歷史
起源興盛時期
畏兀兒族亦都護時期
金滅遼後，遼宗室耶律大石率部遷中亞，建立西遼，畏兀兒成為其屬部，降其首領稱號為亦都護。畏兀兒的貴族大臣除了襲用本部頭銜外，還接受西遼封號，以為榮耀。畏兀兒文化對西遼有相當影響，西遼末帝直魯古曾召畏兀兒唆里迷城人哈剌亦赤北魯為諸皇子之師。西遼屬部乃蠻人延請畏兀兒人塔塔統阿為乃蠻王主持文書記事，並掌印璽錢穀諸事。直魯古統治末年，畏兀兒亦都護月仙帖木兒死去，其子巴而術·阿而忒·的斤年幼，西遼命太師僧少監至其國，駐於火州城。1206年，成吉思汗建蒙古國，巴而術·阿而忒·的斤亦都護殺少監叛西遼。事成後遣使成吉思汗表示降服。不久，蔑兒乞殘部脫脫諸子逃入畏兀兒境，巴而術派兵將之驅走，並遣使報告蒙古宮廷。1211年，巴而術應召攜貢物至漠北，成吉思汗使與諸皇子齒，列第五，並許嫁以皇女也立安敦。畏兀兒成為蒙古屬部後，除了亦都護應歲時進貢珍寶方物、遣貴族弟子入質以外，成吉思汗還在畏兀兒的一些城市設定達魯花赤，直接管轄。
十三世紀以前，蒙古人文化較為落後，畏兀兒知識分子遂成為他們的老師。成吉思汗曾命令諸皇子就學於畏兀兒學者哈剌亦哈赤北魯。畏兀兒因很早就主動依附蒙古，所以有元一代，畏兀兒人的地位很高。
元定宗貴由死後，成吉思汗家族內部在確定皇位繼承人問題上產生尖銳分歧。蒙古親貴之間的這場皇位之爭也延及畏兀兒貴族之中。失烈門等人派八剌必闍赤（Bala Bitikchi）與撒連地聯絡，引誘撒連地參加他們反對蒙哥即位的叛亂。撒連地等人的密謀被泄露出去。憲宗即位後下令處死撒連地，其弟斡根赤（Ogench，即玉古倫赤）受命承繼亦都護之號。
蒙哥死後，拖雷家族內爆發阿里不哥與忽必烈爭位的內訌。中統元年，河西阿里不哥之軍戰敗後，於同年冬十月自沙州赴伊州（哈迷里），入畏兀兒境抵別失八里。哈剌不華軍在北庭僅駐守三月，次年三月，又向西行至昌八里城。四月至仰吉八里西馬納思河，離畏兀兒境，沿馬納思河谷而下行一月，五月乃至貴由封地葉密里城。忽必烈於河西大敗阿里不哥軍後，很快亦踵哈剌不華之跡，將勢力伸入畏兀兒地。
阿里不哥之亂平定後，朝廷對畏兀兒地的政治統治也漸漸恢復，至元三年，忽必烈命死去的的馬木剌的斤之子火赤哈兒的斤為亦都護，統治畏兀兒地。阿里不哥之後，海都成為威脅朝廷在西北統治的主要勢力。儘管元廷採取了許多措施，海都等叛王還是迅速把戰火燒迸畏兀兒地區，火赤哈兒亦都護被迫放棄別失八里。此後亦都護家族的統治再也沒有回到北庭，畏兀兒地區變成了元朝和西北叛王爭奪的場所。
至元十二年（1275）①都哇及其弟卜思巴（即上文提到的不思麻）率大軍進圍火州，在此之前，他們擊敗了阿只吉、奧魯只等統領的軍隊。都哇軍圍城六月，城中食且盡。亦都護不得已獻出女兒也立亦黑迷失別吉，換取都哇退兵。戰後火赤哈兒亦都護入朝，世祖妻以定宗女巴巴哈兒公主，又賜鈔12萬錠，並以火赤哈兒保衛火州城的事例教訓諸皇子。由於別失八里已陷敵，火州城安全受到威脅，火赤哈兒只得再度東遷，移居哈迷里。不久西北叛王兵突至，猝不及防，火赤哈兒戰死。
