453人前往台灣。總督並指示範德蘭，若國姓爺未如情報顯示的來襲，則為了彌補財務損失，艦隊必須攻打澳門。9月20日，范德蘭艦隊中的11艘抵達大員。
范德蘭並不認為鄭成功會前來攻打台灣，抵台不久便堅持要去攻打澳門，與大員方面官員爆發數次激烈爭執。為此，大員評議會在1660年10月22日決議派遣使者前往廈門會見鄭成功，一探虛實。11月下旬，使者帶著覆信回到大員，鄭成功在信中表示善意並否認即將攻台。但評議會根據種種跡象，判斷鄭成功攻台的危機並未解除。范德蘭對此大為不滿，次年（1661年）2月27日率領兩艘船隻，以及所有隨行軍官返回巴達維亞，若干船隻被分頭派往各地，只留下4艘船和不到600名沒有軍官率領的士兵。這時大員地區的總兵力為1500人。
經過
橫渡海峽
17世紀，往來於台灣海峽的中國帆船
金門根據鄭成功事先的調查，要順利進入鹿耳門，必須利用每月初一日和十六日的大潮，如錯過時機，就要向後推遲半個月。在這種情況下，鄭成功當機立斷，決定進行強渡。一些將領鑒於風大浪險，力勸鄭成功不要貿然從事，要求暫緩開航。鄭成功果斷地說：“冰堅可渡，天意有在。……不然，官兵豈堪坐困斯島受餓也。”於是，他下令立即起碇開船。
三十日晚，鄭成功親自率船隊冒著暴風雨橫渡海峽。他們同風浪搏鬥了半夜，於四月一日拂曉航行到鹿耳門港外。鄭成功先換乘小船，由鹿耳門登上北線尾，踏看地形，並派出精良的潛水健兒進入台江內海，偵察荷軍情況。隆武帝在福州建立政權之後，他手下大臣黃道周是個真心抗清的人，一心想幫助隆武帝出師北伐。但是掌握兵權的鄭芝龍，只想保存自己的實力，不願出兵。過了一年，清軍進軍福建的時候，派人向他勸降。鄭芝龍貪圖富貴，就拋棄了隆武帝，向清朝投降，隆武政權也滅亡了。
鄭芝龍有個兒子叫鄭成功（福建南安人），當時是個才二十二歲的青年將領。鄭芝龍投降清朝的時候，鄭成功苦苦勸阻他父親。後來，他眼見父親執迷不悟，氣憤之下，就單獨跑到南澳島，召募了幾千人馬，堅決抗清。清王朝知道鄭成功是個能幹的將材，幾次三番派人誘降，都被鄭成功拒絕。清將又派他弟弟帶了鄭芝龍的信勸他投降。他弟弟說：“你如果再不投降，只怕父親的性命難保。”
鄭成功收復台灣鄭成功兵力漸漸強大起來，在廈門建立了一支水師。他跟抗清將領張煌言聯合起來，乘海船率領水軍十七萬人開進長江，分水陸兩路進攻南京，一直打到南京城下。但是清軍用假投降的手段欺騙他。鄭成功中了清軍的計，最後打了敗仗，又退回廈門。
鄭成功回到廈門，清軍已經占領福建大部分地方，他們用封鎖的辦法，要福建、廣東沿海百姓後撤四十里，斷絕對鄭軍的供應，想困死鄭成功。鄭成功在那裡招兵籌餉，都遇到困難，就決定向台灣發展。
台灣自古以來就是中國的領土。明朝末年，歐洲的荷蘭人趁明王朝腐敗無能，霸占了台灣的海岸，修建城堡，向台灣人民勒索苛捐雜稅。台灣人民不斷反抗，遭到了荷蘭侵略軍的鎮壓。
鄭成功少年時期就跟隨他父親到過台灣，親眼看到台灣人民遭受的苦難，早就想收復台灣。這一回，他下決心趕走侵略軍，就下命令要他的將士修造船隻，收集糧草，準備渡海。
恰好在這時候，有一個在荷蘭軍隊里當過翻譯的何廷斌，趕到廈門見鄭成功，勸鄭成功收復台灣。他說，台灣人民受侵略軍欺侮壓迫，早就想反抗了。只要大軍一到，一定能夠把敵人趕走。何廷斌還送給鄭成功一張台灣地圖，把荷蘭侵略軍的軍事布置都告訴了鄭成功。鄭成功有了這個可靠的情報，進攻台灣的信心就更足了。
