主要職責
(一)研究擬定農牧業經濟中長期發展規劃和年度計畫，經批准後組織實施；擬定農牧業開發規劃並組織實施。
(二)研究擬定農牧業的產業政策，引導農牧業產業結構的合理調整、農牧業資源的合理配置和產品品質的改善；提出有關農產品及農牧業生產資料價格、大宗農產品流通、農村信貸、稅收及農牧業財政補貼的政策建議；研究起草種植業、畜牧業等產業的地方性行政措施草案 ，經批准後貫徹實施並監督檢查。
(三) 研究制定農牧業產業化經營的政策和大宗農產品市場體系建設與發展規劃並指導實施，促進農牧業產前、產中、產後一體化；指導農牧業社會化服務體系建設；組織協調“菜籃子工程”和農牧業生產資料市場體系建設；研究提出主要農產品、重要農牧業生產資料的進出口建議；預測並發布農業務產業產品及農牧業生產資料供求情況等農牧業經濟信息。
(四) 指導農牧業可持續發展工作；組織生態農業建設；指導農牧用地、宜農灘涂、農村可再生能源的開發利用以及農業生物物種資源的保護和管理；指導農業生態環境保護工作；參與農村現代化試點工作。
(五)制定農牧業科研、教育、技術推廣及其隊伍建設的發展規劃和有關政策，實施科教興農戰略；組織重大科研和技術推廣項目的遴選及實施；指導農牧業教育和農牧業職業技能開發工作。
(六)組織實施農牧業各產業技術標準；組織指導農業各產業產品及綠色食品的質量監督和農業植物新品種的保護工作；組織協調種子、農藥、獸藥、肥料、飼料和飼料添加劑等農業投入品質量的監測、鑑定和執法監督管理；組織國內生產及進口種子、農藥、獸藥、有關肥料等產品的登記管理工作。
(七)組織獸醫醫改、獸醫藥政藥檢工作；組織、指導、監督對市內動植物的防疫、檢疫工作，發布疫情並組織撲滅。
(八)指導農牧業行政執法工作；指導全市農業部門的依法行政工作。
(九)指導農業系統涉外工作；組織有關國際經濟技術交流與合作，參與外向型農業開發區和外向型農業的管理。
(十)指導直屬事業單位的工作；按照許可權管理直屬單位的人事、機構編制工作；指導有關社團為農業經濟發展服務。
(十一)承辦市委、市政府交辦的其他事項。
人員編制
市農業委員會機關行政編制為25名。
領導職數為：主任1名，副主任4名；正副處長（主任）15名，其中正處長（主任）9名,副處長（副主任）6名。另核機關黨委專職副書記1名。
內設機構
根據上述職責，市農業委員會設9個內設機構:
（一）辦公室
承擔信息安全、保密信訪、新聞發布和政務公開工作；負責文電、會務、檔案、機要、接待等機關日常運轉工作；承擔重大突發事件應急綜合管理和行政審批綜合辦公有關工作；負責農業行政外事工作；牽頭協調委系統和農業行業安全生產。
（二）計畫財務處（審計處）
擬訂全市農業和農村經濟發展戰略及中長期發展規劃，編制年度計畫，協調農業各產業間的結構調整與綜合平衡工作；組織開展農業農村經濟重大問題調研並提出建議；承擔市級農業固定資產的相關工作；負責機關財務會計工作；負責直屬單位和系統支農項目資金使用情況審計，指導全市農業系統內部審計工作；提出扶持全市農業和農村經濟發展的財政、信貸及保險等有關政策建議；編報部門預算並組織執行；指導監督直屬單位的財務、國有資產、政府採購管理工作。
（三）市場與經濟信息處（農業產業化處）
擬訂全市大宗農產品市場體系、農業生產資料市場體系建設規劃並組織實施；提出大宗農產品和重要農業生產資料的流通及價格政策建議；承擔農業統計有關工作，監測分析農業生產和農村經濟運行，發布農業和農村經濟信息，指導農業信息服務；承擔培育、保護和發展農產品品牌有關工作；指導開展國內農產品展示展銷活動；負責綜合農業農村經濟情況，掌握農村動態；參與新農村建設工作，研究提出農業現代化發展指標；組織有關綜合性報告、檔案的起草。
擬訂全市農業產業化基地建設、龍頭企業發展規劃，指導全市農業產業化工作，研究提出扶持農業產業化經營、優勢特色產業的政策意見並組織實施；擬訂農產品加工發展規劃，指導農產品加工業結構調整、技術創新和服務體系建設。
（四）政策法規處（市農業行政執法支隊）
