戰前背景
日本：戰爭的發起國日本在經歷了從1467年應仁之亂起長達一百多年的戰國時代後，於1590年由 豐臣秀吉完成統一，軍力空前強大。朝鮮：此時的朝鮮處於李氏王朝時期，國內長期和平，武備鬆弛，“人不知兵二百餘年”。而朝堂上又黨爭不斷，互相傾軋，政治日趨腐敗。
明王朝：作為朝鮮宗主國的中國明朝，此時也日暮西山。1582年，掌權十載、厲行變法，一度使明朝出現中興氣象的名臣張居正病逝後，獨攬大權的明神宗先是廢除變法措施，後又長期不上朝、消極怠政，並大肆侵占土地，搜刮民財。朝中大臣黨派林立，鬥爭激烈。各地農民暴動、軍隊叛亂接連發生，遼東女真部落也在逐步壯大。明王朝國力衰退、積重難返，雖未到情勢危急時刻，但已是禍根深埋。後人云：“明之亡，實始於萬曆。”
第一回合衝突
萬曆韓戰 日本的準備及出兵
為了侵略朝鮮，豐臣秀吉早在1591年（日本後陽成天皇天正19年、明神宗萬曆19年、朝鮮宣祖24年）開始進行準備，正月時就已經對各大名下達水軍部隊兵員的徵召動員令：
東起常陸，經南海至四國、九州，北起秋田、坂田至中國，臨海各國諸大名領地，每十萬石準備大船兩艘。 各海港每百戶出水手十人，乘各國諸大名所建之大船；若有多餘，則集中至大阪。 秀吉本軍所用船隻，各國大名每十萬石建大船三艘、中船五艘。所需建造費用，由秀吉撥給；各國大名將所需建造費用，以預算表呈報，先撥給一半，迨船建造完畢後，再行付清。 水手每人給予兩人 俸米，其妻子食糧另外給付。 軍陣中所雇用之下人妻子，亦一律給予食糧。 以上所述及之各船舶、水手，皆須於天正20年（1592年）春季時，集中至攝津、播磨、和泉三國各港口。 到了同年3月時，亦決定了陸軍部隊兵員的徵召動員令。各國諸大名每萬石應徵召人數各地不同：
四國、九州600人。 中國、紀州500人。 畿內五國400人。 駿河、遠江、三河、伊豆四國300人，由此以東，200人。 尾張、美濃、伊勢、近江四國350人。 若狹、越前、加賀、能登四國300人。 越後、出羽200人
1592年（明神宗萬曆20年、日本後陽成天皇天正20年《同時於同一年改年號為【文祿】》、朝鮮王朝宣祖25年）3月，豐臣秀吉共調動了軍隊30萬6250人，以15萬8700人之陸軍部隊區分為九個軍團渡海至朝鮮作戰，以宇喜多秀家為總指揮官。
軍團 指揮官 所部兵員
第一軍 小西行長 18000人
第二軍 加藤清正 22000人
第三軍 黑田長政 12000人
第四軍 島津義弘 14500人
第五軍 福島正則 25000人
第六軍 小早川隆景 15000人
第七軍 毛利輝元 30000人
第八軍 宇喜多秀家 11000人
第九軍 羽柴秀勝 11000人
再加上九鬼嘉隆率九千二百人水軍部隊和七百艘艦船作運輸士兵和海戰之用。
將領 官職 所部兵員
九鬼嘉隆 大隅守 1500人
藤堂高虎 佐渡守 2000人
脅坂安治 中務少輔 1500人
加藤嘉明 左馬介 750人
來島康親 700人
菅野正影 250人
另外為了補充兵源，命德川家康、前田利家、上杉景勝、蒲生氏鄉、伊達政宗將他們的旗下的軍隊集結在肥前 名護屋（今佐賀縣）作為預備隊，共10萬5千人。一時間“群賢畢至，少長鹹集”。在戰略上，採用德川家康的提案，確定了“陸海並進”、“以強凌弱”、“速戰速決”的戰法；以水軍保證陸軍的戰略物資供應，陸軍分三路齊頭並進，一舉占領朝鮮。在一切工作準備就緒後，豐臣秀吉以朝鮮拒絕攻明為由，於4月正式開始了對朝鮮的戰爭。4月12日其第一軍團一萬八千七百人先渡海至對馬島待命。4月13日九軍出發之命到達，4月14日侵朝的日軍首先於釜山登入，19日後的5月2日克朝鮮王京漢城，6月15日陷平壤。
朝鮮初期抗戰
萬曆韓戰 明軍援朝經緯
5月8日朝鮮國王李昖倉皇出奔平壤，但在5月27日日軍第一、第二、第三軍團追擊而至，突破臨津守備攻陷開城，於是宣祖李昖不得不在6月11日離開平壤，再繼續流亡至中朝邊境的義州，並遣使向宗主國明朝求援。當時朝鮮全國八道已失，僅剩平安道以北，靠近遼東半島之地義州一帶尚未為日軍所陷，宣祖李昖知道若沒有明朝的幫助，根本沒有可能光復朝鮮，因此便派幾批使臣去明朝求救。朝鮮的使臣們除了向萬曆皇帝遞交正式的國書外，分別去遊說明朝的閣臣、尚書、侍郎、御史、宦官，甚至表示願意內附於明朝，力圖促使明朝儘快出兵援朝。而明朝朝廷亦認為“倭寇之圖朝鮮，意實在中國，而我兵之救朝鮮實所以保中國”。因此，不久後便答應宣祖李昖渡過鴨祿江，居住在大明領土遼東半島的寬奠堡，等於正式受到明廷的保護，同時出兵援助朝鮮。
朝日同謀疑惑
對於明朝而言，朝鮮的告急幾乎是不可思議之事，根據《宣祖實錄》，明朝曾經遣使來問說，貴國向為東國之強者，為什麼突然失陷於倭賊?……同時也有使節表示，貴國既然求援怎么不曾提及幾月幾日那道淪陷、發生什麼戰役、損失多少兵馬、將領有誰戰死、臣子有誰死節等等……讓朝鮮國王與諸臣一時驚懼，擔心明朝懷疑朝鮮與日本同謀，想要假借向明朝求援引誘明軍進入朝鮮來殲滅之。當時也有福建海商，以到朝鮮經商時聽聞的訊息，回報朝廷說，朝鮮與日本同謀。國王在得知此訊息後，為了讓明朝釋疑，除了反覆派出使臣外，也將日本威脅朝鮮的書信轉呈給明朝，以表示朝鮮之無二心。與此同時兵部尚書石星也秘密派遣曾經出訪過朝鮮，看過朝鮮國王者，來辨別朝鮮國王的真假，遼東也遣畫師前來，秘密畫下國王的相貌以資辨別。
在明朝中央反覆蒐集情資與討論之際，遼東已經在6月己亥日先派遣出寬奠堡副總兵都指揮佟養正率領8名飛騎傳信先渡江到朝鮮義州附近準備，分為5撥，每撥須賓士百里，遇到緊急軍情，迅速傳遞。恰巧倭將屯住在江沙，發數百名騎兵舉行操演，朝鮮大臣特地請明將前往偵查，明將有說：“若只如此，天兵一來，可以剿滅。”
軍糧問題