公元1661年（永曆十五年）三月，鄭成功要他兒子鄭經帶領一部分軍隊留守廈門，自己親率二萬五千名將士，分乘幾百艘戰船，浩浩蕩蕩從金門出發。他們冒著風浪，越過台灣海峽，在澎湖休整幾天，準備直取台灣。這時候，有些將士聽說西洋人的大炮厲害，有點害怕。鄭成功把自己乘坐的戰船排在前面，鼓勵將士說：“荷蘭人的紅毛火炮沒什麼可怕，你們只要跟著我的船前進就是。”
荷蘭侵略軍聽說鄭軍要進攻台灣，十分驚慌。他們把軍隊集中在台灣（在今台灣東平地區）和赤嵌（在今台南地區）兩座城堡，還在港口沉了好多破船，想阻擋鄭成功的船隊登岸。
鄭成功叫何延斌領航，利用海水漲潮的時機，駛進了鹿耳門，登上台灣島。
台灣人民聽到鄭軍來到，成群結隊推著小車，提水端茶，迎接親人。躲在城堡里的荷蘭侵略軍頭目氣色敗壞地派了一百多個兵士衝來，鄭成功一聲號令，把敵軍緊緊圍住，殺了一個敵將，敵兵也潰散了。
侵略軍又調動一艘最大的軍艦“赫克托”號，張牙舞爪地開了過來，阻止鄭軍的船隻繼續登岸。鄭成功沉著鎮定，指揮他的六十艘戰船把赫克托號圍住。鄭軍的戰船小，行動靈活。鄭成功號令一下，六十多隻戰船一齊發炮，把赫克托號打中起了火。大火熊熊燃燒，把海面照得通紅。赫克托號漸漸沉沒下去，還有三艘荷蘭船一看形勢不妙，嚇得掉頭就逃。
荷蘭侵略軍遭到慘敗，龜縮在兩座城裡不敢應戰。他們一面偷偷派人到巴達維亞（今爪哇）去搬救兵，一面派使者到鄭軍大營求和，說只要鄭軍肯退出台灣，他們寧願獻上十萬兩白銀慰勞。鄭成功喝退荷蘭使者，派兵猛攻赤嵌。赤嵌的敵軍還想頑抗，一時攻不下來。有個當地人給鄭軍出個主意說，赤嵌城的水都是從城外高地流下來的，只要切斷水源，敵人就不戰自亂。鄭成功照這個辦法做了，不出三天，赤嵌的荷蘭人果然乖乖地投降。
盤踞台灣城的侵略軍企圖頑抗，等待救兵。鄭成功決定採取長期圍困的辦法逼他們投降。在圍困八個月之後，鄭成功下令向台灣城發起強攻。荷蘭侵略軍走投無路，只好扯起白旗投降。公元1662年初，侵略軍頭目被迫到鄭成功大營，在投降書上籤了字後，灰溜溜地離開了台灣。
鄭成功從荷蘭侵略者手裡收復了中國神聖領土台灣，成為中國歷史上傑出的民族英雄。
巧渡鹿耳門
荷軍的據點台灣城、赤嵌城位於台南市。這裡海岸曲折，兩城之間有一個內港，叫做台江。台江西南面有七座山嶼相連，叫做七鯤（魚+身）。每座山嶼相距1里多，彼此“毗連環護”。一鯤（魚+身）北面隔海有北線尾小島，其間海面叫大員港（又稱安平港）。北線尾北側為鹿耳門港。荷蘭人修築的城堡台灣城在台江西側的一鯤（魚+身），赤嵌城在台江的東側，互為犄角。
從外海進入台江有兩條航路：一條是大員港，叫南航道，在北線尾與一鯤（魚+身）之間；一條是北航道，在北線尾與鹿耳門嶼之間，即“鹿耳門航道”。南航道口寬水深，船容易駛入，但港口有敵艦防守，陸上有重炮瞰制，必須經過戰鬥才能通過。北航道水淺道窄，只能通過小舟，大船必須在漲潮時才能通過。
1627年荷軍曾在北線尾島北端建有熱堡，1656年在一次颱風中倒塌後便不再派軍防守。荷軍認為，憑此“天險”，只要用艦船封鎖南航道海口，與台灣城、赤嵌城的炮台相配合，就可阻止鄭軍登入。
