歷史
查爾斯·佩皮斯，首任科頓哈姆男爵、大法官兼上議院議長嚴格的三權分立並沒有在英國施行，而美國憲法在某程度上參考了英國的政治制度。在英國，國王與議會的聯合（英國君主負責通過英國上議院與英國下議院的法令）為終極立法機關。行政機關以英王的名義行事－“即國王陛下政府”－而司法機關亦類似。英王的大臣通常為兩院議員，而政府需要在下議院維持大多數。其中一位大臣，大法官兼上議院議長是平衡法院的惟一仲裁者，同時亦是上議院的議會主席。所以人們可以認為英國政府並沒有遵照三權分立原則，雖然政府里具有不同職權的機關經常會有爭論。
部份美國州份在十八世紀裡並沒有嚴格的遵照三權分立的原則。在新澤西州，州長同時亦是州最高法院的其中一員與州議會其中一院的議會主席。德拉瓦州州長為抗訴法院其中一員；州議會兩院的議會主席，並在行政部門裡以副主席身分辦事。在德拉瓦州與賓夕凡尼亞州，行政會議的成員有時亦是法官。但是在另一方面，很多南方州份則清晰的列明了三權分立的原則，如馬里蘭州、維吉尼亞州、北卡羅來納州與喬治亞州均堅持三權分立。
立法權
哈倫其中一個早期的不授權原則的確切限制的案例是1825年之“韋曼訴蘇哈德案”（Waymanv.Southard）。在這案件里美國國會授予了法院制定司法程式的權力；這引起了很大爭論，美國國會這做法被認為違憲。當時美國最高法院院長哈倫（JohnMarshall）承認程式規則的設定為立法職能，其分辨了重要主題與其他細節。哈倫寫道：“一個廣義的規定應由國會制定，而國會應予受這些規定影響的官員權力來填滿這些細節。”
哈倫的言論與其後法院的決定使得美國國會在授予權力時更具彈性。在1935年，國家復興署設立的案件“謝克特生蓄公司訴聯邦案”（A.L.A.SchechterPoultryCorp.v.UnitedStates）里，美國國會無法授予總統制定“公平競爭法”的權力。法院認為美國國會的授權範圍太過廣泛，故宣告該法違憲，並認為美國國會必須設定部份標準來統制政府官員，而法院的職能則只是為“公正與理性”、“公眾利益”與“公眾方便”。
行政權
美國總統布希美國國會並不會單側地限制行政官員在其職責里的表現。在1983年之“美國移民歸化局訴崔德案”（INSv.Chadha）里，美國最高法院推翻了一條授予美國國會否決美國法務部長的行政決策權力的法律。其後的裁決闡明了這情況；即使參眾兩院一起行動亦不能否決行政決策。然而，通由立法可以制定限制來統制行政官員。立法與國會式的單側否決權有所不同，後者並不需要向總統報告以取得其允許（請參看權力制衡一章）。
司法權
美國最高法院美國國會可能會成立“立法法院”，其具有準司法機關的形式，其成員並不像憲政法院般為終身制，且不會有逾時補償。立法法院可能不可以運行美國的司法權。在1856年之“墨累租屋訴霍博肯土地公司案”（Murray'sLesseev.HobokenLand&ImprovementCo.）里，美國最高法院指出立法法院不可審理與“習慣法、衡平法或海商法”相關的案件，立法法院只可審理“公權”問題（政府與個人間牽涉政治因素的案件）。
權力制衡
三權分立並不是絕對的；其以權力制衡的原則來實行。麥迪遜（JamesMadison）這樣寫道：“三權分立並不應完全分離，使得其三者間沒有互相受到憲法的控制。”權力制衡系統的設立是為了防止任何一種職權受到濫用，出現越俎代庖的情況。