6月癸卯，隨著明軍的即將到來，明朝與朝鮮反覆磋商的事宜開始集中在基本的事務上，首要需要解決的就是軍糧問題，因為朝鮮無餉，所以明朝朝廷已經決定由中央直接撥餉給明軍，同時也先賞賜朝鮮國王2萬兩銀兩。只是糧食轉運不便，所以在明軍的立場是希望朝鮮能夠提供。宣祖實錄里在此段時間充滿了國王與大臣之間關於軍糧的討論，本來預估在平壤有4萬餘石，在安州有20餘萬石，可以供5000人15日食用，不過其後平壤淪陷，糧食盡歸日軍。後說嘉山有5~6百石的糧食，可以供2000士兵使用，卻有說安州連1石糧食都沒有。由這些記載裡面可以看出朝鮮政府對於地方的掌控已經完全失控。地方官員很多因為避難都逃亡無蹤，中央也不知道地方的詳情。
初戰不利
最終在6月15日參將戴朝弁與游擊史儒開始率軍渡江，根據《宣祖實錄》紀載一共是有1029名士兵、馬1093匹。在之前因為朝鮮使臣已經回報說明軍分為兩梯，首梯由初七日由史儒率領發兵，次梯則是初十日由王守官領兵發兵。第一梯一渡江後朝鮮政府隨即一再催促出兵南下，並且還為了軍隊的指揮權，明軍將領與朝鮮大臣起了小小的口角，不過明軍將領相當堅持要等全軍到齊才出兵，可以看出明軍將領的確是老於戰陣，朝鮮的大臣則是因為缺少軍事經驗與一再的失利而喪失了判斷力。在丁末日原任參將郭夢征與游擊王守官率領500軍馬渡江回遼東，隔日17日，兩人又再度率軍渡河回朝鮮，共率領506名士兵與馬匹779匹，副總兵祖承訓也同時率軍到來，有軍隊1319名馬匹1529匹。相加之後就可以得知，遼東第一次發兵時共出兵2348人、馬匹2622匹，指揮官為副總兵祖承訓，後勤調度則是由駐防在九連城的遼東總兵楊紹勛總理其事。
6月間朝鮮使節李德馨屢次上書明朝遼東巡撫郝傑，並在巡撫帳下日夜痛哭不走，遼東巡撫受其感動，遣副總兵祖承訓率騎兵5000人渡鴨綠江救援朝鮮，與日軍戰於平壤城。但因天雨馬蹄紛紛潰爛，加上祖承訓不知善用騎兵之利，反而領兵輕率進入平壤城內，城內多狹巷，騎兵不但無法衝鋒，更成為日軍鳥銃伏擊的對象，導致軍潰將亡，承訓僅以身免，朝廷震動。
7月17日黎明，祖副總兵以游擊史儒、王守官等為先鋒統軍進迫平壤炮城，史儒率領千總馬世龍、張國忠兩官先入城，手斬敵首10級，遭到鳥銃命中而亡。軍隊潰散，祖副總兵一日之內敗退過大定江，朝鮮急派兵曹參知沈喜壽往九連城，希望楊紹勛總兵能命令祖承訓副總兵暫時留守在朝鮮境內，但祖副總兵撤退過速，已經渡過鴨綠江。
祖承訓副總兵在其後上呈給楊紹勛總兵的報告裡面，提及了數個問題。
糧草不繼，朝鮮無法提供足夠的糧草夠軍隊食用。 軍情不實，朝鮮情報指出平壤只有1000多名倭軍，實際交戰後估計倭軍有上萬人。 指揮權不專，朝鮮群臣一直希望明軍能由朝鮮將領指揮，並且壓迫明軍在天時不利的情況下出兵。 明軍對朝鮮軍缺乏信賴，祖承訓副總兵指出同時去平壤的也有500名的朝鮮軍，結果臨交戰時，400名朝鮮軍先潰逃，剩下的100名則是與對方有所交談。同時，明軍多有遭弓箭射傷與射死，根據朝鮮的情報，倭軍只有鐵炮與長劍，所以懷疑射箭的是朝鮮人。 經過朝鮮使臣的反覆申辯，楊紹勛總兵後來接受了朝鮮的解釋，也就是軍情是由朝鮮的節度使提供的，可能偵查有誤，關於射箭一事可能是因為朝鮮兵器落入倭軍手中，或者是因為有朝鮮人遭到俘虜，才受到倭軍指使。
明軍第二波增援而自從平壤兵敗後，遼東軍就等同是移交了此戰爭的主導權到中央兵部手裡，在其後朝鮮使臣雖然數度拜見楊紹勛，或是其他游擊、參將等等，請求再派兵進入朝鮮以壯士氣，甚至說出派幾百人聲援都可以。不過，明朝已經另有戰略規劃，茲摘錄《宣祖實錄》里的幾段話：“……此賊非南方炮手不可制，欲調炮手及各樣器械先到於此矣，待南兵一時前進……”，“……今則霖雨頻數，道路泥濘…秋涼後方可發大軍前進剿滅…偌大軍留義州及你國…則你國糧料不敷，你國今且省了糧料，留備大軍之用…發兵救援已有明旨，我天朝無有內外之別，寧有終始之異乎…”。
可見後來明廷和遼東軍已知倭軍絕非朝鮮以為的數千兵馬，而且也已經規劃要以中國內地後勤補給來支援作戰，並期望能以優勢兵力儘速擊倒倭軍。至於後來為何成為梯次增兵，還是不脫補給不繼與情報缺乏兩項。
明軍的增援
明軍自7月起多次派遣游擊沈惟敬到朝鮮，甚至遠赴平壤與倭軍談判，其目的在於拖延時日以待大軍集結。 同時先派出先鋒，不過因為考量到朝鮮的軍糧缺乏，所以暫時駐兵在遼東境內，根據《宣祖實錄》紀載，所派先鋒人數為6000人，其中有副總兵祖承訓的薊州鎮兵2400人，和本來要派往建州衛的南軍炮手600人，游擊張奇功麾下3000人。至於總兵力則是號稱10萬人，實際派發在7萬人。9月己未，敕使薛潘渡江到朝鮮晉見朝鮮國王做最後的協調，“…曰：天兵十許萬方到，且千里饋運，事所未易，預以銀來此換米，何如？…”，這段是說千里運糧不是很簡單，天朝想要帶銀兩來此，然後現地買軍糧，可以嗎？國王是這樣回答的：“…小邦土地偏小，人民貧瘠，且國俗不識貨銀之利，雖有銀兩，不得換米為軍糧矣…”，一段話就等於告訴明朝大軍必須要自帶糧食，朝鮮的農業基本上是已經破產了。在同月的辛酉日也有如下紀載，遼東巡按命令林世祿詢問朝鮮司諫院司諫李幼澄，“…你國糧料可支幾月？答曰：可支萬兵一月。又問：一月之外做何計較？答曰：若除平壤之賊，則忠清、全羅亦可取用…”，由此可知為了支應大軍，平壤是首要戰略目標。
估計日軍兵力
關於日軍人數與明軍數目的討論。9月甲子，朝鮮宣祖召見尹根壽與韓應寅討論，沈惟敬只看到平壤的敵軍人少，鹹鏡道的敵軍更數倍於平壤，尹根壽轉述說沈游擊表示平壤光是看到的敵軍就有1000人，其他分駐的人應當更多，尹根壽說偵探回報平壤軍隊只有900人，沈惟敬則說，此偵探所言不實應該斬首，預估需要7萬人才可以攻陷平壤…。事後以此觀之，7萬人的確是首次出兵的估計人數。至於朝鮮全境的日軍人數討論，可以見實錄再10月庚寅，宣祖召見多位備邊司官員討論，其中有問說“…賊數幾何？尹斗壽曰：“…賊自言32萬雲矣…”，這時尹根壽接著說，賊自己這樣說，如果有8萬人就可以迅速攻陷朝鮮，因為只有5萬人，所以無法迅速戰勝。李恆福回答，“我軍殺死倭軍幾乎有1萬人矣，如果倭軍只剩下4萬人，為何到處都有倭軍呢？…”所以，雖然已經經過4個多月，朝鮮還是無法確定日本軍到底是登入了多少人，這也為後來的明軍所需要派出的兵力估算增加了不少的困擾。