滅宋後，元廷騰出手來對付西北叛王，大批蒙古軍、漢軍、探馬赤軍進入西北。別失八里及其周鄰地區又歸入朝廷手中。自至元十七年開始，戍守別失八里的是都元帥綦公直。他在那裡建立與太和嶺相連線的驛站30個，並設定冶場，鼓鑄農器，使軍士屯田。就在元軍事力量湧入畏兀兒境的同時，元廷開始在這裡建立了直接統治，至元十五年，在畏兀兒地設立提刑按察司，次年又命畏兀界內計畝收稅。至元十七年再於其地設交鈔提舉司，不久改畏兀兒斷事官為北庭都護府。
就在元朝的軍隊一批一批進入畏兀兒地區，元廷不斷加強對這裡的統治的同時，海都等叛王的軍隊仍不斷深入擄掠。至元十七年，禾忽之子禿古滅入掠火州城民，搶劫糧食。至元二十二年（1285）元廷因總兵於西的諸王阿只吉失律，改由丞相伯顏代領其職。次年，海都襲來，至別失八里附近的洪水山，伯顏率元軍迎戰海都，結果失利，都元帥綦公直亦被俘。至元二十九年，別失八里一帶發生混亂，忽必烈降旨命康里大將明安討之，明安在別失八里附近對叛軍的戰鬥中獲勝。由於雙方的軍隊在畏兀兒地區反覆爭奪，當地人民被迫兩面進貢，生活極為困苦。
元滅宋後，大批元軍湧入蔥嶺以東地區時，拜延八都魯之子兀渾察從征斡端。至元二十六年，元廷罷斡端宣慰司元帥府後，兀渾察所部並未移駐內地，至元三十年（1293），兀渾察死，其子襲職，被授以“曲先塔林左副元帥”，這應是統領曲先附近塔里木河流域駐軍的武職。成宗朝初年，元廷仍控制著畏兀兒地區。不過，由於元朝放棄了斡端等今塔里木盆地西端和西南端的據點，畏兀兒地區除了在北方受到從阿力麻里和霍博、也迷里方向的威脅以外，在天山以南曲先以西方向也受到壓力。為了增強對畏兀兒地區的防衛，元貞元年（1295），元廷同時設立北庭都元帥府和曲先塔林都元帥府。
然而此時元廷已無意恢復它昔日在畏兀兒地區的地位，故一面增強駐守當地的諸王術伯的力量，一面儘量避免與海都、都哇在這一帶地區衝突。與元朝企圖在畏兀兒地區維持現狀的打算相反，都哇一直沒有放棄侵占畏兀兒全境的打算，至元十二年以來，他在蔥嶺以東地區始終保持著進逼的勢頭。面對畏兀兒地區從一面受敵變為南北兩面受敵的現實元廷不得不取守勢，步步後退，雙方的這種一進一退的戰略態勢一直保持到1304年蒙古諸汗國約和前夕，這時火州已不再為元戍邊諸王所及，都哇也把火州完全看成自己的領地。
火州併入察合台汗國後，都哇家族在畏兀兒地區扶植了自己的亦都護，並設定官守、徵收賦稅。從《元史·地理志·西北地附錄》和《經世大典圖》可以看出元朝廷與察合台汗國在河西方向轄地的分界在火州和哈迷里之間，但火州仍然與元廷保持著特殊的關係。哈剌火州有義務向朝廷貢獻葡萄酒，年年不斷，訂有長例。貢酒者，除了火州的官員之外，還有當地的富民大戶。延祐年間，元朝與察合台汗國之間再度爆發戰爭，戰事除了在也兒的石河以南直到塔剌思一帶展開外，也波及到畏兀兒地區。