概述
亦稱“藏寺”、“什藏寺”等，藏語稱“藏噶爾端珠惹卜丹林”，返回故鄉後，在青海和碩特蒙古前首旗河南親王旺丹多爾濟帕蘭木（察罕丹津之孫）的支持下，於1765年，與其弟孕科爾四世羅桑丹增嘉措共建石藏寺，並設立顯宗學院，採用色拉寺吉宗教程，屬色拉寺系統。清乾隆四十四年（1779），六世班禪進京途經青海，在拜謁班禪的法會上，六世班禪讚譽丹巴嘉措是精通五明的大班智達，同時接受石藏寺為扎什倫布寺子寺，六世班禪還應邀作了石藏寺的名譽寺主。從此，石藏寺聲威大震，僧數猛增至千人以上，建築規模不斷擴充，次第建成大小經堂、護法殿及其他佛殿和眾打“噶日哇”（活佛府邸），增設居巴扎倉（密宗經院）。藏班智達系統亦稱“石藏倉”，共傳五世，即一世丹巴嘉措、二世索南木群倉、三世羅卜藏智後嘉措、四世羅卜藏圖丹尼瑪。羅卜藏圖丹尼瑪之後，該系統派生為兩支，一為石藏倉黃江洋，1914年生，現任海南州人大常委會副主任；一為阿芒倉。藏班智達第一、三、四世均為阿柔部落人，且石藏寺的修建主要依靠阿柔部落的經濟實力，所以從古到今，阿柔部落為該寺的僧源和香火地。石藏寺除藏班智達外，歷史上曾充任過寺主的還有藏拉卜楞倉、拉乾查倉、尕科爾倉和阿尕查倉等。另外，據《安多政教史》記載，當時還有參果倉、噶瓦堪布、哇秀堪布、大小吉倉、大小日倉、瑪堪活佛、貢塔爾倉、藏格西、尼倉、依俄俄然巴、扎月倉、阿柔赤巴、卓倉等活佛在石藏寺建有府邸。此外，第三世達賴呼圖克圖年智嘉措曾捐資擴建石藏寺經堂，從第四世根敦圖多嘉措起，在石藏寺建“噶日哇”，亦成為該寺活佛。歷史上石藏寺曾有屬寺3座，即今黃南州河南縣的拉卡寺、同仁縣的瓜什則寺和四川省的達龍寺。石藏寺規模
1941年寺院被毀，寺僧一度流亡甘南桑科地方。解放初，石藏寺得到恢復。1953年，全寺有寺僧150戶484人）其中有黃江洋、藏拉卜楞倉、拉乾查倉、尕科爾倉、阿爾查倉等大小活佛16人外，另有資玉合1人，文保1人，管家15人，僧官3 人，乾巴7人。當時，建有總領全寺的大小經堂各1座、佛殿 3座、印經院1座以及大小昂欠16座（規模較大者4座）和許多僧舍，設有密宗、時輪、醫學三個扎倉。1958年，寺僧增至583人，內有寺主藏班智達黃江洋、拉乾查倉、阿芒倉（現任寺管會副主任）、藏朱古（現任寺管會副主任）、尕科爾倉、吉赤乾、哇秀、列吉倉（現住貴南縣）、霍爾倉（現居黃南州河南縣）、香薩、爾德（現居河南縣）、旦白尼瑪（現任河南縣政協副主任）、堪布倉、阿柔、參果、贊古、隆務資玉合、貢太、麻堪、夏排（現任海南州人大副主任）、日血（現任寺管會副主任）、哇玉（現居河南縣）、宗俄、資玉合洛熱等大小活佛25人 。寺院 建築占地44畝，主要有大經堂1座220間，小經堂1座51間，護法殿1座17間，時輪經院1座35間，時輪辯經院1座19間，時輪靜房1座9間，麻尼房293間，昂欠16座826間，加之僧舍，全寺共有建築2668間。另外占有4．8 萬畝草場和大量牲畜，計有馬近百匹，牛360頭，羊數千隻。 1958年主要建築被拆毀，僧人全部遣返回鄉。1962年5月曾批推開放，但沒有修復。1981年5月再次批准開放，現修復大經堂1座110間，小經堂1座51間，佛堂2座28間，連同昂欠、僧舍等總計1000餘間。有寺僧260人（其中有黃江洋、阿芒、日血、藏朱古等活佛4人，完德51人），由黃江洋等11人組成寺管會。另外，有寺辦國小1所，現有教師2名，學生52 名；寺辦藏醫診所1座，醫生3人，草山1200畝，牛198 頭。該寺現仍設參尼、居巴、丁科、曼巴四個扎倉，均採用西藏色拉寺吉宗教程，其學習程式是先學文化，次學“小五明”，再學“大五明”，然後根據自己的愛好和專長進行單項攻讀，以便考取學位。