建州衛的提議
建州衛的女真人對朝鮮提出援助，9月辛未，建州衛的女真人努爾哈赤在向明朝朝貢馬匹的貿易後，聽說日本軍入侵朝鮮之事，派使臣馬三非來朝鮮說：稱建州衛部下有馬軍三、四萬，步軍四、五萬人，皆精勇慣戰，聽說倭軍入侵朝鮮，因為跟朝鮮唇齒相依，願意出兵援助朝鮮。經過朝鮮國王宣祖與大臣討論後，禮貌性的拒絕了。
明朝五萬大軍出師
明軍的軍略。在10月庚辰，朝鮮禮曹判書尹根壽等見明朝葛總兵，葛總兵私底下告訴他們說：“這次動員有關內薊州、宣府、大同等處鎮兵及南兵1萬人共7萬人，廣寧、遼東等地鎮兵6萬人共13萬人，……聖旨以為直殺到王京，如果讓倭軍今年逃走，則明年必當再次入侵，當使倭軍片甲不還。”
這就是明軍一開始的用兵規劃，希望能集結大軍一次殲滅入侵的日本軍，只是事後才發現計畫與實際有所出入就是了。朝鮮大臣又問糧餉，葛總兵說：“鴨綠江以西車運，以東馬運，並不需要使用貴國的錢糧。使臣又問說，那么沈游擊的和談之說，如何？如果真的和談，小邦的痛就沒有辦法申張了。葛總兵回答：我不知道朝廷的意思，不過楊總兵說大軍到了平壤，如果倭軍束手哀求請降，那我們也只能默默接受。如果頑強抵抗，就將倭軍一次殺光，哪裡有不讓你們滿足心愿的道理！葛總兵的話就是倭軍不投降的話，一定會讓朝鮮人復仇的意思。”
明軍首波渡江入援人數的朝鮮官方紀載，10月壬子，朝鮮的備邊司啟曰：“天兵總計4萬8005人，將領中軍千把總還沒有算在裡面，一日糧每一名是1升5合，馬匹2萬6700匹，將領等官之馬不在數內，每一匹日給料豆3升。以此計算，則4萬8585人的糧食一天是720石，2個月則需要米4萬3730石；馬一日用豆801石，2個月需要豆4萬860餘石。……目前估計自義州至平壤，留谷之數大約有5萬1488石，豆3萬3127石……，抽西補東軍糧可以支應50餘日，馬豆則似乎不足……。”
平壤大捷
同年8月，明朝以兵部右侍郎宋應昌經略備倭軍務，並詔天下督撫舉將材。於10月16日，明朝命李如松總理薊、遼、保定、山東軍務，並充任防海御倭總兵官，其弟李如柏、李如梅為副總兵官，一同開赴朝鮮。明朝從全國範圍調集了4萬精銳。這支軍隊的主要構成如下：遼東精騎1萬；宣府、大同各選精騎8千；薊鎮、保定各選精銳步兵5千；江浙步兵3千。四川副總兵劉鋌率川軍5千，做為後續部隊向朝鮮進發。在1592年12月25日， 總兵官李如松從寧夏勝利歸遼後，尚不及休息即率軍43000餘人越過鴨綠江進入朝鮮。元月5日進抵平壤城下，元月8日與小西行長的第一軍團18000人戰於平壤，平壤城易守難攻。東有大同、長慶二門，南有蘆門、含毯二門，西有普通、七星二門，北有密台門，有牡丹峰高聳，地形險要。李如松的部署如下：薊鎮游擊吳惟忠率領步兵當先，遼東副總兵查大受率領騎兵居後，攻擊北部要塞牡丹峰；中軍楊元、右軍張世爵領兵進攻城西七星門；左軍李如柏（李成梁次子）、參將李芳春領兵進攻城西普通門；祖承訓率領明軍喬裝為朝鮮軍麻痹日軍，力攻城南蘆門；主帥李如松督陣。明軍主力將進攻平壤的南、西、北三個方向，東面給日軍留出退軍路線。祖承訓率領的明軍率先突破城南的蘆門，接著含談門、普通門、七星門、牡丹峰也相繼被明軍攻占，日軍黑田長政曾派黑田二十四將之一的久野重勝（久野四兵衛）前往偵查，也被明軍毒刀砍傷於翌日毒發身亡。小西行長一看大勢已去，率領殘兵退守城北一隅風月樓。入夜，日軍自東南方向突破，渡過大同江向漢城退卻。沿途早有李如松部署李寧和查大受伏兵等候，一陣掩殺，擊斃數百日軍。當時明軍配有佛朗機炮、虎蹲炮，滅虜炮...等等火炮數百門，日軍火繩槍雖然略優於明軍火銃，但日軍卻沒有明軍威力強大的火炮。朝鮮紀錄“在距城5里許，諸炮一時齊發，聲如天動，俄而花光燭天”，...“倭銃之聲雖 四面俱發，而聲聲各聞，天兵之炮如天崩地裂，犯之無不焦爛……”。李如松卒收復平壤、開城，並且進攻漢城。
碧蹄館大戰
由李如松率領的明軍在平壤大捷後，欲乘勝追擊日軍，先遣副總兵查大受與朝鮮將領高彥伯領騎兵數百偵查開城至王京之間的道路，正月廿五偵查先鋒在碧蹄館（位於首爾西北部的京畿道高陽市德陽區的碧蹄洞）南方的礪石嶺遇到日軍前野長康、加藤光泰的偵察隊數百名，一時之間，雙方前鋒交戰互有傷亡，日方敗退損失60名騎兵，查大受則退往碧蹄館。
26日提督李如松得報後，以為日軍如當地土民所說棄京城撤退，遂率領本部兵馬騎兵2000餘人(一說3000人，亦有僅帶親兵1000人之說法)從開城疾馳引援。
孰料日軍立花宗茂率先於其他日軍，獨自領3200名軍兵正在礪石嶺埋伏，以部將森下釣雲、十時但馬偵查到明軍查大受所部，小放幾發鐵炮後回報，便從清晨7時傾開始，起先僅以部將十時連久、內田統續、天野貞成(本名安田國繼，討取森蘭丸之“明智三羽烏”之一。)率500兵為第一陣擺旗示弱引誘查大受來攻，十時連久投槍、拔刀奮戰率隊突擊至北邊的望客硯，但遭查大受約3000兵力的包圍，中箭(可能為李如梅所射之箭)撐到立花軍第二陣小野鎮幸、米多比鎮久的800兵交替後身亡，不久立花宗茂與其弟高橋統增率本隊2000兵從左方奇襲明軍右翼，查大受因此更往北邊的碧蹄館退軍，此時宗茂率親兵800追擊，但部將池邊永晟奮戰戰死，又查大受終於接應了馳援而來的李如松，此前哨戰歷經5小時，後立花軍轉往碧蹄館西南邊的小丸山布陣休息，接應小早川隆景等日軍大部隊軍勢於望客硯。
李如松得知先鋒已經交戰迅速展開為鶴翼之陣，於礪石嶺北方的望客硯迎來查大受軍勢後於碧蹄館重整軍陣，此時近中午時分，突然20000名日軍先鋒軍如小早川隆景、毛利元康、小早川秀包、吉川廣家等出現占領望客硯，後面還有日軍本隊20000兵如宇喜多秀家、黑田長政進軍。