鄭成功之所以選擇在鹿耳門港突入，一是掌握了該地的潮汛規律，即每月初一、十六兩日大潮時，水位要比平時高五六尺，大小船隻均可駛入。鄭成功從澎湖冒風浪而進，正是為了在初一大潮時渡鹿耳門，二是鄭成功早已探測了從鹿耳門到赤嵌城的港路。所以，鄭成功實施登入作戰的路線、地點的確都是正確的。
四月初一中午，鹿耳門海潮果然大漲，鄭成功命令眾將士按圖迂迴而進。鄭軍大小戰艦順利通過鹿耳門後，立即兵分兩路：一路登上北線尾，一路駛入台江，準備在禾寮港（今台南市禾寮港街）登入。
台灣城上的荷軍原以為中國船隊必從南航道駛入，忙於用大炮攔截，未料到鄭成功卻躲開了火力，船隊從鹿耳門駛入台江，在大炮射程之外。荷蘭侵略者面對浩浩蕩蕩的鄭軍船隊，“駭為兵自天降”，頓時束手無策。鄭軍船隊沿著預先測度好的港路魚貫而人，切斷了台灣城與赤嵌城荷軍的聯繫，迅速於禾寮港登入，並立即在台江沿岸建立起灘頭陣地，準備從側背進攻赤嵌城。在北線尾登入的一支鄭軍，駐紮於鹿耳門，以牽制荷蘭侵略軍兵船，兼防北線尾。
台灣的漢族和高山族人民見祖國的大軍到達，爭先恐後地“出來迎接他們，用貨車和其他工具幫助他們登入”。
根據荷蘭方面記載，鄭成功的登入行動得到中國居民中2.5萬名壯士的幫助。南北路土社高山族民眾聞訊接踵而至，表現了台灣人民熱烈歡迎祖國軍隊收復台灣的愛國熱情。正是由於台灣人民的大力支援，鄭軍不但順利登入，而且為分隔包圍盤踞台灣的荷軍創造了條件。
迫降赤嵌城
1669年出版的《東印度旅行短記》書中插圖揆一妄圖憑藉其船堅炮利和城堡堅固，分三路向鄭軍實施反撲：一路分戰艦向停泊在台江的中國船隻進攻，一路由貝德爾上尉（又名拔鬼子）率兵240人抵抗從北線尾登入的鄭軍，一路由阿爾多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。
鄭軍從禾寮港登入紮營後，即遭到赤嵌城荷軍的炮擊。同時，荷軍又放火焚燒馬廄、粟倉。鄭成功“恐被焚燒糧粟”，派楊英等率軍前往看守堵御。接著，鄭成功調整了部署：命令左虎衛王大雄、右虎衛陳蟒率領統船控制鹿耳門海口，以便接應第二梯隊登入；令宣教前鎮陳澤率兵防守北線尾一帶，以保障主力側後安全，並置台灣城荷軍於腹背受敵的境地，另派兵一部監視台江江面，切斷赤嵌城與台灣城的聯繫，為從海、陸兩面打敗荷蘭侵略軍的反撲作好了準備。
四月初三，在北路發生了北線尾陸戰。北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與台灣城相對，北端臨鹿耳門航道。荷軍貝德爾上尉趁鄭軍剛剛登入，率領240名士兵，乘船沿台江岸邊急駛北線尾，上岸後即分兩路向鄭軍反撲。
貝德爾指揮荷軍以12人為一排，疏開戰鬥隊形放排槍，逼近鄭軍。陳澤率大部兵力從正面迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊荷軍。荷蘭文獻記載：鄭軍“箭如驟雨，連天空似乎都昏黑起來”。
貝德爾發現自己腹背受敵，手足無措。他所指揮的荷軍士兵的勇氣，這時則完全為恐懼所代替，許多人甚至還沒有開火便把槍丟掉了。他們抱頭鼠竄，落荒而逃。鄭軍乘勝猛攻，將荷軍“一鼓而殲”，“夷將拔鬼子戰死陣中，余夷被殺殆盡”。