火赤哈兒亦都護死後，亦都護家族避居甘肅永昌，與畏兀兒之地政治上已沒有什麼聯繫，延祐三年（1316），元仁宗封紐林的斤為高昌王，設王傅之官。其王印行諸內郡，亦都護印行諸畏兀兒境，領兵火州，復立畏兀兒城池。這一連串列動無疑與元軍戰勝也先不花有關。不過，元朝在獲勝後很快撤回境內，永昌的亦都護家族也沒有在畏兀兒地區站住腳。至順元年（1330）九月，元廷在火州“復立總管府”，這應是一個代表機構。儘管畏兀兒地區已被察合台汗國所並，但當地制度仍深受漢地制度影響，許多貴族仍擁有源自漢語頭銜。察合台汗國所立亦都護別帖木兒稱為丞相，他手下人分別稱為右丞，左丞，並且位次也是右高於左，同於內地。
後來的發展
在元朝時期，高昌等地的混戰中，大批畏兀兒人為躲避戰亂隨亦都護家族或者結伴越過戈壁，避居甘肅永昌、敦煌、酒泉、張掖一帶。到明朝時他們和亦都護仆氏家族一樣，逐漸溶於漢族之中。在明朝建立伊始，察合台汗國黑的兒火者汗占領了哈刺火州（高昌城）。火州陷落後，伊斯蘭教信徒對這裡的以畏兀兒人為主體的佛教教徒進行了血腥屠殺，對佛教文化進行了毀滅性的破壞。明朝洪武年晚期留居高昌哈密等地的畏兀兒人，退居鄯善哈密若羌青海一線，隸屬於明朝罕東、阿端、曲先、哈密、安定等衛，後於明正統年間，由於西蒙古衛拉特（瓦拉）興起，明朝收縮至嘉峪關青海一線，畏兀兒人一同內遷至祁連山南北兩麓。遷徙後遭遇一次慘重的疫情，人口損失巨大。這些畏兀兒人現在是裕固族。宗教
元代畏兀兒人主要信奉三種宗教，佛教和基督教聶斯脫里派。唐代回鶻人遷居安西後，一面繼續崇奉摩尼教，一面接受了當地流行的佛教。古代波斯地理學家葛爾迪齊（Gardizi）提到高昌回鶻時說，他們的可汗本來是摩尼教徒，但在其城裡和國內也有迭屑教徒及襖教徒和佛教徒①。元代文人歐陽玄記載道：“高昌王有印曰‘諸天敬護護國第四王印’，即唐所賜回鶻印也。言諸天敬護者，其國俗素重佛氏。因為梵言以祝之。”②宋初，王延德使高昌歸來後提到，高昌有佛寺五十餘區，皆唐朝所賜顏。寺中有《大藏經》、《唐韻》、《玉篇》、《經音》等。近人在吐魯番發現的大量高昌回鶻時代的回鶻文佛經殘卷，足以說明當時其地佛教的盛況。至十三世紀二十年代，邱處機西行，在別失八里、昌八里城都看到當地的佛僧和佛寺。入居漢地的畏兀兒人中佛教徒也很多，比較著名的有高昌人舍蘭蘭③、畏兀兒族翻譯家別失八里人安藏④、別失八里人大乘都⑤、畏兀兒人阿魯渾薩里、其子乞台薩里、其孫阿魯渾薩里等。值得一提的是畏兀兒人迦魯納答思，他“通天竺教及諸國語”，以畏兀字譯西天、西番經論，“既成，進其書，帝命鋟版，賜諸王大臣”。迦魯納答思譯經所在地是北京的白塔寺，鋟版印出的經典除了分賜給漢地的諸王大臣，也賜給已在察合台汗國統治下的畏兀兒地區的貴族。近人發現的編號為YM14（U4759）號畏兀兒文書，就是一份迦魯納答思翻譯的佛經刻本殘卷。元廷頒賜到畏兀兒地區的，還有蒙古文佛經。①除了畏兀兒地區的貴族從元廷受賜佛經以外，連高昌寺院內的燃燈續明之費也由內地供應。遷居永昌的亦都護家族周圍所聚居的畏兀兒人也留下了一些佛教文獻。有元一代，佛教是畏兀兒人中的主要宗教。這種情況直到明代中葉以後才受藏族影響信仰藏傳佛教。