由於碧蹄館地形狹隘，又多泥濘水田，不利騎兵行動，於是李如松且戰且退，往北方高陽市的出口惠陰嶺，急忙傳令中軍主力急速進兵，雖然剛開戰明軍先鋒擊退小早川隆景的左翼先鋒粟屋景雄3000兵，但隆景右翼先鋒井上景貞3000兵又反包夾明軍先鋒，但是戰況仍是明軍優勢，一方日將立花宗茂領3000兵從日軍左方移動至明軍右側山上，見機先以部將立花成家率鐵炮隊射擊後全軍突擊明軍右翼，立花軍中其中一位金甲倭將（小野成幸）與李如松單挑時，被李如梅射殺，而明軍左翼也遭到毛利元康、小早川秀包、筑紫廣門的突擊，正面則是小早川隆景壓制，明軍頓時如同被包圍的態勢，此時李如柏、李寧、查大受、張世爵、方時輝、王問等明將皆各自持刀奮迅作戰，其中李有聲為護衛如松而遭到隆景部將井上景貞刺殺，立花軍中也有安東常久、小串成重兩位旗本武士戰死，小早川秀包麾下更有八名家臣身亡，不久小早川隆景投入吉川廣家、宇喜多秀家(實則為其重臣戶川達安所率)、黑田長政的軍勢欲加包圍，兩軍從午後交戰6個小時至黃昏，然而明軍終於等到左協大將副總兵楊元率援軍到來，楊元奮勇衝破日軍包圍領軍搶占如松右方陣地，並和李寧的炮營發炮轟擊日軍援護明軍撤退，日軍小早川隆景因明軍援軍的到來方始退軍。(以上過程為參考、融合《明史·李如松傳》[1]、《日本戰史·朝鮮役》[2] 的說法。)
另外根據《征東實記》、《萬曆三大征考》等史書記載，李如松率輕騎解救出查大受軍後，繼續鼓勇急進，又從碧蹄館向王京方向逼進了三十里，和王京數萬日軍對峙了三天，最後方從容撤退。
兩軍從午後交戰6個小時至黃昏，據中國史記載明軍傷亡2500人，日軍死亡則超過8000人，另據朝鮮史載兩軍各死傷5、600人，部分日史記載明軍參戰人數為20000人，倭軍斬首明軍6000人。滿清編寫者則說“諸營上軍籍，死亡殆二萬”云云，占了當時明軍入援朝鮮參戰兵力的一半。都遠遠高於朝鮮史的記載，根據朝鮮宣祖實錄所記，明軍投入戰役人數當不超過5000人，當日軍望見明軍步兵抵達後隨即撤退，可見明軍投入戰場兵力並不多。而“朝鮮《宣祖實錄》記載，此役之後，明軍大勢依然，二萬之死亡云云當系虛說”應該可以確信。
戰後日軍並未追擊，反而退返王京，顯示日軍並未完全控制戰場，此役應該是勝負各半。但是李如松經此役後，因親兵死傷甚重，加上明軍北兵與南兵之爭日烈，李如松以後就無意進取，先退開城，後又退往平壤。但終達到逼退日軍從平壤南下於戰略上的成功，而碧蹄館之戰則算是日軍在戰術上的成功，屬皮洛斯式勝利。
碧蹄館戰役後大明、朝鮮間的種種爭議
明軍南、北兵之爭：因為平壤之役南兵先登城牆，可是北兵多斬首級，而李如松上報朝廷的時候多表北兵之功，而少論南兵先登之功，造成南兵將領與北兵將領之間的隔閡。朝廷也因為有北兵是斬朝鮮人的首級來報功的傳言，特別派出欽差大臣來朝鮮查證。在碧蹄館戰役後，南兵就傳出北兵在碧蹄館陣亡的傳聞，並且搶先向經略回報；同時南兵因為提督下令他們留守平壤，在碧蹄館一戰後，將領對於北兵將領多有嘲諷之語，認為北兵作戰不利，如果單用南兵早就收復平壤。 明、朝之爭：兩國爭議不外乎是在糧餉與兵力，朝鮮復國心切，一再催促明軍進兵，明軍將領多半言明糧食欠缺，天候不佳，進兵有所疑慮。同時明軍因為將南兵留在平壤，在前線的反而多是北兵，北兵以騎兵為多，根據當時將領所言，明軍損失戰馬多達12000匹，造成騎兵戰力的嚴重折損。此外明軍也碰到逃兵問題，尤其以遼東兵最為嚴重，而南兵因為家鄉遙遠，反而不會脫逃，為了填補空缺，明將多向朝鮮要求勾軍來填補缺額。此外，明將也多次反映朝鮮提供的敵情不明，無法知道要用多少兵力才可以消滅入侵的日軍。對於宋經略則是完全不相信朝鮮的官員，認為他們很容易泄漏軍機，往往軍情只要移咨朝鮮官員，他們一下朝後就會轉告親友，當時朝鮮的風俗也不以泄漏朝政為可議，反而認為如果不說就是瞧不起親友。因此明、朝官員多所隔閡。至於某些明朝官員假借職位，要朝鮮官員提供日軍首級以報功等等情事，也讓朝鮮官員有所不齒。 明軍經略提督之爭：經略以文人而節制軍事，提督要求增兵増餉都需經過經略上承，李提督老是以為宋經略受南兵影響故意壓文不發，同時宋經略也以為武人愛說大話，往往上呈不實，比如說有功勞的時候以少報多等等情事。雙方因此公文多方往返，就是不願進兵，而宋經略也受到朝廷和戰議論的影響，要在北京多所謀略。於是，一開始是李提督主戰而宋經略不許；後來，在日軍撤兵向釜山時，又變成李提督主張緩進，宋經略主張急追。兩人互相制肘，反而一事無成，徒讓朝鮮君臣議論紛紛。
後續陸戰
之後日軍於2月約2萬兵力轉攻京城西北方的幸州山城，朝鮮城將權栗以少數兵力大敗日軍，日將石田三成、吉川廣家等負傷。2月，李如松改變策略，於3月初焚燒日軍於龍山的糧倉粟數十萬，逼使其撤退。4月19日，日軍因為缺糧，被逼由漢城（今首爾）撤退。5月四川參將劉鋌率軍五千趕赴援朝，並被任命為副總兵。日軍撤退至釜山，此後陸戰皆集中在朝鮮南部四道，並以朝鮮勤王軍與倭軍的戰鬥為主。日軍於6月中旬又攻打朝鮮南部的晉州城，為第二次晉州城攻略戰，日軍加藤清正、黑田長政以部下飯田直景、莊林一心、後藤基次以龜甲車破壞城壁，大部日軍湧入晉州城而攻陷，城將金千鎰戰死。
朝鮮水軍的作戰
自從日軍登入以後，朝鮮水軍隨即在全羅道左水使李舜臣率領下展開一連串的反擊，依宣祖實錄的紀載列表如下：
5月初6日 閒山島,慶尚右水使元均與全羅左水使會師有戰艦80艘，進到玉浦，遇敵船30餘艘，擊破26艘
5月初7日 再度會師，聽到國王西幸的訊息，諸將放聲痛哭。
5月初9日 艦隊解散,各回本鎮.
5月29日 露梁會師,遇敵1艘,擊毀.又遇敵戰船12艘,悉數擊毀.
6月初2日 唐浦,遇敵艦20艘,中衛將權俊撞破敵指揮艦,並射死敵將.
6月初4日 唐浦,全羅右水使李億祺領戰艦25艘會師.
6月初5日 出外洋,後移泊固城唐項浦中洋,派三艘船偵查,一出海口即遇敵艦26艘,會戰,焚敵艦100餘艘,斬首210餘級,溺水無算.
6月初6日 追敵外洋,焚一船.
6月初9日 罷兵歸鎮.
7月初6日 舜臣與億祺會師露梁,元均修理破船7艘先來,敵艦70餘艘自永登浦移泊見乃梁
7月初8日 舟船至中洋,敵退我追,敵艦70餘艘列陣內洋不出,以佯退引出至閒山洋前,以鶴翼陣,先破3艘,焚63艘,400餘日軍棄舟上陸潛逃.
7月初10日 安骨浦,敵40艘,列泊洋中,鱗次列陣不出,我艦反覆衝殺,盡毀敵艦,三陣斬首250餘級,溺死無算.