《東印度旅行短記》圖中左下描繪鐵人軍阿爾多普出援失敗，赤嵌城守敵越發著急。描難實叮派人前往台灣城，要求揆一再派百餘人救援赤嵌城。評議會研究，台灣城的處境危險，兵力不足，“如果再派出一支援軍，則用以保衛熱蘭遮城堡及其周圍地區的全部後備軍將不足500名。而這支隊伍又是戰鬥力最弱、最缺乏作戰經驗的士兵所組成的，所以決定拒絕普羅文查要塞司令的請求”。
荷蘭海軍以僅有的兩艘戰艦和兩艘小艇阻擊鄭軍。荷軍戰艦船體很大，設備先進。鄭成功以60艘大型帆船包圍荷蘭戰艦，荷艦“赫克托”號首先開炮，其他戰艦也跟著開火，鄭軍水師在鎮將陳廣和陳冲的指揮下，個個奮勇爭先。經過激烈戰鬥，“赫克托”號被擊沉。其他戰艦企圖逃跑，又被鄭軍艦船緊緊包圍。鄭軍用五六隻大帆船尾追“格拉弗蘭”號和“白鷺”號，展開接舷戰、肉搏戰。英勇的鄭軍士兵冒著敵人的炮火爬上“格拉弗蘭”號，砍斷船靠，又用鐵鏈扣住敵艦船頭斜桅，放火焚燒。“格拉弗蘭”號和“白鷺”號受重創掙脫逃跑，通信船“伯瑪麗亞”號戰敗後逃往巴達維亞。
1675出版《被遺誤的福爾摩沙》書中插圖鄭成功隨即加緊對赤嵌城的包圍。該城周圍45丈，高3丈6尺，城牆上有4座炮樓。四月三日，鄭軍的士兵在赤嵌城外抓到了描難實叮的弟弟和弟媳。鄭成功對他們講明利害，令其回城，勸說描難實叮投降。接著，又派部將楊朝棟和翻譯吳邁、李仲前往勸降，表示絕對不會加害他們，並允許荷蘭人帶走自己的財產。四月四日，赤嵌城的水源被台灣人民切斷。描難實叮見援兵無望，孤城難守，不得不掛白旗投降。這樣，鄭成功在登入後第四天，就收復了赤嵌城。
描難實叮投降後，奉鄭成功之命前往台灣城勸揆一無條件投降，遭到揆一拒絕。鄭成功與諸將分析形勢，認為不給侵略者以迎頭痛擊，敵人是不肯投降的，於是命令軍隊從鯤（魚+身）南端登入，“移扎鯤（魚+身）山即一鯤（魚+身），候令進攻台灣城”。
結果
荷軍獻城投降
台灣城是荷蘭殖民者在台灣的統治中心，城堡堅固，防禦設施完整。城周長200多丈，高3丈多，分3層，下層深入地下1丈多，“城垣用糖水調灰壘磚，堅於石”。城四隅向外突出，置炮數十尊。荷軍炮火密集，射程遠，封鎖了周圍每條通道。城內荷軍尚有870人，憑藉城堡繼續頑抗。但是赤嵌城被鄭軍占領之後，台灣城已是一座孤城，城內缺糧、缺水，荷軍處境十分困難；加之當時南信風季節剛剛開始，要等待6個月進入北信風季節後，才能將台灣的有關情況告知巴達維亞，然後再等6個月才能利用下一次南信風季節取得巴達維亞的援助，防守更加困難。
鄭成功迫降赤嵌城後，為了牽制台灣城荷軍，即派兵前往七鯤（魚+身）設伏。荷軍行至七鯤（魚+身）時，還沒來得及列陣對壘，即被鄭軍埋伏的藤牌軍衝垮，死傷過半，其餘士卒狼狽退回台灣城。鄭成功命令士兵立柵欄、設炮台，加強對七鯤（魚+身）的防守，同時令楊英、何廷斌以粟6000石、糖3000石補給軍隊。
自四月初以來，雙方一直進行著零星戰鬥。鄭成功一方面積極準備攻城，一方面於四月十二日和二十二日，兩次寫信給揆一，令其投降。又調集28門大炮，於二十四日凌晨摧毀了台灣城大部分胸牆。荷軍於城上集中槍炮還擊，並出城搶奪鄭軍大炮，被鄭軍弓箭手擊退。
受降圖五月二日，鄭軍第二梯隊6000人在黃安等將領的率領下，乘船20艘抵達台灣。鄭軍的兵力得到加強，供給得到補充後，從五月五日開始，在所有通向城堡的街道上都築起防柵，並挖了一條很寬的壕溝，圍困荷軍。鄭成功又三次寫信勸揆一投降。揆一仍幻想巴達維亞會派兵增援，拒絕投降。