參議院擁有彈劾權，圖示為詹森被彈劾的情景。眾議院擁有彈劾行政官員與法官的權力；參議院則負責覆核所有的彈劾提議。值得注意的是參議員與眾議員並不當為文官：其並不可作為彈劾的對象（若參眾兩院的議員有三分二或以上要求某議員退任，則沒問題）在眾議院只要有過半數支持便可通過彈劾議案，但此議案要經由參議院再作議決，並要獲得三分二支持方可生效。若官員被定罪，則會自動離任。在彈劾過程里除移除其職位或阻止其轉職外，並沒有其他懲罰，但其所犯罪行則會在彈劾後作出審訊並處罰。
國會負責審查行政部門的組成。若在選舉團制度下沒有一位總統候選人獲得過半數支持的話，則眾議會負責在票數最高的三位候選人中選出一位任總統（這是根據美國憲法第十二號修正案所定立）。而副總統則由參議院在最高票數的兩位候選人里選出。當副總統職位出缺時，總統可在得到參眾兩院同意後委派新人選。此外，總統若要任命內閣官員、駐外大使與其他行政官員，則必要取得參議院的建議與認同。當參議院休會時，總統可以不經確認程式作出暫時委派，稱為“休會任命”。
國會與總統亦可影響法務部門的組成。國會可以成立次級法院並擁有獨立司法權。此外，國會負責限制法院組成人員的數量。法官則由總統在聆聽國會建議並獲得其認同後指派。
三權分立總統：美國總統可以通由行使議案否決權來控制國會，但參眾兩院若各有三分二的票數反對該否決，則這議案否決權便沒效。當參眾兩院無法為休會期作出結論時，總統可以作出安排。參眾兩院或任何一院皆有可能會被總統命令召開緊急會議。而副總統是參議院的主席。
正如上述所言，總統可以在聽取參議院的建議與取得其認同後任命法官。其亦可頒布特赦或緩刑令。其特赦令不用經過國會審核，亦不用得到被授予者同意。
法院：法院通由司法審查權來控制行政部門與立法部門。這個慨念並沒有寫進憲法裡，但卻是眾多憲法草擬者的構想（如聯邦主義議文集也曾提及）。在“馬伯里訴麥迪遜案”（Marburyv.Madison）一案里，最高法院定立了運用司法審查權的前提，雖然如此，部份人仍然對此持有反對意見，認為此權力是為了政治目的，但在特定情況下的政治現實卻詭異地限制了反對意見，而此法律先例並且定立了法院可以宣告國會通過的法律違憲的權力。（詳情可參看美國司法審查權之探討）
一個常見的誤解是最高法院為惟一的法院可以對法律的合憲與否作出判決；其實即使是次級法院亦可運用此權力。但只有最高法院的決定對聯邦具有約束力。抗訴法院的決定只適用於該抗訴法院的司法管轄區。
美國最高法院院長在總統被彈劾期間會在參議院裡任議會主席。然而參議院的規則並沒有給予議會主席很多權力，所以最高法院院長在這裡的角色只是較為無足輕重的。
三者的對等性
傑斐遜有人可能會指出法務部為歷史上三權分立里最弱的一環。其司法審核權和對其他兩系的獨立審查權經常被質疑。事實上，在南北戰爭前，法官運用其權力來推倒違憲的法案的案例只有兩宗：1803年之“馬伯里訴麥迪遜案”（arburyv.Madison）與1857年之“史考特訴桑福德案”（Scottv.Sandford）。雖然最高法院廣泛地運用了司法審核權，但這並不能被認為是其具有與國會或總統同等政治權力的表示。
美國首六任總統不曾廣泛使用其否決灌；華盛頓只曾否決過兩個議案、門羅只有一次、老亞當斯、傑斐遜與小亞當斯則沒有使用過。麥迪遜總統為行政主導信念的堅定支持者，其則曾七次推翻法案。首六任總統里，沒有任何一位使用否決權來主導國策，但是第七任總統傑克遜，則首次使用否決權作為政治武器。在其兩屆任期里，共否決了十二道法案；比其前數任的總和還多。此外，其在推動印地安人排除法案時，違抗了最高法院的判決；其名言是“馬歇爾（JohnMarshall）做下的決定，就讓其自己去執行吧！”