在明軍馳援的同時，朝鮮水師在海戰則占據了主動權。1592年5月4日，當時的朝鮮全羅道左水使李舜臣，統率75艘艦船駛出全羅南道麗水港，準備對日軍發動進攻。日軍則派藤堂高虎率領50艘木製戰船迎戰。5月7日，朝鮮水師偷襲日軍，日軍被殺個措手不及。一輪激戰過後，日軍損失慘重，被朝鮮水師消滅了26艘戰船，剩下的艦船只得倉皇逃跑。李舜臣繼而在合浦、赤珍浦海面再殲滅餘下的日軍。5月9日，這場海戰最終結束。從此朝鮮水師掌握了制海權。全場海戰朝鮮水師共殲滅日艦44艘，而日軍傷亡則不計其數，相對而言，朝鮮水師只是傷亡了很少的兵力，艦船更是絲毫無損。
玉浦海戰是壬辰戰爭爆發以來，朝鮮軍隊的首場大捷，大大振奮了朝鮮軍民抗敵的決心，並使得日軍輸送兵力和糧食輜重至朝鮮半島從此變得困難，因為日軍在此戰後已喪失大半制海權。
1592年5月27日，日本水師不甘失敗，轉而向慶尚南道的泗川進攻。李舜臣得知訊息後，立即於5月29日率龜甲船隊23艘出發，迅速駛至泗川海灣外面。當時海灣內共有12艘日本樓船， 但日軍對上次海戰失利猶有餘悸，因此當他們見到朝鮮水師馳援，便迅速逃至陸上，在山上布防。李舜臣於是命朝鮮水師假裝撤退，以引誘日軍登船追擊，結果日軍 中計。這時正好潮漲，大大有利於朝鮮水師的龜甲船和板屋船這類大型艦船活動，因此當日艦出動時，李舜臣即下令眾艦船迎擊。很快地，日艦便被打敗。而李舜臣 雖然在戰鬥中負傷，但仍繼續指揮官兵殺敵，結果12艘日艦全部被擊沉。
經此戰役，日本水師再不主動進攻，而改為防禦和偷襲朝鮮水師。
唐浦、固城、栗浦海戰主條目：唐浦海戰、固城海戰和栗浦海戰
6月2日，李舜臣統領的朝鮮水師龜甲船隊主動出擊，進攻在唐浦港內停泊的21艘日艦，日艦被朝鮮水師兩面包抄，最後被全殲。唐浦海戰獲勝後，李舜臣稍事休整。6月4日，與全羅右水使李億祺會師，並於6月5日清晨齊其一起率領51艘戰船，向固城唐項浦的海灣內的26艘日艦進攻，並從兩面對其包抄圍攻。結果日艦除了一艘被故意放走外，其餘全部被殲滅。當晚，該艘故意放走的日艦將岸上日軍接載上船，並欲於6月6日凌晨逃走，但這正中了李舜臣的計謀，結果朝鮮水師殲滅了該艘日艦，固城唐項浦海灣的全部日艦均被殲滅。6月7日，朝鮮水師再度出擊，向栗浦的7艘日艦進攻，日軍不敢迎戰，掉頭便跑，但結果仍被李舜臣全殲。
這三場海戰後，日本水師大受打擊，但日軍主帥仍未心息，決定集結兵力，與朝鮮水師進行決戰，結果導致了閒山島海戰。
閒山島海戰
為了與朝鮮水師進行決戰，日本水師在巨濟島一帶集結，準備兵分三路向朝鮮水師發動進攻。而李舜臣則將其全羅道的艦隊和慶尚道的部分艦隊組成聯合艦隊，準備迎戰。7月6日，李舜臣進兵出唐浦附近水域，並於7月7日清晨，將集結於巨濟島的日本水師引至閒山島附近水域決戰。李舜臣選擇在此地決戰是因為這裡有著較為寬闊的深水環境，易於設定埋伏，可以向日本艦隊進行包圍殲滅。
在決戰開始不久後，朝鮮水師的戰船即將日軍包抄起來，而朝鮮水師的龜甲船則向日軍艦隊直撞過去，很快便撞翻了日軍艦隊前列的幾艘大船，而其餘朝鮮戰船也奮勇殺敵，與敵作殊死戰，結果日軍的61艘戰艦被全殲。這就是聞名於世的“閒山島大捷”。
經此一役，日本水師完全喪失制海權，無法運送軍糧，日本陸軍因此無法再行侵略，結果豐臣秀吉只有與明朝講和，改令日軍於朝鮮南端建築倭城以作防備和儲糧之用。而李舜臣則被封為二品正憲大夫、三道水師統制使。
明、日議和
1593年6月，日本因海戰失利補給無法送至，加上朝鮮破壞過度，造成瘟疫流行，當地徵發糧食不易，以及急於保全占據朝鮮南部四道的戰果，遂派使節隨同明使沈惟敬由釜山至北京城議和。7月，朝廷宣詔退兵以進行日本封貢事宜，於是李如松大軍撤退，只留劉綎及游擊吳惟忠共七千六百人分別扼守要口。但兵部尚書石星一意主和，再撤吳惟忠兵，結果只留劉綎兵防守。9月，朝鮮國王李昖雖上表答謝朝廷援救及助其復國，但是暗中對明日議和卻排除朝鮮有所不滿，此時日軍仍然占據朝鮮南部四道，並牢牢握有釜山城。12月，明朝命薊遼總督顧養謙兼責打理朝鮮事宜，並召回宋應昌、李如松。神宗下令大兵盡撤，但同時強調，雖然撤兵，“但倭情狡詐，未可遽稱事完”。
1593年（萬曆二十一年）5月8日，豐臣秀吉在名護屋會見了到達日本的明朝使團。由於語言不通，雙方的會談仍就在沈惟敬和小西行長之間進行。 豐臣秀吉提出了“大明、日本和平條件”七條：
一、迎明帝公主為日本天皇后； 二、發展勘合貿易； 三、明日兩國武官永誓盟好； 四、京城及四道歸還朝鮮，另外四道割讓於日本； 五、朝鮮送一王子至日作為人質； 六、交還所俘虜的朝鮮國二王子及其他朝鮮官吏； 七、朝鮮大臣永誓不叛日本。 沈惟敬答應了七條建議，但對同行的謝用鋅、徐一貫等人卻詐稱豐臣秀吉已同意向明朝稱臣，請求封貢，並退出侵朝日軍。而小西行長則對豐臣秀吉 匯報說，明朝使者已經同意了豐臣秀吉的七條建議，只需派日使與明使一道去北京請大明皇帝最後批准。就這樣，在兩方談判者欺上瞞下的斡鏇後，雙方幾乎要達成“協定”。1594年10月，日本議和使者小西如安與明朝使團一道去北京，小西如安也早已與小西行長達成了攻守同盟。
小西如安到了北京後，與石星進行了談判，一口答應了石星提出的三項條款：
一、日軍在受封后迅速撤離朝鮮和對馬； 二、只冊封而不準求貢； 三、與朝鮮修好不得侵犯。 當時兵部還和小西如安進行了詳細的對談，小西如安欺明朝人不懂日語信口答應。這時沈惟敬也遞交了偽造的日本降表。明朝君臣大為滿意。明神宗立即冊封豐臣秀吉為日本國王，並按小西提供的名單冊封了日本國大臣。
其後於1595年1月，明朝遣使封豐臣秀吉為日本國王，令沈惟敬一同前往。詔書內容如下：
“奉天承運皇帝，制曰：聖仁廣運，凡天覆地載，莫不尊親帝命。溥將暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，誕育多方 。龜紐龍章，遠賜扶桑之域；貞珉大篆，榮施鎮國之山。 嗣以海波之揚，偶致風占之隔。當茲盛際，咨爾豐臣平秀吉，崛起海邦，知尊中國。西馳一介之使，欣慕來同。北叩萬里之關，肯求內附。情既堅於恭順，恩可靳於 柔懷。茲特封爾為日本國王，賜之誥命。於戲龍賁芝函，襲冠裳于海表，風行卉服，固藩衛於天朝，爾其念臣職之當修。恪循要束，感皇恩之已渥。無替款誠，祗服 綸言，永尊聲教。欽哉！”