聶思脫里教傳入畏兀兒的時間不可考。在蒙古時代，“迭屑”（tersa）是波斯、中亞對聶思脫里教徒的稱呼。邱處機朝見成吉思汗途中，路經畏兀兒地時，宿輪台（今為烏魯木齊北）之東，迭屑頭目來迎，說明當地存在著有組織的聶思脫里教團體。上世紀在俄屬七河流域發現的聶思脫里教墓地中，有數方墓石的銘文寫明死者的籍貫，其中有一方墓石的墓主是畏兀兒人②。
文字
畏兀兒人使用回鶻文，這種文字在元代稱為畏兀兒文。這是回鶻人840年西遷以後逐漸採用的一種文字，它的字母取自粟特字母，與其他阿拉美系統的字母一樣，每個字母都分為開頭形、中間形和結尾形。敦煌發現過元代的回鶻文木活字，這說明當時曾用活字版來排印回鶻文書籍，回鶻文對我國歷史上一些北方民族的文化發展產生影響。據文獻記載，遼代人迭剌創造契丹小字時就受了回鶻文拼音的影響，而契丹文又對金代女真人創製女真文產生過影響。蒙古滅乃蠻後，蒙古族開始用回鶻文字母拼寫蒙古語，此後經過改制，成為今天通行的老懞古文和托忒體蒙古文。十六世紀末，滿族又在蒙古文的基礎上創造了滿文。元代畏兀兒文使用的範圍並不限於畏兀兒地區，隨著蒙古征服者的擴張，金帳汗國、察合台汗國都把畏兀兒文作為官方文字之一來使用。明代的帖木兒帝國也使用過這種文字。直至十七世紀（康熙年間），甘肅酒泉還用畏兀兒文刊刻佛經，清初朝廷致新疆地區的官方文書也用這種字書寫。與維吾爾關係
在現有的史料支持下，將兩者說成有傳承的關係應該是極不嚴謹而且錯誤的。同時，因為百度百科的影響，造成的謬誤和影響也是不可小視的。首先，畏兀兒不是維吾爾。這兩者在族源上是有巨大差別的。畏兀兒的族源是蒙古草原上下來的回鶻外九族的仆固、渾等部落和一部分內九族組成的部分回鶻人。維吾爾的族源是產生於現在吉爾吉斯楚河流域的西突厥庫耶私部落和西突厥咽嘜部落，由於這兩個部落較早依昄伊斯蘭教並且首先於唐朝末年占領喀什，才使伊斯蘭教大規模進入新疆地區。後來伊斯蘭教不斷通過聖戰消滅新疆佛教徒，乃至畏兀兒（西州回鶻）滅亡並東遷至甘肅，這是元明兩代歷史裡寫明的。真正的畏兀兒人作為佛教徒，大規模內遷至甘肅陝西、甚至是河南河北等地。因為與內地人文化相仿，這些畏兀兒人在明朝時就融入漢族社會了。少數牧區的畏兀兒融入藏族蒙古族或者被叫做裕固族。
維吾爾的族名來源於1940年代，由於新疆某民族長期沒有固定稱謂，加之當年盛行的蘇聯式的民族甄別活動和建立民族加盟共和國的思潮。在知識界，有意給新疆該民族冠以維吾爾族的名號。一則有維繫你我這一團結之意；二則追思當年與內地關係良好的古代畏兀兒人，希望新疆當期能如當年畏兀兒時期文明安定。其實這個特定民族在明朝叫做察合台人，在清朝叫做纏頭回（分白帽、黑帽），他們自稱也不是維吾爾，而是突厥。