五月二十八日，荷蘭殖民當局得到荷軍在赤嵌城戰敗和台灣城被圍的訊息後，匆忙拼湊了700名士兵、10艘軍艦，由雅科布·考烏率領，經過38天航行，於七月十八日到達台灣海面。他們見鄭軍戰船陣容雄壯，躊躇不前，加之風浪很大，在海上停留了將近一個月之後，才有5艘戰船在台灣城附近海面碇泊。其中“厄克”號觸礁沉沒，船上士兵被鄭軍俘虜。鄭成功從俘虜口中得知荷蘭援軍兵力情況後，加緊進行圍城和打援部署。
七月二十一日，駐台灣荷軍當局決定：用增援的艦船和士兵，把鄭軍逐出台灣城市區，並擊毀停泊在赤嵌城附近航道上的鄭軍船隻，以擺脫被圍困境。荷軍分水、陸兩路向鄭軍發起進攻。海上，荷艦企圖迂迴鄭軍側後，焚燒船隻，反被鄭軍包圍。鄭水軍隱蔽岸邊，當敵艦闖入埋伏圈後，立即萬炮齊發。經過一小時激戰，擊毀荷艦兩艘，俘獲小艇三艘，使荷蘭援軍損失了一個艇長，一個尉官，一個護旗軍曹和128名士兵，另有一些人負傷。荷軍其餘艦船逃往巴達維亞。陸上，荷軍的進攻同樣遭到失敗。此後，荷軍再也不敢輕易與鄭軍交戰。
台灣城的荷軍被圍數月，軍糧得不到補給，因而士氣低落，不願再戰。十月，揆一為了挽救行將滅亡的命運，企圖與清軍勾結，夾擊鄭成功軍。揆一的使者到福建後，清軍要求荷蘭人先派戰艦幫助他們攻打廈門，然後再解荷軍之圍，揆一無可奈何，只好派雅科布·考烏率領漂泊在海上的3艘戰艦、2隻小艇前去攻襲廈門。考烏心存畏懼，中途轉舵駛往暹羅（今泰國），以後又逃回巴達維亞。於是，荷軍勾結清軍夾擊鄭軍的企圖完全落空了，士氣更加低落，不少士兵力求活命，陸續向鄭軍投降。
鄭成功從俘虜中了解到荷軍的上述情況後，決定把對荷軍的封鎖戰術轉為進攻，在對方從巴達維亞和中國大陸獲得救兵之前，向熱蘭遮城堡的荷軍發起猛烈攻擊。為此，鄭軍增建了三座炮台，挖了許多壕溝，以遏制荷軍的炮台。
1662年農曆一月二十五日清晨，鄭成功下令炮轟烏特利支圓堡。在兩個小時內，鄭軍發射炮彈2500發，在該堡南部打開了一個缺口，當天即占領了該堡。鄭軍居高臨下，立即利用此堡改建炮台，向台灣城猛烈轟擊。荷軍團守孤城，岌岌可危，揆一在城上督戰，看到城防已被突破，手足無措。在這種情況下，鄭成功派通事李仲入城勸降。李仲對揆一說：“此地非爾所有，乃前太師練兵之所。今藩主前來，是復其故土。此處離爾國遙遠，安能久乎？藩主動柔遠之念，不忍加害，開爾一面：凡倉庫不許擅用；其餘爾等珍寶珠銀私積，悉聽載歸。如若執迷不悟，明日環山海，悉有油薪磺柴積壘齊攻。船毀城破，悔之莫及。”荷蘭殖民評議會召開緊急會議，討論形勢及對策。台灣城被圍已近9個月，荷軍死傷1600餘人，能參加戰鬥的士兵僅剩600百餘人，且已彈盡糧絕，疾疫流行，形勢已完全絕望。評議會認為：“如果繼續戰鬥下去，可怕的命運將降臨到每一個人頭上，而這樣堅持，對公司也沒有什麼好處。”揆一走投無路，只得同意由評議會出面同鄭成功談判。經過會談，揆一“願罷兵約降，請乞歸國”。
1662年2月6日（順治十八年十二月十八日，即南明永曆十五年），荷蘭駐台灣長官揆一簽字投降。荷軍交出了所有城堡、武器、物資，包括傷病員在內的約900名荷蘭軍民，最後由揆一率領，乘船撤離台灣。