這封詔書現存於大阪博物館，為慣用的御筆文體寫就，儼然一副中央大國皇帝對蕞爾小邦降恩封賞的口氣。據部分史書記載豐臣秀吉對此勃然大怒道：“吾掌握日本，欲王則王，何待髯虜之封哉！”，摔詔書於地，並怒逐明使臣，不久後再次遣兵入侵朝鮮。但另一種說法認為儘管豐臣秀吉十分不情願，但表面上仍接受了明朝政府的冊封，甚至對神宗皇帝冊封誥命中的“萬里叩關，懇求內附”的話內心惱怒，但也只能忍氣吞聲的接受，第二天還“身穿明朝冠服，在大阪城設宴招待明朝使節”。但實際上早就在積蓄力量，醞釀再一次對朝鮮進攻。 而當時經辦與日本談判的石星、沈惟敬等人又一心欺瞞矇混，竭力對萬曆皇帝掩蓋豐臣秀吉的真實意圖，妄圖僥倖無事。接著豐臣秀吉便要將小西行長治罪，並把 中朝使團驅逐出境。這樣歷時兩年的議和徹底破裂。沈惟敬歸國途中，滯留朝鮮，不敢回京。他假造了一道豐臣秀吉的謝恩表由另一使臣遞交朝廷。這道假冒的謝恩表被明廷識破，再加上朝鮮方面傳來日本再度備戰的訊息，明神宗方知上當受騙，大怒，當即下令邢玠把兵部尚書石星下獄問罪，並命駐朝明軍捉拿沈惟敬，就地正法。
第二回合衝突
在戰爭平息了一年多後，1596年4月，朝鮮的使者李宗城因為犯了貪淫罪，被日本守臣所逐，奔還漢城，朝鮮方面隨即下詔逮捕其入獄，但已惹來豐臣秀吉的不滿。5月，明朝再次提議賜封豐臣秀吉，命都督僉事楊方亨、游擊沈惟敬一同前往。9月，明朝賜封的使者楊方亨抵達日本，但豐臣秀吉因朝鮮王子不偕同前來以答謝而發怒。結果豐臣秀吉不肯受封，並決心再次發兵侵略朝鮮。在1597年1月，日軍拒不退出釜山，朝鮮得知日軍再次入侵，於是遣使再至明朝求援。這次再侵朝鮮，豐臣秀吉吸收了上次海戰失利使得不能大量運兵和運輸補給的教訓，使用反間計誣陷李舜臣陰謀篡權，使得李昖將李舜臣下獄，其後將其貶為士兵，只能白衣從軍。
萬曆二十五年正月，豐臣秀吉發動了第二次對朝戰爭。這次來勢更加洶洶，準備更加充足。
軍團 指揮官 所部兵員
第一軍 加藤清正 10000人
第二軍 小西行長 14000人
第三軍 黑田長政 10000人
第四軍 鍋島直茂 12000人
第五軍 島津義弘 10000人
第六軍 長宗我部元親 13000人
第七軍 蜂須賀家政 11000人
第八軍 毛利秀元 40000人
以上人數共十二萬，加上駐守釜山預備隊，日軍總兵力約為十四萬人。
神宗得訊後，知道使臣和兵部沒有把日本方面的真實意圖動向報告朝廷，一心求和，竭力欺瞞。當即大怒，馬上下令革去兵部尚書石星等人的職務，令邢玠以兵部尚書出任總督，都御史楊鎬經略朝鮮軍務，再次出兵援朝。同時下諭旨聲明石星罪狀“倭奴狂逞，掠占屬國，窺犯內地，皆前兵部尚書石星諂賊釀患，欺君誤國，……著錦衣衛拿去法司，從重議罪來說”
明朝八萬大軍再援朝鮮
1597年初，日本出動陸軍141490人，水軍22100人，水陸並進再度入侵朝鮮。
2月，明朝再次議定援朝征日，以麻貴為備倭總兵官，統率南北諸軍。在3月，明朝以山東右參政楊鎬為僉都御史，經略朝鮮軍務，並以兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略御倭。5月， 邢玠趕至遼東。
開赴至朝鮮的第一批明軍共約3萬餘人。
總兵麻貴率1萬7千人駐守漢城 楊元率遼東騎兵3千人，駐守南原 陳愚忠率騎兵3千人，屯兵全州 吳惟忠率4千人進至忠州，與南原軍互相呼應 茅國器率兵3千人屯星州，控制島嶺、秋風嶺 明軍的戰略部署是，上述各軍據守本部要塞，待總督邢玠率領的4萬大軍一到，明軍和朝鮮軍即轉入戰略反攻，由南原、忠州發動鉗形攻勢，直搗釜山之敵。
初期戰況
6月，日本兵船數千艘停舶於釜山，逐步向梁山、熊川逼近。8月，日本攻破泗川、南海、光州，最後進攻南原（為全羅道外藩，一旦失守，天津、 登、萊皆可揚帆而至）。明軍副總兵楊元率領3千明軍和3千餘朝鮮軍鎮守南原，堅守數日後被日軍攻破，守城將士絕大部分陣亡。
攻破南原後，付出很大傷亡代價的日軍屠城一日。這時駐全州的明將陳愚忠因南原失陷立即撤退，這樣加藤清正的右路軍便兵不血刃的拿下了全州。之後日軍又分別攻陷黃石山、金州、公州等地， 漢城的屏障盡失，再一次瀕臨險境，朝鮮局勢再度危若累卵。9月6日，麻貴命副總兵解生等率軍2千，奔赴稷山北部，鞏固漢城的前沿陣地。7日，於稷山附近與日本戰國名將黑田長政和率領的日軍第三軍團一部發生遭遇戰，明軍的後續部隊楊登山率軍趕到，敗黑田長政，後因毛利秀元大軍趕到而撤退。黑田長政占領稷山
9月，明軍逮捕前兵部尚書石星下獄，並與在明軍和日軍之間兩邊獲取利益的沈惟敬一同俱論罪處死，結果石星於1599年死於獄中，沈惟敬則於市集斬首。
10月麻貴以李如梅率數千攻向星州谷城，城將小早川秀包、筑紫廣門起先死守，之後迎接小早川秀秋派出的援軍山口正弘、南部無右衛門後轉守為攻，如梅遂退去。同10月攻打青山的日軍毛利秀元等則被參將彭友德率領的中朝聯軍重兵包圍，死傷慘重，幸蔚山城將淺野幸長、宍戶元續、太田一吉的接應援護才撤退。12月，援朝明軍與日軍大戰於蔚山。
蔚山之戰
根據《晚明史》一書的記述，當時在朝兵力，明軍遠低於日軍，豐臣秀吉調動的侵朝兵力，這時候已達十二萬之多，而“明朝方面的援軍，最初預定七萬，實際最多時才四萬。”後來才陸續增兵，“朝鮮李朝《宣祖實錄》的記載，明軍達十一萬人。不過這些數字都是萬曆二十六年的事，萬曆二十五年戰爭初期兵力沒有達到這一水平， 日軍明顯占據優勢地位”