部份傑克森的後繼者並沒有使用否決權，但其他的繼任者則間斷地便用。在南北戰爭後總統開始使用否決權來抗衡國會。詹森與國會鬥爭的故事最為著名。詹森是一名民主黨黨員，其否決了部份由激進共和黨議員通過的重建南方諸州的法案。國會則推翻了詹森二十九次否決里的十五次，其亦企圖通由任職法（TheTenureofOfficeAct）來限制總統的權力。此法案使總統在解除內閣高級官員的職權時要經由參議院審批。當詹森故意違反此法案時，其被認為是違憲的（最高法院在稍後確認了這情況），眾議院對其作出了彈劾，其僅以一票之微開脫。
詹森的彈劾案對總統職權損害很大，使其幾乎成為國會的下屬。有人認為總統應只作為象徵式的領袖，而美國眾議院發言人則成為事實上的總統。詹森以後的首位民主黨總統克利夫蘭則試圖恢復總統的權力。在其首屆任期里，共否決了超過四百個議案；是其前二十一位總統否決數總和的兩倍。其亦開始解除經由官僚主義的任免系統而來的官員，而以個人的功過來任免官職。參議院卻拒絕了這么多的新任命，並要求克利夫蘭移交暫停權力的機密檔案。克利夫蘭堅定地拒絕了此請求，並說“這些暫停權力的決議為總統的行政法令（executiveacts）……總統並不必對參議院負責，本人亦不願將有關本人的行動提交給參議院作出裁決。”克利夫蘭的高民望逼使參議院放棄要求並確認那些提名。而且國會最終廢除了在詹森任期內通過的極具爭議性的任職法。所以克利夫蘭的任期是總統虛位化的終結。
克利夫蘭積極為安德魯·詹森總統彈劾案後減弱的總統權力作出恢復。少數二十世紀的總統嘗試大幅擴大總統的職權。舉例來說，羅斯福提出總統被授予了權力，能做出任何不被法律明文禁止的事；這與緊隨其後的繼位者塔虎脫大為不同。小羅斯福在經濟大蕭條時擁有極大的權力。國會授予了小羅斯福廣泛的權力；在“巴拿馬精鏈公司訴瑞安案”（PanamaRefiningv.Ryan）里，法院首次裁定國會給予總統的權力違返了三權分立的原則。前述的“謝克特生蓄公司訴聯邦案”一案，是小羅斯福總統任期內的另一個有關三權分立的案件。為了回應這么多對其不利的法院裁決，小羅斯福提出了一個“最高法院改造”計畫（"CourtPacking"plan），使得總統可以任命更多的法官進入最高法院這個計畫（被國會否決）會嚴重削弱法務部的獨立與權力。
尼克遜在總統任期內的權力被形容為“帝皇的權力”（參看帝皇總統制）；其使用國家安全作為其擴大職權的基礎。舉例來說，其主張“總統擁有與生俱來的職權來確保聯邦的安全”，使其可以在沒有法院許可令的情況下安裝竊聽器。尼克森亦主張“行政特權”，使其不受任何立法機關的監管；此外，其亦涷結了聯邦資金（換言之，其拒絕為國會通過的政府項目動用資金）。在上述各例里，最高法院與尼克森站在對立面。即使在其後，尼克森的繼任人有時亦會主張其可以參與有關國家安全的事務或其擁有可以不受立法機關規管的行政特權。雖然這些主張已較尼克森時受到更大的制衡，但亦可認為總統的職權遠較十八和十九世紀時為大。
總統職權的擴大亦受益於現代媒體的建立。在人們注意力集中的時間有限和速簡的電視新聞的時代，新聞記者會傾向集中報導權力較為集中，並具有決策能力的人物，即美國總統，而不會報導權力較為分散，組織較為松馳的參眾兩院。
觀點
貝基哈特“英國憲法，一言以蔽之，是建基在單一最高權力的基礎上，並使其行之有效：而美國憲法，則建基於分散最高權力的原則，並希望通由這種繁鎖的結構來掩蓋其低下性。”
很多政治學家相信三權分立是美國相較卓異（Americanexceptionalism）的決定性因素之一。約翰·金敦（JohnKingdon）提出此論點，其指出三權分立為美國獨特的政治結構的發展作出了貢獻。其認為美國國內的大量利益集團均有參與權力制衡，因為其可以影響政策制定並製造更多潛在的組織活動。其亦認為三權分立的複雜性是較少國民參與政治的原因。