至此，荷蘭侵略者在台灣38年的殖民統治宣告結束，寶島台灣又回到祖國的懷抱。
東印度公司離台
1662年2月1日（永曆十五年十二月十三日），揆一在投降協定書上籤字。
條約重點為：
雙方停止一切敵對行動，並忘記仇恨。荷方將城堡、大炮、軍用物資、商品和現金交給國姓爺。荷蘭人可攜帶一切返回巴達維亞必須使用的食物、工具等物品。荷蘭士兵得以揚旗、鳴炮、荷槍、擊鼓、列隊上船。國姓爺應釋放所有荷蘭俘虜。東印度公司應釋放所有中國人俘虜。2月9日（永曆十五年十二月二十一日），2000名荷蘭人登上8艘荷蘭船艦，等候出航。《熱蘭遮城日誌》記錄至這一天為止。
1662年2月17日，揆一率領盧斯杜南號、唐堡號、安克文號、梅頓號、泰伯特號、納爾登號、白鷺號和羅南號啟程，結束了荷蘭在台灣38年的統治。
影響
鄭成功領有台灣之後，建立了台灣第一個漢人政權，也帶來一波漢人移民潮。鄭成功雖然在攻下台灣的同一年逝世，但繼位的鄭經與鄭克塽持續統治台灣21年，並在陳永華的規劃之下，引進中國明制的宮室、廟宇和各種典章制度，奠定了台灣在日後成為一個以漢民族文化為主的社會，而不僅僅是另一個海外華埠。因此有學者形容此役“決定台灣爾後四百年命運”。
在荷蘭東印度公司方面，失去大員這個據點之後，“東南亞—大員（對中國轉口）—長崎（日本）”的商路中斷，對中國貿易量也急遽減少，損失甚大。荷蘭東印度公司數度企圖恢復這條航路，因而與清廷聯手攻打鄭氏。
1663年清荷聯軍攻打金門和廈門，此時鄭成功已死，鄭軍領袖為鄭經。雙方在金門烏沙港交戰，鄭軍落敗，先撤往銅山，不久之後全軍轉往台灣，完全失去在大陸的根據地。但此役之後清廷僅贈送銀兩與禮物給東印度公司，並未派兵協助攻打台灣。
1664年8月，東印度公司占領雞籠。同年11月，荷蘭艦隊與清靖海將軍施琅率領的水師組成聯軍，準備攻打台灣，但一出海面便遭遇大風浪被迫折回。此後清廷對攻台轉趨消極，東印度公司也因為連年軍事行動造成財政困難，雙方皆不再對台灣採取軍事行動。此外，由於清廷厲行海禁，東印度公司在基隆的據點幾乎無利可圖，維持費用卻十分龐大，因此於1668年7月自行放棄撤出。
至於大員長官揆一則因為投降而受到審判，被軟禁於班達（Banda）群島，直到1674年家人以25000荷盾將他贖回。1675年他出版《被遺誤的福爾摩沙》一書為自己辯護。
意義
鄭成功收復台灣的軍事鬥爭，是中華民族反對外來侵略的成功嘗試。通過這一鬥爭，驅逐了荷蘭殖民者，維護了中華民族的利益，捍衛了中國主權和領土的完整，因而具有極其重大的歷史意義。
紀念文學
七絕
蔡廷鍇
心存只手補天工，
八閩兵寨今古同;
當年古壘依然在，
日光岩下憶英雄。
七絕
蔡元培
叱吒天風鎮海濤，
指揮若定陣雲高。
蟲沙猿鶴有時盡，
正氣觥觥不可淘。
謁鄭成功祠
張學良
孽子孤臣一稚儒，
填膺大義抗強胡。
豐功豈在尊明朔，
確保台灣入版圖。
註：張學良《謁鄭成功祠》這首七絕，是張學良晚年在台灣所作，而“確保台灣入版圖”一語，昭示了張學良心向祖國統一的愛國情懷。
七子之歌·台灣
聞一多
我們是東海捧出的明珠一串，琉球是我群弟我就是台灣。我胸中還氳氤著鄭氏的英魂，精忠的赤血點染了我的家傳。母親，酷炎的夏日要曬死我了，賜我個號令，我還能背城一戰。母親!我要回來，母親!