所以一開始明軍在朝鮮的形勢相當困難，據守的城市接連失陷，進攻也遭到挫敗。但在萬曆堅定不移的支持之下，形勢開 始逆轉，日軍逐漸抵擋不住明軍的攻勢， 根據朝鮮人趙慶男《亂中雜錄》記載：“丁酉九月六日，天將副總兵解生等，大敗賊眾於稷山金島坪，加藤清正等退遁，流下嶺南……麻貴領大軍啟行，至水原下寨，遣 兵埋伏於芥川上下，以為後援……七日黎明，天兵左協出柳浦，右協發令通，大軍直從坦途，鑼響三成，喊聲四合，連放大炮，万旗齊顫，鐵馬雲騰，槍劍奮飛，馳 突亂砍，賊屍遍野，一日六合，賊逝披麾……翌日平明，賊兵齊放連炮，張鶴翼以進，白刃交揮，殺氣連天，奇形異狀，驚惑人眼。天兵應炮突起，鐵鞭之下，賊不措手，合戰未幾，賊兵敗遁，向木川清州而走”
日軍遭此慘敗之後，明軍乘勝追擊，接連獲勝，二十三日又攻取蔚山，最後把日軍將領加藤清正率領的軍隊圍困在島山。但這時候日本大批援軍到來，天又下大雨，解了加藤清正部隊之危難，這時候明軍的經略楊鎬又指揮失誤，倉促撤軍，反而使明軍遭受了損失。
而明軍於攻打蔚山期間，明將高策趁日軍大部趕往蔚山援救之時率2萬2千偷襲日軍本陣釜山，也被日將立花宗茂以8百人用夜襲和火計擊退，是為般丹之戰，同時更有另一支明朝聯軍偷襲梁山，但被黑田孝高擊退。
1598年1月，明朝援朝和攻打蔚山的軍隊因為日本的毛利秀元、黑田長政等日軍的援兵突然趕至，大為震驚。楊鎬趕不及下令，便策馬率先趕奔漢城，麻貴亦繼而趕之，一時間所有軍隊皆潰敗。只有副將吳惟忠、游擊毛國器斷後，日軍在得勝後暫退以保住勝果，明軍的輜重大多喪失。楊鎬與邢玠卻向明朝朝廷謊報前線大捷。但當時各營欲向明朝朝廷回報，士卒死傷二萬，這使楊鎬大怒，按而不報，只稱死傷百餘人。贊畫主事丁應泰得知戰敗，至楊鎬處商議應對計略，但楊鎬竟出示張位、沈一貫的手書，揚揚自得。這令丁應泰憤而向朝廷回報戰敗事實，明朝首輔趙志皋欲保楊鎬，決定暫時不逮捕他，但亦遣官查察。
2月，邢玠招募江西水軍，並欲以海路運兵以作持久之計，5月明朝廷叫回攻略蔚山城失敗的楊鎬，新增兵力給於劉鋌、邢玠並調派水陸約15萬軍力進朝鮮，於是都督陳璘以兩廣之兵，劉鋌以四川之兵，鄧子龍以浙江、南京之兵趕至增援，明將張榜、藍芳威等於此時參陣。6月，楊鎬罷職候查。
鳴梁海戰
戰事再起之初，朝鮮水師幾乎全軍覆滅，結果無奈之下，朝鮮政府再次起用本來已遭罷黜的李舜臣。李舜臣到任時，原來苦心經營的水師，只剩下數艘艦隻。但他因為身系救國重任，惟有在這個逆境裡盡其全力，在全羅道右水營著手重建海軍。1597年8月28日，李舜臣指揮著這支剛重建的水師，再度與日本水師決戰，而決戰地就是在鳴梁海峽。
李舜臣守在鳴梁海峽，但因兵力薄弱，所以決定設陷阱，派人乘退潮時在岸邊設定了鐵索與木樁。9月16日， 日軍統帥藤堂高虎率領330餘艘戰船和2萬陸軍出發，欲趁漲潮時攻進鳴梁海峽，全殲朝鮮水師。李舜臣首先將海峽內的民用船隻僑裝成戰艦，以擾亂日軍，使其以為朝鮮水師已恢復過來。他自己則親率12艘戰船引敵深入鳴梁海峽。在成功引誘日軍進攻後，李舜臣隨即發起集中的攻擊，對準日軍指揮艦攻去，結果殲滅了日 軍指揮艦和其他戰船2艘，並擊斃日軍主帥來島通總。同時間，潮水開始退卻，朝鮮艦船趁勢進攻，日艦因失去主帥，軍心散渙，只得順潮向東撤退，但卻遇上李舜臣事先埋下的鐵索和木樁，無法退卻。結果朝鮮水師全力拚殺，殲滅日艦30餘艘，並擊斃日軍4000餘人，再度重創了日本水師，重新掌握了制海權。
鳴梁海戰的勝利，使得豐臣秀吉再度面對運兵和運輸補給困難的問題，而日軍雖然隨後在陸戰有所得著，但亦已後繼無援，其最後敗局已定。
後期戰況
同年,日軍小早川秀秋等部70000多人回國休整，以加藤清正，島津義弘等64000人防守占領區邢玠將明軍兵力分為水陸四路，每路置一名大將，中路李如梅（後替換為董一元），東路麻貴，西路劉鋌，水路陳璘，各自負責握守要地，相機而動，進攻之時，各率約五萬分三路，以麻貴攻蔚山、董一元、劉鋌進攻泗川、順天。9月底，明將麻貴再次包圍加藤清正於蔚山（第二次蔚山之戰），兩軍互有勝負，但最後遭到為了援救清正而前來的立花宗茂先以千人夜襲後以假營伏兵擊之而敗退。10月，總兵官劉綎、麻貴分道出擊進攻日軍，並大敗之。然而董一元率兵3萬餘攻打日軍新起的泗川城寨，由日將島津義弘率7000兵力駐守，卻因明軍的大炮突然炸膛，並引起大營火藥庫連番爆炸，全軍登時亂成一片，這時島津義弘一看明軍大營發生爆炸，隨即命令日軍出擊，混亂中的明軍大亂，泗川又被日軍奪回，據諸葛元聲《兩朝平壤錄》記載：“大將軍、木槓已打破大門一扇、城垛數處，而彭兵皆京城亡賴，素不習戰，亦不擅火器；忽木槓破，藥 發衝起，半天俱黑，各兵一時自驚亂。倭因乘隙，從前小門殺出，直衝彭兵，皆潰走………彭兵三千，止存五、六十。”是為泗川之戰。
10月，豐臣秀吉於8月死於京都伏見城的訊息傳至朝鮮，日軍士氣因而受挫，開始準備撤退。
露梁海戰
11月，日軍無心戀戰，由蔚山撤離，明軍分道進擊。加藤清正率乘船撤退。明軍由陳璘提督水師，副將鄧子龍、游擊馬文煥等皆由其統屬。以戰艦數百，分布忠清、全羅、慶尚各個海口。就在日軍將領撤退之時，陳璘派遣鄧子龍偕同朝鮮李舜臣聯合出擊，在露梁海上截擊想援救小西行長的日軍援軍立花宗茂、島津義弘、小早川秀包、宗義智、寺澤廣高等部。鄧子龍率三巨艦向日軍進攻，並自為前鋒，與日軍決戰。戰鬥時曾攜壯士三百人躍入朝鮮戰艦以救援，直前奮擊。但其他戰艦卻誤擲火器於鄧子龍的戰艦，使戰艦起火，結果鄧子龍戰死。而李舜臣領兵來援，率龜甲船沖入敵陣，卻被日軍包圍，結果身中流彈而亡，他死前叮囑不許張揚，並把軍旗交給其子代為發號施令，以繼續戰鬥。 隨後副將陳蠶、季金等領軍趕至，夾擊日軍，日軍則因為成功讓小西行長脫困而且戰且退。而得以逃脫登岸的日軍又為明朝所殲。這時劉綎方進攻小西行長，並奪 取橋寨，陳璘以艦隊一同攻擊，再焚燒日軍戰艦百餘艘。小西行長的友軍島津義弘引艦隊來援，陳璘亦將其擊敗，結果來援日軍只得揚帆退去，立花宗茂則作為殿後 接應小西行長讓其於日軍成功撤退。
結束
12月，仍然留在朝鮮的日本殘兵再次由乙山偷渡，但因為崖深而道淺，將士不敢進。結果陳璘在夜裡潛入，向其連珠炮發，日軍只得逃去，陳璘更領明軍追擊。