承辦農業農村經濟地方性行政措施的起草和執法監督工作，對其他部門起草的規範性檔案中有關農業和農村經濟的條款提出意見；指導農業行政執法體系建設和農業法制宣傳教育；負責農業行政執法工作的指導、協調、監督；承辦農業行政複議、行政訴訟、行政賠償等法律事務；承擔行政執法檢查工作；機關有關規範性檔案的合法性審核工作。
（五）農業處（市農業保險辦公室）
擬訂並組織實施種植業發展規劃，指導種植業結構調整，研究提出種植業發展政策建議；負責現代農業園區建設與管理工作；實施耕地保護、補償與改良的政策措施，協調指導肥料、農藥、種子管理工作；發布農情信息，及時掌握階段性農業生產情況；指導農業抗災減災，負責救災資金、救災化肥、備荒種子等管理；組織實施種植業發展的重大技術措施；指導全市農技推廣隊伍建設；負責擬訂農業保險的相關政策與建議，開展調查研究、專項檢查和日常工作。
（六）園藝處（市外向型農業辦公室）
擬訂園藝業發展規劃並組織實施，指導園藝業結構調整和重大技術推廣；組織實施園藝業技術標準；指導蔬菜、花卉、食用菌等種子生產的管理工作；協調菜籃子工程建設；指導園藝技術推廣隊伍建設；指導休閒觀光農業建設工作；負責外向型農業發展、農業外援等工作。
（七）畜牧獸醫處（市重大動物疫病防治辦公室）
擬訂並組織實施全市畜牧業、動物衛生、飼料工業發展戰略、規劃、計畫及重大技術措施；組織實施畜牧、獸醫、獸藥、飼料及飼料添加劑和畜產品質量標準；會同有關部門起草有關畜牧獸醫、獸藥、飼料及飼料添加劑等方面的行政措施並組織實施。負責全市種畜禽管理並履行獸醫醫政、獸藥藥政工作；組織實施對動物的防疫、檢疫工作，發布疫情並組織撲滅；指導全市畜牧獸醫技術推廣隊伍建設，承擔市防治重大動物疫病指揮部辦公室日常工作。
（八）農產品質量安全監管處（農業生態環境保護與農村能源處）
承擔組織開展農產品質量安全風險評估和提出技術性貿易措施建議的工作；組織協調農業投入品的質量檢驗，擬訂並實施農產品技術和質量標準；組織實施農產品質量安全監測和信息發布；組織指導全市農業檢驗檢測體系建設和機構考核；承擔依法實施符合安全標準的農產品質量認證和監督管理工作；承擔組織農產品質量安全監督管理的有關工作。
指導農業生態環境保護、農村可再生能源綜合開發利用工作；負責農作物秸稈綜合利用工作；指導生態農業、循環農業和農村節能減排工作；承擔指導農業面源污染治理和農業生產、農村生活污水治理有關工作；指導農牧用地、宜農灘涂、宜農濕地、農業生物物種資源的保護和管理；劃定農產品禁止生產區域；參與農業生態環境質量監測評價工作；承辦外來物種管理的相關工作。
（九）人事教育處（科技教育處）
擬訂農業科教、技術推廣規劃和相關政策；承擔重大科研和技術推廣項目的遴選和實施工作；承擔農業產業技術體系的相關工作；管理農業科技成果，承擔農業科研、技術引進、成果轉化和推廣工作；實施農業新品種、新技術、新模式更新工程；負責農業野生植物資源保護、農業植物新品種保護及農業轉基因生物生產加工許可和安全監督管理工作；指導農技推廣體系建設與農業教育、農業職業技能開發和農民培訓工作。
承辦機關及直屬單位的機構編制、人事管理及離退休幹部工作；組織實施農業行業特有工種職業技能鑑定標準；指導全市農業行業工人技術等級考核工作；指導農村實用人才隊伍建設工作；承擔與農業科研院所合作事項的相關工作；歸口管理社團工作。
機關黨委 負責機關及直屬單位的黨群工作。
紀檢監察機構按有關規定設定。
其他事項
（一）根據市政府規定，管理市農業資源開發局、市農業機械管理局。
（二）食品安全監管的職責分工。市衛生局牽頭建立食品安全綜合協調機制，承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任，並負責餐飲服務環節的監管。市農業委員會負責農產品生產環節的監管。連雲港質量技術監督局負責食品生產加工環節的監管。連雲港工商行政管理局負責食品流通環節的監管。各部門密切協同，形成合力，共同做好食品安全監管工作。