註：詩中“鄭氏”，指鄭成功。
題鄭成功紀念館
郭沫若
開闢荊榛，
千秋功業;
驅逐荷虜，
一代英雄。
題鄭成功紀念館
薛剛
護保國圖，敢據一隅存日月;
周鏇外虜，單憑三木挺脊樑。
輓聯
愛新覺羅·玄燁
四鎮多二心，兩島屯師，敢向東南爭半壁;
諸王無寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠。
鄭成功頌
劉銘傳
賜國姓，家破君亡，永矢孤忠
創基業在山窮水盡;
復父書，詞嚴義正，千秋大節
享俎豆於舜日堯天。
劉銘傳書於合肥
註：劉銘傳，曾詔任督辦台灣事務大臣，鏇授福建巡撫，太子少保，加兵部尚書銜，光緒十二年，台灣設行，任銘傳為巡撫。
鄭成功贊
薛剛
橫海極目，心雄萬夫。忠肝照海，孤膽震俗。志略超人，涵大潮之澎湃;胸懷坦蕩，納旭日之先出。奔走黃藍，父子心異南北;圍剿夷敵，君臣志全版圖。延炎黃之血脈，傳洛泗之道儒。葆高山之巍巍，驅嗜血之外虜。以鐵血鑄豐碑於寶島，以豪氣勒精神於東土。煌煌兮功德光天庭，浩浩兮丹心著史書。
想其降蓬萊，脫俗埃。撫朝陽，何壯哉!誕石芒耀，目炯九垓。時而蛟龍入水，望西墜之大明;哪知暗礁潛藏，聽波濤之狂拍。激總角之青春，養氣宇以豁開。於是返閩江之畔，長孔孟之才。脫穎群生，翹楚同儕。妻大儒之秀女，入國監而別裁。澤以天雨，茁大木之森茂;厚以地坤，期弘光而有待。
然則勢窮日月，方顯英傑。仙霞失守，雄關悲歌。百戰垂成，永曆回光;三頭奮進，延平勇烈。拔閩南之巒障，匯兩廣之熱血。電閃檣帆，何時微微波漾;風破滄溟，何處稍稍雨歇。千輪競渡，困八旗之鐵騎;萬箭齊發，有三江之大捷。海澄不受，拒清庭於千里;瓜州再勝，數辮軍之十惡。庶乎圍金陵，望復興。雖退敗，敵忐忑。一時仁孝聲振，軍功名赫。
於是艦橫海峽，奇襲台南。海風霹靂，勇往直前。降囂張之紅毛，收久別之故園。致敬高山，燃燃木棉。喜泣鬼神，歡驚地天。而後敷教化，樹芝蘭。序倫理，賦詩篇。錦繡太魯閣，風光日月潭。一時風迥隔岸，續伊洛之源流;俗改荒野，存海外之桃源。眾黎至今享其賜，五洲還仍揚其帆。
頌曰：
洶湧潮頭，公所降兮。海風激盪，獲鱗羽兮。翹秀儒林，行忠孝兮。臂挽狂瀾，軍功著兮。揮灑豪情，昭日月兮。雲帆入洋，英雄望兮。叱吒鎮濤，天為伴兮。辟境荊蠻，逐荷夷兮。一島延平，全中夏兮。教化一方，功名傳兮。蛟淵鵬霄，永不磨兮。
鄭成功贊
賴少其
焚青衣於孔廟，舉義旗於東南，北伐歸而東渡。王封延郡，地拓台灣，千古英雄，萬古留芳。
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