大明萬曆二十七年四月，明軍班師回朝，神宗皇帝陛下升座午門，接受都督邢玠等獻上的日本俘虜六十一人，都“付所司正法”，砍下來的敵人的頭顱傳送天下。同日，神宗皇帝接受百官朝賀，祭告郊廟，把獻祭祖先的果酒都分賜給了內閣官員們。次月，頒平倭詔詔告天下。
“奉天承運皇帝，詔曰： 朕纘承洪緒，統理兆人，海澨山陬，皆我赤子，苟非元惡，普欲包荒。屬者東夷小丑平秀吉，猥以下隸，敢發難端，竊據商封，役屬諸島。遂興薦食之志，窺我內附之邦，伊歧對馬之間，鯨鯢四起，樂浪玄菟之境，鋒鏑交加，君臣逋亡，人民離散，馳章告急，請兵往援。 朕念朝鮮，世稱恭順，適遭困厄，豈宜坐視，若使弱者不扶，誰其懷德，強者逃罰，誰其畏威。況東方為肩臂之藩，則此賊亦門庭之寇，遏沮定亂，在予一人。於是少命偏師，第加薄伐。平壤一戰，已褫驕魂，而賊負固，多端陽順陰逆，求本伺影，故作乞憐。冊使未還，凶威復扇。朕洞知狡狀，獨斷於心。乃發郡國羽林之材，無吝金錢勇爵之賞，必盡弁服，用澄海波。 仰賴天地鴻庥，宗社陰騭，神降之罰，賊殞其魁，而王師水陸並驅，正奇互用，爰分四路，並協一心，焚其芻糧，薄其巢穴。外援悉斷，內計無之。於是同惡就殲，群酋宵遁，舳艫付於烈火，海水沸騰，戈甲積於高山，氛浸淨掃，雖百年僑居之寇，舉一旦蕩滌靡遺。鴻雁來歸，箕子之提封如故，熊羆振旅，漢家之德威播聞，除所獲首功，封為京觀，仍檻致平正秀等六十一人，棄屍稿街，傳首天下，永垂凶逆之鑑戒，大泄神人之憤心。 於戲，我國家仁恩浩蕩，恭順者無困不援；義武奮揚，跳梁者雖強必戳。茲用布告天下，昭示四夷，明予非得已之心，識予不敢赦之意。毋越厥志而乾顯罰，各守分義以享太平。 凡我文武內外大小臣工，尚宜潔自愛民，奉公體國，以消萌釁，以導禎祥。更念彤力殫財，為日已久，嘉與休息，正惟此時，諸因東征加派錢糧，一切盡令所司除豁，務為存撫，勿事煩苛，咨爾多方，宜悉朕意。”
影響
明朝
根據1569年兵部侍郎譚綸的記載，明朝全國軍隊定額為313萬8300人，而實際上是84萬5000人。推測北邊服役的軍士為50萬人，馬匹10萬匹，這些數據是根據黃仁宇所著《16世紀明代中國之財政與稅收》中引述大明會典與皇明經世文篇所推估的。而如果到神宗時的軍隊數目不變的話，援助朝鮮的16萬6700餘人的兵力等於是動員了明朝19.72%的兵力，這個數字不可說是不大，尤其是對於一個農業國家而言。就支出的經費方面，對於明朝也是一個巨大的負擔，明朝稅收有一個特性是稅率極低，據統計稅率在5.5%~12%之間，所以一般正常情況下，政府稅收是無法支應突髮狀況，而援助朝鮮的支出在實質上是由太倉庫支應的，太倉庫在1592年時有700萬兩，每年流入是約當209萬2000兩，以軍費而言，一年支出平均是240萬兩左右，也就是援助朝鮮的支出造成了太倉庫的赤字，再考慮到萬曆三大徵發生的年代幾乎都接近，這也就是為何在神宗過世後，根本上太倉庫是已經完全匱乏的原因，也造成財政的紊亂。
一般認為兩次支援朝鮮加速了明朝的滅亡，除了長期的遠征帶給國力日衰的明朝沉重負擔之外，清太祖努爾哈赤也在“文祿·慶長之役”中仔細的觀察了明軍的作戰方式，使他在日後的對明戰役中占有了優勢。
朝鮮
朝鮮在戰爭里被日軍侵略，使得人民流離失所。在戰後百業蕭條，農產量更大減，使得朝鮮經濟在多年後仍不能恢復。
經此戰爭後，朝鮮受此戰爭影響多方重視火器的發展與訓練，所以在炮手的訓練上甚為卓著，可以參考李光濤先生的《記明季朝鮮之（丁卯虜禍）與（丙子虜禍）》一書，裡面提到為了對明戰爭，清朝曾經徵兵朝鮮，朝鮮所派出的炮手在松山之役重創了明軍。
日本
日本的豐臣家侵朝失敗，使其損兵折將，期間更造成豐臣家內部出現文治派與武功派的內部鬥爭。此事遭到五大老之一德川家康的利用，於1600年展開關原之戰，反德川聯合軍+豐臣文治派（史稱西軍）VS德川軍+豐臣武功派（史稱東軍），豐臣秀吉之子豐臣秀賴雖然尚年幼，其母淀夫人實際掌權，因此加入了西軍。但此戰之以德川家康的大獲全勝而結束，故使豐臣家的威信大不如前。1603年，德川家康任征夷大將軍，開創江戶幕府。1615年大坂夏之陣德川家康徹底殲滅豐臣家。
相關統計
萬曆韓戰
日期： 1592年—1593年，1597年—1598年 ，地點： 朝鮮半島 ，結果： 大明、朝鮮聯軍勝利，日軍撤退
參戰方：中國明朝，朝鮮李朝 ，日本豐臣政權
指揮官
中國：李如松，李如柏，麻貴，劉鋌，邢玠，陳璘，鄧子龍，楊萬金，麻來，周道継，李洞賓，郭安民，王子和，湯文瓉，銭應太，張應元，陳観策
朝鮮：朝鮮宣祖，光海君，李舜臣，權栗，柳成龍，郭再祐，宋象賢，鄭撥，申砬，金時敏，惟政，元均，李億祺，崔湖，柳崇仁，徐禮元，倡義使，金千鎰，黃世得，李宗張，尹興信
日本：豐臣秀吉，宇喜多秀家，小早川隆景，加藤清正，小西行長，藤堂高虎，加藤嘉明，鍋島直茂，細川忠興，石田三成，黑田孝高，黑田長政，福島正則，毛利輝元，宗義智，脅坂安治，九鬼嘉隆，島津義弘，毛利秀元，立花宗茂，吉川廣家，大谷吉繼，太田一吉，來島通總
兵力
中國：第1次（1592–1593）約50,000人，第2次（1597–1598）約75,000人。
朝鮮：34,000人（戰爭開始時）最後：22,600人（包括民兵等）。
日本：第1次（1592–1593）約160,000人，第2次（1597–1598）約140,000人 。
傷亡：大明：約30,000人，朝鮮：約300,000人 ,100萬平民；日本：約140,000人。
評價
萬曆朝鮮之役是明朝戰史上較為精彩、較為曲折的戰例之一，史稱“其軍威之盛，戰勝之速，委前史所未有”。這是一場公平的較量，在戰場上，明軍和日軍均有過良好表現，當然，雙方也都在不同時期犯過錯誤，遭受過敗績。而在停戰議和期間，中日雙方政治和外交手段的角逐，一波三折。同時，戰爭期間也有極富戲劇化的人物和荒謬的事件參差其中，頗具野史和演義色彩。戰與和期間無休止的紛爭，使整個戰爭的進程詭譎多變。當後人透視這場戰爭的全過程時，必會被其跌宕起伏、風雲變幻的場面和情節所吸引。
